基因總覽
TRIM39（tripartite motif containing 39）是蛋白質編碼基因，產物屬於 TRIM/RBCC 家族。其蛋白質長 518 個胺基酸，具有 RING-type 鋅指、B box-type 鋅指及 B30.2/SPRY 結構域，並有已註記與 CDKN1A 互作的區域。TRIM39 的功能註解包括 E3 ubiquitin-protein ligase 活性，並涉及蛋白質泛素化；其已知角色涵蓋細胞週期調節、細胞凋亡及 NF-κB 訊息傳遞。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000396551 ★ | 30,326,927–30,343,729 | 8 |
| ENST00000883577 | 30,325,880–30,344,265 | 9 |
| ENST00000883578 | 30,325,880–30,344,265 | 8 |
| ENST00000929418 | 30,325,880–30,344,265 | 9 |
| ENST00000929419 | 30,325,880–30,344,265 | 9 |
| ENST00000929420 | 30,325,880–30,344,265 | 10 |
| ENST00000376656 | 30,325,951–30,344,265 | 9 |
| ENST00000396548 | 30,325,951–30,344,265 | 9 |
| ENST00000883579 | 30,325,951–30,344,265 | 8 |
| ENST00000883580 | 30,325,951–30,344,265 | 9 |
| ENST00000883581 | 30,325,951–30,344,265 | 8 |
| ENST00000883582 | 30,325,951–30,344,265 | 9 |
顯示 12/48 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRIM39 是 E3 ubiquitin-protein ligase，可參與將泛素由 E2 ubiquitin-conjugating enzyme 轉移至受體蛋白的反應。來源並指出其具有蛋白質修飾與蛋白質泛素化相關功能。
在細胞凋亡方面，TRIM39 可能透過抑制 APC/C-Cdh1 介導的 MOAP1 多泛素化，以及後續由蛋白酶體介導的降解，促進促凋亡蛋白 MOAP1 的穩定。此作用以「可能」描述，不應視為確定的普遍結果。
TRIM39 也參與細胞週期調節。它可藉由穩定 CDKN1A/p21，調控 G1/S 轉換及 DNA 損傷誘導的 G2 停滯。其促進 CDKN1A/p21 穩定的方式，是與 DTL 競爭結合 CDKN1A/p21，因而干擾 DCX(DTL) E3 ubiquitin ligase complex 對 CDKN1A/p21 的泛素化與降解。
此外，TRIM39 可透過以不依賴泛素化的方式穩定 CACTIN，負向調節典型 NF-κB 訊息傳遞路徑。這項作用與其泛素連接酶相關功能有所不同；現有資料支持的是 CACTIN 穩定化與路徑負向調節之間的關係。
Promoter 與基因調控
>TRIM39 ENST00000396551 GRCh38 chr6:30325927-30327027 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTCTTCCCGGGCCCCTCACACCTCTCCCAGCATACTCTTCCCCAGCCTCATCACCTCACCCACTTCCTCC AAAATCACTGACCTGCTAAGCTTCCAGCAGCAGGCGGGCAAAGCAGGGAGGCTGTAATGCAAAAGTCCGC AGTCCCTACACAAACACTATCTGCTCCTGCGGAGAAACTCAAGTCACAGCCCCAGAAGTGGAAAGAACAG GCCTTGGCTCTCACCCAGTTAACAAGCGTTTATCCAGCGCACGTGTTGCGGTCGGACCCCATGCGAAGGA GCTAAGGACACAAAGGTGAGCAGCAGAGACGCGGTTCCAGCTCTCCCCCGGCTCCCACTCCAGCGGGATA GGTAGATAATTTCGGTAAATTTCGCCAAGCAGGGGCAGGACAAAGAGTATTTGAAGTCTACCGCGGGGAG AACTTACCTAATCCTTGAATGTTAAAAGGCTAAAAACTCCACTAGTCGGAAGTGACGTGCCAGCTTAGCC CCGCAGGTCCGCCACGTAATTGGCCGCCGCCACAGCTAGCCACCCTCTCCCCAGACTGGCCCGAAGAGAG GAAAAGTGTGGAAGTCCACAAGCCGCCCCCGCCCCGCCCTCTTCGTCGACTTTCAGCTGCACCGGGAGGC GGCGGCGCCTGGCCAGAGCCGGGGCCTGGAGCCTGGACTAGACAGCCTCGCCGGCCGGGGCGCCAGTCCA GCGCCCTGCGGGCAATGGGCTTCAGCGCTCGAGCACGCGCATGCGCGGGCCTGTATCTCCAGAGGATTCC TCGGGTCACCTGGACGCCAGCATCTCAGCCACCTGCCCCTCTGGGTCCCTTCTTGCCCTTGATTCCCCCT GCTGCTTCTCATCGCCAGCCCTCCTCCTCCTTCTTCCGCAGGCACCGCTAGACCCGGCCGCGGCCGCCCG CCGACACCCCAGCTTCCACTGACACGAGCCTCGGCGCGGCTTCCGCTTCCGGCGAGTATTGTGTGTCGCG CCGCGGGGCGGGGGCGAGGGGAGGAGGAAGGAGGGAGGCAGCGCTCCGGCGGCTCCGCGCCCCGCACTCC CGGACCCGAAGCCGGGAAGGTAGGTGCTGTCCCGCCGCCGCGCCCGAGCCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRIM39_1 ↗ | 6:30,325,958 | 正股 | 30,325,909–30,325,968 |
| TRIM39_3 ↗ | 6:30,327,234 | 正股 | 30,327,185–30,327,244 |
| TRIM39_2 ↗ | 6:30,329,043 | 正股 | 30,328,994–30,329,053 |
