基因總覽
SNORD58B(small nucleolar RNA, C/D box 58B)屬於非編碼 RNA,名稱指出其為 C/D box 類小核仁 RNA。現有資料將它歸類為 RNA,而非蛋白質產物;其基本身分與 RNA 類別由基因名稱和基因類型界定。資料對其生物學角色與細胞位置提供的是預測,並未列出更具體的序列結構、異構型或實驗驗證資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000607313 ★ | 49,491,664–49,491,729 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
資料預測 SNORD58B 可能參與 RNA processing(RNA 處理)。這項描述指出其可能與 RNA 的處理過程有關,但未說明參與的具體步驟、作用方式或受影響的 RNA 類型。由於來源將此功能標示為預測,不能據此視為已確認的分子機制或實驗結果。
Promoter 與基因調控
>SNORD58B ENST00000607313 GRCh38 chr18:49491629-49492729 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGCCTGTCCTAGAACTACAACCCTGTTTTTAATTGACTGACATTTAAAACCCTGAATTTTTATTTCTGTA TACAAAAAAGAGAACTTTGAGACAGTCCCTAAGTAGGCAATTCGTTTTCACACGTTCTTAAAACATATTC TACACTCCCTTCGCTTTCCGCCTTCCTGCCTCCTCAGATCTCGTTTCTTCGGCTACGAATCTCGCGAGAA GTCAAGTTCTCATGAGTTCTCCCAAAATCCACCGCTCTTCCTCTTTCCCTAAGCAGCCTGAGGTGAGTGT TTCTCCTGCGTTGCTCCGAGGGCCCAATCCTCCTGCCATCGCCGCCATCCTGGCTTCGGGGGCGCCGGCC TCCAGGCCCCCGGGAGGAGAACTCCTAGGGCTACTAAATCCTCGCTGGAGGCGGTGGCTTCTTATGCGGG AGGACGTGGCGGAGGGCCTGACTTTGGGAGCCGGGGTCAGTCGGCCTCTGAGGTCCGCAGAGGGACGTGA TGGGCGGGAATGGGGACTACCGGGCTCCTCCACTGGTGGGGGCGCCGGCCCGCCGTGGGGTGCGGGCCGC CTGGGGTCCGTGCGGACTCCGGAGGTCCGGTGTCTAGTGGTGAGTGGTGGCCGCAACGAGGAAAAAGTTT TGGGGGAAAGAAAAGTCGGGTGGAGGCGTAACACGTTACTACAAGAGTGTTGCGTACAGGAGGGCTCTTA AAGTGGGTCATAGCCCGAAGGTGTTGAGAGAGACGGCACTCACTACCTGCAGCCCTGACAGCAAAGGGGT TTCTGTAGAGCGGGAGGGAGGAGGTGTAGAGGGTTACGGTTGAGTTGTGCCCTGCGGATGCGTCGAGTCA TTTTACGCCTGGAAGATCCAGCATTGGATTGAAACAGGCTGTATTTTCTTCCAAAGGGTTGACTGGATTG GTGAGGCCCGTGTGGCTACTTCTGTGGAAGCAGTGCTGTAGTTACTGGAAGATAAAAGGGAAAGCAAGCC CTTGGTGGGGGAAAGTATGGCTGCGATGATGGCATTTCTTAGGACACCTTTGGATTAATAATGAAAACAA CTACTCTCTGAGCAGCTGTTCGAATCATCTGATATTTATACTGAATGAGTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR18_BCS6J · promoter · 49486139–49487103 · regulatory
ENSR18_74WKCX · promoter · 49487224–49487349 · regulatory
ENSR18_5FM9GZ · CTCF_binding_site · 49487312–49487333 · regulatory
ENSR18_C6WKT · enhancer · 49487350–49488398 · regulatory
ENSR18_BCS79 · promoter · 49491576–49492330 · regulatory
ENSR18_BCS7D · promoter · 49492434–49492972 · regulatory
· motif · 49487240–49487249 · motif
· motif · 49487240–49487251 · motif
· motif · 49487240–49487251 · motif
· motif · 49487305–49487316 · motif
· motif · 49487305–49487316 · motif
· motif · 49487314–49487330 · motif
· motif · 49487366–49487375 · motif
· motif · 49487366–49487377 · motif
· motif · 49487377–49487392 · motif
· motif · 49487551–49487568 · motif
· motif · 49488805–49488816 · motif
· motif · 49491900–49491915 · motif
· motif · 49491912–49491928 · motif
· motif · 49492090–49492101 · motif
· motif · 49492091–49492102 · motif
· motif · 49492152–49492169 · motif
· motif · 49492229–49492240 · motif
· motif · 49492307–49492318 · motif
· motif · 49492472–49492485 · motif
· motif · 49492493–49492504 · motif
· motif · 49492564–49492584 · motif
· motif · 49492604–49492616 · motif
· motif · 49492643–49492656 · motif
· motif · 49492866–49492877 · motif
· motif · 49493454–49493467 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD58B 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000607313 ★ | snoRNA | 66 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORD58B 被預測可能位於核仁;來源未提供實驗驗證,也未描述定位變化或其他條件。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNORD58B 被預測可能參與 RNA 處理,並可能位於核仁;這些敘述屬預測,來源未提供具體作用步驟或實驗驗證。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | SNORD58B 被預測可能位於核仁;此定位資訊屬預測,來源未提供實驗驗證或定位條件。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
CTGCGATGATGGCATTTCTTAGGACACCTTTGGATTAATA40ATGAAAACAACTACTCTCTGAGCAGC66cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。