基因總覽
S100A2(S100 calcium binding protein A2)是由蛋白質編碼基因產生的 S-100 家族成員。其蛋白質長 98 個胺基酸,具有兩個 EF-hand 結構域,這些結構特色與其可能具有的鈣感測及調節角色相符。現有資料將 S100A2 描述為可能參與細胞鈣訊號的蛋白質,也指出它可與其他蛋白質互動,間接關聯多種生理過程;此外,資料提及它可能參與抑制腫瘤細胞生長。這些功能描述保留「可能」的限定,並不代表所有作用方式或生理影響均已確立。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000368708 ★ | 153,561,108–153,565,844 | 3 |
| ENST00000487430 | 153,560,950–153,564,853 | 2 |
| ENST00000497140 | 153,560,950–153,565,866 | 3 |
| ENST00000368710 | 153,560,950–153,567,890 | 3 |
| ENST00000368709 | 153,560,950–153,567,934 | 3 |
| ENST00000368707 | 153,560,950–153,565,866 | 4 |
| ENST00000883392 | 153,560,950–153,567,934 | 3 |
| ENST00000930957 | 153,560,950–153,568,668 | 3 |
| ENST00000930958 | 153,560,950–153,568,674 | 3 |
| ENST00000930959 | 153,560,950–153,568,668 | 4 |
| ENST00000930960 | 153,560,950–153,568,668 | 3 |
| ENST00000930962 | 153,560,950–153,568,268 | 3 |
顯示 12/28 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
S100A2 可能作為鈣感測器與調節因子,參與細胞內鈣訊號傳遞。這表示其可能藉由感知鈣相關變化,協助調節細胞訊號;然而,現有資料未進一步界定其感測條件或訊號傳遞的具體步驟,因此不宜將此描述延伸為特定的分子機制。
S100A2 也可能透過與其他蛋白質互動,間接影響多種生理過程。資料特別提及含 TPR 的蛋白質作為互動對象的例子,但未在此處詳述各項生理過程的內容,也未將這些作用限定於單一細胞途徑。因此,較合適的理解是:S100A2 可能藉由蛋白質間的互動,參與不同生理功能的調節。
此外,S100A2 可能參與抑制腫瘤細胞生長。這是來源提出的可能角色,並未在此資料中說明其適用的腫瘤類型、作用條件或抑制生長的具體機制,故不能據此推論為已確立的普遍效應。整體來說,現有功能描述指出 S100A2 可能兼具鈣訊號調節與蛋白質互動相關作用,並可能與腫瘤細胞生長抑制有關;各項作用的條件與細節仍未由所提供資料完整界定。
Promoter 與基因調控
>S100A2 ENST00000368708 GRCh38 chr1:153565744-153566844 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTGGGGTCTCTGTGCCAGTGCTTTCCCTGCCAGGCTGGGCTGGGGCTTCCACCTACTGCTCTGGGACTG CTGCTGCCCTGGCCCTGGGGGAGGAGGGTGTGCCGCTGAGTCACTGCCTGGGCATCTGGGCCTGGAACCT CGGGTGAGTCACTTAGGGCTGAGGTAGAGGGGCTGGGGGAGGGGAAGAAGCTACTCGACAGCTGGAGCAG GGAGGGGAGCTGGGGCCACAGGAAGGGCGGTGCCCTGATGCCCAGACGGGCCGGGATAGACAAAGGGCCA AGGAGGAAGGGGCCCTGGGAGGGGGCAGCCCTCCCTTGGGCTGGGCTCTGAATGGCCACAGTGTTTGCCT TTCTCCGGGTCTGGGGAGGACATGTGTGTGGGGGGCAGTGAGAGAGGGCTGTGGCTGAGGGCTGTGCTTC AGGCCTGGATTCTGGCTTGGGAAGCTGTCCAGCTGGTGTTTTCAGCCTTGGGTAGGGATGTACCCCTACC CACCCACCCAGCCCTCAAGCTGGAGAAGAGGAGGCCAAAGTTTTCCTGTTCAGCCTTTAACTACTCGGGA CTTCCTTATGCTCCCCACAGACTGTGGCCCAGCCCAACTGCGGCTGTGTGTAGAGCAACCCCATTTCTCA CTGCTTCCCCATCCTTCCAGACACCTTCCTACACAGAGGGACCTTCCCAGGTATTTCTAAGCACACTTAG TTACCTCATTACCTCATTAAGAGGTATTCTGGTGCTGGCCATTAAAAGTCACTCCACTTCATCCATGCCC TGAAGTCAGTCCTGTCCTTCTCCTCCTGATGTCCCCCAGCTGCCTCCTCTGGCCCCCAGCTTCCTAAGGG TGGCCCCAGGTTGCTTCTCTCTCACACACACGGGCGCATGTATGTACACGAGCACTGGACCATGAAGTCT CAGCGTGTGCTCACAGCCTCTCACACAGGAGTGGGCTGTGACTCACAGGCATGTCATGAGAATGAGGCCT GGCACCAGTCTCCAGGCCCCAGAGCAGGGGTTGCCTCCCCTCACCCCGGTCCAGGATGCCCAGTCCCCAC GACACCTCCCACTTCCCACTGTGGCCTGGGTGGGCTCAGGGGCTGCCCTTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| S100A2_4 ↗ | 1:153,564,247 | 負股 | 153,564,237–153,564,296 |
