演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORD46U46

small nucleolar RNA, C/D box 46

SNORD46 是一種 C/D box 小核仁 RNA;資料預測它可能參與 RNA 加工,並位於核仁。

Homo sapiens1p34.1
OFFICIAL SYMBOL
SNORD46
CHROMOSOME
1
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORD46(small nucleolar RNA, C/D box 46)屬於非編碼 RNA,名稱標示其為 C/D box 類的小核仁 RNA。它不是蛋白質編碼基因;現有資料將其基本性質界定為小核仁 RNA,並以預測方式指出可能參與 RNA 加工及位於核仁。這些描述提供了 SNORD46 的 RNA 類別與推定角色,但來源未提供其序列、長度或更具體的結構資訊。

Official symbol
SNORD46
Gene name
small nucleolar RNA, C/D box 46
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10186
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U46U40RNU46RNU40

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11p34.1
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegSNORD46pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr1:44,776,490–44,776,593
Gene span
104 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000364043 ★44,776,490–44,776,5931

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前資料將 SNORD46 與 RNA 加工連結,但這項功能描述屬於預測,不能視為已由所列資料直接證實。來源沒有說明 SNORD46 在 RNA 加工中的具體步驟、作用方式或靶標,因此無法據此進一步界定其分子機制。

RNA 加工涵蓋 RNA 分子形成與處理過程;就 SNORD46 而言,資料僅指出它預測可能參與此類過程,並未列出所涉及的 RNA 種類、細胞條件或實驗結果。故其可能的生物學作用應限於這項概括性預測,不宜延伸為特定加工反應或已確認的調控功能。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 44776490 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORD46 ENST00000364043 GRCh38 chr1:44775490-44776590 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GACGTTGTTTCGGCGCTCAGAAACAACGTAAAGTAAAGGGGCGGGGCAGCGTTTTACAAACCGAACCGTG
AATCTTTGCGGTTTCTCTTTCCAGCCAGCGCCGAGCGATGGGTGAGTGTCGCTCTGCATTGAGGCGGGTG
AAGGGAGGTTGAGCTCAATCAGGCCCCATCCTGCTTCACAGCCTACTGAGGAGTCCAGACGCCCCGACCC
CCGGCCAGGGACAGCCACGAGGAGTGGTGGCCCTCGGGTTTCGGCCGCCCAGCCCGTCTCTGGGGGCTGC
GAAGGCTCTGGGCTCCGGGTTCCGGGCCGCGGGCTGCGGGCTCCGAGCGGCGCCAACATGGCTGCCGCGA
GGAGGAGGCCCCGGCCTGGCCGCACGTGTATGATGACAACTCGGTAATGCTGCATACTCCCGAGTGCGCG
GTGGGGAAGCCAACCTTGGAGAGCTGAGCGTGCGACCGGCCCGGCGCGGGGGTCTCCGGGAGCTGGCGAG
TCGCTAGCACCGAGTCACAGTGGCTCAAGCTTCCTTCCCCGCTTCCACATGCAGGCATCTCTCGGGACAA
CTGGCACAAGCGCCGCAAAACCGGGGGCAAGAGAAAGCCCTACCACAAGAAGCGGAAGTATGAGTTGGGG
CGCCCAGCTGCCAACACCAAGGTGGGTGCGAGCGTGGGCCTGTCCGCCTGGGAGGTCGCCTTCCCCCGCT
CTCCAGCGTGCTCGGGTCTTTCCGTGTGACAGTTGTGCGTTCTTTCTTGGGCTCTGATTTCTCTGTAGTA
GGGCCTGGGTGTCCTGTCCCCCTTTAGCTGTTGGATAAGTAAGTACCAAAGAGGGAATGCTCCCTCAGGC
CCCCAAACCTGGAGCTTAGGATTTCAGAGAGAAGGATACTGTGTGGGGACTTGAGCTTCTGGAGAGGGTG
GCGCCTCGCGTCATAGTCAGAAGCCTAGTCTTGTTTTTTTTACAGAGGCTTAATTTTCAGCATTTGGGGT
CAGGCTTTCCTCTTGGAGGCAAGTAGGGTGATGAAAAAGAATCCTTAGGCGTGGTTGTGGCCGTCTTGGT
CACCTGTGTGCCACTTGCCAATGCAAGGACTTGTCATAGTTACACTGACTG
SNORD46 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_BBTWW · promoter · 44775050–44775583 · regulatory

ENSR1_83BJNT · enhancer · 44775584–44775799 · regulatory

ENSR1_BBTX2 · promoter · 44775800–44776572 · regulatory

ENSR1_9MQW6 · enhancer · 44779810–44780252 · regulatory

ENSR1_C6FZC · enhancer · 44780454–44781651 · regulatory

· motif · 44773428–44773440 · motif

· motif · 44773430–44773437 · motif

· motif · 44773430–44773445 · motif

· motif · 44775245–44775265 · motif

· motif · 44775309–44775326 · motif

· motif · 44775338–44775348 · motif

· motif · 44775357–44775372 · motif

· motif · 44775413–44775425 · motif

· motif · 44775415–44775422 · motif

· motif · 44775460–44775473 · motif

· motif · 44775460–44775473 · motif

· motif · 44775526–44775536 · motif

· motif · 44775562–44775582 · motif

· motif · 44775565–44775573 · motif

· motif · 44775568–44775588 · motif

· motif · 44775690–44775700 · motif

· motif · 44775754–44775767 · motif

· motif · 44775754–44775767 · motif

· motif · 44775796–44775811 · motif

· motif · 44775824–44775840 · motif

· motif · 44775824–44775840 · motif

· motif · 44775860–44775869 · motif

· motif · 44775860–44775869 · motif

· motif · 44776098–44776109 · motif

· motif · 44776098–44776109 · motif

· motif · 44776100–44776109 · motif

· motif · 44776904–44776916 · motif

· motif · 44776906–44776913 · motif

· motif · 44776906–44776921 · motif

· motif · 44777321–44777328 · motif

· motif · 44778831–44778844 · motif

· motif · 44779034–44779042 · motif

· motif · 44779135–44779147 · motif

· motif · 44779580–44779595 · motif

· motif · 44779585–44779597 · motif

· motif · 44779588–44779595 · motif

· motif · 44780161–44780176 · motif

· motif · 44780161–44780176 · motif

· motif · 44780731–44780741 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORD46 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000364043 ★snoRNA104 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleolus

SNORD46 的位置被預測在核仁;此為推定定位,資料未提供實驗確認、條件變化或異構型差異,也未指出夥伴分子的定位。

深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SNORD46 預測可能參與 RNA 加工,並預測位於核仁;這些描述屬於預測性資訊,未提供具體加工步驟或定位驗證。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位SNORD46 預測位於核仁;此定位資訊屬預測,未附帶實驗確認或其他條件說明。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000364043 · 104 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AAGTAGGGTGATGAAAAAGAATCCTTAGGCGTGGTTGTGG40
41CCGTCTTGGTCACCTGTGTGCCACTTGCCAATGCAAGGAC80
81TTGTCATAGTTACACTGACTGTTG104

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。