基因總覽
RPS14 是蛋白質編碼基因,產物名稱為 ribosomal protein S14,屬於 universal ribosomal protein uS11 family。它是核糖體小型次單元的組成成分;核糖體則是由 RNA 與蛋白質構成、負責細胞內蛋白質合成的大型核糖核蛋白複合體。除成熟核糖體相關角色外,ribosomal protein S14 也屬於小型次單元 processome 的成分;該 processome 是真核小型核糖體次單元形成過程中的早期前體複合體。這些資訊界定了它與核糖體及其生合成的關聯,但不代表它單獨執行整個複合體的工作。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000407193 ★ | 150,442,635–150,449,739 | 5 |
| ENST00001110274 | 150,429,756–150,449,764 | 5 |
| ENST00000401695 | 150,442,635–150,449,713 | 5 |
| ENST00000922452 | 150,442,635–150,449,741 | 5 |
| ENST00001136138 | 150,442,635–150,449,764 | 5 |
| ENST00000922453 | 150,443,149–150,449,764 | 5 |
| ENST00001039170 | 150,443,177–150,449,764 | 5 |
| ENST00000922454 | 150,443,805–150,449,716 | 5 |
| ENST00000922459 | 150,444,224–150,449,708 | 5 |
| ENST00001061572 | 150,444,224–150,449,764 | 5 |
| ENST00001061619 | 150,444,226–150,449,713 | 5 |
| ENST00000922455 | 150,444,229–150,449,952 | 5 |
顯示 12/45 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ribosomal protein S14 是小型核糖體次單元的組成成分。核糖體是細胞內負責合成蛋白質的大型核糖核蛋白複合體,因此 RPS14 的來源註解將其定位在蛋白質合成相關的核糖體組成中;來源未進一步說明它在成熟核糖體中的個別分子作用。
RPS14 也參與小型次單元 processome。這個複合體是真核小型核糖體次單元形成的第一個前體,並在核仁中組裝。組裝期間,多種核糖體生合成因子、RNA 伴護蛋白及核糖體蛋白會與新生的 pre-rRNA 結合,協同處理其成熟所需的變化。
這些協同工作包括促進 RNA 摺疊、修飾與重排,以及進行切割;此外,RNA exosome 也會針對性降解前核糖體 RNA。來源描述的是多種成分共同參與的過程,並未將其中任一項 RNA 處理步驟單獨歸因於 RPS14。由此可見,RPS14 的已知角色涵蓋小型次單元的組成,以及其前體形成期間所屬的組裝複合體。
Promoter 與基因調控
>RPS14 ENST00000407193 GRCh38 chr5:150449639-150450739 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAGAAAATCCAGACCACCCTAGTCAACACGGTAAAACCCCGT CTCTACTAATACACACACACAAAAAATTTGTCGGGCGTGGTGGCACGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGG GAGGCTGAGGCAGAATAGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCGGTCAGCCGAGATTGCGCCACTGCACT CCAGCCTTGGCTACAGAACAAGATTCGGTCGAAATATATACATGTATATTGTTATTAGAGGGCTATGTGG AAGTAGCTATTAAACACGAGGGCTTTGAAGCTAGAATTCCAAACCCTTCTGCAAAGGTGTGCTCTCAGTT AACATCCTTTATCTGTAAGAGGGAAATCAAAATTATTTGATAATGTCTTGAGGAGTAAATGAAGCAATGC ATATAAACTGTTTAGCCCAGACCGGTCTGAAAATACATATTGAATAATTTATTCTTATTTTGCCCATTAT ATAATATGCCAAAGTAAGTGATTACGGTGTGTTTTCCCCGACTATGTTGCCTAGGCTGGCCTCGAACTAC TTGGACGAAGCGATCCTCAGCCTCCTGAGTAACTGGGACCACAGGCCGGCGCCACCCTAGCTTTAATTAA GGCCGTTTTGTTGTTGTTATTCCCCTGCTCCACACAAGGGGCGCTGCCGCTCCAAGGCTGCCAGGGCGGG AGTCAGGATGGCGGAAGTCTGTCTAGCCACGACCACCGCCATCATGGAATACAGGCCCACCTCACCCCGC GGGTGTAGCCGCTTCGTACTGTCGCTTAGGCCGACCCGCTCGCAGCGACAACCAGCCCTCTACCTCTTTT CGCTCTCCCTTAAGTAATAAACCGTCTTTCCTTATGACGAGTCTTAAACTCTTTGGGAGGAATAATGCCG GCGTCTTCCGGAACCCGACCTCGCCCCGTGACCTCAGAGGTATACTTCCGGGACACGGAAGTGACCCCCG TCGCTCCGCCCCCTCCCACTCTCTCTTTCCGGTGTGGAGTCTGGAGACGACGTGCAGGTAGGAGGCCCGG GCGCGACAATCGGGGGGCATCCTGCGGCGAGGGGACCCTGTGGGGCTTGGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPS14_1 ↗ | 5:150,449,737 | 負股 | 150,449,727–150,449,786 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_947PBL · enhancer · 150448404–150448902 · regulatory
ENSR5_947PBQ · promoter · 150448903–150449403 · regulatory
ENSR5_7BSTBM · promoter · 150449681–150449784 · regulatory
ENSR5_B34T6H · enhancer · 150449785–150450498 · regulatory
ENSR5_947PD9 · enhancer · 150454271–150454608 · regulatory
· motif · 150448517–150448528 · motif
· motif · 150449566–150449575 · motif
· motif · 150449610–150449621 · motif
· motif · 150449727–150449736 · motif
· motif · 150449741–150449751 · motif
· motif · 150449747–150449757 · motif
· motif · 150449762–150449769 · motif
· motif · 150449767–150449776 · motif
· motif · 150449767–150449778 · motif
· motif · 150449767–150449778 · motif
