基因總覽
RXRG 是蛋白質編碼基因，產物為 retinoid X receptor gamma，屬於核內荷爾蒙受體家族的 NR2 亞家族。這類受體具有辨識 DNA 的區域與配體結合區，RXRG 的蛋白質序列亦包含這些結構特色，並帶有連接兩區的鉸鏈區。蛋白質 N 端另有調節區域，其中一段被註記為無序區。這些特徵構成 RXRG 作為受體的基本分子架構。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000359842 ★ | 165,400,922–165,445,126 | 10 |
| ENST00000619224 | 165,400,922–165,445,355 | 11 |
| ENST00000885409 | 165,400,922–165,445,355 | 10 |
| ENST00000968113 | 165,400,922–165,445,355 | 9 |
| ENST00001145162 | 165,400,922–165,445,355 | 10 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RXRG 產物是 retinoic acid 的受體。受體可依配體訊號與其他受體形成異源二聚體，並結合 DNA 上的反應元件，以調節基因表現。此一調控方式使 RXRG 參與多種生物學過程中的基因表現調節；來源並未進一步列明各過程的名稱或其作用方向。
RAR/RXR 異源二聚體可辨識 retinoic acid response elements（RARE）。這些反應元件由串聯的 5'-AGGTCA-3' 序列構成，排列型式稱為 DR1 至 DR5。換言之，受體組合與 DNA 序列排列共同界定其辨識的調控位點。來源指出，RXRG 與 RAR 形成異源二聚體時，優先以此形式結合 DNA。
配體方面，all-trans retinoic acid 與 9-cis retinoic acid 是 retinoic acid receptors 所述的配體；其中 9-cis retinoic acid 被記載為 RXR 的高親和力配體，但這項資訊標示為 By similarity。因而，配體與受體結合、二聚體形成及 DNA 反應元件辨識，構成來源描述的基因調控脈絡；不應將相似性推定視為此處已直接驗證的證據。
Promoter 與基因調控
>RXRG ENST00000359842 GRCh38 chr1:165445026-165446126 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAAGACTTTTTTGTCTTTCAGGCTTCTCTTGTGTGGCCCCTGGGAGCAGTCTAGCACCTGTGGGCAGAAG CTGTAGGGAAAAGGAGCAGATTTTATCTCTATAAGAAACTTTCTTGTGGTGAAAACTATCTAGAAATGGA ATGAGAAAGTGGTGAGCTCCCCATTATTGGAGGTGTTCAAGTATAGGCTGAGCGGTGACTTGTCACGAAA ACTGTATGACAGACCCAAACATCAACGGGGTGCTTAGATTCTTTGATCTCGGGTCAGTTCCACACAAGAC AGGCTCTGTGTTAGTGAGGACCCAGTGGTGTTTTTGAACAGGCGGCAGGATAACAATGGTATATAAAATA AATGCAGAGAAAGACCTCCACATCAAGCCAACCCCTCCTCCCTACCTGTAAGTTTTCCACCTGAGTGAGC TCTGGCTCCAGCTGCACTTGTCAAACTCCCATTGTTAGAGCACAGATAAATGCTTCCGGCCACCCAAGCA GGAGAGGCCCACCTCAACTTAAGGGCTACTCTATTTTAGTTTTCCGTAGCTGGAGATTGAGTATCACGCT TTTCTAATCTTGTGCTTCTGAAAGGGCCCTGTTCTCTCTTGAACCCCACCCCCTCCTCCTTTCACAGATC AAATACCAAGTACATTGGACAGATAGAAGTTCGAATGAGAAAATGCATTTTAATAAAATCCCATTGATTT TTGTGGATGTAAGTCAAGGAACAGGCACCTAAAGAGTCTTCCATCCCCTGCCGTCTCCCGCCTCTCTCCT GACCTACACCGGGCGGTCATACATCGATTGGCTTCCTAGATAATAGATCGTGCCACCCGGTAGGGACCTC TGGGGACGCGCCGGGAGCTGGAAGAGTCGCACGCAGCAGCCCAACCCTGAGTTAATCAAACTAGCAACAG GATCTCAAGCAGCAGCGACGGCGGTGGCAAGAGTAGCGGTGACGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCATT ATGCGTGATTACTGACAGGCACCAGCTGCTGCCGCCACAGCCGTCTCAAACGCACTATGTGGACTCTCCG ATCTAGAGGCAGATTCCTGACTAATCCCAGAGGGCTGGCCCAGCCTGTGCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RXRG_1 ↗ | 1:165,445,126 | 負股 | 165,445,116–165,445,175 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_CLF8W · enhancer · 165443419–165445115 · regulatory
ENSR1_B37SHZ · promoter · 165445116–165445738 · regulatory
· motif · 165442167–165442180 · motif
· motif · 165442174–165442187 · motif
· motif · 165442174–165442188 · motif
· motif · 165442284–165442299 · motif
· motif · 165442284–165442299 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：463 aa
retinoid X receptor gamma 長 463 個胺基酸，屬核內荷爾蒙受體家族 NR2 亞家族。其 DNA 結合區位於胺基酸 136–211，包含兩個 NR C4 型鋅指；NR LBD 位於 231–459。蛋白質另有 N 端調節區、18–53 的無序區，以及 205–230 的鉸鏈區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
retinoid X receptor gamma 註記位於細胞核與細胞質。 現有資料未說明其在不同條件下是否會於兩處之間移動，也未提供異構型間的定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 19 個夥伴
