演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORD4BZ17B

small nucleolar RNA, C/D box 4B

SNORD4B 為人類非蛋白質編碼 RNA 基因,此頁收錄已核對的名稱、分類與基因座資訊。

Homo sapiens17q11
OFFICIAL SYMBOL
SNORD4B
CHROMOSOME
17
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORD4B 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 4B。來源記錄的類型為 RNA, small nucleolar。此基因座位於 17q11。目前可用來源提供名稱、分類與基因座資料,尚未提供可採用的功能敘述;功能與產物資訊依後續取得的來源註解補充。

Official symbol
SNORD4B
Gene name
small nucleolar RNA, C/D box 4B
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10098
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
Z17BRNU101B

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1717q11
chr17 · 83,257,441 bp · GRCh38chr17p13.3 · 1–3400000 · gnegchr17p13.2 · 3400001–6500000 · gpos50chr17p13.1 · 6500001–10800000 · gnegchr17p12 · 10800001–16100000 · gpos75chr17p11.2 · 16100001–22700000 · gnegchr17p11.1 · 22700001–25100000 · acenchr17q11.1 · 25100001–27400000 · acenchr17q11.2 · 27400001–33500000 · gnegchr17q12 · 33500001–39800000 · gpos50chr17q21.1 · 39800001–40200000 · gnegchr17q21.2 · 40200001–42800000 · gpos25chr17q21.31 · 42800001–46800000 · gnegchr17q21.32 · 46800001–49300000 · gpos25chr17q21.33 · 49300001–52100000 · gnegchr17q22 · 52100001–59500000 · gpos75chr17q23.1 · 59500001–60200000 · gnegchr17q23.2 · 60200001–63100000 · gpos75chr17q23.3 · 63100001–64600000 · gnegchr17q24.1 · 64600001–66200000 · gpos50chr17q24.2 · 66200001–69100000 · gnegchr17q24.3 · 69100001–72900000 · gpos75chr17q25.1 · 72900001–76800000 · gnegchr17q25.2 · 76800001–77200000 · gpos25chr17q25.3 · 77200001–83257441 · gnegSNORD4Bpq1 bp83,257,441 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr17:28,723,682–28,723,753
Gene span
72 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000459083 ★28,723,682–28,723,7531

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前可用來源未提供可採用的功能註解。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 28723682 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORD4B ENST00000459083 GRCh38 chr17:28722682-28723782 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GAATGGGCCCAGGCCAGGTGACCCCATTTTGCCTCTCCCAGGCTTGACCACTATGCTATCATCAAGTTTC
CGCTGACCACTGAGTCTGCCATGAAGAAGATAGAAGACAACAACACACTTGTGTTCATTGTGGATGTTAA
AGCCAACAAGCACCAGATTAAACAGGCTGTGAAGAAGCTGTATGACATTGATGTGGCCAAGGTCAACACC
CTGATTCGGTGAGTTGGGCCTCAAGGGATGGGGAGCAGGCTGGACCAGCAGTCTGGAGCCAAAAAAACCT
GCATTCCATGAAGCTTTTTGATGTTTAGGTAGTCCTGGTAATGCAGGACTACACGTGTAGTCCGAGCTAT
GCAGGAGGATCTCTTGAGGCCAGGAATCACCCATGATTGCCCCATTGTACTCCAGCCTGAGCAACCAAGC
AAGGCCCTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCTGGACCTTTCAGCAGGGGAAAAAGGTTCCTTGA
CTTAAACTTGGTGTAGGTTTAGCAGTGTGTGTGAGCCTTGAGGCAGGAATTACAGGCTGCTTTAGTTACA
GACCTTTGTGTGGACCTGAGGCTTTCTAGGACTTGATTGGGGGTTGGTCCTCATTTTCTGGGTCCCTACT
TCTATTGGGAAAGGCAACTAGAGTGCGACACGTGGCAGATTACCTTGGTTTAAGTCTTAATGTGGCCTGT
GGTGTTTCCCATAAGAGAATTGGCTTTGTGGCTTCATGGTGTCCTCTGGGCTAATGATGGAAAAATCATT
ATTGGAAAAGAATGACATGAACAAAGGAACCACTGAAGTGCCGGAGGACTGGAGGAGGAAGGGGGAGGGT
GTGGGGGCAGTGAGGGTGGCAGGGACTAAGGCTTCCTTCTCTACCCTAGGCCTGATGGAGAGAAGAAGGC
ATATGTTCGACTGGCTCCTGATTACGATGCTTTGGATGTTGCCAACAAAGTAAGTTTCCTTCCTACAAAC
CCCTTAATGCTCACCCCTTGGGTGCAAATGATGCATATGTTAGCGACCAAAGCCTGATCTTTGCTGATTA
GTCATAATTAACTGACTGCACCCCTATCCTTGACAAACCTTATCCTCACAT
SNORD4B 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR17_B7NTT · promoter · 28718151–28718905 · regulatory