| TRIM39_4 ↗ | 6:30,340,622 | 正股 | 30,340,573–30,340,632 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：518 aa
TRIM39 蛋白質長 518 個胺基酸，含有位於第 29–70 位的 RING-type 鋅指、第 102–143 位的 B box-type 鋅指，以及第 319–514 位的 B30.2/SPRY 結構域。另有兩段註記為與 CDKN1A 互作的區域，分別位於第 268–337 位及第 389–518 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Isoform 1 主要位於細胞質溶膠；與 MOAP1 共定位時，部分會由細胞質溶膠轉至粒線體，並可在細胞核與 CDKN1A 共定位。 Isoform 2 則在細胞核與 CDKN1A 共定位。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 41 個夥伴
- CCNCP24863 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- DC-UbPB2R886 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DCUN1D1Q96GG9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- DIP2AQ14689-6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EIF4A2Q14240 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- EPHB6O15197-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- LXNQ9BS40 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MED18Q9BUE0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- NCK1P16333 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- POLIQ9UNA4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PRPF3O43395 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- PSMA6P60900 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- PSMD9O00233 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RECKQ6P9E2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SMCO3A2RU48 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM17Q9Y577 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- TRIM21P19474 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- TTC32Q5I0X7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBAC1Q9BSL1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE2D1P51668 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- UBE2D3P61077 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- UBE2D4Q9Y2X8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- UBE2E2Q96LR5 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- UBE2E3Q969T4 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
Isoform 1 與 MOAP1 互作；Isoform 1 和 Isoform 2 均與 CDKN1A 互作。Isoform 2 則透過 B box-type domain 與 CACTIN 互作。這些資料描述的是蛋白質互作，未將其延伸解讀為同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRIM39 具有 E3 ubiquitin-protein ligase 活性，可能藉由抑制 APC/C-Cdh1 介導的 MOAP1 多泛素化及後續蛋白酶體降解，促進促凋亡蛋白 MOAP1 的穩定。它也可透過與 DTL 競爭結合 CDKN1A/p21，減少 DCX(DTL) E3 ubiquitin ligase complex 介導的泛素化與降解，穩定 CDKN1A/p21，並調節 G1/S 轉換及 DNA 損傷誘導的 G2 停滯。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin-protein ligase. May facilitate apoptosis by inhibiting APC/C-Cdh1-mediated poly-ubiquitination and subsequent proteasome-mediated degradation of the pro-apoptotic protein MOAP1. Regulates the G1/S transition of the cell cycle and DNA damage-induced G2 arrest by stabilizing CDKN1A/p21. Positively regulates CDKN1A/p21 stability by competing with DTL for CDKN1A/p21 binding, therefore disrupting DCX(DTL) E3 ubiquitin ligase complex-mediated CDKN1A/p21 ubiquitination and degradation PMID 19100260 ↗ · PMID 22529100 ↗ · PMID 23213251 ↗ |
