演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

RRADREM3

RRAD, Ras related glycolysis inhibitor and calcium channel regulator

RRAD 是編碼小型 GTPase 超家族 RGK 家族蛋白質的基因;其產物與心肌 L 型鈣離子通道調節及心臟肥大抑制有關。

Homo sapiens16q22.1UniProt P55042
OFFICIAL SYMBOL
RRAD
CHROMOSOME
16
UNIPROT
P55042
PDB / ALPHAFOLD
2GJS
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RRAD(RRAD, Ras related glycolysis inhibitor and calcium channel regulator)是蛋白質編碼基因,產物為 GTP-binding protein RAD。RAD 屬於小型 GTPase 超家族中的 RGK 家族。現有資料指出,這種蛋白質與心肌細胞的電壓依賴型 L 型鈣離子電流調節,以及心臟肥大抑制相關。其序列包含一段被註記為無序區的區域,另有鈣調蛋白結合區;這些特徵提供其蛋白質基本結構資訊,但來源未進一步描述其完整結構。

Official symbol
RRAD
Gene name
RRAD, Ras related glycolysis inhibitor and calcium channel regulator
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10446
UniProt
P55042
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
REM3RAD

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1616q22.1
chr16 · 90,338,345 bp · GRCh38chr16p13.3 · 1–7800000 · gnegchr16p13.2 · 7800001–10400000 · gpos50chr16p13.13 · 10400001–12500000 · gnegchr16p13.12 · 12500001–14700000 · gpos50chr16p13.11 · 14700001–16700000 · gnegchr16p12.3 · 16700001–21200000 · gpos50chr16p12.2 · 21200001–24200000 · gnegchr16p12.1 · 24200001–28500000 · gpos50chr16p11.2 · 28500001–35300000 · gnegchr16p11.1 · 35300001–36800000 · acenchr16q11.1 · 36800001–38400000 · acenchr16q11.2 · 38400001–47000000 · gvarchr16q12.1 · 47000001–52600000 · gnegchr16q12.2 · 52600001–56000000 · gpos50chr16q13 · 56000001–57300000 · gnegchr16q21 · 57300001–66600000 · gpos100chr16q22.1 · 66600001–70800000 · gnegchr16q22.2 · 70800001–72800000 · gpos50chr16q22.3 · 72800001–74100000 · gnegchr16q23.1 · 74100001–79200000 · gpos75chr16q23.2 · 79200001–81600000 · gnegchr16q23.3 · 81600001–84100000 · gpos50chr16q24.1 · 84100001–87000000 · gnegchr16q24.2 · 87000001–88700000 · gpos25chr16q24.3 · 88700001–90338345 · gnegRRADpq1 bp90,338,345 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr16:66,921,682–66,926,308
Gene span
4,627 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000299759 ★66,921,685–66,925,5355
ENST0000088978866,921,682–66,926,2254
ENST0000088979066,921,682–66,925,7875
ENST0000088979366,921,682–66,925,7875
ENST0000088979566,921,682–66,925,7873
ENST0000095703766,921,682–66,926,3085
ENST0000095703866,921,682–66,926,2315
ENST0000095703966,921,682–66,925,7825
ENST0000095704066,921,682–66,925,5355
ENST0000095704166,921,682–66,925,5365
ENST0000095704266,921,682–66,925,7875
ENST0000095704366,921,682–66,925,7875

顯示 12/22 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

在心肌細胞中,RRAD 可能參與調節基礎電壓依賴型 L 型 Ca(2+) 電流,也可能是 β-腎上腺素能訊號增強 Ca(2+) 流入所需的因子。這項作用與心率及心肌收縮力上升的調節相關;上述通道調控描述依序列相似性推定,並非此處所列的直接驗證結論。

RRAD 也可能透過強烈抑制電壓門控 L 型 Ca(2+) 電流,參與心臟抗心律不整作用。此項角色同樣標示為依相似性推定,因此應視為可能的功能,而非已確立的機制。

在通道調節方面,RRAD 可調節電壓依賴型 L 型鈣通道次單元 alpha-1C 向細胞膜的運送。來源未提供此運送調節的具體條件或實驗細節,因此不能據此推定其他通道運輸步驟或更廣泛的細胞效應。

