演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORD59AU59

small nucleolar RNA, C/D box 59A

SNORD59A 是一種 C/D box 小核仁 RNA;資料預測它可能參與 RNA 處理,並位於核仁。

Homo sapiens12q13.3
OFFICIAL SYMBOL
SNORD59A
CHROMOSOME
12
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORD59A 的正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 59A,屬於非編碼 RNA,並歸入 C/D box 小核仁 RNA。這類基因產物是 RNA,而非蛋白質;現有資料未提供其序列、結構細節或其他分子特性,因此不據此推定具體結構或作用方式。資料將 SNORD59A 列為可能參與 RNA 處理的 RNA,並預測其位於核仁;這些描述均為預測性註記。

Official symbol
SNORD59A
Gene name
small nucleolar RNA, C/D box 59A
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10210
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U59RNU59

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1212q13.3
chr12 · 133,275,309 bp · GRCh38chr12p13.33 · 1–3200000 · gnegchr12p13.32 · 3200001–5300000 · gpos25chr12p13.31 · 5300001–10000000 · gnegchr12p13.2 · 10000001–12600000 · gpos75chr12p13.1 · 12600001–14600000 · gnegchr12p12.3 · 14600001–19800000 · gpos100chr12p12.2 · 19800001–21100000 · gnegchr12p12.1 · 21100001–26300000 · gpos100chr12p11.23 · 26300001–27600000 · gnegchr12p11.22 · 27600001–30500000 · gpos50chr12p11.21 · 30500001–33200000 · gnegchr12p11.1 · 33200001–35500000 · acenchr12q11 · 35500001–37800000 · acenchr12q12 · 37800001–46000000 · gpos100chr12q13.11 · 46000001–48700000 · gnegchr12q13.12 · 48700001–51100000 · gpos25chr12q13.13 · 51100001–54500000 · gnegchr12q13.2 · 54500001–56200000 · gpos25chr12q13.3 · 56200001–57700000 · gnegchr12q14.1 · 57700001–62700000 · gpos75chr12q14.2 · 62700001–64700000 · gnegchr12q14.3 · 64700001–67300000 · gpos50chr12q15 · 67300001–71100000 · gnegchr12q21.1 · 71100001–75300000 · gpos75chr12q21.2 · 75300001–79900000 · gnegchr12q21.31 · 79900001–86300000 · gpos100chr12q21.32 · 86300001–88600000 · gnegchr12q21.33 · 88600001–92200000 · gpos100chr12q22 · 92200001–95800000 · gnegchr12q23.1 · 95800001–101200000 · gpos75chr12q23.2 · 101200001–103500000 · gnegchr12q23.3 · 103500001–108600000 · gpos50chr12q24.11 · 108600001–111300000 · gnegchr12q24.12 · 111300001–111900000 · gpos25chr12q24.13 · 111900001–113900000 · gnegchr12q24.21 · 113900001–116400000 · gpos50chr12q24.22 · 116400001–117700000 · gnegchr12q24.23 · 117700001–120300000 · gpos50chr12q24.31 · 120300001–125400000 · gnegchr12q24.32 · 125400001–128700000 · gpos50chr12q24.33 · 128700001–133275309 · gnegSNORD59Apq1 bp133,275,309 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr12:56,645,027–56,645,101
Gene span
75 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000384304 ★56,645,027–56,645,1011

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

資料預測 SNORD59A 可能參與 RNA 處理,但未提供其作用對象、分子機制或參與的具體處理步驟。因此,目前只能將其功能描述為與 RNA 處理可能相關,不能據此判定它直接作用於特定 RNA,或負責某一特定反應。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 56645101 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORD59A ENST00000384304 GRCh38 chr12:56645001-56646101 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CTGTAGAAGCAGCACAGAGAATGATGAGCAGCCAGTTCACCCAATGGACCTGCCTACTGCAGCGTAGGCC
TCGCCTCAACGGCAGGAGAGCAGGCGGCTGCGGTTGCTGCAGCCTTCAGTCTCCACCCGGACTACGCCAT
GTTGGGGTTTGTGGGTCGGGTGGCCGCTGCTCCGGCCTCCGGGGCCTTGCGGAGACTCACCCCTTCAGCG
TCGCTGCCCCCAGCTCAGCTCTTACTGCGGGCCGCTCCGACGGCGGTCCATCCTGGTAAGTGCTTTTCTC
TAGGAGCTAACGTTCCATTTTGCCGCCCCATGACCTTGAGCCGGGGAACGATGGTAGCTCGGGCCTAAGG
GATCCGTGGTGTTAAAAGGATGCCTGGAGCCGCGTCTTGCTCTCTAATGGCTGGAGAACAAGAATGGGAC
ACCCATAGGAGGTTTCTTCGACCCAGCTCTGTCCCATTTTGTATAAAGTCCTTTGTGTGACGGAAAAGGT
GCGGGCAGGTGCGTTGACCTTCCGGTTGAATAGGGGTACTGAACTCTCGAAAAATGGGGTCTTGTGCATG
CGGATGGGAAGGCTGTGCAGGCGCTTTATCGATCGCTGCGCGGCCTTCCCTCTTGGACACGCGTTCCGTA
CAAGCGGAAAGAGGCCTGACTTCGGCTGAGTTTTCCTCTCCTTGTGTGTTAAGTCCTGGCTTCCGATGAC
CTTTAACTGGCCTGACCCCAGCTCCTTCCAATATCTTTTGTCTGTTAGTCAGGGACTATGCGGCGCAAAC
ATCTCCTTCGCCAAAAGCAGGCGCCGCCACCGGGCGCATCGTGGCGGTCATTGGCGCAGTGGTGGACGTC
CAGTTTGATGAGGGACTACCACCAATTCTAAATGCCCTGGAAGTGCAAGGCAGGGAGACCAGACTGGTTT
TGGAGGTGGCCCAGCATTTGGGTAAGTAGAGTTTGTTAGGAATAGTAAAGACCTTGTGTAGCCCAAATAT
CCCCAAAACCAAGCTGTCTGCCTTCTATGATGATTTTATCAAAATGACTTTCGTTCTTCTGAGTTTGCTG
AAGCCACATTTAGGTACTGAGAAGGAGTCTTGGTCGATTTAGGTCTTGATA
SNORD59A 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR12_9SH3N · promoter · 56645974–56646474 · regulatory

· motif · 56641406–56641415 · motif

· motif · 56644835–56644846 · motif

· motif · 56645392–56645405 · motif

· motif · 56645566–56645579 · motif

· motif · 56645591–56645598 · motif

· motif · 56645783–56645795 · motif

· motif · 56645785–56645798 · motif

· motif · 56645945–56645960 · motif

· motif · 56645987–56646004 · motif

· motif · 56645996–56646004 · motif

· motif · 56646363–56646373 · motif

· motif · 56646483–56646496 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORD59A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000384304 ★snoRNA75 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleolus

SNORD59A 被預測位於核仁。 此定位屬預測資訊;資料未說明其定位是否會因細胞狀態而改變,也未提供異構型之間的定位差異。

深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SNORD59A 被預測可能參與 RNA 處理,並被預測位於核仁;資料未提供具體處理步驟或分子機制。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位SNORD59A 被預測位於核仁;此為預測性定位資訊。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000384304 · 75 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1CCTTCTATGATGATTTTATCAAAATGACTTTCGTTCTTCT40
41GAGTTTGCTGAAGCCACATTTAGGTACTGAGAAGG75

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。