基因總覽
RPS3A（ribosomal protein S3A）是蛋白質編碼基因，產物屬於真核生物核糖體蛋白 eS1 家族。它是小型核糖體次單元的組成成員；成熟核糖體由小型與大型次單元構成，負責細胞內蛋白質合成。RPS3A 也出現在小型次單元 processome 中，這是小型真核核糖體次單元形成過程中的早期前驅複合體。其蛋白質長 264 個胺基酸，資料註記第 232 至 264 位胺基酸區段為無序區。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000274065 ★ | 151,099,628–151,104,642 | 6 |
| ENST00000512690 | 151,099,565–151,104,637 | 6 |
| ENST00000913221 | 151,099,565–151,104,652 | 6 |
| ENST00000913222 | 151,099,565–151,104,652 | 6 |
| ENST00000913223 | 151,099,565–151,104,652 | 6 |
| ENST00000913224 | 151,099,565–151,104,652 | 6 |
| ENST00000913225 | 151,099,565–151,104,652 | 6 |
| ENST00000968783 | 151,099,565–151,104,652 | 3 |
| ENST00001070849 | 151,099,565–151,104,652 | 6 |
| ENST00001070852 | 151,099,565–151,104,637 | 2 |
| ENST00001093928 | 151,099,565–151,104,652 | 5 |
| ENST00001093929 | 151,099,565–151,104,652 | 6 |
顯示 12/30 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPS3A 是小型核糖體次單元的組成成員。核糖體是大型核糖核蛋白複合體，負責細胞內蛋白質的合成；成熟核糖體的小型次單元含有約 33 種不同蛋白質及一個 18S RNA 分子，大型次單元則含有約 49 種蛋白質及 28S、5.8S、5S 三種 RNA 分子。
在核糖體生成的早期階段，RPS3A 也屬於小型次單元 processome。這個複合體是小型真核核糖體次單元的第一個前驅體，由 70 多種蛋白質及 RNA 伴護分子 U3 snoRNA 組成。於核仁組裝時，多種核糖體生成因子、RNA 伴護分子與核糖體蛋白會和新生的前體 rRNA 結合並協同作用，促成 RNA 摺疊、修飾、重排與切割；RNA 外切體也會參與前核糖體 RNA 的標靶降解。
此外，RPS3A 可能透過調節轉錄因子 DDIT3，在紅血球生成過程中發揮作用。此功能以相似性推定，來源未提供其作用機制或證據細節，因此不能視為已確立的因果關係。
Promoter 與基因調控
>RPS3A ENST00000274065 GRCh38 chr4:151098628-151099728 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CGTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCACCCGGCTAATTTTTTGTATGTTTAGTAGA GACGGGGTTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGAGCTCAGGCGATCCGCCCGCCTCAGCC TCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAACGCCCTGCTAATTTTATCATTTTC TTGTAAAGACGGGGTCTGGCTGTGTGGCCCAGGCTAGTCTCCAATTCCTGGCTTCAGTTGATTCCCCTGC CTCAGCCTCTTAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCAACGAGTTCGGTCTCACTCTATTTTAAAAAAA CCTTTTAATCAATATATAACAGACATATAGAAAAGGACACAAATAAGCGTAGAGCTTAGTGAATGTTCAC AAAGCAACAACACCTGAGATGAACCAGCATCCACATCAACAAGCAGAACGTCGCTAGCATCTCTGGAGTG ATGCTCATTTAGCCCTATGAAACCTCATGAAGCCGACCGTTTTATCACCCCCATATTACGCATGAGGAAA CAAGCGTGGAGAGGTCGGTCTCAAGCAAAGCCCTGTTGAAACCGGCATTTGAATCAGATCCGCTGACTGA CTCCAAAGCCAATGCTCTCAAAAAGCAGGTTTGGGGGTTAGACGGTGAGTTCAGCTTTGAACGATGTTGA GTGGGCGTCTCGTTTTACAGAAACTTACTTCCCGACGTCACAGCCACAGAAACCACAGGTAACCAGACGC CTGCACGTCAGGCCACCGACGCCTTGGTCTACACAGCGCAGCCTCCAGTGAGCCCGCGGCATGCCGCGCG GCCTCCCCACACACGATGGCGATGTCGCAACCACAGTAGAAAGAGTGGCGCTCTCTACTGTCCCGGAATT CTTGAGGCCGGAAGAATAACAGGGCAAAGGTCACGTAGACGGCGCGCCCCGCCCCCGTACGCCTAAGTTC TCGCGCGACTCCCACTTCCGCCCTTTTGGCTCTCTGACCAGCACCATGGCGGTTGGCAAGAACAAGCGCC TTACGAAAGGCGGCAAAAAGGGAGCCAAGAAGAAAGTGTAAGTCGCGACTG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPS3A_1 ↗ | 4:151,099,629 | 正股 | 151,099,580–151,099,639 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR4_947Z9L · enhancer · 151098229–151098560 · regulatory
ENSR4_B34ZMD · enhancer · 151098722–151099434 · regulatory
ENSR4_86FXKT · promoter · 151099435–151099684 · regulatory
ENSR4_53BJKPK · CTCF_binding_site · 151099676–151099697 · regulatory
· motif · 151096926–151096940 · motif
· motif · 151096926–151096940 · motif
· motif · 151097008–151097019 · motif
· motif · 151097137–151097148 · motif
· motif · 151097347–151097358 · motif
· motif · 151099323–151099336 · motif
· motif · 151099368–151099385 · motif
· motif · 151099377–151099385 · motif
· motif · 151099409–151099422 · motif
· motif · 151099481–151099491 · motif
· motif · 151099544–151099553 · motif
· motif · 151099557–151099570 · motif
· motif · 151099562–151099574 · motif
· motif · 151099585–151099598 · motif
· motif · 151099620–151099629 · motif
· motif · 151099620–151099631 · motif
· motif · 151099620–151099631 · motif
· motif · 151099651–151099661 · motif