另有研究指出,RRAD 可透過 calmodulin-dependent kinase II(CaMKII)路徑抑制心臟肥大,並抑制 CAMK2D 的磷酸化與活化。這些結果將 RRAD 與心臟肥大相關訊號調節連結起來;資料支持的是抑制作用及其所涉路徑,未進一步說明下游變化或其在不同生理情境中的程度。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 66925535 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RRAD ENST00000299759 GRCh38 chr16:66925435-66926535 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TGGGTGGGGGCCTGAACCTCCAGGCCCTGGATGTGCCCTGGGTGGCTGGCTCAGCCTACAGCTAGAGGGA
AGAAGGGAGACCTTGACGACTCGAAGTGGCTGGCTCCTGCTGGCATTCAACACCCATTGGCCTGGATTTC
CCCAACTCTGGGCAACTTCCAGTCCAGGAGCAGAATAACCAGAGCCACGGCCAGGGCCAGGGCTGGGGCA
GATTATTTATTTTTAGCAGAGTTGCTGGCAGCTGCCTGGTGGGTGCTGGGAGGTGGGATGGGGACTGAGT
TTAATCCCTTCCCTCTTCTGGGCTGGGGTATCCTCCCCAGGGTTCAAGCAGGCATCTCCACCTGCAACTC
TGTCAGAGCTGCCCCCACCCCCAACAGCCCTCTCAGGGCCCCCAGGGGCTCATGGGGTGACACCAACCCT
CACACTGAAGGTTAGGCTCATTAGGGAGAATCTTCAACTCCAGGATGGGGAGTGGAAAGGATTTTGTGTG
AATTTAGGACACCCCCTAAATTCTAGCTCAGACCTGAGCCTATGGGGAGTGGGTGTCATGGGCAGAGAAG
GGGGATCTCTGTCCAGCCTGTAACTAGCTTACTTGCTAAAAGGACGAGCCGGGACTTGGGGAGAGGAAAG
GGAGAATTCAGTCTCACGGGGCCAGACCGAATTCTTCTCCAGAGGGCAGTTGCTGCTTTTGGCTGATTGG
GTTTACCCCGCTGCCTGCCTCCCCATCACGTACTCCCCCCGCAACCTCGCTCTCTCTCTCCTTCTCACAC
ACACCCTCAGCTCCGGACCTCGCCTACCGGTCAGCCCCTCTATTCCCAGACAGCTACCGCTACTCCCCTG
GCGGGTAGGGCGGGGTGTCGGGGATGTAAGGTCCGAGGAAGAGGGTGGGGGATTCCCCTGGTGGGGGTGG
ACAGACACGTCAGCCCCCGCAGCAGCGTGGACCGGGGGCGGGAGCGGGGGCGGGTGGAGGCTTAAATAGG
CGGCTCTGGAGCCAGAGCCCAGTGCGGGCTGAGAAGGCGGTGGCTGCAGCAGCAGCGGCGGCGGAAACCC
TAAAGTCCGAGTCCGGACTACGAGTGCGTGGCCTCCTAATCCGGATCCTAG
RRAD 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
RRAD_1 ↗16:66,925,535負股66,925,525–66,925,584
RRAD_2 ↗16:66,925,787負股66,925,777–66,925,836

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR16_5KQ2H5 · CTCF_binding_site · 66925026–66925047 · regulatory

ENSR16_9ZK84 · promoter · 66925525–66926025 · regulatory

ENSR16_5KQ2PQ · CTCF_binding_site · 66926461–66926482 · regulatory

ENSR16_BH9LQ · enhancer · 66927026–66927666 · regulatory

ENSR16_C8MBG · enhancer · 66927930–66929070 · regulatory

ENSR16_69TJ3T · CTCF_binding_site · 66928823–66928857 · regulatory

ENSR16_5KQ368 · CTCF_binding_site · 66928934–66928955 · regulatory

ENSR16_9ZK9F · enhancer · 66930173–66930547 · regulatory

· motif · 66923428–66923441 · motif

· motif · 66923428–66923441 · motif

· motif · 66925022–66925029 · motif

· motif · 66925028–66925044 · motif

· motif · 66925332–66925348 · motif

· motif · 66925491–66925504 · motif

· motif · 66925572–66925585 · motif

· motif · 66925584–66925597 · motif

· motif · 66925603–66925616 · motif

· motif · 66926463–66926479 · motif

· motif · 66927231–66927246 · motif

· motif · 66927236–66927248 · motif

· motif · 66927239–66927246 · motif

· motif · 66927261–66927274 · motif

· motif · 66927277–66927285 · motif

· motif · 66927277–66927292 · motif

· motif · 66927364–66927377 · motif

· motif · 66928367–66928375 · motif

· motif · 66928399–66928412 · motif

· motif · 66928470–66928478 · motif

· motif · 66928825–66928841 · motif

· motif · 66928838–66928854 · motif

· motif · 66928936–66928952 · motif

RRAD 在衰竭心臟中的表現量下調。來源未提供造成此變化的調控因素或其發生條件。

序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:308 aa

1 aa308 aa功能區域
依 P55042 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

RAD 屬於小型 GTPase 超家族的 RGK 家族。蛋白質長度為 308 個胺基酸;第 1 至 88 位被註記為無序區,第 278 至 297 位為鈣調蛋白結合區。

功能區域Disordered1–88 aa
功能區域Calmodulin-binding278–297 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 2GJS…

PDB · 2GJS

X-ray · 1.90 A · A/B=87-260

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

RRAD 的定位資料標示為細胞膜;來源未提供定位變化的條件或動態資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
REM3RRADCCNDBP1
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

