基因總覽
RPLP0 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 ribosomal protein lateral stalk subunit P0。其產物 ribosomal protein P0 在功能上相當於 E. coli 蛋白質 L10。現有資料未提供更多可用於描述其基本性質或結構特色的資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000392514 ★ | 120,196,699–120,201,111 | 8 |
| ENST00000551150 | 120,196,699–120,201,114 | 7 |
| ENST00000552292 | 120,196,699–120,197,808 | 2 |
| ENST00000313104 | 120,196,699–120,201,211 | 7 |
| ENST00000546989 | 120,196,699–120,201,211 | 8 |
| ENST00000228306 | 120,196,699–120,201,211 | 8 |
| ENST00000874747 | 120,196,699–120,201,211 | 8 |
| ENST00000874748 | 120,196,699–120,201,211 | 7 |
| ENST00000874749 | 120,196,699–120,201,211 | 8 |
| ENST00000874750 | 120,196,699–120,201,211 | 8 |
| ENST00000874751 | 120,196,699–120,201,211 | 8 |
| ENST00000874752 | 120,196,699–120,201,211 | 8 |
顯示 12/62 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ribosomal protein P0 在功能上相當於 E. coli 蛋白質 L10。來源未進一步說明這項功能等同性所涉及的分子作用方式、相關生物學過程或生理意義,因此不延伸推定其他功能。
Promoter 與基因調控
>RPLP0 ENST00000392514 GRCh38 chr12:120201011-120202111 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACCCAGGCTAGAGTGCAATGGTGTGATCTTAGCTCACTGCAGAGCTCACAGCTCCCGGGTTCAAGCGATT CTTCTGCCTCGGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACGGGCATGCGCCACCCCACCTGGCTAATTTTTGTATT TTTAGTAGAGACGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTAGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCC GCCTCGTCCTCCCGAAGTGCTGGGAGTATAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAGGTTTTAAAGGATCCC TCTGTTTTGGTAGGCGGAAAAACTAGAGAAGACGAGAGACCATTCTGAGGCCGGGCGCGGCGGGTCACGC CTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGA GAACATGATGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAATTAGCCGAGCACGGTGGCGGGCGCCT GTAGTCCCAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTCAG CCGAGATGGCGCCACTGCGCTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGACACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAA GAGAAACCATTCTGTTTCTAAGCATGTGCAATTATGTCTCAGCTCCACGTCATACCTTTTAGTTTGCTGA GCTCGCCAGGTGGCACAGGGAACCGGGACTCCGAATTCGCAGCTCCAGCTCCAGCTCCAGCCCAGCAGGT GGCAGCAGCTCAGAGCAAGCTCCTCCAACGCGAGGCAGCGCCTTCCTTCGCGACCCTACTTAAAGGCGGC TTTCCGTTGGCTGGAGTGGCAGCGATATTATCCAATGGTTGCCTGTATTCGTTCAGCTTTGTCTGACGGG CGATGGCGCAGCCAATAGACAGGAGCGCTATCCGCGGTTTCTGATTGGCTACTTTGTTCGCATTATAAAA GGCACGCGCGGGCGCGAGGCCCTTCTCTCGCCAGGCGTCCTCGTGGAAGGTTCGTGTGCTAGTTAGATGG GCGCCAGGGGTCGCCGGCGGGAAGCATGGAGGGGTCTTTGGGGGCCTTTGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPLP0_2 ↗ | 12:120,200,823 | 負股 | 120,200,813–120,200,872 |
| RPLP0_1 ↗ | 12:120,201,107 | 負股 | 120,201,097–120,201,156 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_CFX33 · enhancer · 120199617–120201088 · regulatory
ENSR12_5339CLC · CTCF_binding_site · 120201045–120201066 · regulatory
ENSR12_93QP6G · promoter · 120201089–120201382 · regulatory
ENSR12_5339CM3 · CTCF_binding_site · 120201190–120201211 · regulatory
ENSR12_5339CMP · CTCF_binding_site · 120201334–120201355 · regulatory
ENSR12_CFX36 · enhancer · 120201383–120202526 · regulatory
ENSR12_5339CMZ · CTCF_binding_site · 120201393–120201414 · regulatory
· motif · 120196421–120196443 · motif
· motif · 120196421–120196443 · motif
· motif · 120199912–120199921 · motif
