基因總覽
RXRA 是蛋白質編碼基因,其產物為 retinoid X receptor alpha,屬於核內荷爾蒙受體家族的 NR2 亞家族。這類受體可作為轉錄因子,並透過與其他核受體組成二聚體參與基因表現調節。retinoid X receptor alpha 具有核受體 DNA 結合區與配體結合區,另含可調節活性的區段;其構造也包括鉸鏈區及核定位訊號。這些特徵使它具備辨識調控 DNA、與配體及其他分子作用的基礎。以下功能說明著重於其受體活性如何依配體與二聚體夥伴而改變。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000481739 ★ | 134,326,455–134,440,585 | 10 |
| ENST00001126702 | 134,326,455–134,440,583 | 11 |
| ENST00000672570 | 134,379,295–134,440,585 | 10 |
| ENST00000649020 | 134,386,122–134,401,882 | 2 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
retinoid X receptor alpha 是 retinoic acid 的受體及轉錄因子。它可形成同源二聚體,也能與 retinoic acid receptors(RARs)等核受體形成異源二聚體;配體包括 all-trans retinoic acid 與 9-cis retinoic acid,其中 9-cis retinoic acid 是 retinoid X receptors(RXRs)的高親和力配體。受體二聚體在配體作用下辨識目標反應序列並調節基因表現,將配體訊號連結至不同生物過程中的轉錄反應。
RAR/RXR 異源二聚體可結合 retinoic acid response elements(RARE)。這些序列包含串聯排列的 5'-AGGTCA-3' 位點,依排列方式稱為 DR1 至 DR5。配體會改變受體所招募的轉錄調節因子:缺乏配體時,RXR-RAR 異源二聚體與含有轉錄共抑制因子的多蛋白複合體結合,促進組蛋白去乙醯化與染色質凝縮,抑制轉錄;配體結合後,共抑制因子解離,並招募共活化因子,使轉錄活化。
retinoid X receptor alpha 也可作為多種核受體的共同異源二聚體夥伴,包括 RARA、RARB 與 PPARA。RXRA/RARB 二聚體的作用方向取決於所結合 RARE DNA 元件的情境,可抑制或活化轉錄。RXRA/PPARA 二聚體則是 PPARA 調控脂肪酸氧化相關基因(如 ACOX1)及 P450 系統基因所需。與 RARA 協同時,RXRA 也能增強 RARA 對 RARE 的結合,並正向調節 microRNA-10a;在血管內皮細胞中,這與抑制脈動剪切應力引發的 GATA6/VCAM1 訊號反應相關。
其功能亦延伸至其他生物過程。RXRA 促進巨噬細胞吞噬髓鞘碎片及髓鞘再生;在病毒感染反應中,可能藉由負向調節第一型 IFN 等抗病毒基因的轉錄,參與降低先天免疫反應。它也可透過抑制 ITPR2 基因表現調節鈣訊號,進而控制細胞老化。另有資料指出,RXRA 可能促進 VDR 與 NR4A1 等二聚體夥伴進入細胞核。
Promoter 與基因調控
>RXRA ENST00000481739 GRCh38 chr9:134325455-134326555 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCCCGAGACGGCGGGCGGCGGGCGGCGCGCGGCGGAGGCGGCCCGAGCTGTCCCGGGGCAGGAGTGCTTC CTTTCGTTTTCAAACAAATCGTGAATTTAAAAGTCAGGCAGAGAACTACCCAGGGTATAAAAATAGCCAC CGGCCACAAAGTCTGTGTCCAACTCCGGGCAGCGCCTGCCCAGCCTGGTGCCTTTGAAGAGGGGTCCCAG GAGTGCGGGTCGATGAGGAGGCGAAGCGCGCACCCCTCCTCGTTCCCGGTGGGCTCGTGGGTCTCTCCGT GGGGGTAGGGCGTGAAAGTGTGGGGTGGACCGGGGGTAGCGTCCGGAAGACGAAACCTTCCCCGGACGAG GAGCTTGTCCTCTGCCGTTGGGGCACATCGCCACTCCCGGGCCTCAGTTTCCCCACGTGTCCGCCGCGGC GGGGTGCGAGGTATGGGTGCCGCGGCCATCCCGCCCGGCTCTGCGCTTGCCTGGCCCGGGCCGGGGTCCC CTCGCGGCCACCGCCCGGCCGCTTTGTGTGGCCGCGCAGACAATGGCCCGGCCGCTGGGCTCCCGGCCCG GCTCTCCGCCTCCTCCGGGCCCTTGCGCGCAAGTGTGTGTGTGCGCGAGTGTGTGGCGGGCCCGGGGAGG GAGTTCTGCTCCCGCCCCCGCCCCCGCCCCGCTCCCTCTGCGCCCCGCCCCCTCCCACGCCGCCTCCTCG CGGCTCCCGGGAACCCCTGGCGGAGGCGAACTCGCAAGTTTGCACGGCGCTCTCAACTCGGCGGCCGGGC GGGCGGCGATCGCGGGGCGGCGGCGGCGGAGGGGGGCGCGCTCCGGGCGGGGCTGGGCGGGCGGGGCGCG GGCCGAGCGGTGGCGGCGGCGCTGCGCCGAGTCAGCGCCCGTCGCGGGCCCCCCGCCACCCCCCCGCCGG CGCCGCAGCGCCGCGGTCGGAGCGGGGCGCGGGCGCGCGGCGGCGGGGGCGCGGGCCGGGCGCGCGCGGC GGCGGCGCGCAGACACAAGTAGTTTACATTGTTGGGCGACTTTTGCAACAACTCGCCGCGCCGCGGCCTC CGCGCGCCGCCGCCGCCACCGCAGCCGCCGGCTCCCCGCCGCCCGGGCCCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RXRA_1 ↗ | 9:134,326,502 | 正股 | 134,326,453–134,326,512 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_CHBTQ · enhancer · 134323664–134324964 · regulatory
ENSR9_536L383 · CTCF_binding_site · 134323919–134323943 · regulatory
ENSR9_536L38W · CTCF_binding_site · 134324106–134324127 · regulatory
ENSR9_93ZBJJ · promoter · 134325965–134326465 · regulatory
ENSR9_536L3LB · CTCF_binding_site · 134326141–134326162 · regulatory
