基因總覽
SNORD43 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 43。登錄類型為 RNA, small nucleolar。此基因座位於 22q13.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000583861 ★ | 39,319,050–39,319,113 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SNORD43 ENST00000583861 GRCh38 chr22:39319013-39320113 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGCATTAGCATGGGAGAAATGGCAGAGATAGGGCTTGAGGGAGGGATGCCCGAGATTAAAGGTATTAAA GGTAAATTGGTGTCGCCGCAAAACCAGCGTGGGAGCCAGGAAACGAGAGTTTCAGTCTTTCTTCGCTAAT TCCAGAGATAGCTGCATATCACAGGAGGAGAAGCGACGCAGCCATTTTTCTTCGTTATTATCAAATTTGG CTGCTGCCGGACGCCGTAGATTTGTGGCTCACCCACCCTTAGCCCACCTCTCCGCGGCTTTTCACTAAGT TTGAACCCGACCCCTCGCCGTAGAGTGTGTAATTTCTGTCTCCGAAGCTGACGTCAACTTCTGAACGAAA GCTAGGAGCGGAAGAGCGTGCGTGGAAATGGCGCTCGGTACGTGCCCCCGACCTGTCGTCTGCCGCGGGG GCGCGCTCGCACGCCGGAAGGGGCGGGGCCAGATTTGGCTTTATATAGCGGACCCGTAAGGCCGACCGGC CTCTACCGGCGGGATTTGATGGCGTGATGGTATGTGTTGTAATGGCGGCCGTTTCATTGTCACCGGCGTC GGCACGGCTGAATCCGCGACGCATCGCCGCCATCCCGTCTTGGCCGGCGCCGGGGGTTTGCTTTAGGGGC ACGGGCGACCCAGCGGGGACTTCAGTCTGGCCTATTTTCTGGAAAGTCGAGAGGCTTGTGAAGAGCGCTT GGAGGACTGGCTTTGGGCCTGCAGGTCGGCCAGAGAGAGGCCGTAAGGGTGGGAGCAGGCTTGGAGGCCC GGCGTTTTTAAAGCCATGAGTCATTTCTAAGTTTCGACCTCACCAATTCTATCATTAGTTGGGATTAGGG CCCATAACCTGCTTGTCTGGGTAGAAGGACCTTGGGTGGAGGTTCTCGGCGCCGTTCTCATTGGGAGGTA AAGAAGCTTGGGGGAGGGGAGTGTTGTGGAGTCCTCCTGAATATCTGGGGCCGCTGGTGCACTCCGAAGG CCTCTGGAGCTCGCAGAAACCACAGATGATGAACTTATTGACGGGCGGACAGAAACTGTGTGCTGATTGT CACGTTCTGATTTGGCTCTGCGGAGTTCTTTGGCCTGTGTGTATCAGTGTA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR22_5C8N85 · CTCF_binding_site · 39314824–39314845 · regulatory
ENSR22_5C8NJ9 · CTCF_binding_site · 39316584–39316605 · regulatory
ENSR22_5C8NM3 · CTCF_binding_site · 39317186–39317207 · regulatory
ENSR22_9KLCZ · promoter · 39318604–39319104 · regulatory
ENSR22_5C8P39 · CTCF_binding_site · 39319611–39319632 · regulatory
ENSR22_9KLD9 · promoter · 39319613–39320113 · regulatory
ENSR22_5C8P6T · CTCF_binding_site · 39320382–39320403 · regulatory
· motif · 39314826–39314842 · motif
· motif · 39315374–39315387 · motif
· motif · 39316525–39316533 · motif
· motif · 39316586–39316602 · motif
· motif · 39317188–39317204 · motif
· motif · 39318201–39318212 · motif
· motif · 39318259–39318273 · motif
· motif · 39318259–39318273 · motif
· motif · 39318431–39318439 · motif
· motif · 39318593–39318604 · motif
· motif · 39318675–39318686 · motif
· motif · 39318900–39318913 · motif
· motif · 39319109–39319117 · motif
· motif · 39319109–39319126 · motif
· motif · 39319320–39319328 · motif
· motif · 39319574–39319584 · motif
· motif · 39319613–39319629 · motif
· motif · 39319665–39319675 · motif
· motif · 39319672–39319681 · motif
· motif · 39319689–39319702 · motif
· motif · 39319728–39319738 · motif
· motif · 39319740–39319751 · motif
· motif · 39320014–39320031 · motif
· motif · 39320131–39320143 · motif
· motif · 39320161–39320176 · motif
· motif · 39320384–39320400 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD43 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000583861 ★ | snoRNA | 64 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
CACAGATGATGAACTTATTGACGGGCGGACAGAAACTGTG40TGCTGATTGTCACGTTCTGATTTG64cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。