- CKMT1BP12532 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CRYAAP02489 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DYNC1H1Q14204 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GIPC1O14908-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 18 experiments
- MPPED2Q15777 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- NR1H2F1D8P7 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- NR1H2P55055 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- NR1H3Q13133 · UniProt INTERACTION · 7 experiments · 2 筆來源紀錄
- NR1H4Q96RI1-1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PICK1Q9NRD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RARAP10276 · UniProt INTERACTION · 18 experiments · 2 筆來源紀錄
- RARBP10826-2 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- RARGP13631 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TSC1Q86WV8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VDRP11473-2 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- AjubaQ91XC0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
RXRG 可形成同源二聚體，此項記載為 By similarity。另有實驗資料記載其與 RAR 形成異源二聚體，並與 RARA 互作；RXRG 以 RAR/RXR 異源二聚體形式結合 DNA 的偏好亦有記載。這些資料分別描述二聚體形成、蛋白質互作與 DNA 結合，並非同一層次的證據。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RXRG 產物是 retinoic acid 受體。RAR/RXR 異源二聚體在 all-trans retinoic acid 或 9-cis retinoic acid 等配體作用下，結合目標反應元件並調節多種生物學過程中的基因表現。其辨識的 RARE 由串聯 5'-AGGTCA-3' 位點構成，排列型式為 DR1 至 DR5。9-cis retinoic acid 被列為 RXR 的高親和力配體，但此項資訊標示為 By similarity。 | 推論支持 | 證據與來源Receptor for retinoic acid. Retinoic acid receptors bind as heterodimers to their target response elements in response to their ligands, all-trans or 9-cis retinoic acid, and regulate gene expression in various biological processes. The RAR/RXR heterodimers bind to the retinoic acid response elements (RARE) composed of tandem 5'-AGGTCA-3' sites known as DR1-DR5. The high affinity ligand for RXRs is 9-cis retinoic acid (By similarity) |
| 交互作用 | RXRG 可形成同源二聚體，這項資訊標示為 By similarity；也可與 RAR 形成異源二聚體。資料指出 RXRG 優先以 RAR/RXR 異源二聚體形式結合 DNA，並記載其與 RARA 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer (By similarity). Heterodimer with a RAR molecule. Binds DNA preferentially as a RAR/RXR heterodimer. Interacts with RARA PMID 28167758 ↗ |
| 細胞定位 | RXRG 的細胞內定位記載為細胞核與細胞質。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACCAGCTGCTGCCGCCACAGCCGTCTCAAACGCACTATGT40GGACTCTCCGATCTAGAGGCAGATTCCTGACTAATCCCAG80AGGGCTGGCCCAGCCTGTGCTCCCCGGGCTGCTAGGAAGC120GATGACCACTCTTGTTAGCCCAAGTTGAAGAAAGCCGGGC160TGTGCCTGGGAGCCGAGAGAGGCGGTAATATTTAGAAGCT200GCACAGGAGAGGAACATGAACTGACGAGTAAACATGTATG240GAAATTATTCTCACTTCATGAAGTTTCCCGCAGGCTATGG280AGGCTCCCCTGGCCACACTGGCTCTACATCCATGAGCCCA320TCAGCAGCCTTGTCCACAGGGAAGCCAATGGACAGCCACC360CCAGCTACACAGATACCCCAGTGAGTGCCCCACGGACTCT400GAGTGCAGTGGGGACCCCCCTCAATGCCCTGGGCTCTCCA440TATCGAGTCATCACCTCTGCCATGGGCCCACCCTCAGGAG480CACTTGCAGCGCCTCCAGGAATCAACTTGGTTGCCCCACC520CAGCTCTCAGCTAAATGTGGTCAACAGTGTCAGCAGTTCA560GAGGACATCAAGCCCTTACCAGGGCTTCCCGGGATTGGAA600ACATGAACTACCCATCCACCAGCCCCGGATCTCTGGTTAA640ACACATCTGTGCCATCTGTGGAGACAGATCCTCAGGAAAG680CACTACGGGGTATACAGTTGTGAAGGCTGCAAAGGGTTCT720TCAAGAGGACGATAAGGAAGGACCTCATCTACACGTGTCG760GGATAATAAAGACTGCCTCATTGACAAGCGTCAGCGCAAC800CGCTGCCAGTACTGTCGCTATCAGAAGTGCCTTGTCATGG840GCATGAAGAGGGAAGCTGTGCAAGAAGAAAGACAGAGGAG880CCGAGAGCGAGCTGAGAGTGAGGCAGAATGTGCTACCAGT920GGTCATGAAGACATGCCTGTGGAGAGGATTCTAGAAGCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。