RRAD 與 calmodulin 的互作偏好其非活化、GDP 結合狀態。RRAD 也可結合 CAMKII;CAMKII 在體外能磷酸化 RAD,並且 RRAD 與 CAMK2D 有互作。另有依相似性推定的資料指出,RRAD 與 CACNB2 互作;此互作可能涉及 β-腎上腺素能訊號對心率及收縮力的調節,並調節 CACNA1C 向細胞膜的運送。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能RRAD 可能調節心肌細胞的基礎電壓依賴型 L 型 Ca(2+) 電流,並可能是 β-腎上腺素能訊號增強 Ca(2+) 流入所需;也可能藉由抑制此類電流參與心臟抗心律不整。另可調節 alpha-1C 向細胞膜運送,並透過 CaMKII 路徑抑制心臟肥大及 CAMK2D 磷酸化與活化;部分通道相關敘述依相似性推定。含實驗來源
證據與來源

May regulate basal voltage-dependent L-type Ca(2+) currents and be required for beta-adrenergic augmentation of Ca(2+) influx in cardiomyocytes, thereby regulating increases in heart rate and contractile force (By similarity). May play an important role in cardiac antiarrhythmia via the strong suppression of voltage-gated L-type Ca(2+) currents (By similarity). Regulates voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C trafficking to the cell membrane (By similarity). Inhibits cardiac hypertrophy through the calmodulin-dependent kinase II (CaMKII) pathway. Inhibits phosphorylation and activation of CAMK2D

PMID 18056528 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用RRAD 偏好與非活化、GDP 結合狀態的 calmodulin 互作,並與 CAMKII 及 CAMK2D 互作;CAMKII 可在體外磷酸化 RAD。RRAD 也與 CACNB2 互作,此互作可能參與 β-腎上腺素能訊號對心率及收縮力的調節,並調節 CACNA1C 向細胞膜運送;後兩項依相似性推定。含實驗來源
證據與來源

Interacts with calmodulin preferentially in the inactive, GDP-bound form. Binds CAMKII which is capable of phosphorylating RAD in vitro. Interacts with CAMK2D. Interacts with CACNB2; interaction may be involved in beta-adrenergic regulation of heart rate and contractile force (By similarity). Interaction with CACNB2 regulates the trafficking of CACNA1C to the cell membrane (By similarity)

PMID 18056528 ↗ · PMID 9115241 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位RRAD 的細胞內定位資料標示為細胞膜;此項資訊未附帶定位變化條件、異構型差異或動態描述。推論支持
證據與來源

Cell membrane

開啟資料庫紀錄 ↗

調控RRAD 在衰竭心臟中的表現量下調;這筆資料未說明造成表現下降的調控因素或其他發生條件。含實驗來源
證據與來源

Down-regulated in failing hearts

PMID 18056528 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000299759 · 1,460 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTGCGGGCTGAGAAGGCGGTGGCTGCAGCAGCAGCGGCG40
41GCGGAAACCCTAAAGTCCGAGTCCGGACTACGAGTGCGTG80
81GCCTCCTAATCCGGATCCTAGTCCTGAGCGTGTCTGTGTG120
121CGAGTGGACGGTCCCGGACGCGATGACCCTGAACGGCGGC160
161GGCAGCGGAGCGGGCGGGAGCCGCGGTGGGGGCCAGGAGC200
201GCGAGCGCCGTCGGGGCAGCACACCCTGGGGCCCCGCCCC240
241GCCGCTGCACCGCCGCAGCATGCCGGTGGACGAGCGCGAC280
281CTGCAGGCGGCGCTGACCCCGGGTGCCCTGACGGCGGCCG320
321CGGCCGGGACGGGGACCCAGGGTCCCAGGCTGGACTGGCC360
361CGAGGACTCCGAGGACTCGCTCAGCTCAGGGGGCAGCGAC400
401TCAGACGAGAGCGTTTACAAGGTGCTGCTGCTGGGGGCGC440
441CCGGCGTGGGCAAGAGCGCCCTGGCGCGCATCTTCGGCGG480
481TGTGGAGGACGGGCCTGAAGCAGAGGCAGCAGGGCACACC520
521TATGATCGCTCCATTGTAGTGGACGGAGAAGAGGCATCAC560
561TCATGGTCTACGACATTTGGGAGCAGGACGGGGGCCGCTG600
601GTTGCCCGGCCACTGCATGGCCATGGGGGATGCCTATGTC640
641ATTGTGTACTCAGTGACGGACAAGGGCAGCTTCGAGAAGG680
681CCTCAGAACTGCGGGTCCAGCTGCGGCGTGCACGGCAAAC720
721AGATGATGTGCCCATCATCCTCGTGGGCAACAAGAGCGAC760
761CTGGTGCGCTCTCGTGAGGTCTCGGTGGATGAGGGCCGGG800
801CCTGCGCGGTGGTCTTTGACTGCAAGTTCATTGAGACATC840
841AGCGGCATTGCACCACAATGTCCAGGCGCTGTTTGAAGGT880
881GTCGTGCGCCAGATACGCCTGCGCAGGGACAGCAAAGAAG920
921CCAACGCACGACGGCAAGCAGGCACCCGGAGGCGAGAGAG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。