基因總覽
SNHG3 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 small nucleolar RNA host gene 3。來源記錄的類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 1p35.3。目前可用來源提供名稱、分類與基因座資料，尚未提供可採用的功能敘述；功能與產物資訊依後續取得的來源註解補充。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000413987 ★ | 28,505,980–28,510,892 | 3 |
| ENST00000447507 | 28,506,043–28,508,270 | 2 |
| ENST00000437681 | 28,506,351–28,509,633 | 2 |
顯示 3/3 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SNHG3 ENST00000413987 GRCh38 chr1:28504980-28506080 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAAAATTAGCCAGGCACGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCCGAGGCAGGAGAATCG CTTGAACCCGGGAGGCCGGGGTTGCAGTGAGCCGAGACCGCGCCATTCCACTCTAGCCTGGGTGACAGAG CAAAACTCCATCTCGAAAAAAAAAGAAAGAGTATAGGGCAGTGCTTTTAATTACATTCATTCACACTGTT GTGCAATGGAGTTTTTTATTTTTTATTTTTATTTATTTTTATCCGGGCCAGGCCTGGAGTTTTTAAACTT TTATCTGATTCGTCTAGGGGCACTTTCATCTTATTTACCTTCACATTTATCAAATTATTTCTTTCACAGG TGACAGAGCAGATTCAATTCCTTTTGATACTCCGTATTTCTCTATATGTATTTTTTTCATTCTGCATTCT TATTATTCCAACGTTTTACTTATTTATTTGGAGAGAGAGTTTCGCTCTGTCGACCAGGATGGAGTGCATC GGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCACCGCCTCCCAGGTTCAAACGATTCTCATGCTTCAGCCTCCCGAG TAGCTGGGACTGGAGGTGCGCGGCACCATGCCTGGCTTATGTTCTGTATTTTTTGTAGAGACGGGGTTTC GCCATGATGCCCAGGCCGGTCTCGAACTCCTGGCCTCAAGCGATCCGCCCCTCACGGCCTTCAGAGCTGC TGTAATCACAGGCGTGAGCCACCGCGTTCGACTCTTCCAAAAACTTTTTGGCCAGTTTATCTAAGGGCAT ATCCTACAGACTGAGTCCAGTGATTGCACAGAAGTAAACGTCCTCTGCAGCTACATACCTACAAACCTAT TTCTGTAACGTACATTCCCCAGCAAGGTCCCGCGGGAAGGATCCACTACCGCGAGAGGCCTCCCAGCCAG GAAGGGGTGGGGCTCAATCTGCAGTAGATTCCCAGAAGCCTCAGTGAGTTTCTGATTCTCTAACTGCGCA TGCTTCTGCGCACGCGCAATAGACATTCCAGGACTTCCGGGCACTTCGTAAGGTTTAAAAAGGATGCTTC GCGTTTTCTCTCTCCTTTTTGGAGACAGATTCGCAGTGGTCGCTTCTTCTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_B7MPF · enhancer · 28500889–28501533 · regulatory
ENSR1_C4SD2 · enhancer · 28504728–28505898 · regulatory
ENSR1_8SLZH · promoter · 28505899–28506067 · regulatory
· motif · 28505845–28505858 · motif
· motif · 28505845–28505858 · motif
· motif · 28505892–28505902 · motif
· motif · 28505954–28505965 · motif
· motif · 28505954–28505965 · motif
· motif · 28505966–28505977 · motif
· motif · 28505966–28505977 · motif
· motif · 28505991–28506000 · motif
· motif · 28505991–28506002 · motif
· motif · 28505991–28506002 · motif
· motif · 28506102–28506114 · motif
· motif · 28506327–28506336 · motif
· motif · 28506327–28506336 · motif
· motif · 28506375–28506385 · motif
· motif · 28506502–28506517 · motif
· motif · 28506502–28506517 · motif
· motif · 28507098–28507107 · motif
· motif · 28507098–28507107 · motif
· motif · 28507107–28507120 · motif
· motif · 28507204–28507217 · motif
· motif · 28507204–28507217 · motif
· motif · 28507241–28507253 · motif
· motif · 28507885–28507900 · motif
· motif · 28509030–28509039 · motif
· motif · 28509654–28509671 · motif
· motif · 28509963–28509972 · motif
· motif · 28510006–28510014 · motif
· motif · 28510491–28510500 · motif
· motif · 28510628–28510639 · motif
· motif · 28510800–28510808 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNHG3 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000413987 ★ | lncRNA | 2,201 nt | 3 |
| ENST00000447507 | retained_intron | 185 nt | 2 |
| ENST00000437681 | retained_intron | 2,614 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
AGACATTCCAGGACTTCCGGGCACTTCGTAAGGTTTAAAA40AGGATGCTTCGCGTTTTCTCTCTCCTTTTTGGAGACAGAT80TCGCAGTGGTCGCTTCTTCTCCTTGGATTTGTTAAGGATT120CCAAGTAACTCTTATTTGGAGAGAAGACGATCTGCACTTC160GCATTTTGGCATTGACATTTAATTTTAGGGTCCTTTATAT200AGAAGGGAGAGTAGGTAAACTGATTTTTTTTTTTAACAGG240GAGGGTTTGACAATCTTTGGCAGACTTGGAGCAAAAGATT280GAGGTGCATTTCATGCCTCCTTTTGAGAGTCTTGCTCTGT320CGCCCAGGCTGTAGTGCAGTGGCGCAATCTTGGCTGCAAC360CTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAAACATAAGCCAC400CACGCCCAGCCCTCATACCTCTTTTAAAAGTCGACCTGTT440TTGCAGAAAGTCTGCTGTTTTTGTACTAAAGGCTTTGGAA480TTTGGCATTTAGCTAGGAATGCACATTCTTTCACCTCATT520CATACTTTAAGAACCACAGAAGTGACTCTGCTTGGCCAGA560AGGCACACTGTGTTGGTGGTTATATTAAAAGTCCTTGAGT600ATTTTGCTTTTCATGATCTTGCTCACTGCAACTTCCGCCT640CCCAGGTTCAGGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTA680GCTGCGACTACAGGCGTGTAGCACCACACCTGGCTAATTT720TTGTATTTTTAGTAGAGATGAGGTTTCACCATATTGGCCA760GGCTGTTCTCAACTCCTGACCTCGTGATCCGCCCACCTCA800GCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGCTGTGAGCCACCCTG840CCCGGCCACTTTTGTATGATTTCTAATGTATTTGTAATTT880ACCTAACAAATTGCCTAATCTGCTATGTTAATGTATTTAT920GAATTAAAATAAATACGACTGCATGTTTGTGGTTCATTTT960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。