基因總覽
S100A3(S100 calcium binding protein A3)是蛋白質編碼基因,產物屬於 S-100 family。此蛋白質由 101 個胺基酸組成,具有兩個 EF-hand 結構域,分別位於胺基酸第 12–47 位與第 50–85 位。這些序列與結構特徵界定了其家族歸屬;其已知分子特性包括可結合鈣與鋅。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000368713 ★ | 153,547,329–153,549,258 | 3 |
| ENST00000368712 | 153,547,329–153,549,126 | 3 |
| ENST00000873876 | 153,547,329–153,550,102 | 2 |
| ENST00000873877 | 153,547,329–153,548,872 | 3 |
| ENST00000929796 | 153,547,329–153,550,151 | 3 |
| ENST00000969280 | 153,547,329–153,549,439 | 3 |
| ENST00001100172 | 153,547,329–153,549,603 | 3 |
| ENST00001145217 | 153,547,329–153,549,288 | 3 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
S100A3 蛋白質可結合鈣與鋅。來源指出,它可能參與鈣依賴性的角質細胞分化,也可能與毛幹及毛髮角質層屏障的形成有關;這些作用的表述屬於可能參與,而非確定的功能結論。
在生物學角色方面,資料將 S100A3 與角質細胞分化及毛髮結構形成連結,並指出角質細胞分化與鈣有關。不過,現有資訊未進一步說明鈣或鋅結合如何影響這些過程,也未提供具體分子機制、作用條件或實驗結果。因此,較適當的理解是:S100A3 具有鈣、鋅結合特性,並被認為可能參與與毛髮相關的細胞分化及屏障形成,而其間的因果關係與作用方式尚未由此資料界定。
Promoter 與基因調控
>S100A3 ENST00000368713 GRCh38 chr1:153549158-153550258 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCAGACTGGCCTTTGATGTGTGCGTGGATAGGTGGGCAGGTGGGGCCTGTAATGGGTCTGCTGAGGGATC CCTGAGGGCATCCTCAGTGTTGACCTACTTGTGTCCCCCATAATTGCTTCCTTCCTTTCTTGGGAGGCTA CAAATAGTGACGCCCTGTCTCTAAGCTCCTACAGCTGAAACGCCAGCACCAGTGGTGAGTGCCAGCTGCT TGGGTCCTGCCCTGGGTTGAGTGTCAGGGCAGTTTGGGGACCCCCAGTAGCCAGCCTGACTCCTGACCCA GGGTCTGGCATTGGAAGCAGAGAGATGACCACAGGCGGGCCTGACACGGGGAGGGAAGTCAGATATAGTG GACGCAGAGGTTTCCTTACACAGTGAGGGGCTGTTGGGGAAGTTTGGGCAGGGAGGTGTGTAGAGCTAAG GTCTGCCTTGGGGTGGGAGCACTGGGCTCAAGGCTCTGGTCTTCCCCTTGATCAGGCCCCTCACCTGCTC CTTGCCTCCTTGCTTCACCTCTGAGTCTCCTCATTTCTGAGGATCATGGCCCTTTCCTCTCCTGGGAACC TGGACACCTTGCTCTAATCCTGGGGTGTTTACAATGAATTAAATCCTGGCAGTGCTTGGCACTCCCCACT CCCCTTCCCCTACTTTCCTGCCAGCCACAACCATGCCAGCCATTTGCTCCCAGCAGGGGGCCCAGCAGTG GGCAAATCTTCAGGGAGAGTCTTGGCCCTGGCCGCCCTGTGCTGCAGGACTCTTGTCCCGTGGGGGAATC AGGAGTGAGTCACTGGGCTAGCATGGAAAAAACTCTTGCCTTCCTGGCTGCCTTCGGGTTTTCCCAGGCT GGAGGCATCATCCCAGAAGGGCGGTGGAAGGGGACAGTGGAAGTGGGGGGAGGTGAGCAATTCCAGGAAG GGCTTCCCCTCCAATAGAACAGAGTATCCCTATACAGAACCTCCCTGCTCAAAACCCCCAGGGGTCGGGA GGGTAACCTCAGGGGAGGCCAGTCTCAGATTGGTAAACACCCGAACTGGTCAACTCTCAAGAGACCATCT GGTTCAGGTTCCTGACTGGGCCAGCGAGGTGAGATGAACCCCAACTTACAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| S100A3_3 ↗ | 1:153,548,492 | 負股 | 153,548,482–153,548,541 |
| S100A3_5 ↗ | 1:153,549,106 | 負股 | 153,549,096–153,549,155 |
| S100A3_2 ↗ | 1:153,549,258 | 負股 | 153,549,248–153,549,307 |
| S100A3_4 ↗ | 1:153,550,088 | 負股 | 153,550,078–153,550,137 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_B35GQB · promoter · 153545053–153545751 · regulatory
ENSR1_7C2R34 · promoter · 153545792–153545872 · regulatory
ENSR1_948XHS · enhancer · 153545873–153546267 · regulatory
ENSR1_53C5579 · CTCF_binding_site · 153546027–153546048 · regulatory
