基因總覽
TSPAN31 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 tetraspanin 31。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 12q14.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000257910 ★ | 57,745,039–57,750,219 | 6 |
| ENST00000547992 | 57,745,001–57,750,211 | 4 |
| ENST00000547472 | 57,745,001–57,747,292 | 4 |
| ENST00000870604 | 57,745,001–57,749,075 | 5 |
| ENST00000870605 | 57,745,001–57,748,235 | 6 |
| ENST00000870606 | 57,745,001–57,748,220 | 6 |
| ENST00000870607 | 57,745,001–57,748,235 | 6 |
| ENST00000918697 | 57,745,001–57,748,211 | 5 |
| ENST00000918698 | 57,745,001–57,748,231 | 4 |
| ENST00000958144 | 57,745,001–57,748,221 | 6 |
| ENST00001121812 | 57,745,001–57,751,383 | 7 |
| ENST00001135697 | 57,745,001–57,750,219 | 6 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TSPAN31 ENST00000257910 GRCh38 chr12:57744039-57745139 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATCTGACTGTGGCAGTAAGTCTATAGAATCTAAGTACACACAAACTTAAATCATTCTGTTGAGTTGATTG GAGGGTTTTCTTTTTTGTTCCTACTGTTTCTTTCTCCTGGGGAAGAGAAGGATTATGCCTTTCCCTACCC CCGTGAGAAGGACGGTTTGTCAAAGCACTTACTAGATAATAAAGTTGTTGATCAGCCTACCCCCAAGTGA AAAGGTGGAGGCTCCTTCCACTTATATTTATGTAAATGAGACTCTTCCTCTTGCCTGCCGTTTTTTTGCA AGCCCTAGATCAGGCGTGTACTCTGAAAATGCTGAGCACACCCCTCTGTGCACTTGTGGCAATGCCACAT ACAGGAATGCGCTGGCCTGAGGCCGCTATTTCCACACTGAATTTCTGGTATATTCACACCCCTTTAGGAG GAGATATGGAACAGGACATGGGTACTAGAGGACACACAAACGTGTGATGATTTGCTGGGTGTTGCTGTGT CCAACCCGCGGACTCTGCGGCCGGGCTAAATAAGCTCAATATGTGGCTCCTTTGGGTGTTCCCGAGCGTG ACGCAATAACAAAACAATGGCGTCATCGTGAGGTCACTGCAGAACAGGGGGAAGGGGGTGGGGAAGGGCC CTCCTTCTACGGGCGGAGCCCTTTTTGCCCAGCTCTCAGAGCGGCCCCCTACCCGCCCCTCCCGCCGTCT CCCCTTCACCTAAGTTCCTCCAGAGCCGTCTCCCTGGGAATTAGCCCTCTCCTAACTCCGACCACAGAAA GCTCAGCTTTCAACCTAAGCTTTTGGAGTTTAGGCTGTAGTCCCTAAGAGAGTCTCTAGAAACCCTGCCC CTAGTTTTAAGTTTCGCCCAATGAAAAAACAAAAGGAGAGGGACAGAAGGCGGGTCGGTGACGTAATGCG GGTTGATTGGCATGCAGGCCTTGGACGTCCAGGATTAGCCACGCATTTCGCCAATCCAGAGGCAGGGGAG GGACGGTGCAGGCGCAGAGTATTGGGTTTGGCTGGCCTCGATTTAAAGAGACAGAAGCTGTCGGGGTCCT GGAAGACGGTCCCCAATACCCTCCCCCCAAGTCCTTGGGACCACTTGGGTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TSPAN31_1 ↗ | 12:57,745,039 | 正股 | 57,744,990–57,745,049 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_9SWRT · promoter · 57742147–57742647 · regulatory
ENSR12_BFGF9 · promoter · 57744533–57745076 · regulatory
· motif · 57741647–57741659 · motif
· motif · 57742134–57742149 · motif
· motif · 57744438–57744450 · motif
· motif · 57744497–57744509 · motif
· motif · 57744534–57744551 · motif
· motif · 57744585–57744601 · motif
· motif · 57744596–57744605 · motif
· motif · 57744613–57744626 · motif
· motif · 57744613–57744626 · motif
· motif · 57744652–57744662 · motif
