基因總覽
SAA4 的正式名稱為 serum amyloid A4, constitutive,屬於蛋白質編碼基因。現有資料將其產物歸為 SAA 家族,並指出它是主要急性期反應物。來源未提供更詳細的蛋白質組成或結構資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000278222 ★ | 18,231,355–18,236,802 | 4 |
| ENST00000889031 | 18,229,731–18,236,860 | 3 |
| ENST00000889034 | 18,229,731–18,236,840 | 4 |
| ENST00000889035 | 18,229,731–18,236,721 | 4 |
| ENST00000889036 | 18,229,731–18,236,720 | 4 |
| ENST00000997009 | 18,229,731–18,236,840 | 4 |
| ENST00001140119 | 18,229,731–18,236,840 | 4 |
| ENST00000889032 | 18,231,344–18,236,840 | 4 |
| ENST00001093520 | 18,231,355–18,236,840 | 4 |
| ENST00000889033 | 18,231,357–18,236,840 | 4 |
| ENST00000997004 | 18,231,357–18,236,840 | 5 |
| ENST00000997005 | 18,231,357–18,236,840 | 5 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SAA4 的產物被註記為主要急性期反應物。現有資料僅提供此功能分類,未進一步說明其作用方式、參與的生物過程或此角色的生物學意義,因此不宜延伸推論。
Promoter 與基因調控
>SAA4 ENST00000278222 GRCh38 chr11:18236702-18237802 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CATGTGCCTATAATCCCAGCTACTCAAGAGGCCGAGGCAGGGGAATCTCTTGAACCCCGGAGGTGGAGGT TGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGGGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAAC AAACAAAAAATTTATAAAATCTGATACTTTTTCACCATGGAGTTTCTTCTGTAGGAATTTATCCTAGAGA TATATTTGTACATGTGCAAGAGACATATGTACAAGGTTAATAAATGCACCATTATTTGTAATATCAAAAG GTTAATAACTGTCAAAACAGCCATTAATATTGTATAAATTATGGTCCATCCATGCAATGGAATACTGTGT AGCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACAAGCCCGACATGGAAAGACTTCCAATAAATAGTAAGTTTA AAAGAAAGTGCAGAATAATACATATTTATATGAAAAAAGAGTTTTTATGCCTCAAAGGCCTTCACCCTTG ATCTTCTGGTGTTATTCCTGTCCTTGTATTCTCCCAGAATCATTACCTCATCCCATGAATGGTACAGTCA AGTCTTGCTTGTTCTGTGTCCTTACATTCTTTAGAGAGAAGTCACAAGAGACAAGCAAACATCTCTTTTG CTAATAATATTGATCACTTCCTACAGCATAATATCTATGTGCAATTTTTTGGGAAGACCTCCTACTAAAC AGTTAAGAATGGAAAGACACAAAGAGAAGAAAGTGGAGAAAGACCTCTGTCTTCCCACACTGGATTTTGC AAATACAACTCTTCTGTGATACAGGAAACTAAAAAGAGGGAAAAGTGGCAATTAAGAAAAACTGCCAGAA AATAAATACCTTGATGACCCAATTTGGAAAACTACTTCTAGATAAGGAAACACTATTACCCAATATGTTA ATTTTTAAAATACCCAAAGAATTGAGCAAAAAGGACTTTGGCAAGGCAGGTTGTTGGATTTAAAACCGTT CTCCCATTAATGCCAAAGCCAGCAGAGGTACCAACTATAGCTCCACGGCCAGAAGATACCAGCAGCTCTG CCTTTACTGAAATTTCATCTGGAGAAAGGTCCACAGGTGAGGTTTCTTCCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SAA4_1 ↗ | 11:18,236,802 | 負股 | 18,236,792–18,236,851 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 18236712–18236726 · motif
· motif · 18236848–18236863 · motif
· motif · 18237308–18237321 · motif
· motif · 18239835–18239849 · motif
SAA4 被註記為持續表現。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:130 aa
SAA4 產物屬於 SAA 家族,長度為 130 個胺基酸。其第 1 至 18 位為訊號序列;第 101 至 130 位則註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SAA4 蛋白質被註記為分泌型。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- CIDEBQ9UHD4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SAA4 被描述為 HDL 複合體中的載脂蛋白;資料未進一步指出其與複合體成員的直接結合情形。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SAA4 的產物被歸類為主要急性期反應物;這筆資料未提供其作用機制或相關生物過程的細節。 | 推論支持 | |
| 交互作用 | SAA4 被描述為 HDL 複合體中的載脂蛋白;此註記未說明它與複合體其他成員是否直接結合。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 | |
| 調控 | SAA4 被註記為持續表現;資料未提供表現量變化的條件或調控機制。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGCAGAGGTACCAACTATAGCTCCACGGCCAGAAGATACC40AGCAGCTCTGCCTTTACTGAAATTTCATCTGGAGAAAGGT80CCACAGCACAATGAGGCTTTTCACAGGCATTGTTTTCTGC120TCCTTGGTCATGGGAGTCACCAGTGAAAGCTGGCGTTCGT160TTTTCAAGGAGGCTCTCCAAGGGGTTGGGGACATGGGCAG200AGCCTATTGGGACATAATGATATCCAATCACCAAAATTCA240AACAGATATCTCTATGCTCGGGGAAACTATGATGCTGCCC280AAAGAGGACCTGGGGGTGTCTGGGCTGCTAAACTCATCAG320CCGTTCCAGGGTCTATCTTCAGGGATTAATAGACTGCTAT360TTATTTGGAAACAGCAGCACTGTATTGGAGGACTCGAAGT400CCAACGAGAAAGCTGAGGAATGGGGCCGGAGTGGCAAAGA440CCCCGACCGCTTCAGACCTGACGGCCTGCCTAAGAAATAC480TGAGCTTCCTGCTCCTCTGCTCTCAGGGAAACTGGGCTGT520GAGCCACACACTTCTCCCCCCAGACAGGGACACAGGGTCA560CTGAGCTTTGTGTCCCCAGGAACTGGTATAGGGCACCTAG600AGGTGTTCAATAAATGTTTGTCAAATTGAA630cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。