ENSR9_536L3RK · CTCF_binding_site · 134327274–134327295 · regulatory
ENSR9_536L483 · CTCF_binding_site · 134329757–134329778 · regulatory
· motif · 134322010–134322025 · motif
· motif · 134322010–134322025 · motif
· motif · 134322011–134322025 · motif
· motif · 134322100–134322113 · motif
· motif · 134322144–134322157 · motif
· motif · 134323428–134323443 · motif
· motif · 134323428–134323443 · motif
· motif · 134323810–134323820 · motif
· motif · 134323873–134323888 · motif
· motif · 134323921–134323937 · motif
· motif · 134323924–134323940 · motif
· motif · 134324076–134324086 · motif
· motif · 134324078–134324088 · motif
· motif · 134324085–134324100 · motif
· motif · 134324106–134324116 · motif
· motif · 134324108–134324124 · motif
· motif · 134326095–134326108 · motif
· motif · 134326101–134326114 · motif
· motif · 134326128–134326141 · motif
· motif · 134326134–134326147 · motif
· motif · 134326143–134326159 · motif
· motif · 134326171–134326184 · motif
· motif · 134326238–134326251 · motif
· motif · 134326241–134326254 · motif
· motif · 134327276–134327292 · motif
· motif · 134329086–134329099 · motif
· motif · 134329086–134329100 · motif
· motif · 134329086–134329101 · motif
· motif · 134329186–134329196 · motif
· motif · 134329759–134329775 · motif
RXRA 的表現受生理條件影響:老化與其下調相關,而脈動剪切應力會誘導其表現。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:462 aa
retinoid X receptor alpha 長 462 個胺基酸。其核受體 DNA 結合區位於第 135–200 個胺基酸,含兩個 NR C4-type 鋅指;NR LBD 位於第 227–458 位。蛋白質另有 N 端調節區、鉸鏈區及核定位訊號;第 348–368 位區段與核輸出所需功能相關。
蛋白質三維結構
細胞內定位
retinoid X receptor alpha 可見於細胞核、細胞質與粒線體。 維生素 D3 或脈動剪切應力與核內定位增加相關;與 VDR 作用可能增強其核定位。 與 NR4A1 作用時則可轉位至粒線體。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 17 個夥伴
- BHLHE40O14503 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- FUSP35637 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MED1Q15648 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- MED25Q71SY5 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NCOA1Q15788 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- NCOA2Q15596 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- NR1H2P55055 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- NR1H3Q13133 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- PIK3R1P27986 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- PPARGP37231 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- RARAP10276 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- STAT1P42224 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- VDRP11473 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CxadrP97792-1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- Ncoa6Q9JLI4 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- THRAP04625 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- Q03463Q03463 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RXRA 可形成同源二聚體,並與 RARA、RARB、PPARA、PPARG、NR1H4 及 NR4A1 等形成異源二聚體;部分二聚體的形成或 DNA 結合會受配體影響。它也與共活化因子及共抑制因子等多種蛋白質互作。微生物感染時,RXRA 可透過 DNA 結合區與 HCV core protein 互作;該作用會增強 RXRA/RARA 與 RXRA/PPARA 異源二聚體的轉錄活性。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | retinoid X receptor alpha 是 retinoic acid 受體及轉錄因子,可形成同源或異源二聚體,並在配體作用下結合目標反應序列以調節基因表現。RAR/RXR 可辨識 RARE;配體會改變共抑制因子與共活化因子的招募。