· motif · 57744718–57744728 · motif
· motif · 57744723–57744733 · motif
· motif · 57744797–57744814 · motif
· motif · 57744934–57744947 · motif
· motif · 57744934–57744947 · motif
· motif · 57745108–57745119 · motif
· motif · 57745186–57745201 · motif
· motif · 57745218–57745235 · motif
· motif · 57745281–57745290 · motif
· motif · 57745281–57745292 · motif
· motif · 57745281–57745295 · motif
· motif · 57745331–57745340 · motif
· motif · 57745331–57745342 · motif
· motif · 57745362–57745373 · motif
· motif · 57745379–57745388 · motif
· motif · 57745379–57745390 · motif
· motif · 57745379–57745390 · motif
· motif · 57745379–57745393 · motif
· motif · 57745478–57745492 · motif
· motif · 57745874–57745887 · motif
· motif · 57749245–57749256 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:210 aa
TSPAN31 蛋白長 210 個胺基酸,屬於 tetraspanin (TM4SF) family。其序列包含四段跨膜螺旋,並有位於細胞質側與細胞外側的區段;細胞外區段中較長的一段位於第 94 至 173 個胺基酸位置。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TSPAN31 註記為膜蛋白,具有多次跨膜特徵;來源未提供更細緻的細胞內位置或定位變化資訊。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- BMP10O95393 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CMTM5Q96DZ9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYP4F2P78329 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NAT8Q9UHE5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC30A2Q9BRI3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TSPAN2O60636 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | TSPAN31 被註記為膜蛋白,並具有多次跨膜的特徵;此項描述未進一步指出其具體細胞內位置、定位變化條件或相關實驗資訊。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ATTGGGTTTGGCTGGCCTCGATTTAAAGAGACAGAAGCTG40TCGGGGTCCTGGAAGACGGTCCCCAATACCCTCCCCCCAA80GTCCTTGGGACCACTTGGGTCCCCAGAGCTGGGGAGATGG120TTTGTGGCGGCTTTGCCTGCTCCAAGAATGCGCTTTGCGC160TCTCAACGTGGTCTACATGCTGGTGAGCTTGTTGCTCATT200GGAGTGGCTGCTTGGGGCAAGGGCCTGGGTCTGGTGTCCA240GCATCCACATCATCGGCGGAGTCATTGCTGTGGGAGTCTT280CCTTCTCCTTATTGCAGTGGCTGGACTGGTGGGTGCTGTC320AACCACCACCAAGTCCTGCTGTTCTTTTACATGATCATCC360TTGGTTTGGTCTTCATCTTCCAATTTGTAATCTCTTGCTC400ATGTCTGGCTATTAACCGAAGCAAACAGACAGATGTCATC440AATGCTTCTTGGTGGGTCATGAGCAACAAGACTCGGGATG480AACTGGAAAGAAGTTTTGATTGTTGTGGCTTATTCAACCT520CACAACCCTGTATCAACAAGATTATGATTTCTGCACTGCA560ATCTGCAAGAGCCAGAGCCCCACATGCCAGATGTGTGGAG600AAAAGTTTCTTAAGCATTCAGACGAAGCCCTGAAAATCCT640AGGGGGTGTTGGACTCTTCTTTAGCTTTACAGAGATCCTT680GGTGTTTGGCTAGCAATGAGATTTCGGAATCAGAAGGATC720CTAGAGCCAACCCCAGTGCCTTTCTATGAGACTTTGGATC760CTTCTGACTTTTCTTCTGCTCTCTCTAAGCTTTCTCTTCC800TCCCTTAGGGAATATCTAGGGTCTGTAACCGTTTTGGTTT840GAGAAAAAGGAAAGGCCCCTTGTCACATCCTCTAAAATTG880ATGGAATAGCAAGACTTTATGCCTTGACATATTTTAGTGG920GAGCCAGACTATAAGGAATAAAAGGAAAAACTTTCTTCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。