演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORD45AU45a

small nucleolar RNA, C/D box 45A

SNORD45A 是一種 C/D box 小核仁 RNA;資料預測它可能參與 RNA 加工,並位於核仁。

Homo sapiens1p31.1
OFFICIAL SYMBOL
SNORD45A
CHROMOSOME
1
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORD45A(small nucleolar RNA, C/D box 45A)屬於非編碼 RNA,名稱指出它是 C/D box 小核仁 RNA。現有資料將其歸為 RNA,而非蛋白質產物;資料未提供其序列、長度或更詳細的結構資訊。根據目前的預測註記,SNORD45A 可能參與 RNA 加工,並可能位於核仁。

Official symbol
SNORD45A
Gene name
small nucleolar RNA, C/D box 45A
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10184
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U45aRNU45A

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11p31.1
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegSNORD45Apq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr1:75,787,889–75,787,972
Gene span
84 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000384512 ★75,787,889–75,787,9721

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前資料預測 SNORD45A 可能參與 RNA 加工。這項資訊描述的是預測中的功能關聯,並未具體指出它參與哪一種 RNA 加工步驟,也沒有提供作用機制或實驗條件,因此不能據此判定其直接分子作用或確切功能。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 75787889 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORD45A ENST00000384512 GRCh38 chr1:75786889-75787989 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TAAGCAAGAATTCGCTTGCAAGTTAAGGGTTAGATTTTTTTATTTTTTAAAAATATGCTTTCTGCCACAT
GTAAACCGTAAGTTGTCCTGAAATGATAAGCTTTGATATTCTATGGTGTTTATTTTTTACTTATCTTTTT
GAATGAAAAGTGAACAACAAGAAATGCTGGTGGTAATTTTTTGGGTCAATGATGAGTTGGCATGTATTCT
GAATCTAAAGTTGATTATTACTACTTTAGCTCTAGAATTACTCTGAGACCTGAAAATTACCTGAATCGTG
ACTAAGACGAAGCCTGAATGATTTAAGTTCTTTTTTGTTGGATACAATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTT
GGTTTTGTTTTTGAGTCGGTCTCCGGTCGCCCAGGATGGAGTGCAGTGACACAACCTCAGTTCACTGCAG
CCTTAATTTCCCTGGCTCAAGCGATCTTCTACCTCAGCCTCCCTAGTTAGTTACAATTTTTAAATGGAAC
GTTTTCCTATTACAAGATGAAATCAAGTGAAAATTGAGATGTATGTTGAATCTATGCTGTGGGGCAGAAG
AACGTTGTAGAGGTAAACATTGATGAGATTACCACTTTATTTTGAAAGGGCACTCCACAGAAGGATGTTA
TTATCAAGTCAGATGCACCGGACACTTTGTTATTGGAGAAACATGCAGATTATATCGCATCCTATGGCTC
AAAGAAAGATGATTATGTATGTATAATTTTTTTATGTTGGAAAGTTTATTTTAAAGAAGTGTGACAGTCA
TAAGCAGTGAGACAGTATTTATGTCTTAAAATGGCATCCAACTCCATGCAGAGAACTGAGGATGTGCTGT
GCCTTTGAACTTCAGTTAAGTGTGCTTTGGACGTCTGAGGCTGTGGGCTTATTAGAATCTCAGTTTTTAC
CTATACTGAGAGGGCTTGCCAGACAAAGTAGATGAGGGTTTGAGGTACAAAACGGGTTTCTCTTTTTGTA
GTTAGGGGTAATACTTTCAAGGTCAATGATGTGTTGGCATGTATTATCTGAATCTATTGCTGATGTGTAA
TAACACTTTAGCTCTAGAATTACTCTGAGACCTTGAAAAAGTTTTACCTTA
SNORD45A 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_93546D · enhancer · 75784411–75784740 · regulatory

ENSR1_BK34F · promoter · 75785741–75786266 · regulatory

ENSR1_BK34H · enhancer · 75786267–75786935 · regulatory

ENSR1_8486DD · enhancer · 75787222–75787376 · regulatory

ENSR1_93547B · enhancer · 75787584–75787937 · regulatory

ENSR1_BK355 · enhancer · 75790650–75791385 · regulatory

· motif · 75784208–75784219 · motif

· motif · 75784484–75784501 · motif

· motif · 75784490–75784507 · motif

· motif · 75784568–75784574 · motif

· motif · 75784850–75784858 · motif

· motif · 75786068–75786083 · motif

· motif · 75786068–75786083 · motif

· motif · 75786206–75786217 · motif

· motif · 75786206–75786217 · motif

· motif · 75786411–75786423 · motif

· motif · 75786413–75786428 · motif

· motif · 75786427–75786438 · motif

· motif · 75786669–75786678 · motif

· motif · 75786669–75786680 · motif

· motif · 75786669–75786680 · motif

· motif · 75789480–75789493 · motif

· motif · 75789480–75789493 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORD45A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000384512 ★snoRNA84 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleolus

資料預測 SNORD45A 位於核仁;此為預測定位,未提供驗證結果、不同條件下的變化或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SNORD45A 預測可能參與 RNA 加工,並預測位於核仁;資料未進一步說明相關加工步驟或定位依據。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位SNORD45A 預測位於核仁;此定位屬預測,未提供驗證方式或其他條件資訊。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000384512 · 84 nt · GRCh38
完整非編碼 RNA 轉錄本的參考序列。
1GGTCAATGATGTGTTGGCATGTATTATCTGAATCTATTGC40
41TGATGTGTAATAACACTTTAGCTCTAGAATTACTCTGAGA80
81CCTT84

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。