ENSR1_B35GQW · promoter · 153549116–153549748 · regulatory
ENSR1_7C2R84 · promoter · 153550126–153550226 · regulatory
ENSR1_86HW6F · enhancer · 153552441–153552627 · regulatory
ENSR1_B35GRK · enhancer · 153553795–153554502 · regulatory
· motif · 153546029–153546045 · motif
· motif · 153548545–153548558 · motif
· motif · 153549213–153549226 · motif
· motif · 153549213–153549226 · motif
· motif · 153549273–153549288 · motif
· motif · 153549283–153549296 · motif
· motif · 153549283–153549296 · motif
· motif · 153549492–153549505 · motif
· motif · 153549492–153549505 · motif
· motif · 153551072–153551080 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:101 aa
Protein S100-A3 長 101 個胺基酸,屬於 S-100 family。蛋白質序列包含兩個 EF-hand 結構域:第一個位於第 12–47 位,第二個位於第 50–85 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供定位改變的條件或不同異構型間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- S100A1P23297 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- S100A10P60903 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- S100A2P29034 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- S100ZQ8WXG8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TP53P04637 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TRPM4Q8TD43 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
瓜胺酸化形式的 S100A3 可形成同源二聚體與同源四聚體。此資訊描述的是同一蛋白質形式之間的組裝,未指出其與其他蛋白質的結合或複合體關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | S100A3 可結合鈣與鋅,並可能參與鈣依賴性的角質細胞分化,以及毛幹和毛髮角質層屏障的形成;這些生物學作用仍以可能參與表述。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds both calcium and zinc. May be involved in calcium-dependent cuticle cell differentiation, hair shaft and hair cuticular barrier formation PMID 18083705 ↗ |
| 交互作用 | 瓜胺酸化形式的 S100A3 可組成同源二聚體,也可組成同源四聚體。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | S100A3 位於細胞質。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTCTCAGATTGGTAAACACCCGAACTGGTCAACTCTCAA40GAGACCATCTGGTTCAGGTTCCTGACTGGGCCAGCGAGTG80AGGATGGCCAGGCCTCTGGAGCAGGCGGTAGCTGCCATCG120TGTGCACCTTCCAGGAATACGCAGGGCGCTGTGGGGACAA160ATACAAGCTCTGCCAGGCGGAGCTCAAGGAGCTGCTGCAG200AAGGAGCTGGCCACCTGGACCCCGACTGAGTTTCGGGAAT240GTGACTACAACAAATTCATGAGTGTTCTGGACACCAACAA280GGACTGCGAGGTGGACTTTGTGGAGTATGTGCGCTCACTT320GCCTGCCTCTGTCTCTACTGCCACGAGTACTTCAAGGACT360GCCCCTCAGAGCCCCCCTGCTCCCAGTAGCCTCTGCTCCA400GGGGGTGCGCTGGCTGTCGGGGGCTGGGCATGTCTCCCAC440ACCCCCTCCTACCCTCTCTCCTGTACCCCTTTCAATCTGG480ACTTGCCCAGGTCTTCTGCGATCAGTTAACCCATTTTACC520TAGGAGGCCCAGAGATGTGAGGGCTCCTTCCTCAGGATGC560CCAGCGAATGAGGGGTAGAGCCACTCTGGGGCCCAGCCTG600CCTGCCGCACCCCTGTGGCCTCCCTTGTGGATGGGAGGAG640GCGGGATCTGCTCTGAGGCCCTCGAGGCTCAGCAGAGCGT680GCACCAATGAGACCACGATGGGAAAGGGCCTATTTAACTC720CTAATAAAAAACTGGCATCAGC742cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。