基因總覽
SNORA70(small nucleolar RNA, H/ACA box 70)是人類的非編碼 RNA,名稱標示其屬於 H/ACA box 小核仁 RNA。它不是蛋白質編碼基因;目前提供的資料未描述其 RNA 長度、序列特徵或更細緻的分子結構。資料將其基本角色概述為預測可能參與 RNA 加工,並指出其預測定位於核仁。由於上述功能與定位均為預測資訊,不能據此視為已確立的作用或細胞位置。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384436 ★ | 154,400,281–154,400,415 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNORA70 的功能摘要指出,它預測可能參與 RNA 加工。這項描述提供了其可能涉及的生物學過程,但現有資料未說明作用的 RNA 類型、加工步驟或分子機制,因此不能進一步指定其參與何種反應,也不宜將這項預測解讀為已證實的功能。
Promoter 與基因調控
>SNORA70 ENST00000384436 GRCh38 chrX:154399281-154400381 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGCCTGTTGGGCTTTCTGTGAACCTCACCTAACCTGTGTTTTTTCACTCCCCTGCAGTTACCGGTATTGT AAGAACAAGCCGTACCCAAAGTCTCGCTTCTGCCGAGGTGTCCCTGGTAAGTAGTGGAAGAGCCCCTGCA CTGGTTGGCTCTGCGGACTCCGCGTCCGTCTGTGACACCCCCTGCACACTTACCCAATCCTTTTAGATGC CAAGATTCGCATTTTTGACCTGGGGCGGAAAAAGGCAAAAGTGGATGAGTTTCCGCTTTGTGGCCACATG GTGTCAGATGAATATGAGCAGCTGTCCTCTGAAGGTAAGGCAGGATTCTTTGTTCGTCACCCCCCAGTCC TTCCTCCGTGCTCCCTCAACCCCACCCACATACACTGCACTGGAATTGGGAGTTGATGAAACATGAGCCT TACAAAACTCAGCCAACACAGTTCCCCTGAGCTGGAGATAGTCGTGGTGAATGTTTCTCTATTATCTTCT CTCACTTTGCTGCTTTTCTTCTCCCTACCTAGCCCTGGAGGCTGCCCGAATTTGTGCCAATAAGTACATG GTAAAAAGTTGTGGCAAAGATGGCTTCCATATCCGGGTGCGGCTCCACCCCTTCCACGTCATCCGCATCA ACAAGATGTTGTCCTGTGCTGGGGCTGACAGGTGAGCTTGGTCTGGGCCTTTTAAGGCAGTTGGAGTCTC TACATTATTAGGCTTGCATTATTTTATCAGAGCATAGAGGTGGCCCCAGTGACTCAGCCACTATGGCTAC TAGAAAAGCCAGGCTGGCAAGTGACTTTCAGTGGTCACTCAGGACCCCTTCCTGCAGATACAAACAAAGC ATGAGTAAGTCTTAGCAAGCTCTTCCCCACAGGTTAGGGGAAACACTGGTGATGGGAGTAGCTCTTCTTG CTTTTAGCTGAATGACAACCATCTTGCCAGCAGGTAGCTGAAGCTGGCAGAGGAGCCCAGTGGCGCCTTT TCAGTGGTTCTTGGGATGCTCCGCAGCCAATTAAGCCGACTGAGTTCCTTTCCTCATGGGGACCCAGTGT GCGATGGCTGCACACAGCAGCTTCCTTGGTAGTGTACGCAGCCTGTTGGTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_53CBJ75 · CTCF_binding_site · 154397469–154397490 · regulatory
ENSRX_9499MD · promoter · 154397887–154398387 · regulatory
ENSRX_9499MJ · enhancer · 154398388–154398827 · regulatory
ENSRX_7C45LD · promoter · 154398828–154398900 · regulatory
ENSRX_53CBJFS · CTCF_binding_site · 154398917–154398938 · regulatory
ENSRX_53CBJGQ · CTCF_binding_site · 154399113–154399134 · regulatory
· motif · 154397372–154397381 · motif
· motif · 154397447–154397456 · motif
· motif · 154397471–154397487 · motif
· motif · 154397533–154397546 · motif
· motif · 154397543–154397556 · motif
· motif · 154397698–154397711 · motif
· motif · 154398085–154398100 · motif
· motif · 154398127–154398138 · motif
· motif · 154398127–154398138 · motif
· motif · 154398129–154398138 · motif
· motif · 154398218–154398229 · motif
· motif · 154398218–154398229 · motif
· motif · 154398242–154398253 · motif
· motif · 154398242–154398253 · motif
· motif · 154398358–154398369 · motif
· motif · 154398358–154398369 · motif
· motif · 154398436–154398448 · motif
· motif · 154398438–154398460 · motif
· motif · 154398438–154398460 · motif
· motif · 154398441–154398450 · motif
· motif · 154398842–154398851 · motif
· motif · 154398842–154398853 · motif
· motif · 154398919–154398935 · motif
· motif · 154398972–154398981 · motif
· motif · 154398972–154398981 · motif
· motif · 154398972–154398981 · motif
· motif · 154398972–154398981 · motif
· motif · 154399115–154399131 · motif
· motif · 154399541–154399556 · motif
· motif · 154400029–154400037 · motif
· motif · 154400653–154400666 · motif
· motif · 154401182–154401189 · motif
· motif · 154401331–154401342 · motif
· motif · 154401356–154401368 · motif
· motif · 154401582–154401593 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORA70 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384436 ★ | snoRNA | 135 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORA70 預測位於核仁;此定位屬預測資訊,來源未提供實驗確認,也未描述可能改變定位的條件或 RNA 異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
DNA 與 RNA 序列
CCGCAGCCAATTAAGCCGACTGAGTTCCTTTCCTCATGGG40GACCCAGTGTGCGATGGCTGCACACAGCAGCTTCCTTGGT80AGTGTACGCAGCCTGTTGGTTGTATGGGTTGCTCTAAGGG120ACCTTGGAGACAGGC135cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。