基因總覽
RPS13 是蛋白質編碼基因，產物名稱為 ribosomal protein S13，屬於 universal ribosomal protein uS15 family。它是小型核糖體次單元的組成成員；核糖體是由 RNA 與蛋白質構成、負責細胞內蛋白質合成的大型核糖核蛋白複合體。RPS13 也參與小型次單元 processome，這是形成真核生物小型核糖體次單元的前驅組裝體。現有資料支持其家族歸屬及在上述核糖體相關複合體中的角色，但未提供更細部的序列或結構描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000525634 ★ | 17,074,388–17,077,667 | 6 |
| ENST00001129677 | 17,066,750–17,077,729 | 4 |
| ENST00000924886 | 17,074,385–17,077,729 | 6 |
| ENST00000924888 | 17,074,385–17,077,729 | 6 |
| ENST00000924887 | 17,074,387–17,077,729 | 6 |
| ENST00001097540 | 17,074,388–17,077,729 | 6 |
| ENST00001141395 | 17,074,388–17,077,729 | 6 |
| ENST00000228140 | 17,074,389–17,077,729 | 6 |
| ENST00000924889 | 17,074,389–17,077,729 | 6 |
| ENST00000924890 | 17,074,389–17,077,729 | 6 |
| ENST00000924891 | 17,074,389–17,077,729 | 6 |
| ENST00000924892 | 17,074,389–17,077,729 | 6 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPS13 的產物是小型核糖體次單元的組成成員。核糖體是大型核糖核蛋白複合體，負責細胞內蛋白質的合成；因此，RPS13 的主要功能定位在核糖體及其形成過程中。來源也指出，RPS13 是小型次單元 processome 的一部分。這個 processome 是真核生物小型核糖體次單元形成的第一個前驅體。
小型次單元 processome 在核仁中組裝。組裝期間，多種核糖體生合成因子、RNA 伴護蛋白及核糖體蛋白會與新生成的前體核糖體 RNA（pre-rRNA）結合，並協同作用。這項工作涉及 RNA 摺疊、修飾與重排，也包括切割前體 RNA，以及由 RNA exosome 對前核糖體 RNA 進行目標性降解。來源將這些步驟描述為共同進行的組裝與 RNA 處理活動，並未指出 RPS13 單獨催化其中任一反應。
因此，RPS13 的功能涵蓋成熟小型核糖體次單元的組成，以及其前驅組裝體中的參與。它所處的 processome 為前體 RNA 的整理與加工提供多種因子協同作用的組裝環境；這些過程與真核生物小型核糖體次單元的形成相連。現有資料未進一步界定 RPS13 在各項 RNA 加工步驟中的個別作用。
Promoter 與基因調控
>RPS13 ENST00000525634 GRCh38 chr11:17077567-17078667 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGGAAAAACCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGAAGTGGTGGCGCATGCCTGTGATCCCAGCT ATTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAAGCCGGGAGGCGGAGGGTGCGGCAAGCCGAGATCGCGC CATTGCACTCCAGCCTGCGAATCAAGAGCGAAACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGCTTCTTCCTTGAC GGTTCCCTTTTCCCATGAAATTCAAATGCTTCATTTTATCCCTCATCCTCTTGGCCTTTGCAGTCTTGCT CCCAAGGCTCTTCCCTGCCCGCCAACTCTCTCACTTGGGAACATAGCTCCGTAAGCCTCTGCCCAACCCT TCTCCCCGGCGAGCCCAGCGCCCCAGAGCCCTGCGCAGGGGAATTCGAGTGCGGAGGGCGGCAGGCATCC GTGGGGACCTGGTTCAACTCCTTAGACCGGTTCTTCACCGTCAGCGACTCTCCCCTGACAGATTAGGGTA GGATTTAGAAATGAGAAATGGAAGCGCTGGCTGGGCGGTAGCCGCTGCCATGGCTTCCCGTGTGGTCCTC ATCACATGCTATTGTATCTGTTAATTTATTAGGCGCAGGGCCGACTCTGAGGGATCTAGTGCCAGGACAA AGCCAGGCACTGGTGAATGAGCAAACACCTGTGTATGGCTGCTTCTTCCAGCCCTACCTGCTCCATACCC ACCCCCAGCGCAGCATTCGAATCTTTGTGATCTCGGCGTCCACAGGGAATTTCGACGCAAGCTGGCGTCA GCCTCAAATTCCCGCTCTGGCAACAAGGCTGACCAAAGACCGATGCATGCCGGGATGAGGCTGGATTGAC GATCTCTTGCGACGCTGAAATGCATTTCGGGAGATGTAGTCACACAGACGGGCGGTGGCTGCGCAGCGTA GCTCCGCCTCCTGCGTGAGAGGAAGCGGGGACGTGTGAGGTCACTTCCTGCGTGTTGGGTGGCTTCCTGC GGCGTTTCCACTCTCGCTCTCCTTTCGTTGCCTGATCGCCGCCATCATGGGTCGCATGCATGCTCCCGGG TGAGCTCGGGGCATCAAGCCGGATTGCTGGGCGGGGGGTGGGAGGAAGACA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPS13_1 ↗ | 11:17,077,667 | 負股 | 17,077,657–17,077,716 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR11_8HJXK · enhancer · 17073549–17073715 · regulatory
