基因總覽
RTN3（reticulon 3）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 reticulon 家族，為多次穿膜蛋白，位於內質網膜與高基氏體膜。蛋白質長 1,032 個胺基酸，含有 Reticulon domain；序列中也有數段預測為無序的區域。這些基本特徵構成 RTN3 的膜相關性質。現有資料指出，RTN3 涉及早期分泌途徑的膜運輸，並可促進內質網小管形成；其其他功能與細胞反應另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000377819 ★ | 63,681,500–63,759,882 | 9 |
| ENST00000341307 | 63,681,444–63,759,909 | 6 |
| ENST00000356000 | 63,681,444–63,759,909 | 8 |
| ENST00000339997 | 63,681,444–63,759,909 | 8 |
| ENST00000540798 | 63,681,444–63,759,909 | 8 |
| ENST00000537981 | 63,681,444–63,759,909 | 7 |
| ENST00000354497 | 63,681,444–63,759,909 | 4 |
| ENST00000869708 | 63,681,444–63,759,909 | 7 |
| ENST00000869709 | 63,681,444–63,759,909 | 7 |
| ENST00000869710 | 63,681,444–63,759,909 | 8 |
| ENST00000869711 | 63,681,444–63,759,909 | 3 |
| ENST00000869712 | 63,681,444–63,759,909 | 6 |
顯示 12/42 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RTN3 的功能涉及內質網膜形態與早期分泌途徑。資料指出它可能參與早期分泌途徑中的膜運輸，並能誘導內質網小管形成。來源未進一步說明這些作用的分子步驟，因此不宜將其延伸為更具體的膜塑形或運輸機制。
RTN3 也與 BACE1 及 amyloid precursor protein 的處理有關：資料指出 RTN3 可抑制 BACE1 活性及 amyloid precursor protein processing。此功能與其膜相關性相連，但來源未提供抑制作用的具體方式。另有資料指出 RTN3 可能誘導 caspase-8 cascade 與 apoptosis；這項作用以可能性描述，不能視為在所有情況下都會發生。
在 endoplasmic reticulum stress 條件下，RTN3 可能促進 BCL2 轉位至粒線體。這表示其與壓力反應中的蛋白質定位變化相關；來源沒有進一步交代這項轉位如何影響細胞命運，故不應據此推定其結果或方向。
RTN3 亦被描述為可調節發炎反應的調節因子。它與 TRIM25 及 RIGI 互作，並削弱 RIGI 的 Lys-63 連結型多泛素化，進而抑制 IRF3 與 NF-kappa-B。這條作用鏈將蛋白質互作、RIGI 修飾變化與下游訊號抑制連結起來，來源則將其定位為有助於消退發炎的調節作用。
在微生物感染情境下，RTN3 對 enterovirus 的病毒複製與致病過程具有正向作用。這項描述限於 enterovirus 感染相關的功能，並未表示 RTN3 對所有病毒都具有相同效果。
Promoter 與基因調控
>RTN3 ENST00000377819 GRCh38 chr11:63680500-63681600 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATGTGTATTTTGTGCCTTATTCTGATTTTTTTTACTTTTTTTTTTTTTTTTAAGGCAGGAAGGTTCTCGC TGTGTGGCCCAGGCTGGACTCCAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCTTCTCTGCCGTAGCAGAGACTA CGGGCCTCTGCCACTGACTGCGGCCTTATTCTGAATTTTTAATATCTAATTTTATCATCCCCCATAATCA CAGCCAACATTTTCTTATCTCCTGGCTCTTCTTCATCAGCTCAGCATTTTTTTTCCCTCTCTAAAATATG TCGTCTCTATCTGACAGTCTATTCGGAGGAAAAGAGAACCTTAAGACCCAAGGTGGACCCTTCTCTGGCA ACAGTAACGAGATAAGAATACGAAGCAGGTTCTGCGACTGCATTGCAATGTGATTGGAATGAGTAATCGT TTTTCATTCTGTATAGCATCTTTCTCCACCTACCAAATGGGGGGCCGTGCCATCTCTGCCTCTCGGTGAG GAGATATTACGACACAGCCAGTGAGATTCACAAAGCACCTTGCAGAGTGGGCCTACTCTACACTCTGGTT TTCAGTTTTTATTGGAGTCACAGGTGGGAATGCATCAAACAAAAGATATAGGCTCTGGAATGTACGGGAA AGAGAGTTTCCATAATGGAAGCCCAAAGACATTTCTACCGTTAAAATACATAATCTGCCGACCCTAAAAC ATTCACATAAAGAGGCAGGAGGGAATACTATCCCGCAGCTCCACGATTAGCCGCAGTCGTGGGCGGGGAT TGGGGCTTGGATACGCCTTTTGCGTCTGGTCCCCAAGGGACGCTCCCCAACCCTCGGCGCGCGAGGCGCC GCGTGAGGCCGGCTTTGCCCCTCCTTCCCTGCAAGAGCGCAGAGGAGCGGTTCTTGCGCCTGCGCCCTGC GCCGCTGCGCGCTTTGGCACCCGCTTGGGGCCCTTTGTGCGCATGCGCGCTCGCGCTCCCGCCCTCTAGC TGCGCTCGGCTGAGTCAGTCAGTCTGTCGGAGTCTGTCCTCGGAGCAGGCGGAGTAAAGGGACTTGAGCG AGCCAGTTGCCGGATTATTCTATTTCCCCTCCCTCTCTCCCGCCCCGTATC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RTN3_1 ↗ | 11:63,681,500 | 正股 | 63,681,451–63,681,510 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR11_BGM85 · promoter · 63680956–63681583 · regulatory
ENSR11_5JZFBM · CTCF_binding_site · 63681465–63681486 · regulatory
ENSR11_C8BLM · enhancer · 63681584–63683521 · regulatory
