基因總覽
RUNX3 的正式名稱為 RUNX family transcription factor 3，屬於蛋白質編碼基因，產物是 RUNX 家族轉錄因子。它具有 Runt domain，這個結構域是其辨識 DNA 的重要部分；RUNX3 也可與 CBFB 組成異源二聚體 core-binding factor（CBF）。CBF 的 DNA 結合能力受到兩個次單元組合的影響，其中 CBFB 本身不直接結合 DNA。來源亦指出 RUNX3 可參與細胞增殖或分化的控制，但此角色以「可能」描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000308873 ★ | 24,899,511–24,930,276 | 5 |
| ENST00000338888 | 24,899,511–24,965,010 | 7 |
| ENST00000399916 | 24,899,511–24,965,010 | 6 |
| ENST00001112131 | 24,924,481–24,930,276 | 2 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RUNX3 可與 CBFB 組成異源二聚體 core-binding factor（CBF），調節靶基因的轉錄。RUNX 家族成員透過 Runt domain 辨識調控區中的核心序列 5'-TGTGGT-3'；較少見的辨識序列為 5'-TGCGGT-3'。CBFB 不直接結合 DNA，而是以變構方式增強 RUNX 對特定序列的 DNA 結合能力。這些異源二聚體可結合多種增強子與啟動子的核心位點；來源列舉的例子包括 murine leukemia virus、polyomavirus enhancer、T-cell receptor enhancers，以及 LCK、IL3 和 GM-CSF 的啟動子。這些結合例子的說明標示為依相似性推定。
RUNX3 可能參與細胞增殖及／或分化的控制。在 TGF-beta 刺激後，RUNX3 與 ZFHX3 共同作用，可提高 CDKN1A 啟動子的活性。此處的功能描述限定於刺激條件與兩者的共同作用，並未將其延伸為未經來源支持的普遍調控效果。
在細胞毒性 CD8+ T 細胞發育期間，CBF 複合體會抑制轉錄因子 ZBTB7B。複合體結合 ZBTB7B 基因座中的 RUNX 結合序列，作為轉錄沉默子，促進細胞毒性 T 細胞分化。CBF 與該沉默序列的結合，也對招募可催化表觀遺傳修飾的核蛋白複合體具有必要性，進而建立 ZBTB7B 的表觀遺傳沉默；此機制相關敘述標示為依相似性推定。
此外，RUNX3 被描述為 parvalbumin 表現型感覺神經元發育與存活所必需；這項功能同樣標示為依相似性推定。
Promoter 與基因調控
>RUNX3 ENST00000308873 GRCh38 chr1:24930176-24931276 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCCGGAGCGCACGGGCCCAAGAAGAAGTGGGGTTGGACCCGCAGAGGCCACTTTCCACCCGCATGGAGAA AGAAAATTCTCTCCTCTGAAAGCGAGGGCCCTTAGCTTTGCAGCCACTGCTGTTTTTCTTTTGCCACCGA CGCGCGTACCGTTTCACGATGCAGGACCGTGGTTACATGCGTAAAGGAAAAAAAGAAAAACGCATTTTGC AGGCCTCGTCGTGTTTTTCAAAGAGCCACAGGCCGCCACAACGAAGAACGACGCCGCGAGGCCTGCAAGA TCCTGAAACTTGTTTTGAGGGGAGAGCAGAGAGGAAAGGGGTTGTTGGCCCCAGGCTACTTAGGGTCCCT AGGAGACTCCCTTCCGCCTGTCCCCGGTTTGGCACAGGGGCCACCGAGGCTGGGACCAAAGCCGCGCAGG GCTGGGAGCAGCAAAGGCCGCCGGCCGGGCGTGGACGACGCGCAAAATCCCGTGTGGGGTGGAGGCTCTT GGGTCAGAATAATGTGCGGGACGAGGGAGGTGAGTAACCTCTTTGGGGCGGCTCCCAGTGCGGCGTCACC GGCCCTGAGACCCCGCGGCCCCCAGCCCGGGGTTGCAGAAGTCACAGGCCCGAAGCAGCAAGAGCTGGGG AAGCCCGGCCGCGGCCAGCGGGGAGGAGGAGCGAAGGGGTTGCGCCCCAGCGTCAGGGAGCTACGACCCG AGAGAGGGCGGCAAGGGCGCCTTCCGTGGGACCCGGACGTTCTAAGCAAATTTCTAGCATTTGCCCCGGG CTCCCAGAGCTCTCGGGGGCCCTGGGCTGTGGCACTGGGGCCTCCTCCGCGGGGTGGCGCCTTCCGCCCC TCCCCGTTGGGCGGCCTCCGGCAGGCCCCGTTCCTCCCCGCGAACGCCACCGAGGTGCCCGCGATGGGGG CTCCGCCGATTGGCTGTGCGACGCGTCGCTCCGCCAGCCCCGCCCCGCGGGCCCCGGGGGTACTAACCCC GCGCGGGCGGCCGCGGCCCCGCCACTTGATTCTGGAGGATTTGTTCTGGGGCTGCGGCCGCGGAGTCGGG GCGGCCGCGGGCGAGCTTCGGGGCGGGAGGCGGCGGCAGCGGCACAGCCCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RUNX3_2 ↗ | 1:24,929,955 | 負股 | 24,929,945–24,930,004 |
| RUNX3_1 ↗ | 1:24,965,006 | 負股 | 24,964,996–24,965,055 |
| RUNX3_3 ↗ | 1:24,965,138 | 負股 | 24,965,128–24,965,187 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_C4GR3 · enhancer · 24924818–24925861 · regulatory
ENSR1_9CW6N · promoter · 24930266–24930766 · regulatory
ENSR1_57TBQQ · CTCF_binding_site · 24930444–24930465 · regulatory
ENSR1_C4GRK · enhancer · 24931767–24933142 · regulatory
ENSR1_57TC4S · CTCF_binding_site · 24932405–24932426 · regulatory
ENSR1_57TCBW · CTCF_binding_site · 24933712–24933733 · regulatory
ENSR1_9CW7W · enhancer · 24934420–24934910 · regulatory
ENSR1_57TCGP · CTCF_binding_site · 24934539–24934560 · regulatory
