基因總覽
SNORA64 的正式名稱為 small nucleolar RNA, H/ACA box 64,屬於 non-coding RNA。現有資料將它歸為 H/ACA box 類 small nucleolar RNA,但未提供其序列、結構細節或其他分子特性,因此不宜進一步推定。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384674 ★ | 1,962,973–1,963,106 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料預測 SNORA64 可能參與 RNA processing,但未說明涉及的處理步驟、分子作用方式或相關生物學過程,也沒有提供可據以描述其功能意義的細節。
Promoter 與基因調控
>SNORA64 ENST00000384674 GRCh38 chr16:1963006-1964106 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GATGGATACCTGAGCGAAGCCAGAGCCACAAAAGGCATTTCAGCGCATCTTCCCACATTCGCAGCGAATT CATTTCGAAAGAACTGAAAGAGAAGCAGCGCTTGGTTCATGCCATCCGAGAGGATGATGAAGTTCAGGTT GTGGGAGGACACTGTAAGGGTTAGCAAACTGTCATAGTCCGCGTGTACGGGACAGCTGTCATCTGCATCC AGCGGGTGCAGTGGGGAAAGGCTAATGGCATATTTGTCATGTGAGCGTTCGCCCTAGCAAGGTACGGTGG TCATGGCTAGGCCAAAGCTGGACAAAGCAAAAGGAAATCTGAGTGGAAAGCCACATCTCACCAAACAAGA GAAAAAGGGCAAATAGGAAGAAACGATTGAGATGCAGAAATAGGGTAACCTTACATACAAGCTTCCAAAA ACGAAACGAAGGGGACAGATCGGGGGGAAGCCAGGTGAGGGGGTTCATGACTTCTTCGGTTTTTTTTGGG CGGGGTGGGCGGTTACACAGTTTCGCCCTATCGCCTAGGCTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCA CCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGGTTACAGGCGCACTCCACCAT GCCCGGCTAATTTTTTGTGTCTTTAATAGAGGTGGGGTTTCACCATGTGGCCAGGCTGGTATCGGACTCC TGACCTTGTGATCCGCCCACCTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCTTGAGCCACCGCCCCCGGC CGTGACTTTGGTTCTTGAATATCATAATGGTATTAAGTTTTTTTTTAATGCTCTCCCTACAATTTTCTTG TTTGTTTCAGGAATCAGAGATCATTGATTTCTTCCTGGGGGCCTCTCTCAAGGATGAGGTTTTGAAGATT ATGCCAGTGCAGAAGCAGACCCGTGCCGGCCAGCGCACCAGGTTCAAGGTACCCGGCTGTCCTGGAGGGG GCTGCGCTGGGCTTGCCGGGACTCTCTCGGCTCTGCATAGTTGCACTTGGCTTCACCCGTGTGACTTTCG TAACGGGGAGAGAGAGAAAAGATCTCCTCAGGACCTCGGATGGGCCTTACT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_BDHG · promoter · 1959048–1959562 · regulatory
ENSR16_5GFZD · CTCF_binding_site · 1959413–1959434 · regulatory
ENSR16_9R3C · promoter · 1964036–1964536 · regulatory
ENSR16_9R3J · promoter · 1964621–1965125 · regulatory
ENSR16_C797 · enhancer · 1965126–1966211 · regulatory
· motif · 1959334–1959349 · motif
· motif · 1959415–1959431 · motif
· motif · 1959433–1959449 · motif
· motif · 1959499–1959510 · motif
· motif · 1959728–1959744 · motif
· motif · 1959733–1959746 · motif
· motif · 1959736–1959748 · motif
· motif · 1961585–1961596 · motif
· motif · 1961822–1961833 · motif
· motif · 1961824–1961833 · motif
· motif · 1963602–1963619 · motif
· motif · 1963657–1963668 · motif
· motif · 1963905–1963918 · motif
· motif · 1963905–1963918 · motif
· motif · 1964617–1964627 · motif
· motif · 1964625–1964636 · motif
· motif · 1964764–1964777 · motif
· motif · 1964802–1964811 · motif
· motif · 1964802–1964811 · motif
· motif · 1964810–1964821 · motif
· motif · 1964885–1964895 · motif
· motif · 1964947–1964957 · motif
· motif · 1965137–1965154 · motif
· motif · 1965357–1965370 · motif
· motif · 1965360–1965372 · motif
· motif · 1965363–1965370 · motif
· motif · 1965377–1965390 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORA64 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384674 ★ | snoRNA | 134 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORA64 被預測位於 nucleolus;此定位屬預測資訊,現有資料未提供其他定位條件或動態變化。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNORA64 預測可能參與 RNA processing,並預測位於 nucleolus;資料未進一步說明其參與的處理步驟或定位依據。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | SNORA64 預測位於 nucleolus;此為預測性定位資訊,資料未提供定位條件或其他細胞位置。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
ACTCTCTCGGCTCTGCATAGTTGCACTTGGCTTCACCCGT40GTGACTTTCGTAACGGGGAGAGAGAGAAAAGATCTCCTCA80GGACCTCGGATGGGCCTTACTGTGGCCTCTCTTTCCTTGA120GGGGTGCAACAGGC134cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。