ENSR17_C4SXJ · promoter · 28719495–28720579 · regulatory

ENSR17_58QDH3 · CTCF_binding_site · 28719575–28719596 · regulatory

ENSR17_58QDJZ · CTCF_binding_site · 28719995–28720016 · regulatory

ENSR17_58QDKZ · CTCF_binding_site · 28720207–28720228 · regulatory

ENSR17_9FDS4 · promoter · 28722867–28723367 · regulatory

ENSR17_9FDT3 · promoter · 28726223–28726723 · regulatory

ENSR17_58QFNH · CTCF_binding_site · 28726585–28726606 · regulatory

ENSR17_9FDT8 · promoter · 28726922–28727268 · regulatory

ENSR17_58QFQD · CTCF_binding_site · 28726990–28727011 · regulatory

ENSR17_9FDTM · promoter · 28728298–28728798 · regulatory

· motif · 28719577–28719593 · motif

· motif · 28719822–28719833 · motif

· motif · 28719829–28719839 · motif

· motif · 28719908–28719917 · motif

· motif · 28719997–28720013 · motif

· motif · 28720209–28720225 · motif

· motif · 28720577–28720599 · motif

· motif · 28720577–28720599 · motif

· motif · 28720612–28720621 · motif

· motif · 28720648–28720659 · motif

· motif · 28720648–28720659 · motif

· motif · 28720650–28720659 · motif

· motif · 28722161–28722173 · motif

· motif · 28723728–28723736 · motif

· motif · 28724702–28724713 · motif

· motif · 28724829–28724844 · motif

· motif · 28725303–28725316 · motif

· motif · 28725303–28725316 · motif

· motif · 28725324–28725337 · motif

· motif · 28725324–28725337 · motif

· motif · 28725344–28725359 · motif

· motif · 28725637–28725650 · motif

· motif · 28725637–28725650 · motif

· motif · 28725734–28725747 · motif

· motif · 28725734–28725747 · motif

· motif · 28725740–28725757 · motif

· motif · 28725749–28725764 · motif

· motif · 28725968–28725977 · motif

· motif · 28726269–28726282 · motif

· motif · 28726291–28726304 · motif

· motif · 28726310–28726323 · motif

· motif · 28726329–28726342 · motif

· motif · 28726587–28726603 · motif

· motif · 28726712–28726729 · motif

· motif · 28726772–28726788 · motif

· motif · 28726992–28727008 · motif

· motif · 28727191–28727201 · motif

· motif · 28727353–28727365 · motif

· motif · 28727791–28727802 · motif

· motif · 28727838–28727853 · motif

· motif · 28727843–28727855 · motif

· motif · 28727846–28727853 · motif

· motif · 28727983–28727992 · motif

· motif · 28727983–28727994 · motif

· motif · 28727983–28727994 · motif

· motif · 28728124–28728137 · motif

· motif · 28728124–28728137 · motif

· motif · 28728396–28728407 · motif

· motif · 28728555–28728565 · motif

· motif · 28728649–28728658 · motif

· motif · 28728650–28728660 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORD4B 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000459083 ★snoRNA72 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000459083 · 72 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGTGCAAATGATGCATATGTTAGCGACCAAAGCCTGATCT40
41TTGCTGATTAGTCATAATTAACTGACTGCACC72

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。