| 功能 | TRIM39 透過穩定 CDKN1A/p21 調節細胞週期的 G1/S 轉換及 DNA 損傷誘導的 G2 停滯；它與 DTL 競爭結合 CDKN1A/p21，干擾 DCX(DTL) E3 ubiquitin ligase complex 對該蛋白的泛素化與降解。此外，TRIM39 可在不依賴泛素化的情況下穩定 CACTIN，並負向調節典型 NF-κB 訊息傳遞路徑。 | 含實驗來源 | 證據與來源Regulates the G1/S transition of the cell cycle and DNA damage-induced G2 arrest by stabilizing CDKN1A/p21. Positively regulates CDKN1A/p21 stability by competing with DTL for CDKN1A/p21 binding, therefore disrupting DCX(DTL) E3 ubiquitin ligase complex-mediated CDKN1A/p21 ubiquitination and degradation. Negatively regulates the canonical NF-kappa-B signaling pathway via stabilization of CACTIN in an ubiquitination-independent manner PMID 23213251 ↗ · PMID 26363554 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 資料庫紀錄 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. |
| 分子活性 | TRIM39 的功能分類包括蛋白質修飾，具體涉及蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | 蛋白質互作具有異構型差異：Isoform 1 與 MOAP1 互作；Isoform 1 和 Isoform 2 均與 CDKN1A 互作；Isoform 2 則透過 B box-type domain 與 CACTIN 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 1 interacts with MOAP1. Isoform 1 and isoform 2 interact with CDKN1A. Isoform 2 interacts (via domain B box-type) with CACTIN PMID 19100260 ↗ · PMID 23213251 ↗ · PMID 26363554 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 1 主要位於細胞質溶膠，也可見於粒線體及細胞核。當它與 MOAP1 共定位時，部分會由細胞質溶膠轉至粒線體；在細胞核中則與 CDKN1A 共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 1; Cytoplasm, cytosol; Mitochondrion; Nucleus; Found predominantly in the cytosol. Partial shift from the cytosol to the mitochondria when colocalized with MOAP1. Colocalizes with CDKN1A in the nucleus PMID 19100260 ↗ · PMID 23213251 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 2 位於細胞核，並在細胞核中與 CDKN1A 共定位。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAGGAGGAAGGAGGGAGGCAGCGCTCCGGCGGCTCCGCGC40CCCGCACTCCCGGACCCGAAGCCGGGAAGATTCCTTTCTT80GTCTGTTAGAAACGTATGTCAAACGAGGATACAGTGTCTG120GAACTATTGGTTCTAAGATATAAGTGGAATGAGCCTGGAT160CAGGAGAAGTATGCTGAGCTAGAGTTGAAGGAAGCTTCTC200TTTCTAACAAGAGAAAGCAGAGTTAAATTATGGCAGAGAC240AAGTCTGTTAGAGGCTGGGGCCTCTGCAGCCTCTACAGCT280GCGGCTTTGGAGAACTTACAGGTGGAGGCGAGCTGCTCTG320TGTGCCTGGAGTATCTGAAGGAACCTGTCATCATTGAGTG360TGGGCACAACTTCTGCAAAGCTTGCATCACCCGCTGGTGG400GAGGACCTAGAGAGGGACTTCCCTTGTCCTGTCTGTCGAA440AGACATCCCGCTACCGCAGTCTCCGACCTAATCGGCAACT480AGGCAGTATGGTGGAAATTGCCAAGCAGCTCCAGGCCGTC520AAGCGGAAGATCCGGGATGAGAGCCTCTGCCCCCAACACC560ATGAGGCCCTCAGCCTTTTCTGTTATGAGGACCAGGAGGC600TGTATGCTTGATATGTGCAATTTCCCACACCCACCGGGCC640CACACCGTTGTGCCACTGGACGATGCTACACAGGAGTACA680AGGAAAAACTGCAGAAGTGTCTGGAGCCCCTGGAACAGAA720GCTGCAGGAGATCACTCGCTGCAAGTCCTCTGAGGAGAAG760AAGCCTGGTGAGCTCAAGAGACTAGTGGAAAGTCGCCGAC800AGCAGATCTTGAGGGAGTTTGAAGAGCTTCATAGGCGGCT840GGATGAAGAGCAGCAGGTGTTGCTTTCACGACTGGAAGAA880GAGGAACAGGACATTCTGCAGCGACTCCGAGAAAATGCTG920CTCACCTTGGGGACAAGCGCCGGGACCTGGCCCACTTGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。