基因總覽
SNORA74A 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 small nucleolar RNA, H/ACA box 74A。來源記錄的類型為 RNA, small nucleolar。此基因座位於 5q31.2。目前可用來源提供名稱、分類與基因座資料,尚未提供可採用的功能敘述;功能與產物資訊依後續取得的來源註解補充。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000364089 ★ | 139,278,781–139,278,978 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SNORA74A ENST00000364089 GRCh38 chr5:139277781-139278881 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AATTGACAGTAATTGTATATGTTATATGGGGTACAACATGAGGTTTTCATACATGTTTACATTGTGGAAT GAGTAAATCATGCTAGTTAACACATCTAGCACCTCACATACTTATATTTTGTTGTGGTGAAAACATTTAG TATCTTTTAGCAATTTTGAAATATACAGGCCAGGCACGGTGGCTCGCACCTGTATTCCCAGCACTTTGGG AGGCTGAGGTGGGAGGATCATTTGAACCCAGGAGTTTGAGACAAGCCTGGGCAACAGAAAGAGATCTCAT CTCTATAAAAAACAAAAAAGAAATTAGGTGGGTGTGTTGGCATGCACCTGTAGTCCCAGCTGCTTGGGAG GCTAAGCTGGGAGGATCACTTGACCCAGGAGATTGAGACTACAGTGAACCATGGTCATGCCACTGCACTC AGTCTAGACAGAGTGAGACCCTATCTCAAAAAATATATATATATATATACACACACACACACAATGCATT GCTATTTATTATATTCTGTGTACTAGATCACTAAGTTTGCTTGTCTTCCTTTTTAGGATGACTTGAAAGT AGGGCATCCTTCACCCATCTGAAGGGAGGAAATAGTGGCAGGTGACAGTCTGCATGTGCAGTTTTCAGGT AAATATCCCTATTCATTCCAACATTGACTACCTCCTCTGTGCCAGGCCTGTGGGCTAGTTGGTATCTATC AGGAAACAAATGGGAGGTAAATTAACCTGTATTTGTAAGATCCATGAAGGAAAGGACAATATATCTTGTT TTATTCACTGCTAGATCCCAATCGCAGTGCTTGGCACATGGCAGGACCTCCCTGAATGTTGCATAAAACA ACTGAAAACACAGAAGGGGATTCCTGTTAAAGGGTTTGACAACAGGGTCTGCAATTAGTGCTTCCACGCC TGTTTTGCAGTCAATATTCAACTGATACGTCTTCTACCTGGAGTGCCTAGGTATCTGAAACAAATAATGA GAAAGCTGTTTCAGGAATCATCCAGCGGTTGTCAGCTATCCAGGCTCATGTGGTGCCTGTGATGGTGTTA CACTGTTGGAAGAGCAAACACTGTCTTTATTGAGGTTTGGCTCCAAGCACT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_B32M9J · promoter · 139273262–139274141 · regulatory
ENSR5_537QH2K · CTCF_binding_site · 139274109–139274130 · regulatory
ENSR5_B32M9N · enhancer · 139274142–139275123 · regulatory
ENSR5_537QH39 · CTCF_binding_site · 139274260–139274281 · regulatory
ENSR5_CHS5X · enhancer · 139275394–139276764 · regulatory
ENSR5_B32MBB · enhancer · 139278563–139279330 · regulatory
ENSR5_9439M9 · enhancer · 139281030–139281382 · regulatory
ENSR5_9439MG · enhancer · 139281617–139281973 · regulatory
ENSR5_864KB7 · enhancer · 139282257–139282434 · regulatory
ENSR5_9439N2 · enhancer · 139283686–139283954 · regulatory
· motif · 139273792–139273805 · motif
· motif · 139273967–139273980 · motif
· motif · 139273967–139273984 · motif
· motif · 139274024–139274036 · motif
· motif · 139274026–139274033 · motif
· motif · 139274026–139274039 · motif
· motif · 139274036–139274046 · motif
· motif · 139274051–139274061 · motif
· motif · 139274071–139274081 · motif
· motif · 139274099–139274112 · motif
· motif · 139274111–139274127 · motif
· motif · 139274151–139274160 · motif
· motif · 139274151–139274160 · motif
· motif · 139274151–139274160 · motif
· motif · 139274151–139274160 · motif
· motif · 139274262–139274278 · motif
· motif · 139274355–139274368 · motif
· motif · 139274355–139274368 · motif
· motif · 139274497–139274508 · motif
· motif · 139274509–139274520 · motif
· motif · 139274793–139274808 · motif
· motif · 139276690–139276702 · motif
· motif · 139279982–139279993 · motif
· motif · 139281311–139281324 · motif
· motif · 139281627–139281639 · motif
· motif · 139281629–139281644 · motif
· motif · 139281631–139281646 · motif
· motif · 139281836–139281847 · motif
· motif · 139282055–139282068 · motif
· motif · 139282055–139282068 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORA74A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000364089 ★ | snoRNA | 198 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
TCCAGCGGTTGTCAGCTATCCAGGCTCATGTGGTGCCTGT40GATGGTGTTACACTGTTGGAAGAGCAAACACTGTCTTTAT80TGAGGTTTGGCTCCAAGCACTGTTTTGGTGTTGTAGCTGA120GTACCTTTGGGCAGTGTTTTGCACCTCTGAGAGTGGAATG160ACTCCTGTGGAGTTGATCCTAGTCTGGGTGCAAACAAT198cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。