ENSR1_57TCHR · CTCF_binding_site · 24934767–24934788 · regulatory
· motif · 24925293–24925305 · motif
· motif · 24925298–24925307 · motif
· motif · 24925316–24925329 · motif
· motif · 24925320–24925337 · motif
· motif · 24925329–24925337 · motif
· motif · 24925668–24925685 · motif
· motif · 24926014–24926036 · motif
· motif · 24926014–24926036 · motif
· motif · 24928358–24928367 · motif
· motif · 24928410–24928421 · motif
· motif · 24928867–24928889 · motif
· motif · 24928867–24928889 · motif
· motif · 24928939–24928952 · motif
· motif · 24929318–24929329 · motif
· motif · 24929821–24929830 · motif
· motif · 24929969–24929982 · motif
· motif · 24930446–24930462 · motif
· motif · 24930536–24930547 · motif
· motif · 24931029–24931044 · motif
· motif · 24931590–24931603 · motif
· motif · 24932051–24932060 · motif
· motif · 24932051–24932060 · motif
· motif · 24932053–24932069 · motif
· motif · 24932053–24932069 · motif
· motif · 24932407–24932423 · motif
· motif · 24932440–24932449 · motif
· motif · 24932531–24932548 · motif
· motif · 24932729–24932740 · motif
· motif · 24933418–24933431 · motif
· motif · 24933714–24933730 · motif
· motif · 24934046–24934057 · motif
· motif · 24934457–24934474 · motif
· motif · 24934541–24934557 · motif
· motif · 24934769–24934785 · motif
· motif · 24935228–24935250 · motif
· motif · 24935228–24935250 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：415 aa
RUNX3 蛋白質長 415 個胺基酸。其 Runt domain 位於第 54–182 位；序列註解另將第 1–48 位、第 176–266 位及第 375–415 位列為無序區域。Runt domain 的註解依據為 PROSITE-ProRule；無序區域則依據 MobiDB-lite。
蛋白質三維結構
細胞內定位
酪胺酸磷酸化型態定位於細胞質；受到 TGF-beta 刺激後，RUNX3 會由細胞質轉移至細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 10 個夥伴
- BRD2P25440 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- CBFBQ13951 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- CTNNB1P35222 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- EP300Q09472 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- HDAC4P56524 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- HDAC5Q9UQL6 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- MEX3CQ5U5Q3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TCF7L2Q9NQB0 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- TLE1Q04724 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GUCD1Q96NT3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RUNX3 可與 CBFB 形成異源二聚體，且與 CBFB 異二聚化會提高 RUNX3 的 DNA 結合能力。來源也記載 RUNX3 與 TLE1、SUV39H1、FYN、LCK、FOXP3、ZFHX3 及 TBX21 互作。酪胺酸磷酸化型 RUNX3 透過 Runt domain 與 SRC 的 protein kinase domain 互作；這些描述未一概指明互作是否代表直接結合或複合體組成。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RUNX3 與 CBFB 組成異源二聚體 CBF，RUNX 透過 Runt domain 辨識調控區的核心 DNA 序列，CBFB 則以變構方式增強其序列專一性結合能力。CBF 可結合多種增強子及啟動子；RUNX3 可能參與細胞增殖或分化，並在 TGF-beta 刺激下與 ZFHX3 提高 CDKN1A 啟動子活性。