· motif · 151099678–151099694 · motif
· motif · 151101729–151101740 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：264 aa
RPS3A 蛋白長 264 個胺基酸，屬於真核生物核糖體蛋白 eS1 家族。序列註解將第 232 至 264 位胺基酸標示為無序區；來源未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RPS3A 位於細胞質、細胞核與核仁，也見於含有未翻譯 mRNA 的細胞質 mRNP 顆粒。 來源未進一步說明不同位置之間的轉移條件或動態。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- HSP90AA1P07900 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RPL10AP62906 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RPS14P62263 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
RPS3A 是小型核糖體次單元及小型次單元 processome 的組成成員，也曾被鑑定於含未翻譯 mRNA、依賴 IGF2BP1 的 mRNP 顆粒複合體中。資料指出 RPS3A 與 IPO4 高親和力結合，並與 DDIT3 互作；來源未說明這些互作的功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPS3A 是小型核糖體次單元的組成成員，而核糖體負責細胞內蛋白質合成。它也參與小型次單元 processome；在核仁組裝期間，核糖體生成因子、RNA 伴護分子及核糖體蛋白與新生前體 rRNA 協同作用，促成 RNA 摺疊、修飾、重排、切割，以及 RNA 外切體對前核糖體 RNA 的標靶降解。此外，RPS3A 可能透過調節 DDIT3 參與紅血球生成，此項為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell. Part of the small subunit (SSU) processome, first precursor of the small eukaryotic ribosomal subunit. During the assembly of the SSU processome in the nucleolus, many ribosome biogenesis factors, an RNA chaperone and ribosomal proteins associate with the nascent pre-rRNA and work in concert to generate RNA folding, modifications, rearrangements and cleavage as well as targeted degradation of pre-ribosomal RNA by the RNA exosome. May play a role during erythropoiesis through regulation of transcription factor DDIT3 (By similarity) PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 交互作用 | RPS3A 是小型核糖體次單元的成員；成熟核糖體由小型 40S 與大型 60S 次單元組成，前者含約 33 種蛋白質及一個 18S RNA，後者含約 49 種蛋白質及 28S、5.8S、5S 三種 RNA。RPS3A 也被鑑定於依賴 IGF2BP1、含未翻譯 mRNA 的 mRNP 顆粒複合體中；它與 IPO4 高親和力結合，並與 DDIT3 互作，亦屬於由 70 多種蛋白質和 U3 snoRNA 組成的 processome。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. Mature ribosomes consist of a small (40S) and a large (60S) subunit. The 40S subunit contains about 33 different proteins and 1 molecule of RNA (18S). The 60S subunit contains about 49 different proteins and 3 molecules of RNA (28S, 5.8S and 5S). Identified in a IGF2BP1-dependent mRNP granule complex containing untranslated mRNAs. Binds with high affinity to IPO4. Interacts with DDIT3. Part of the small subunit (SSU) processome, composed of more than 70 proteins and the RNA chaperone small nucleolar RNA (snoRNA) U3 PMID 11823430 ↗ · PMID 17289661 ↗ · PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 細胞定位 | RPS3A 位於細胞質、細胞核及核仁，也定位於含有未翻譯 mRNA 的細胞質 mRNP 顆粒。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Nucleus, nucleolus; Localized in cytoplasmic mRNP granules containing untranslated mRNAs PMID 17289661 ↗ · PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CCCTTTTGGCTCTCTGACCAGCACCATGGCGGTTGGCAAG40AACAAGCGCCTTACGAAAGGCGGCAAAAAGGGAGCCAAGA80AGAAAGTGGTTGATCCATTTTCTAAGAAAGATTGGTATGA120TGTGAAAGCACCTGCTATGTTCAATATAAGAAATATTGGA160AAGACGCTCGTCACCAGGACCCAAGGAACCAAAATTGCAT200CTGATGGTCTCAAGGGTCGTGTGTTTGAAGTGAGTCTTGC240TGATTTGCAGAATGATGAAGTTGCATTTAGAAAATTCAAG280CTGATTACTGAAGATGTTCAGGGTAAAAACTGCCTGACTA320ACTTCCATGGCATGGATCTTACCCGTGACAAAATGTGTTC360CATGGTCAAAAAATGGCAGACAATGATTGAAGCTCACGTT400GATGTCAAGACTACCGATGGTTACTTGCTTCGTCTGTTCT440GTGTTGGTTTTACTAAAAAACGCAACAATCAGATACGGAA480GACCTCTTATGCTCAGCACCAACAGGTCCGCCAAATCCGG520AAGAAGATGATGGAAATCATGACCCGAGAGGTGCAGACAA560ATGACTTGAAAGAAGTGGTCAATAAATTGATTCCAGACAG600CATTGGAAAAGACATAGAAAAGGCTTGCCAATCTATTTAT640CCTCTCCATGATGTCTTCGTTAGAAAAGTAAAAATGCTGA680AGAAGCCCAAGTTTGAATTGGGAAAGCTCATGGAGCTTCA720TGGTGAAGGCAGTAGTTCTGGAAAAGCCACTGGGGACGAG760ACAGGTGCTAAAGTTGAACGAGCTGATGGATATGAACCAC800CAGTCCAAGAATCTGTTTAAAGTTCAGACTTCAAATAGTG840GCAAATAAAAAGTGCTATTTGTGATGGTT869cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。