基因總覽
SNORD37(small nucleolar RNA, C/D box 37)屬於非編碼 RNA,名稱指出它是 C/D box 類的小核仁 RNA。現有資料未提供其序列、長度或更細部的結構資訊,因此無法進一步描述分子結構。資料將它列為一種 RNA,並預測其可能參與 RNA processing;這項功能描述仍屬預測,不能視為已確立的作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384048 ★ | 3,982,507–3,982,572 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
資料預測 SNORD37 可能參與 RNA processing。這項描述提供了其可能涉及的生物學過程,但沒有說明它作用於哪一類 RNA、如何參與處理,或會造成何種分子層級的變化,因此不能據此推定具體作用機制。
同一資料也預測 SNORD37 位於核仁。由於功能與定位資訊均以預測形式提供,現有內容不足以確認其參與 RNA processing 的方式,亦未指出這項可能功能是否只發生於核仁。
Promoter 與基因調控
>SNORD37 ENST00000384048 GRCh38 chr19:3982472-3983572 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTGAGTCAGGTGTGATGAATCTTGGGACCAAGTCGGTGGGGCAGGATGTCTGGTCAGGAGGGCTCTGAG GATCTGGCTATGGGGCTGGTACCAGGAGTTCCCTGTCATGGGGGTGGCATGTCTCGGACAGAGGCAAAGG ACAAGGGTGGGTTGGCTCTTGTGGGAGCCTCTCCAGGGATGAGTCATGGAGGGAGGAGCAGCCTGGCTTC TGACAGCATCCCAGACTCCCTGGGCCAGGTGTGTGGCTCCTGTCCCCCTGACGAGTCCCTCCCTCCATCA GTGCCATCTCCCTCTTCTACGAGCTCTCGGAGAATGACTTGAACTTCATCAAGCAGAGCAAGGACGGTGC CGGCTTCCTCATCAACCTCATTGACTCCCCCGGGCATGTCGACTTCTCCTCGGAGGTGACTGCTGCCCTC CGAGTCACCGATGGCGCATTGGTGGTGGTGGACTGCGTGTCAGGTAAGCAGTGGGTCCCCCTGAGGCACG GCCTGGAACCGGGGGCCATCCTTGCTTGAGGATGACAGCGCCGCCCTGTCCCCCGTGTCCCCAGGCGTGT GCGTGCAGACGGAGACAGTGCTGCGGCAGGCCATTGCCGAGCGCATCAAGCCTGTGCTGATGATGAACAA GATGGACCGCGCCCTGCTGGAGCTGCAGCTGGAGCCCGAGGAGCTCTACCAGACTTTCCAGCGCATCGTG GAGAACGTGAACGTCATCATCTCCACCTACGGCGAGGGCGAGAGCGGCCCCATGGGCAACATCATGGTAC GGCCCTCCCTAGCTGGGTGGTGGGCTTGCCGCAGCGGGATCTGCAGGAGCCGGTGGGGAGTGGAGTTGAG CTGAGGGGGACTGGAAGTGTGTTTTTGCCAGGAATGTTGGGTGACAGAGAAGGGGGCTGGAATGTTTTCA TCCGACTTGACCCAGCCCTTGATCTTTGGGCAGCTGGAAGAGACGAGCTCAGGGAACGCTGCCCTGGGTG GTGGAGGGGCTGGCCCCCCTATTCGTGATGACTGATCATTTCTTCACTTTGACCAGATGTCTACTGAAGA AAGCCTGCGTCTGAGGCCCATGCCCAAGGCGCCCAGCCCGTAGCTTCAGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_856C6 · enhancer · 3981496–3981674 · regulatory
ENSR19_93KP9 · promoter · 3985453–3985953 · regulatory
ENSR19_5XBLK · CTCF_binding_site · 3986826–3986847 · regulatory
ENSR19_CDNG · enhancer · 3986954–3988461 · regulatory
· motif · 3983386–3983394 · motif
· motif · 3984110–3984124 · motif
· motif · 3984169–3984178 · motif
· motif · 3984169–3984180 · motif
· motif · 3984169–3984180 · motif
· motif · 3984180–3984196 · motif
· motif · 3984541–3984554 · motif
· motif · 3984541–3984554 · motif
· motif · 3985028–3985043 · motif
· motif · 3985073–3985090 · motif
· motif · 3985083–3985093 · motif
· motif · 3985220–3985230 · motif
· motif · 3985466–3985479 · motif
· motif · 3985466–3985479 · motif
· motif · 3985553–3985564 · motif
· motif · 3985553–3985564 · motif
· motif · 3985566–3985576 · motif
· motif · 3985598–3985609 · motif
· motif · 3985638–3985648 · motif
· motif · 3985825–3985834 · motif
· motif · 3986436–3986445 · motif
· motif · 3986476–3986498 · motif
· motif · 3986476–3986498 · motif
· motif · 3986828–3986844 · motif
· motif · 3986925–3986936 · motif
· motif · 3986925–3986936 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD37 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384048 ★ | snoRNA | 66 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORD37 被預測位於核仁;現有資料未提供其他定位或動態變化資訊。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNORD37 被預測可能參與 RNA processing,並被預測位於核仁;這些描述屬預測性資訊,未提供作用機制或定位變化的細節。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | SNORD37 被預測位於核仁;此定位屬預測,資料未提供其他定位細節。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
ATTCGTGATGACTGATCATTTCTTCACTTTGACCAGATGT40CTACTGAAGAAAGCCTGCGTCTGAGG66cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。