基因總覽
SNORD45A(small nucleolar RNA, C/D box 45A)屬於非編碼 RNA,名稱指出它是 C/D box 小核仁 RNA。現有資料將其歸為 RNA,而非蛋白質產物;資料未提供其序列、長度或更詳細的結構資訊。根據目前的預測註記,SNORD45A 可能參與 RNA 加工,並可能位於核仁。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384512 ★ | 75,787,889–75,787,972 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料預測 SNORD45A 可能參與 RNA 加工。這項資訊描述的是預測中的功能關聯,並未具體指出它參與哪一種 RNA 加工步驟,也沒有提供作用機制或實驗條件,因此不能據此判定其直接分子作用或確切功能。
Promoter 與基因調控
>SNORD45A ENST00000384512 GRCh38 chr1:75786889-75787989 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TAAGCAAGAATTCGCTTGCAAGTTAAGGGTTAGATTTTTTTATTTTTTAAAAATATGCTTTCTGCCACAT GTAAACCGTAAGTTGTCCTGAAATGATAAGCTTTGATATTCTATGGTGTTTATTTTTTACTTATCTTTTT GAATGAAAAGTGAACAACAAGAAATGCTGGTGGTAATTTTTTGGGTCAATGATGAGTTGGCATGTATTCT GAATCTAAAGTTGATTATTACTACTTTAGCTCTAGAATTACTCTGAGACCTGAAAATTACCTGAATCGTG ACTAAGACGAAGCCTGAATGATTTAAGTTCTTTTTTGTTGGATACAATTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTT GGTTTTGTTTTTGAGTCGGTCTCCGGTCGCCCAGGATGGAGTGCAGTGACACAACCTCAGTTCACTGCAG CCTTAATTTCCCTGGCTCAAGCGATCTTCTACCTCAGCCTCCCTAGTTAGTTACAATTTTTAAATGGAAC GTTTTCCTATTACAAGATGAAATCAAGTGAAAATTGAGATGTATGTTGAATCTATGCTGTGGGGCAGAAG AACGTTGTAGAGGTAAACATTGATGAGATTACCACTTTATTTTGAAAGGGCACTCCACAGAAGGATGTTA TTATCAAGTCAGATGCACCGGACACTTTGTTATTGGAGAAACATGCAGATTATATCGCATCCTATGGCTC AAAGAAAGATGATTATGTATGTATAATTTTTTTATGTTGGAAAGTTTATTTTAAAGAAGTGTGACAGTCA TAAGCAGTGAGACAGTATTTATGTCTTAAAATGGCATCCAACTCCATGCAGAGAACTGAGGATGTGCTGT GCCTTTGAACTTCAGTTAAGTGTGCTTTGGACGTCTGAGGCTGTGGGCTTATTAGAATCTCAGTTTTTAC CTATACTGAGAGGGCTTGCCAGACAAAGTAGATGAGGGTTTGAGGTACAAAACGGGTTTCTCTTTTTGTA GTTAGGGGTAATACTTTCAAGGTCAATGATGTGTTGGCATGTATTATCTGAATCTATTGCTGATGTGTAA TAACACTTTAGCTCTAGAATTACTCTGAGACCTTGAAAAAGTTTTACCTTA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_93546D · enhancer · 75784411–75784740 · regulatory
ENSR1_BK34F · promoter · 75785741–75786266 · regulatory
ENSR1_BK34H · enhancer · 75786267–75786935 · regulatory
ENSR1_8486DD · enhancer · 75787222–75787376 · regulatory
ENSR1_93547B · enhancer · 75787584–75787937 · regulatory
ENSR1_BK355 · enhancer · 75790650–75791385 · regulatory
· motif · 75784208–75784219 · motif
· motif · 75784484–75784501 · motif
· motif · 75784490–75784507 · motif
· motif · 75784568–75784574 · motif
· motif · 75784850–75784858 · motif
· motif · 75786068–75786083 · motif
· motif · 75786068–75786083 · motif
· motif · 75786206–75786217 · motif
· motif · 75786206–75786217 · motif
· motif · 75786411–75786423 · motif
· motif · 75786413–75786428 · motif
· motif · 75786427–75786438 · motif
· motif · 75786669–75786678 · motif
· motif · 75786669–75786680 · motif
· motif · 75786669–75786680 · motif
· motif · 75789480–75789493 · motif
· motif · 75789480–75789493 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD45A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384512 ★ | snoRNA | 84 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
資料預測 SNORD45A 位於核仁;此為預測定位,未提供驗證結果、不同條件下的變化或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
DNA 與 RNA 序列
GGTCAATGATGTGTTGGCATGTATTATCTGAATCTATTGC40TGATGTGTAATAACACTTTAGCTCTAGAATTACTCTGAGA80CCTT84cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。