· motif · 63679951–63679965 · motif
· motif · 63679951–63679965 · motif
· motif · 63681298–63681311 · motif
· motif · 63681298–63681311 · motif
· motif · 63681384–63681401 · motif
· motif · 63681394–63681405 · motif
· motif · 63681394–63681405 · motif
· motif · 63681447–63681458 · motif
· motif · 63681447–63681458 · motif
· motif · 63681455–63681466 · motif
· motif · 63681467–63681483 · motif
· motif · 63681896–63681909 · motif
· motif · 63681896–63681909 · motif
· motif · 63681897–63681910 · motif
· motif · 63681897–63681910 · motif
· motif · 63683214–63683225 · motif
· motif · 63683455–63683461 · motif
內質網壓力會影響 RTN3 的蛋白質層級調控；RNA 病毒感染時，RTN3 表現量上升，並會自我聚集。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1032 aa
RTN3 蛋白長 1,032 個胺基酸。其 Reticulon domain 位於第 844–1,032 個胺基酸；多段序列被註記為無序區。第 987–1,032 個胺基酸區域與 FADD 互作，第 1,000–1,002 個胺基酸則標示為 BACE1 互作區。資料亦將第 2–863、888–947、969–972 及 994–1,032 個胺基酸區段標示為細胞質拓撲區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RTN3 是定位於內質網膜與高基氏體膜的多次穿膜蛋白。 現有資料未說明其在兩種膜之間的定位是否會隨條件改變，也未提供異構型定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 17 個夥伴
- CDIPTO14735 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CERT1Q9Y5P4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPP2R3CQ969Q6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PTPN9P43378 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- PTPN9Q6IQ43 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RTN4Q9NQC3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- SNX1Q13596 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TERF1P54274 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BACE1P56817-1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GPR152Q8TDT2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MITD1Q8WV92 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDRG4Q9ULP0-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLNP26678 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RMDN2Q96LZ7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SACM1LQ9NTJ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC30A3Q99726 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC30A8Q8IWU4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RTN3 可形成同源二聚體，並與 RTN4、ATL2、RIGI 及 TRIM25 互作；與 ATL1、TMEM33 的互作則標註為相似性推定。第三異構型與 BACE1、BACE2、BCL2 及 FADD 互作。RTN3 也與 ZFYVE27 及 KIF5A 互作，其中與 KIF5A 的互作依賴 ZFYVE27。感染相關互作包括與 Coxsackievirus A16、enterovirus 71 及 poliovirus 的 P2C 蛋白，以及 West Nile virus 的 NS4A 蛋白；這些互作不等同於已證明相同的功能結果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RTN3 可能參與早期分泌途徑的膜運輸，並抑制 BACE1 活性及 amyloid precursor protein processing。它可能誘導 caspase-8 cascade 與 apoptosis，也可能在內質網壓力下促進 BCL2 轉位至粒線體；另可誘導內質網小管形成。RTN3 與 TRIM25、RIGI 互作後，會削弱 RIGI 的 Lys-63 連結型多泛素化，進而抑制 IRF3 與 NF-kappa-B。 | 含實驗來源 | 證據與來源May be involved in membrane trafficking in the early secretory pathway. Inhibits BACE1 activity and amyloid precursor protein processing. May induce caspase-8 cascade and apoptosis. May favor BCL2 translocation to the mitochondria upon endoplasmic reticulum stress. Induces the formation of endoplasmic reticulum tubules. Also acts as an inflammation-resolving regulator by interacting with both TRIM25 and RIGI, subsequently impairing RIGI 'Lys-63'-linked polyubiquitination leading to IRF3 and NF-kappa-B inhibition PMID 15286784 ↗ · PMID 16054885 ↗ · PMID 17031492 ↗ · PMID 17191123 ↗ · PMID 25612671 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染情境下，RTN3 對 enterovirus 的病毒複製及致病過程具有正向作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Plays a positive role in viral replication and pathogenesis of enteroviruses PMID 17182608 ↗ |