| S100A2_2 ↗ | 1:153,564,853 | 負股 | 153,564,843–153,564,902 |
| S100A2_1 ↗ | 1:153,565,803 | 負股 | 153,565,793–153,565,852 |
| S100A2_3 ↗ | 1:153,568,613 | 負股 | 153,568,603–153,568,662 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_948XPF · enhancer · 153565227–153565531 · regulatory
ENSR1_B35GT9 · promoter · 153565532–153566334 · regulatory
ENSR1_B35GTF · promoter · 153566561–153567245 · regulatory
ENSR1_948XQ4 · enhancer · 153567560–153567879 · regulatory
ENSR1_948XQ8 · promoter · 153567880–153568380 · regulatory
ENSR1_53C58XS · CTCF_binding_site · 153567963–153567984 · regulatory
ENSR1_53C5948 · CTCF_binding_site · 153568701–153568722 · regulatory
· motif · 153565454–153565467 · motif
· motif · 153565454–153565467 · motif
· motif · 153565889–153565897 · motif
· motif · 153565938–153565954 · motif
· motif · 153566660–153566670 · motif
· motif · 153566667–153566677 · motif
· motif · 153566693–153566701 · motif
· motif · 153566731–153566739 · motif
· motif · 153567922–153567944 · motif
· motif · 153567922–153567944 · motif
· motif · 153567965–153567981 · motif
· motif · 153567971–153567983 · motif
· motif · 153567973–153567980 · motif
· motif · 153568017–153568032 · motif
· motif · 153568017–153568032 · motif
· motif · 153568675–153568688 · motif
· motif · 153568675–153568688 · motif
· motif · 153568703–153568719 · motif
S100A2 的表現可能受生長因子調控,尤其是在細胞週期早期 G1 期;S 期的表現則可能受到細胞週期調節。另有資料指出,在腫瘤細胞中,DNA 甲基化可能直接抑制 S100L 基因表現。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:98 aa
S100A2 蛋白質長 98 個胺基酸,屬於 S-100 家族,並含有兩個 EF-hand 結構域:EF-hand 1 位於第 13 至 48 個胺基酸,EF-hand 2 位於第 51 至 86 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 15 個夥伴
- ARL13BQ3SXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EZRP15311 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- FAM209AQ5JX71 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FKBP4Q02790 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KPNA2P52292 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- MDM2Q00987 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MDM4O15151 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MYH9P35579 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- S100A1P23297 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- S100A3P33764 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- S100BP04271 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- TP53P04637 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TRPM4Q8TD43 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- Kpna2P52293 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PPIDP26882 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
