基因總覽
SNORD60 的正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 60,屬於人類非編碼 RNA。現有資料將它歸為小核仁 RNA,並以 C/D box 標示其類別;資料未提供其序列、長度或更細部的結構描述,因此不宜據此補充其他分子特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000383903 ★ | 2,155,023–2,155,105 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料將 SNORD60 的功能描述為預測性註釋,而非已確立的實驗結論。它被預測可能參與 RNA 處理,但來源沒有說明涉及哪一類 RNA、處理步驟或分子機制,因此不能進一步推定其具體作用方式。
此外,SNORD60 被預測可能作用於細胞內膽固醇運輸的上游或該過程之中。這項描述指出了可能相關的生物學過程與作用位置,但沒有界定它是直接參與運輸,或透過其他途徑影響該過程;其方向與具體功能也未在資料中交代。
Promoter 與基因調控
>SNORD60 ENST00000383903 GRCh38 chr16:2155005-2156105 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAATGAGTAAAGAACTGCGCGAGAACAGGACGGAGCGAGGGACGGACTACTGACTGGCGGACGGACAGCG ACGCGGACCCCGACCCTGACCCCGACCCCGACCGTCTCAGCCCCGCCCCCCCCTCCCCGCCCCGGCCCGA CCCCTCGCCTCGCCTCGCCTCGCCTCGATCTCCACGCGCCCGATCCCGCCCCACCGCGCGGTCCCGAGGC GCGAGCCCCGGGTCGGGCGCGCCGCGGGGACACTCACCCGCCCGCGGCCGCCCGGGAGCGGCAGCGCCGC CAGCCCGCTTCATGATGCCCCCTCGGCCGCCGGCCGGGAAAGGGACTAGACGCGCGAGCCGGAAGCGCCA GGCCGCTGCGCCCGCCGGGACGTGTAGTTCCCCGCCTCTCCGGGCCCGGACGGCTGCCTCACGCGCCGCA CTTCCGAAACTACGACTTCCGGCGGCCTCGTCGTCGCGGGGCGGGAATGGCAGCTTCAGAATCACTCTAT GTTGCAGATCGAAGTCTGATTGGCTTTGTTCATCCGTCACTCACCGTTAGGCTTCACGGACTCTGCATAA GGGAGGAGCTTCGGGTCTGGGTCTGAGAGACCGTCTCCAAAAGAAATGCCACGGTACGATTGGTGGAAAC AACGCGGCAGGGAGCGGAGCGTACCAGCGGCGGGGGAAGGCGGGCACTTCCGCCAGGATAGCCCAATGAC AGAGGTGGGACAGTTTCTATAAAAGCTTGAGCCTCGCCCGCCCCTGTCTTTTCGGGGTCGAGTCCGAGGG GGAAGAGGTTTGTTAATACGTTCGCCATGTGCTACGATCTTGGGACGAACTGAGCCACGAGCGTGGCTTT GAGGGCCGTCCGAACGCTGCAGGCCGGCCAGGTCCCTGGGCGTCCAGGCCTGGCCTACGCACCACTTTGT CCCTTAGCGTTTAAAGGTTTCTTCCCGAATCTCAGGCCCTCAGCTACCTGCAGGTAAGACTGGGCCGGGC TTGGGTTCCCTTATTCTCCCAGTCTGTGATGAATTGCTTTGACTTCTGACACCTCGTATGAAAACTGCAC GTGCAGTCTGATTATTTAGCAAGACTGAGGCTTGAGGGTGCGCACTCCTGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_9T4P · promoter · 2155348–2155814 · regulatory
ENSR16_C7R2 · enhancer · 2155815–2157341 · regulatory
ENSR16_9T5C · enhancer · 2157528–2157958 · regulatory
ENSR16_C7R7 · enhancer · 2159037–2160158 · regulatory
· motif · 2150529–2150542 · motif
· motif · 2151033–2151050 · motif
· motif · 2151035–2151050 · motif
· motif · 2151042–2151050 · motif
· motif · 2151328–2151340 · motif
· motif · 2151330–2151337 · motif
· motif · 2151330–2151345 · motif
· motif · 2151422–2151429 · motif
· motif · 2151587–2151598 · motif
· motif · 2151924–2151935 · motif
· motif · 2152751–2152764 · motif
· motif · 2152751–2152765 · motif
· motif · 2152751–2152766 · motif
· motif · 2152764–2152777 · motif
· motif · 2152927–2152940 · motif
· motif · 2152988–2153003 · motif
· motif · 2153359–2153368 · motif
· motif · 2153359–2153370 · motif
· motif · 2153359–2153370 · motif
· motif · 2153978–2153993 · motif
· motif · 2154089–2154098 · motif
· motif · 2154578–2154593 · motif
· motif · 2154578–2154593 · motif
· motif · 2154745–2154767 · motif
· motif · 2154745–2154767 · motif
· motif · 2154869–2154884 · motif
· motif · 2155306–2155316 · motif
· motif · 2155420–2155431 · motif
· motif · 2155420–2155431 · motif
· motif · 2155422–2155431 · motif
· motif · 2155663–2155672 · motif
· motif · 2155759–2155768 · motif
· motif · 2155759–2155770 · motif
· motif · 2155759–2155770 · motif
· motif · 2156013–2156020 · motif
· motif · 2156843–2156856 · motif
· motif · 2156843–2156857 · motif
· motif · 2157733–2157743 · motif
· motif · 2158005–2158020 · motif
· motif · 2158044–2158059 · motif
· motif · 2158044–2158059 · motif
· motif · 2158045–2158059 · motif
· motif · 2158046–2158059 · motif
· motif · 2158130–2158137 · motif
· motif · 2158350–2158363 · motif
· motif · 2158595–2158602 · motif
· motif · 2160105–2160116 · motif
· motif · 2160105–2160116 · motif
· motif · 2160105–2160118 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD60 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000383903 ★ | snoRNA | 83 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORD60 被預測位於核仁。 此定位屬於預測性資訊,來源未提供定位變化的條件或不同異構型的差異。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNORD60 被預測可能參與 RNA 處理,也可能作用於細胞內膽固醇運輸的上游或該過程之中;此外,它被預測位於核仁。上述均為預測性註釋,資料未說明其具體機制或作用條件。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to act upstream of or within intracellular cholesterol transport. Predicted to be located in nucleolus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | SNORD60 被預測位於核仁。這是預測性定位資訊,來源未提供實驗條件或其他定位細節。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
AGTCTGTGATGAATTGCTTTGACTTCTGACACCTCGTATG40AAAACTGCACGTGCAGTCTGATTATTTAGCAAGACTGAGG80CTT83cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。