CBF 也參與 CD8+ T 細胞發育時 ZBTB7B 的沉默，且 RUNX3 對 parvalbumin 陽性感覺神經元發育及存活具有必要性；部分內容依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms the heterodimeric complex core-binding factor (CBF) with CBFB. RUNX members modulate the transcription of their target genes through recognizing the core consensus binding sequence 5'-TGTGGT-3', or very rarely, 5'-TGCGGT-3', within their regulatory regions via their runt domain, while CBFB is a non-DNA-binding regulatory subunit that allosterically enhances the sequence-specific DNA-binding capacity of RUNX. The heterodimers bind to the core site of a number of enhancers and promoters, including murine leukemia virus, polyomavirus enhancer, T-cell receptor enhancers, LCK, IL3 and GM-CSF promoters (By similarity). May be involved in the control of cellular proliferation and/or differentiation. In association with ZFHX3, up-regulates CDKN1A promoter activity following TGF-beta stimulation. CBF complexes repress ZBTB7B transcription factor during cytotoxic (CD8+) T cell development. They bind to RUNX-binding sequence within the ZBTB7B locus acting as transcriptional silencer and allowing for cytotoxic T cell differentiation. CBF complexes binding to the transcriptional silencer is essential for recruitment of nuclear protein complexes that catalyze epigenetic modifications to establish epigenetic ZBTB7B silencing (By similarity). Necessary for the development and survival of sensory neurons expressing parvalbumin (By similarity) PMID 20599712 ↗ |
| 交互作用 | RUNX3 可單體形式透過 Runt domain 結合 DNA，與 CBFB 形成異源二聚體後，DNA 結合能力增加。另記載 RUNX3 與 TLE1、SUV39H1、FYN、LCK、FOXP3、ZFHX3 及 TBX21 互作。酪胺酸磷酸化型 RUNX3 透過 Runt domain 與 SRC 的 protein kinase domain 互作；部分互作依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterodimer with CBFB. RUNX3 binds DNA as a monomer and through the Runt domain. DNA-binding is increased by heterodimerization (By similarity). Interacts with TLE1 and SUV39H1. The tyrosine phosphorylated form (via runt domain) interacts with SRC (via protein kinase domain). Interacts with FYN and LCK. Interacts with FOXP3. Interacts with ZFHX3. Interacts with TBX21 (By similarity) PMID 16652147 ↗ · PMID 17377532 ↗ · PMID 20100835 ↗ · PMID 20599712 ↗ · PMID 9751710 ↗ |
| 細胞定位 | RUNX3 可位於細胞核或細胞質。酪胺酸磷酸化型 RUNX3 定位於細胞質；TGF-beta 刺激後，RUNX3 會由細胞質轉移至細胞核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; The tyrosine phosphorylated form localizes to the cytoplasm. Translocates from the cytoplasm to the nucleus following TGF-beta stimulation PMID 20100835 ↗ · PMID 20599712 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCCACTTGATTCTGGAGGATTTGTTCTGGGGCTGCGGCCG40CGGAGTCGGGGCGGCCGCGGGCGAGCTTCGGGGCGGGAGG80CGGCGGCAGCGGCACAGCCCCGCGCGGGCCCCGCCGCGGC120CCAGGCAGCCGGGACAGCCACGAGGGGCGGCCGCACGCGG160GGCCGCGCGCCGAGGATGCGGGACTAGCCGGGCAGGCTGC200GGGCGGCCGTCGGGCCAGCGAGGCCTCGCAGCGGGCGGGC240CCTGGCGAGTAGTGGCCGGGCGCCGCCCCCTGCGCCCTGA280GGCCCGGGCCCCGCCGCTTCTGCTTTCCCGCTTCTCGCGG320CAGCGGCGGCCGAGGAGGCGCCCGCGCCGGCCGCCCCCGG360GGGAAGCCGCGCCGTCTCCGCCTGCCCGGCGCCCTGACGG400CCGCTGTTATGCGTATTCCCGTAGACCCAAGCACCAGCCG440CCGCTTCACACCTCCCTCCCCGGCCTTCCCCTGCGGCGGC480GGCGGCGGCAAGATGGGCGAGAACAGCGGCGCGCTGAGCG520CGCAGGCGGCCGTGGGGCCCGGAGGGCGCGCCCGGCCCGA560GGTGCGCTCGATGGTGGACGTGCTGGCGGACCACGCAGGC600GAGCTCGTGCGCACCGACAGCCCCAACTTCCTCTGCTCCG640TGCTGCCCTCGCACTGGCGCTGCAACAAGACGCTGCCCGT680CGCCTTCAAGGTGGTGGCATTGGGGGACGTGCCGGATGGT720ACGGTGGTGACTGTGATGGCAGGCAATGACGAGAACTACT760CCGCTGAGCTGCGCAATGCCTCGGCCGTCATGAAGAACCA800GGTGGCCAGGTTCAACGACCTTCGCTTCGTGGGCCGCAGT840GGGCGAGGGAAGAGTTTCACCCTGACCATCACTGTGTTCA880CCAACCCCACCCAAGTGGCGACCTACCACCGAGCCATCAA920GGTGACCGTGGACGGACCCCGGGAGCCCAGACGGCACCGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。