基因總覽
SNORD73A(small nucleolar RNA, C/D box 73A)屬於非編碼 RNA,名稱將其歸入 C/D box 小核仁 RNA。它是 RNA 分子,而非蛋白質;現有資料未提供其序列、長度或更細部的結構特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000386062 ★ | 151,103,827–151,103,891 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料將 SNORD73A 與 RNA 加工相連,但這項功能屬預測,尚不能視為已證實的作用。資料未指出它參與哪一類 RNA 的加工,也未說明其分子作用方式、作用對象或具體生物學過程,因此無法據此進一步界定它在 RNA 加工中的角色。
Promoter 與基因調控
>SNORD73A ENST00000386062 GRCh38 chr4:151102827-151103927 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATAACGTAAAACCTGTTAAATCTGACGGTATCTTTTTTCTCCAGACAATGATTGAAGCTCACGTTGATGT CAAGACTACCGATGGTTACTTGCTTCGTCTGTTCTGTGTTGGTTTTACTAAAAAACGCAACAATCAGATA CGGAAGACCTCTTATGCTCAGCACCAACAGGTCCGCCAAATCCGGAAGAAGATGATGGAAATCATGACCC GAGAGGTGCAGACAAATGACTTGAAAGAAGTGGTCAATAAATTGTAAGTGTTTCTTTGCTTCCTCACACA ACACAACCTTGAGTATTGGATTATTCCTGAGATGAGAGAACGCATATGAGACAAGGTAAAGGTCTGTTGA AATCCTGTCTGTGAATCCTTCTAGCTATATCTCTTTAAGTGAAAGAGTGTTAAGTACTCAGTAAATATGA TTATTATTACTATTATTATTTGAGTCAGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTCGAGTGCAGTATTGTGATC CTCCTTGGCTCACTGTAACCACTGCTTCCTGGGTTCAAGCAGTTCTTGAGCCTCAGCCTCCTGAGTATCT GGGAATACAGGGGACTGCCACCATACCCAGCTAATTTTTTTAAATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCATCA TGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACTTCAGGTGATCTGCCAGTACTCTAAATGATAACAGTTTTT TCGTGTTTATTTATTTTGAATGAAGCTGTCTCACAGTAGATGGAGTTGAAGGACAGGAAATGTTTTTCCC CTACTTGGAAAATACACTGAATAAGTTGAGTGGGGTGGGATGTGCCTGGAGTCCCAGCTACTCAGGAGGC TGAGGTGGTAGGATTGTTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGCCAGCCTGGGCAATATAGGGAGACCCTGTCCCA AAAAATAAAAAATATACGTATATATATATACACACACAAAGAAAAAATACACTGAATAGACAAAACCTTT CATGATTAATGATGCACGGGAATAAGTGATGAAAAAAGTTTCGGTCCCAGATGATGGCCAGTGATAACAA CATTTTTCTGATGTTCCCATGCAATATACAGTTAGCTAAGAGGGTGTAATG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR4_B34ZMD · enhancer · 151098722–151099434 · regulatory
ENSR4_86FXKT · promoter · 151099435–151099684 · regulatory
ENSR4_53BJKPK · CTCF_binding_site · 151099676–151099697 · regulatory
ENSR4_D9HFC · enhancer · 151105381–151107614 · regulatory
· motif · 151099323–151099336 · motif
· motif · 151099368–151099385 · motif
· motif · 151099377–151099385 · motif
· motif · 151099409–151099422 · motif
· motif · 151099481–151099491 · motif
· motif · 151099544–151099553 · motif
· motif · 151099557–151099570 · motif
· motif · 151099562–151099574 · motif
· motif · 151099585–151099598 · motif
· motif · 151099620–151099629 · motif
· motif · 151099620–151099631 · motif
· motif · 151099620–151099631 · motif
· motif · 151099651–151099661 · motif
· motif · 151099678–151099694 · motif
· motif · 151101729–151101740 · motif
· motif · 151105088–151105100 · motif
· motif · 151105593–151105605 · motif
· motif · 151105682–151105697 · motif
· motif · 151105958–151105980 · motif
· motif · 151106108–151106120 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD73A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000386062 ★ | snoRNA | 65 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORD73A 被預測位於核仁;此定位屬預測資訊,資料未提供確認結果,也未描述定位隨條件或時間改變的情形。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
DNA 與 RNA 序列
AATAAGTGATGAAAAAAGTTTCGGTCCCAGATGATGGCCA40GTGATAACAACATTTTTCTGATGTT65cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。