S100A2 可形成同源二聚體,並與 FKBP4、PPP5C 及 TPPP 互動。它與 PPP5C 的互動經由 TPR repeats,且受鈣離子依賴;此互動會調節 PPP5C 活性。S100A2 與 TPPP 的互動則會抑制 TPPP 二聚化。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | S100A2 可能作為鈣感測器及調節因子參與細胞鈣訊號,也可能透過與其他蛋白質(例如含 TPR 的蛋白質)互動,間接參與多種生理過程;此外,它可能有助於抑制腫瘤細胞生長。 | 含實驗來源 | 證據與來源May function as calcium sensor and modulator, contributing to cellular calcium signaling. May function by interacting with other proteins, such as TPR-containing proteins, and indirectly play a role in many physiological processes. May also play a role in suppressing tumor cell growth PMID 1372446 ↗ · PMID 22399290 ↗ |
| 交互作用 | S100A2 可形成同源二聚體,並與 FKBP4、PPP5C 和 TPPP 互動;與 PPP5C 的互動經由 TPR repeats 且受鈣離子依賴,並會調節 PPP5C 活性,而與 TPPP 的互動會抑制 TPPP 二聚化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts with FKBP4. Interacts with PPP5C (via TPR repeats); the interaction is calcium-dependent and modulates PPP5C activity. Interacts with TPPP; this interaction inhibits TPPP dimerization PMID 18394645 ↗ · PMID 20188096 ↗ · PMID 22399290 ↗ · PMID 33831707 ↗ |
| 調控 | 生長因子可能在細胞週期早期 G1 期調控相關表現,S 期則可能受細胞週期調節;在腫瘤細胞中,DNA 甲基化可能直接抑制 S100L 基因表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源By growth factors in early G1 phase and probably by cell-cycle regulation in S phase. DNA methylation probably plays a direct negative role in suppressing S100L gene expression in tumor cells PMID 1372446 ↗ · PMID 9481475 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGAGCAGGGGTTGCCTCCCCTCACCCCGGTCCAGGATGCC40CAGTCCCCACGACACCTCCCACTTCCCACTGTGGCCTGGG80TGGGCTCAGGGGCTGCCCTTGACCTGGCCTAGAGCCCTCC120CCCAGCTGGTGGTGGAGCTGGCACTCTCTGGGAGGGAGGG160GGCTGGGAGGGAATGAGTGGGAATGGCAAGAGGCCAGGGT200TTGGTGGGATCAGGTTGAGGCAGGTTTGGTTTCCTTAAAA240TGCCAAGTTGGGGGCCAGTGGGGCCCACATATAAATCCTC280ACCCTGGGAGCCTGGCTGCCTTGCTCTCCTTCCTGGGTCT320GTCTCTGCCACCTGGTCTGCCACAGATCCATGATGTGCAG360TTCTCTGGAGCAGGCGCTGGCTGTGCTGGTCACTACCTTC400CACAAGTACTCCTGCCAAGAGGGCGACAAGTTCAAGCTGA440GTAAGGGGGAAATGAAGGAACTTCTGCACAAGGAGCTGCC480CAGCTTTGTGGGGGAGAAAGTGGATGAGGAGGGGCTGAAG520AAGCTGATGGGCAGCCTGGATGAGAACAGTGACCAGCAGG560TGGACTTCCAGGAGTATGCTGTTTTCCTGGCACTCATCAC600TGTCATGTGCAATGACTTCTTCCAGGGCTGCCCAGACCGA640CCCTGAAGCAGAACTCTTGACTTCCTGCCATGGATCTCTT680GGGCCCAGGACTGTTGATGCCTTTGAGTTTTGTATTCAAT720AAACTTTTTTTGTCTGTTGATAATATTTTAATTGCTCAGT760GATGTTCCATAACCCGGCTGGCTCAGCTGGAGTGCTGGGA800GATGAGGGCCTCCTGGATCCTGCTCCCTTCTGGGCTCTGA840CTCTCCTGGAAATCTCTCCAAGGCCAGAGCTATGCTTTAG880GTCTCAATTTTGGAATTTCAAACACCAGCAAAAAATTGGA920AATCGAGATAGGTTGCTGACTTTTATTTTGTCAAATAAAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。