基因總覽
SNORD20(small nucleolar RNA, C/D box 20)屬於非編碼 RNA,名稱指出它歸於 C/D box 小核仁 RNA 類別。現有資料將其辨識為 RNA,而非蛋白質;因此不以蛋白質結構或胺基酸特徵描述。來源提供的基本資訊有限,未進一步說明其 RNA 序列、結構細節或其他家族特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384550 ★ | 231,456,444–231,456,523 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料預測 SNORD20 可能參與 RNA 加工。這項功能描述屬於預測性資訊,並未提供可確認其作用方式或具體參與步驟的細節,因此不能據此判定它直接催化 RNA 加工,或指定其影響的 RNA 類型與加工階段。
Promoter 與基因調控
>SNORD20 ENST00000384550 GRCh38 chr2:231456423-231457523 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAAGGACATGATACCCCAAGTCATACTCTTATTTGGAATAGTAATTTCCAATCTTGAATGAGAGCTCTAA AATCATTTTGCATTGGAATACAGTAGGCAAATCAAGCTTCCTTTGTAGGCATGTTTTATACTTTAAATGA CTTGACCATGTGCGTTTTGAACTCAGATGATTCTAGGAAAACAGACCAGTCATCAGCCTATGTAAGAACA ACCAGCAGGACATTGCAACACGTACTAGGTACTTAATATGTTGAGTAACAGAAATGGATTTAGCTTACGT CATGAGTATTTGTATATTAACTCAAGCACTGAAATTCTTAGGAATAAGATATTACTGTTGTGACCGAAGC TGGGAACCACTGTTTCAGAGTCTTAGGAATGTGGCATCTCTATTTGCAGGTGAATCAAAAACTCTGGTTT TAAGCAACCTCTCCTACAGTGCAACAGAAGAAACTCTTCAGGAAGTATTTGAGAAAGCAACTTTTATCAA AGTACCCCAGAACCAAAATGGCAAATCTAAAGGGTAAGATAATACCTTTGTATCATCAGTTATAGGCTAT ATATGTCTTAGAGGTCTAAAGGAACGTAAGGTCATGTGATCCTGTCAGAAAAGCCAAATAATTTTAGCTA CGTAAATGAGTGTAAAATAAAGATCATCATTTAGGTACCAACTTGAGAGAAGGGGCTTGGCAGCATCATG TGACAGTGAAGGAGCATGTGCCTGGTAACTTACTCTAAGCATTAACTGTTCATCCTCAGGTATGCATTTA TAGAGTTTGCTTCATTCGAAGACGCTAAAGAAGCTTTAAATTCCTGTAATAAAAGGGAAATTGAGGGCAG AGCAATCAGGCTGGAGTTGCAAGGACCCAGGGGATCACCTAATGCCAGAAGCCGTAAGTTCACCTGGTTA GGGTGCTGTGGTTGGGGGTAGCACTCTCGGTGCTTTGTTTATTTTTTGCACAAATTCTGTGTTTCCTGTT GCTACTGAGTGAACAATAACTGGATATGATGACTGATTACCTGAGAAATAATTGATGAAATCTCAAGAAA ATTCCTCTAGATAGTCAAGTTCTGATCCAGCTGTGTCAACTCAGAGTAGCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_95DTF3 · promoter · 231451705–231452205 · regulatory
ENSR2_542FTKR · CTCF_binding_site · 231452152–231452173 · regulatory
ENSR2_B3NX7M · enhancer · 231452206–231453216 · regulatory
ENSR2_95DTFH · promoter · 231453217–231453717 · regulatory
· motif · 231452154–231452170 · motif
· motif · 231454715–231454726 · motif
· motif · 231459596–231459607 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD20 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384550 ★ | snoRNA | 80 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
資料預測 SNORD20 位於核仁;此定位屬預測,來源未提供實驗驗證、條件差異或細胞內動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 資料預測 SNORD20 可能參與 RNA 加工,並位於核仁;這些描述具有預測性,未提供進一步的作用機制或定位驗證資訊。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | 資料預測 SNORD20 位於核仁;來源未提供此定位的實驗驗證或其他條件資訊。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
TGGATATGATGACTGATTACCTGAGAAATAATTGATGAAA40TCTCAAGAAAATTCCTCTAGATAGTCAAGTTCTGATCCAG80cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。