演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORD41U41

small nucleolar RNA, C/D box 41

SNORD41 是一種非編碼小核仁 RNA;目前資料預測它可能參與 RNA 加工,並位於核仁。

Homo sapiens19p13.13
OFFICIAL SYMBOL
SNORD41
CHROMOSOME
19
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORD41 的正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 41,屬於非編碼 RNA,並歸入小核仁 RNA。它不是蛋白質編碼基因,因此現有資料不支持以蛋白質結構或胺基酸序列描述其產物。名稱指出它屬於 C/D box 類小核仁 RNA;不過,提供的資料未進一步說明其序列特徵、分子結構或家族成員關係。關於其細胞內位置與生物學角色,目前來源提供的是預測性資訊,而非已確立的實驗結論。

Official symbol
SNORD41
Gene name
small nucleolar RNA, C/D box 41
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10179
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U41RNU41

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919p13.13
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25SNORD41pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr19:12,706,449–12,706,518
Gene span
70 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000386967 ★12,706,449–12,706,5181

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前資料預測 SNORD41 可能參與 RNA 加工,但未說明它作用於哪一類 RNA、涉及何種加工步驟,或透過什麼分子方式發揮作用。由於這項功能描述具有預測性,不能據此視為已確認的作用機制或實驗結果。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 12706518 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORD41 ENST00000386967 GRCh38 chr19:12706418-12707518 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAACTCACAAACATCTTAAGAACTGTTTC
AAATGCAAAGTGCTTTTATTCCATTTGGGTCACTGCTGCCCCATAAAACCCCACTCACTATGTAACGGAG
CCAATTTTGAATTAACACATGAATTCAATTAACACATGAATTAATGCATGAATTGAATTAACGCAATAAC
ACGGAGCTCTTTGGCTGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAGGGCGGGTG
GATCACGAGGTCAGGAGACTGAGACCATCTTGGTCAACATGGTAAAACCCTGTCTCTACTGAAAATATAA
AAAATTCCCCGGGCATTGTGGCAGAGGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGT
TTGAACCAGGAGGTGAAGGTTGCGGTGAGCCATGATCGTACCACTGCGCCCCAGCCTGGGCGACAGAGCG
AGACTCTGCCTCAAAAAAAAATAAAGATAACCCGGGGCTTTGGGATGAGAGGCTTCTGTTGTTTCCCCTC
CTGTGCCTGCCTTTACCTGGCTCTGTGAAATGAGTCTGGGCCAGTGATTTAAACTCTAAGCCTCAGTTTC
CCTATATGTTGTGTGCGGCTGACTCTTCTCTCCATACGGTGGGTGTGGCTGGGCCCAATCAAACTGCCCC
CTCTTGGTTCCCTTTCCTTGTAGGCTGCATGCAGGGCATGGTGCCCTACCTGCCTGAGCTGATCCCGCAC
CTGATCCAGTGCCTGTCGGATAAGAAGGCCTTGGTCCGCTCCATCGCCTGCTGGACGCTGAGCCGCTATG
CCCACTGGGTGGTCAGCCAGCCACCCGACATGCACCTCAAGCCCCTGATGACAGAGCTGCTCAAACGCAT
CCTGGATGGCAACAAGAGGGTACAGGAGGCGGCCTGCAGGTGACCCTGGACCCCTGATCCCACAGCCCCC
ACTCTCCCCCGGCCACCCTCTGGGAAGTGATGACACCTGTGACTGTTGATGTGGAACTGATTTATCGCGT
ATTCGTACTGGCTGATCCTGAGTTGCCCTCCCCAACTGCCCATGGCCCAGT
SNORD41 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

· motif · 12703103–12703113 · motif

· motif · 12703318–12703331 · motif

· motif · 12703318–12703331 · motif

· motif · 12703364–12703374 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORD41 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000386967 ★snoRNA70 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleolus

SNORD41 被預測位於核仁;來源未提供定位變化的條件、細胞狀態差異或異構型資訊。 此處描述的是 SNORD41 本身的預測位置,未涉及其他分子的定位。

深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SNORD41 預測可能參與 RNA 加工,也預測位於核仁;這些內容屬於預測性描述,來源未提供實驗驗證、具體加工步驟或作用機制。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位SNORD41 預測位於核仁;此定位為預測性描述,來源未提供實驗驗證或其他定位條件。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000386967 · 70 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1TGGGAAGTGATGACACCTGTGACTGTTGATGTGGAACTGA40
41TTTATCGCGTATTCGTACTGGCTGATCCTG70

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。