· motif · 120200017–120200028 · motif
· motif · 120200128–120200136 · motif
· motif · 120201047–120201063 · motif
· motif · 120201076–120201092 · motif
· motif · 120201116–120201127 · motif
· motif · 120201116–120201127 · motif
· motif · 120201122–120201133 · motif
· motif · 120201162–120201179 · motif
· motif · 120201192–120201208 · motif
· motif · 120201336–120201352 · motif
· motif · 120201395–120201411 · motif
· motif · 120201411–120201422 · motif
· motif · 120201473–120201493 · motif
· motif · 120201811–120201822 · motif
· motif · 120202082–120202094 · motif
· motif · 120202189–120202209 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:317 aa
ribosomal protein lateral stalk subunit P0 長 317 個胺基酸,屬於 universal ribosomal protein uL10 家族。序列註解指出第 294 至 317 個胺基酸構成一段預測為無序的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ribosomal protein P0 位於細胞核與細胞質,也可見於含有未翻譯 mRNA 的細胞質 mRNP 顆粒。 資料未提供其定位改變的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- CCNDBP1O95273 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- STAU1O95793 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
ribosomal protein P0 與 P1、P2 的二聚體互相作用,形成五聚體複合體。它也被辨識於依賴 IGF2BP1、含有未翻譯 mRNA 的 mRNP 顆粒複合體中;此外,資料記載它與 APEX1 及 FMR1 isoform 6 有交互作用,但未說明這些關係是否屬於同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ribosomal protein P0 在功能上相當於 E. coli 蛋白質 L10;此敘述指出兩者具有功能等同性,但未提供作用機制或相關生物學過程的細節。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | P0 與 P1、P2 的二聚體互相作用形成五聚體複合體;它也出現在依賴 IGF2BP1、含未翻譯 mRNA 的 mRNP 顆粒複合體中,並與 APEX1 及 FMR1 isoform 6 交互作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源P0 forms a pentameric complex by interaction with dimers of P1 and P2. Identified in a IGF2BP1-dependent mRNP granule complex containing untranslated mRNAs. Interacts with APEX1. Interacts with FMR1 isoform 6 PMID 17289661 ↗ · PMID 19188445 ↗ · PMID 24658146 ↗ · PMID 3323886 ↗ |
| 細胞定位 | P0 位於細胞核與細胞質,並定位於含未翻譯 mRNA 的細胞質 mRNP 顆粒;資料未描述造成此定位的條件或定位變化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Localized in cytoplasmic mRNP granules containing untranslated mRNAs PMID 19188445 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CCTTCTCTCGCCAGGCGTCCTCGTGGAAGTGACATCGTCT40TTAAACCCTGCGTGGCAATCCCTGACGCACCGCCGTGATG80CCCAGGGAAGACAGGGCGACCTGGAAGTCCAACTACTTCC120TTAAGATCATCCAACTATTGGATGATTATCCGAAATGTTT160CATTGTGGGAGCAGACAATGTGGGCTCCAAGCAGATGCAG200CAGATCCGCATGTCCCTTCGCGGGAAGGCTGTGGTGCTGA240TGGGCAAGAACACCATGATGCGCAAGGCCATCCGAGGGCA280CCTGGAAAACAACCCAGCTCTGGAGAAACTGCTGCCTCAT320ATCCGGGGGAATGTGGGCTTTGTGTTCACCAAGGAGGACC360TCACTGAGATCAGGGACATGTTGCTGGCCAATAAGGTGCC400AGCTGCTGCCCGTGCTGGTGCCATTGCCCCATGTGAAGTC440ACTGTGCCAGCCCAGAACACTGGTCTCGGGCCCGAGAAGA480CCTCCTTTTTCCAGGCTTTAGGTATCACCACTAAAATCTC520CAGGGGCACCATTGAAATCCTGAGTGATGTGCAGCTGATC560AAGACTGGAGACAAAGTGGGAGCCAGCGAAGCCACGCTGC600TGAACATGCTCAACATCTCCCCCTTCTCCTTTGGGCTGGT640CATCCAGCAGGTGTTCGACAATGGCAGCATCTACAACCCT680GAAGTGCTTGATATCACAGAGGAAACTCTGCATTCTCGCT720TCCTGGAGGGTGTCCGCAATGTTGCCAGTGTCTGTCTGCA760GATTGGCTACCCAACTGTTGCATCAGTACCCCATTCTATC800ATCAACGGGTACAAACGAGTCCTGGCCTTGTCTGTGGAGA840CGGATTACACCTTCCCACTTGCTGAAAAGGTCAAGGCCTT880CTTGGCTGATCCATCTGCCTTTGTGGCTGCTGCCCCTGTG920GCTGCTGCCACCACAGCTGCTCCTGCTGCTGCTGCAGCCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。