它亦參與核受體轉錄調控、巨噬細胞髓鞘碎片吞噬與再生、病毒感染時的先天免疫調節,以及鈣訊號和細胞老化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Receptor for retinoic acid that acts as a transcription factor. Forms homo- or heterodimers with retinoic acid receptors (RARs) and binds to target response elements in response to their ligands, all-trans or 9-cis retinoic acid, to regulate gene expression in various biological processes. The RAR/RXR heterodimers bind to the retinoic acid response elements (RARE) composed of tandem 5'-AGGTCA-3' sites known as DR1-DR5 to regulate transcription. The high affinity ligand for retinoid X receptors (RXRs) is 9-cis retinoic acid. In the absence of ligand, the RXR-RAR heterodimers associate with a multiprotein complex containing transcription corepressors that induce histone deacetylation, chromatin condensation and transcriptional suppression. On ligand binding, the corepressors dissociate from the receptors and coactivators are recruited leading to transcriptional activation. Serves as a common heterodimeric partner for a number of nuclear receptors, such as RARA, RARB and PPARA. The RXRA/RARB heterodimer can act as a transcriptional repressor or transcriptional activator, depending on the RARE DNA element context. The RXRA/PPARA heterodimer is required for PPARA transcriptional activity on fatty acid oxidation genes such as ACOX1 and the P450 system genes. Together with RARA, positively regulates microRNA-10a expression, thereby inhibiting the GATA6/VCAM1 signaling response to pulsatile shear stress in vascular endothelial cells. Acts as an enhancer of RARA binding to RARE DNA element. May facilitate the nuclear import of heterodimerization partners such as VDR and NR4A1. Promotes myelin debris phagocytosis and remyelination by macrophages. Plays a role in the attenuation of the innate immune system in response to viral infections, possibly by negatively regulating the transcription of antiviral genes such as type I IFN genes. Involved in the regulation of calcium signaling by repressing ITPR2 gene expression, thereby controlling cellular senescence PMID 10195690 ↗ · PMID 10874028 ↗ · PMID 11162439 ↗ · PMID 11915042 ↗ · PMID 12145331 ↗ · PMID 1310260 ↗ · PMID 15509776 ↗ · PMID 16107141 ↗ · PMID 17761950 ↗ · PMID 18800767 ↗ · PMID 19167885 ↗ · PMID 20215566 ↗ · PMID 25417649 ↗ · PMID 26463675 ↗ · PMID 28167758 ↗ · PMID 29021580 ↗ · PMID 30216632 ↗ · PMID 37478846 ↗ · PMID 9267036 ↗ |
| 交互作用 | RXRA 可形成同源二聚體,並與多種核受體及轉錄調節蛋白互作。與 RARA 的異源二聚體參與配體依賴的受體轉錄活性,且其關聯可受脈動剪切應力增強;與 PPARA 的二聚體則是 PPARA 轉錄活性所需。與 NR1H4 的二聚化可提高對共活化因子 LXXLL 基序的結合親和力;RXRA 也能以配體依賴方式與 MED1、NCOA1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Heterodimer (via C-terminus) with RARA; required for ligand-dependent retinoic acid receptor transcriptional activity; association with RARA is enhanced by pulsatile shear stress. Heterodimer with PPARA (via the leucine-like zipper in the LBD); the interaction is required for PPARA transcriptional activity. Heterodimerizes with PPARG. Heterodimerizes (via NR LBD) with RARB. Heterodimerizes with NR1H4; the heterodimerization enhances the binding affinity for LXXLL motifs from coactivators. Interacts with NCOA3 and NCOA6 coactivators. Interacts with coactivator