· motif · 150449776–150449787 · motif
· motif · 150449776–150449787 · motif
· motif · 150449778–150449787 · motif
· motif · 150449793–150449805 · motif
· motif · 150449795–150449808 · motif
· motif · 150449795–150449810 · motif
· motif · 150449996–150450006 · motif
· motif · 150449999–150450016 · motif
· motif · 150450004–150450014 · motif
· motif · 150450021–150450032 · motif
· motif · 150450021–150450032 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:151 aa
ribosomal protein S14 長 151 個胺基酸,歸屬於 universal ribosomal protein uS11 family。序列註解將第 131 至 151 位胺基酸標示為無序區;此區域特徵來自預測性資料庫註解,來源未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ribosomal protein S14 註記位於細胞質與細胞核核仁。 來源未提供不同定位出現的條件、定位變化或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- AK6Q9Y3D8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- KRR1Q13601 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- PSMD9O00233 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RPS3AP61247 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TAF9Q16594 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
RPS14 是小型核糖體次單元的組成成分,也屬於小型次單元 processome。後者由超過 70 種蛋白質及 RNA 伴護分子 small nucleolar RNA (snoRNA) U3 組成。來源支持其複合體成分關係,但未指出 RPS14 與特定成員之間的直接實體結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPS14 是小型核糖體次單元的組成成分;核糖體是負責細胞內蛋白質合成的大型核糖核蛋白複合體。它也屬於真核小型次單元的第一個前體,即小型次單元 processome。該複合體在核仁組裝時,多種核糖體生合成因子、RNA 伴護蛋白與核糖體蛋白共同結合新生 pre-rRNA,協助其摺疊、修飾、重排與切割,並由 RNA exosome 針對性降解前核糖體 RNA。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell. Part of the small subunit (SSU) processome, first precursor of the small eukaryotic ribosomal subunit. During the assembly of the SSU processome in the nucleolus, many ribosome biogenesis factors, an RNA chaperone and ribosomal proteins associate with the nascent pre-rRNA and work in concert to generate RNA folding, modifications, rearrangements and cleavage as well as targeted degradation of pre-ribosomal RNA by the RNA exosome PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 交互作用 | RPS14 是小型核糖體次單元的組成成分,也屬於小型次單元 processome。該 processome 由超過 70 種蛋白質及 RNA 伴護分子 small nucleolar RNA (snoRNA) U3 組成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. Part of the small subunit (SSU) processome, composed of more than 70 proteins and the RNA chaperone small nucleolar RNA (snoRNA) U3 PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 細胞定位 | RPS14 的細胞定位註記包括細胞質與細胞核核仁。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTCTCTTTCCGGTGTGGAGTCTGGAGACGACGTGCAGAAA40TGGCACCTCGAAAGGGGAAGGAAAAGAAGGAAGAACAGGT80CATCAGCCTCGGACCTCAGGTGGCTGAAGGAGAGAATGTA120TTTGGTGTCTGCCATATCTTTGCATCCTTCAATGACACTT160TTGTCCATGTCACTGATCTTTCTGGCAAGGAAACCATCTG200CCGTGTGACTGGTGGGATGAAGGTAAAGGCAGACCGAGAT240GAATCCTCACCATATGCTGCTATGTTGGCTGCCCAGGATG280TGGCCCAGAGGTGCAAGGAGCTGGGTATCACCGCCCTACA320CATCAAACTCCGGGCCACAGGAGGAAATAGGACCAAGACC360CCTGGACCTGGGGCCCAGTCGGCCCTCAGAGCCCTTGCCC400GCTCGGGTATGAAGATCGGGCGGATTGAGGATGTCACCCC440CATCCCCTCTGACAGCACTCGCAGGAAGGGGGGTCGCCGT480GGTCGCCGTCTGTGAACAAGATTCCTCAAAATATTTTCTG520TTAATAAATTGCCTTCATGTAAACTGTTTCAACTCCAGCC560TTCTCTCCTTCATCAGGGGCTACTCAGGCATTTGATTTCT600TCCTCCTATTTGGCTTCTTGGGAGAAAGGAGCCTGAGGAG640AGCTGAGATCCTGGTGCTGCATTTGGGGTCTTTTCCATGC680TACTTGCGGCATTAAGTTGCCTTGGTCATCTAAAGCAGAC720CAAGGCGTTGGAGACCTCGTTTTGAGTGGAGATGCTGGTT760CTAAATATGGACCAATTCTTAAAGAGCCAGAGTGGGAACT800GTTGATCCAAGTGTAGCCTGAAGCGAAAGAGGAGCCTTCC840AGACCCATGCCATATATAAACACACGTGGGTGTGCATTCT880CCCCCCACACCTTCTGTGCAAAGCTGGGAGCTCACTCCAC920TGCGTCTTGCTTTTTTTCACTTGGCAGATCTTGGAGATTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。