基因總覽
SNORA71A(small nucleolar RNA, H/ACA box 71A)屬於非編碼 RNA,名稱指出它是 H/ACA box 類的小核仁 RNA。現有資料將其列為 RNA,而非蛋白質產物;可據此確認其分子類型與家族分類,但未提供序列、結構細節或異構型資訊。資料預測 SNORA71A 可能參與 RNA 加工,並可能位於核仁;這些描述具有預測性,並非已確證的功能或定位。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000364729 ★ | 38,427,309–38,427,442 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料預測 SNORA71A 可能參與 RNA 加工,但未提供其作用方式、加工的 RNA 類型或參與的具體步驟。因此,現有資訊僅支持將 RNA 加工列為可能相關的生物學過程,無法進一步說明 SNORA71A 在其中的分子機制或功能影響。
Promoter 與基因調控
>SNORA71A ENST00000364729 GRCh38 chr20:38427342-38428442 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATCTCTGGAATTTTGGCTTTTTGCACCCTGTAAAGTCACGTCCCCTTTTTTTCTGGTGCTTTGGTGGTGA CGTAGGGAGAGGTGAGGATGAGAAGAGGAGCCATGTCCTATGGATTCCCAGATCCAGACTCCTCTTCCCT GGGAAAGCTGGATTGGAGCTGGCCCCTCCTTCTGTGCCTTCAGGGGCTGTGGAGGAGGAGGCCCCTGCAG GGAGCTGCCTGGGGCGAGCGCTGGGGGCTTTTCCTGCAGTGCATTAGCAGCATGTCATAATGGAAAGTGG CTGGATTTCTTTCCAGTTGTAATCAATGGTTAAGATTTAACCTAGCAACATTGTAGGGGTACACAGCCAA ATGATTCAGGAAAAAAGATGCAGGTTGAGTCTGGAGGAATCCCTGTGCCAGCTTCCTCATGCTCCCTCCC TCTCTCAGAAATCACATGGAACCCATTCTCCCCTCAGCAGTGAAAATGCATTCAGCCTGTGTGCAGTGTT TCTGCCCAGGGAAGCCCAGTAGGGCCTCCATGCCCGGGGTGTTTACTGGGATCTGGTTATGTAGACACCA CCTGCCTAGCACGCACCAAAATTCCAGACTTTCAGGAAAACAGGTGCCTGTGCCACATTATTTGCACGGA GAGACTGTGTCCAGTGAACGGTTCTGATCAGTAAACTGTTGACTAGGAACATCCCGAGAGCCAAGTTCCC AGATGCCAGCCAAGGGCCATCTGACCTGTTTTGAATCTCAATTTCCTGATACAGAAAACAAAGGTAGGGC ATAATTGATTTTTACAGACGTGACCCCATGATCCTGCTCTCTAGTCCCCAGATTTTTCCAGGGCTTTTGT CAGAGGTGTTTCCCCTTTGATTCCCCTTGGTGGTTAGGTTTTATGGGATTTTACAGGACAGATGGCAGCT GCAGGAGTCTTGTACTGTCCCTGACTTGGGTCATCCCACAGGCCCTGGCACCATCCTCCTGCCCTTCCTG GCTCTCCTGTCTGTTTCTGCTCCTGCATCCGAAAGTGATCATAGGCTGCCTGTGCCTAGGTCATTGATAG TGCAGGGAGAGGAACGCTGAAAGAGGTTGTCCCCGTGTTTGGAGGGTCCAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_B9LWD · enhancer · 38426051–38426882 · regulatory
ENSR20_9K8RZ · enhancer · 38426991–38427360 · regulatory
ENSR20_835HP8 · enhancer · 38431033–38431262 · regulatory
· motif · 38423154–38423168 · motif
· motif · 38427130–38427138 · motif
· motif · 38428522–38428533 · motif
· motif · 38428526–38428540 · motif
· motif · 38428994–38429008 · motif
· motif · 38428994–38429008 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORA71A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000364729 ★ | snoRNA | 134 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORA71A 預測可能位於核仁;此定位仍屬預測,資料未提供實驗確認、條件變化或不同 RNA 型態之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNORA71A 預測可能參與 RNA 加工,並預測位於核仁;這些描述為預測性資訊,未提供具體加工步驟或定位的實驗細節。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | SNORA71A 預測可能位於核仁;此定位屬預測,資料未提供實驗確認或其他定位條件。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
TCCTGCATCCGAAAGTGATCATAGGCTGCCTGTGCCTAGG40TCATTGATAGTGCAGGGAGAGGAACGCTGAAAGAGGTTGT80CCCCGTGTTTGGAGGGTCCACCCTATCCCATCCGAACCCT120GAAGCTTTCACACA134cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。