FAM120B (By similarity). Interacts with coactivator PELP1, SENP6, SFPQ, DNTTIP2 and RNF8. Interacts with PRMT2. Interacts with ASXL1 (By similarity). Interacts with BHLHE40/DEC1, BHLHE41/DEC2, NCOR1 and NCOR2. Interacts in a ligand-dependent fashion with MED1 and NCOA1. Interacts with VDR. Interacts with EP300; the interaction is decreased by 9-cis retinoic acid. Heterodimer (via C-terminus) with NR4A1 (via DNA-binding domain); DNA-binding of the heterodimer is enhanced by 9-cis retinoic acid. NR4A1 competes with EP300 for interaction with RXRA and thereby attenuates EP300 mediated acetylation of RXRA. In the absence of hormonal ligand, interacts with TACC1. Interacts ith IGFBP3 PMID 10195690 ↗ · PMID 10567404 ↗ · PMID 10669605 ↗ · PMID 10698945 ↗ · PMID 10874028 ↗ · PMID 10882139 ↗ · PMID 11259580 ↗ · PMID 11698662 ↗ · PMID 11915042 ↗ · PMID 12039952 ↗ · PMID 14981089 ↗ · PMID 15047147 ↗ · PMID 15509776 ↗ · PMID 16574651 ↗ · PMID 16912044 ↗ · PMID 17761950 ↗ · PMID 19786558 ↗ · PMID 20078863 ↗ · PMID 28167758 ↗ · PMID 28698609 ↗ · PMID 29021580 ↗ · PMID 30275017 ↗ · PMID 9267036 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下,RXRA 可透過 DNA 結合區與 HCV core protein 互作;這項互作會增強 RXRA/RARA 及 RXRA/PPARA 異源二聚體的轉錄活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts (via the DNA binding domain) with HCV core protein; the interaction enhances the transcriptional activities of the RXRA/RARA and the RXRA/PPARA heterodimers PMID 11915042 ↗ |
| 細胞定位 | RXRA 可位於細胞核、細胞質與粒線體。維生素 D3 會增強其核定位;與異源二聚體夥伴 VDR 的互作可能提高核定位。與 NR4A1 互作時,RXRA 會轉位至粒線體;脈動剪切應力也會增加其核定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Mitochondrion; Localization to the nucleus is enhanced by vitamin D3. Nuclear localization may be enhanced by the interaction with heterodimerization partner VDR. Translocation to the mitochondrion upon interaction with NR4A1. Increased nuclear localization upon pulsatile shear stress PMID 10874028 ↗ · PMID 11915042 ↗ · PMID 12145331 ↗ · PMID 15509776 ↗ · PMID 17761950 ↗ · PMID 28167758 ↗ |
| 調控 | RXRA 受年齡與力學刺激相關條件調控:老化會使其下調,脈動剪切應力則會誘導其表現。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTTTACATTGTTGGGCGACTTTTGCAACAACTCGCCGCG40CCGCGGCCTCCGCGCGCCGCCGCCGCCACCGCAGCCGCCG80GCTCCCCGCCGCCCGGGCCCGGGCCGGCCGCGCCGGGGGC120CGCCGCGCCCGCCGCCCGCTGCCTGCGCCGCCGGCCGGGC160ATGAGTTAGTCGCAGACATGGACACCAAACATTTCCTGCC200GCTCGATTTCTCCACCCAGGTGAACTCCTCCCTCACCTCC240CCGACGGGGCGAGGCTCCATGGCTGCCCCCTCGCTGCACC280CGTCCCTGGGGCCTGGCATCGGCTCCCCGGGACAGCTGCA320TTCTCCCATCAGCACCCTGAGCTCCCCCATCAACGGCATG360GGCCCGCCTTTCTCGGTCATCAGCTCCCCCATGGGCCCCC400ACTCCATGTCGGTGCCCACCACACCCACCCTGGGCTTCAG440CACTGGCAGCCCCCAGCTCAGCTCACCTATGAACCCCGTC480AGCAGCAGCGAGGACATCAAGCCCCCCCTGGGCCTCAATG520GCGTCCTCAAGGTCCCCGCCCACCCCTCAGGAAACATGGC560TTCCTTCACCAAGCACATCTGCGCCATCTGCGGGGACCGC600TCCTCAGGCAAGCACTATGGAGTGTACAGCTGCGAGGGGT640GCAAGGGCTTCTTCAAGCGGACGGTGCGCAAGGACCTGAC680CTACACCTGCCGCGACAACAAGGACTGCCTGATTGACAAG720CGGCAGCGGAACCGGTGCCAGTACTGCCGCTACCAGAAGT760GCCTGGCCATGGGCATGAAGCGGGAAGCCGTGCAGGAGGA800GCGGCAGCGTGGCAAGGACCGGAACGAGAATGAGGTGGAG840TCGACCAGCAGCGCCAACGAGGACATGCCGGTGGAGAGGA880TCCTGGAGGCTGAGCTGGCCGTGGAGCCCAAGACCGAGAC920CTACGTGGAGGCAAACATGGGGCTGAACCCCAGCTCGCCG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。