| 交互作用 | RTN3 可形成同源二聚體，並與 ATL1、RTN4、ATL2、TMEM33、ZFYVE27、KIF5A、RIGI 及 TRIM25 互作；ATL1 與 TMEM33 的互作標註為相似性推定，RTN3 與 KIF5A 的互作依賴 ZFYVE27。第三異構型與 BACE1、BACE2、BCL2 及 FADD 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts with ATL1 (By similarity). Interacts with RTN4. Isoform 3 interacts with BACE1, BACE2, BCL2 and FADD. Interacts with ATL2. Interacts with TMEM33 (By similarity). Interacts with ZFYVE27 and with KIF5A in a ZFYVE27-dependent manner. Interacts with RIGI. Interacts with TRIM25 PMID 12811824 ↗ · PMID 15286784 ↗ · PMID 16965550 ↗ · PMID 16979658 ↗ · PMID 17031492 ↗ · PMID 17191123 ↗ · PMID 19665976 ↗ · PMID 21976701 ↗ · PMID 34313226 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，RTN3 與 Coxsackievirus A16、enterovirus 71 及 poliovirus 的 P2C 蛋白互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with Coxsackievirus A16, enterovirus 71 and poliovirus P2C proteins PMID 17182608 ↗ · PMID 29117567 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，RTN3 與 West Nile virus 蛋白 NS4A 互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | RTN3 是多次穿膜蛋白，定位於內質網膜與高基氏體膜。 | 含實驗來源 | 證據與來源Endoplasmic reticulum membrane / Multi-pass membrane protein; Golgi apparatus membrane / Multi-pass membrane protein PMID 12811824 ↗ · PMID 15286784 ↗ · PMID 16054885 ↗ · PMID 16979658 ↗ · PMID 17031492 ↗ · PMID 17182608 ↗ · PMID 17191123 ↗ · PMID 24262037 ↗ · PMID 29117567 ↗ · PMID 34313226 ↗ |
| 調控 | 內質網壓力會影響 RTN3 的蛋白質層級調控；RNA 病毒感染時，RTN3 表現量上升並發生自我聚集。 | 含實驗來源 | 證據與來源By endoplasmic reticulum stress (at protein level). Up-regulated and self-aggregates upon RNA viral infection PMID 17191123 ↗ · PMID 34313226 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTCTGTCGGAGTCTGTCCTCGGAGCAGGCGGAGTAAAGG40GACTTGAGCGAGCCAGTTGCCGGATTATTCTATTTCCCCT80CCCTCTCTCCCGCCCCGTATCTCTTTTCACCCTTCTCCCA120CCCTCGCTCGCGTAGCCATGGCGGAGCCGTCGGCGGCCAC160TCAGTCCCATTCCATCTCCTCGTCGTCCTTCGGAGCCGAG200CCGTCCGCGCCCGGCGGCGGCGGGAGCCCAGGAGCCTGCC240CCGCCCTGGGGACGAAGAGCTGCAGCTCCTCCTGTGCGGA280TTCCTTTGTTTCTTCCTCTTCCTCTCAGCCTGTATCTCTA320TTTTCGACCTCACAAGAGGGATTGAGCTCTCTTTGCTCTG360ATGAGCCATCTTCAGAAATTATGACTTCTTCCTTTCTTTC400ATCTTCTGAAATACATAACACTGGCCTTACAATACTACAT440GGAGAAAAAAGCCATGTGTTAGGGAGCCAGCCTATTTTAG480CCAAAGAAGGAAAAGACCACTTGGATCTTCTAGATATGAA520AAAGATGGAAAAGCCTCAGGGGACCAGCAACAACGTATCA560GACTCTTCAGTTTCTCTTGCAGCAGGAGTTCATTGTGACC600GTCCTTCTATTCCAGCCAGTTTCCCAGAGCATCCTGCTTT640TCTCTCAAAGAAAATTGGTCAAGTGGAAGAGCAAATAGAT680AAAGAGACCAAGAACCCAAATGGGGTATCAAGTAGGGAGG720CTAAAACTGCATTGGATGCTGATGACAGATTCACTTTGCT760GACAGCCCAGAAACCACCTACTGAGTACTCTAAGGTAGAA800GGCATTTATACATATTCTTTGTCTCCATCCAAAGTTTCAG840GAGATGATGTTATTGAAAAGGATTCCCCTGAATCACCATT880TGAAGTAATTATTGACAAAGCAGCATTTGACAAAGAATTT920AAAGACTCATATAAGGAGAGCACAGATGATTTTGGTAGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。