演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORA64U64

small nucleolar RNA, H/ACA box 64

SNORA64 是一種 H/ACA box small nucleolar RNA;目前資料預測它可能參與 RNA processing,並位於 nucleolus。

Homo sapiens16p13.3
OFFICIAL SYMBOL
SNORA64
CHROMOSOME
16
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORA64 的正式名稱為 small nucleolar RNA, H/ACA box 64,屬於 non-coding RNA。現有資料將它歸為 H/ACA box 類 small nucleolar RNA,但未提供其序列、結構細節或其他分子特性,因此不宜進一步推定。

Official symbol
SNORA64
Gene name
small nucleolar RNA, H/ACA box 64
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10221
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U64RNU64

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1616p13.3
chr16 · 90,338,345 bp · GRCh38chr16p13.3 · 1–7800000 · gnegchr16p13.2 · 7800001–10400000 · gpos50chr16p13.13 · 10400001–12500000 · gnegchr16p13.12 · 12500001–14700000 · gpos50chr16p13.11 · 14700001–16700000 · gnegchr16p12.3 · 16700001–21200000 · gpos50chr16p12.2 · 21200001–24200000 · gnegchr16p12.1 · 24200001–28500000 · gpos50chr16p11.2 · 28500001–35300000 · gnegchr16p11.1 · 35300001–36800000 · acenchr16q11.1 · 36800001–38400000 · acenchr16q11.2 · 38400001–47000000 · gvarchr16q12.1 · 47000001–52600000 · gnegchr16q12.2 · 52600001–56000000 · gpos50chr16q13 · 56000001–57300000 · gnegchr16q21 · 57300001–66600000 · gpos100chr16q22.1 · 66600001–70800000 · gnegchr16q22.2 · 70800001–72800000 · gpos50chr16q22.3 · 72800001–74100000 · gnegchr16q23.1 · 74100001–79200000 · gpos75chr16q23.2 · 79200001–81600000 · gnegchr16q23.3 · 81600001–84100000 · gpos50chr16q24.1 · 84100001–87000000 · gnegchr16q24.2 · 87000001–88700000 · gpos25chr16q24.3 · 88700001–90338345 · gnegSNORA64pq1 bp90,338,345 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr16:1,962,973–1,963,106
Gene span
134 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000384674 ★1,962,973–1,963,1061

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前資料預測 SNORA64 可能參與 RNA processing,但未說明涉及的處理步驟、分子作用方式或相關生物學過程,也沒有提供可據以描述其功能意義的細節。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 1963106 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORA64 ENST00000384674 GRCh38 chr16:1963006-1964106 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GATGGATACCTGAGCGAAGCCAGAGCCACAAAAGGCATTTCAGCGCATCTTCCCACATTCGCAGCGAATT
CATTTCGAAAGAACTGAAAGAGAAGCAGCGCTTGGTTCATGCCATCCGAGAGGATGATGAAGTTCAGGTT
GTGGGAGGACACTGTAAGGGTTAGCAAACTGTCATAGTCCGCGTGTACGGGACAGCTGTCATCTGCATCC
AGCGGGTGCAGTGGGGAAAGGCTAATGGCATATTTGTCATGTGAGCGTTCGCCCTAGCAAGGTACGGTGG
TCATGGCTAGGCCAAAGCTGGACAAAGCAAAAGGAAATCTGAGTGGAAAGCCACATCTCACCAAACAAGA
GAAAAAGGGCAAATAGGAAGAAACGATTGAGATGCAGAAATAGGGTAACCTTACATACAAGCTTCCAAAA
ACGAAACGAAGGGGACAGATCGGGGGGAAGCCAGGTGAGGGGGTTCATGACTTCTTCGGTTTTTTTTGGG
CGGGGTGGGCGGTTACACAGTTTCGCCCTATCGCCTAGGCTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCA
CCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGGTTACAGGCGCACTCCACCAT
GCCCGGCTAATTTTTTGTGTCTTTAATAGAGGTGGGGTTTCACCATGTGGCCAGGCTGGTATCGGACTCC
TGACCTTGTGATCCGCCCACCTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCTTGAGCCACCGCCCCCGGC
CGTGACTTTGGTTCTTGAATATCATAATGGTATTAAGTTTTTTTTTAATGCTCTCCCTACAATTTTCTTG
TTTGTTTCAGGAATCAGAGATCATTGATTTCTTCCTGGGGGCCTCTCTCAAGGATGAGGTTTTGAAGATT
ATGCCAGTGCAGAAGCAGACCCGTGCCGGCCAGCGCACCAGGTTCAAGGTACCCGGCTGTCCTGGAGGGG
GCTGCGCTGGGCTTGCCGGGACTCTCTCGGCTCTGCATAGTTGCACTTGGCTTCACCCGTGTGACTTTCG
TAACGGGGAGAGAGAGAAAAGATCTCCTCAGGACCTCGGATGGGCCTTACT
SNORA64 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR16_BDHG · promoter · 1959048–1959562 · regulatory

ENSR16_5GFZD · CTCF_binding_site · 1959413–1959434 · regulatory

ENSR16_9R3C · promoter · 1964036–1964536 · regulatory

ENSR16_9R3J · promoter · 1964621–1965125 · regulatory

ENSR16_C797 · enhancer · 1965126–1966211 · regulatory

· motif · 1959334–1959349 · motif

· motif · 1959415–1959431 · motif

· motif · 1959433–1959449 · motif

· motif · 1959499–1959510 · motif

· motif · 1959728–1959744 · motif

· motif · 1959733–1959746 · motif

· motif · 1959736–1959748 · motif

· motif · 1961585–1961596 · motif

· motif · 1961822–1961833 · motif

· motif · 1961824–1961833 · motif

· motif · 1963602–1963619 · motif

· motif · 1963657–1963668 · motif

· motif · 1963905–1963918 · motif

· motif · 1963905–1963918 · motif

· motif · 1964617–1964627 · motif

· motif · 1964625–1964636 · motif

· motif · 1964764–1964777 · motif

· motif · 1964802–1964811 · motif

· motif · 1964802–1964811 · motif

· motif · 1964810–1964821 · motif

· motif · 1964885–1964895 · motif

· motif · 1964947–1964957 · motif

· motif · 1965137–1965154 · motif

· motif · 1965357–1965370 · motif

· motif · 1965360–1965372 · motif

· motif · 1965363–1965370 · motif

· motif · 1965377–1965390 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORA64 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000384674 ★snoRNA134 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleolus

SNORA64 被預測位於 nucleolus;此定位屬預測資訊,現有資料未提供其他定位條件或動態變化。

深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SNORA64 預測可能參與 RNA processing,並預測位於 nucleolus;資料未進一步說明其參與的處理步驟或定位依據。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位SNORA64 預測位於 nucleolus;此為預測性定位資訊,資料未提供定位條件或其他細胞位置。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000384674 · 134 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACTCTCTCGGCTCTGCATAGTTGCACTTGGCTTCACCCGT40
41GTGACTTTCGTAACGGGGAGAGAGAGAAAAGATCTCCTCA80
81GGACCTCGGATGGGCCTTACTGTGGCCTCTCTTTCCTTGA120
121GGGGTGCAACAGGC134

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。