ENSR11_98R2J · promoter · 17077656–17078157 · regulatory
· motif · 17076028–17076036 · motif
· motif · 17077313–17077324 · motif
· motif · 17077641–17077651 · motif
· motif · 17077707–17077716 · motif
· motif · 17078120–17078135 · motif
· motif · 17078362–17078373 · motif
· motif · 17078438–17078449 · motif
· motif · 17082633–17082642 · motif
· motif · 17082633–17082642 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：151 aa
ribosomal protein S13 屬於 universal ribosomal protein uS15 family。現有來源提供其家族歸屬，但沒有列出蛋白質序列、結構域或其他功能區域的註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源列出 RPS13 位於細胞質及細胞核核仁；其中核仁也是小型次單元 processome 組裝的所在位置。 資料未描述定位隨條件或異構型而改變的情形。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- LRRK2Q5S007 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAP3K14Q99558 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PDCD4Q53EL6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
RPS13 是小型核糖體次單元的組成成員，也屬於小型次單元 processome。該 processome 由超過 70 種蛋白質及 RNA 伴護分子 small nucleolar RNA (snoRNA) U3 組成；來源說明的是複合體成員關係，未指出 RPS13 與其中任一成員之間的特定直接結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPS13 是小型核糖體次單元的成員，而核糖體負責細胞內蛋白質合成。它也屬於真核生物小型次單元的第一個前驅體 processome；在核仁組裝時，多種生合成因子、RNA 伴護蛋白及核糖體蛋白協同處理新生 pre-rRNA，包括摺疊、修飾、重排、切割及 RNA exosome 的目標性降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell. Part of the small subunit (SSU) processome, first precursor of the small eukaryotic ribosomal subunit. During the assembly of the SSU processome in the nucleolus, many ribosome biogenesis factors, an RNA chaperone and ribosomal proteins associate with the nascent pre-rRNA and work in concert to generate RNA folding, modifications, rearrangements and cleavage as well as targeted degradation of pre-ribosomal RNA by the RNA exosome PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 交互作用 | RPS13 是小型核糖體次單元的組成成員，也屬於小型次單元 processome。此 processome 包含超過 70 種蛋白質，以及 RNA 伴護分子 small nucleolar RNA (snoRNA) U3。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the small ribosomal subunit. Part of the small subunit (SSU) processome, composed of more than 70 proteins and the RNA chaperone small nucleolar RNA (snoRNA) U3 PMID 23636399 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 細胞定位 | 來源列出的 RPS13 細胞內位置包括細胞質，以及細胞核中的核仁。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CCTTTCGTTGCCTGATCGCCGCCATCATGGGTCGCATGCA40TGCTCCCGGGAAGGGCCTGTCCCAGTCGGCTTTACCCTAT80CGACGCAGCGTCCCCACTTGGTTGAAGTTGACATCTGACG120ACGTGAAGGAGCAGATTTACAAACTGGCCAAGAAGGGCCT160TACTCCTTCACAGATCGGTGTAATCCTGAGAGATTCACAT200GGTGTTGCACAAGTACGTTTTGTGACAGGCAATAAAATTT240TAAGAATTCTTAAGTCTAAGGGACTTGCTCCTGATCTTCC280TGAAGATCTCTACCATTTAATTAAGAAAGCAGTTGCTGTT320CGAAAGCATCTTGAGAGGAACAGAAAGGATAAGGATGCTA360AATTCCGTCTGATTCTAATAGAGAGCCGGATTCACCGTTT400GGCTCGATATTATAAGACCAAGCGAGTCCTCCCTCCCAAT440TGGAAATATGAATCATCTACAGCCTCTGCCCTGGTCGCAT480AAATTTGTCTGTGTACTCAAGCAATAAAATGATTGTTTAA520CTAAAAG527cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。