基因總覽
RPL6 是蛋白質編碼基因，產物為 ribosomal protein L6，屬於真核生物核糖體蛋白 eL6 家族。這種蛋白質長 288 個胺基酸，為大型核糖體次單元的組成成分。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的大型核糖核蛋白複合體，負責在細胞內合成蛋白質。RPL6 的基本特徵因此是作為核糖體蛋白參與核糖體組成；其特定分子作用與其他來源所述的功能，另於功能段說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000202773 ★ | 112,405,189–112,409,605 | 7 |
| ENST00000424576 | 112,403,955–112,409,596 | 7 |
| ENST00000895614 | 112,403,955–112,418,835 | 9 |
| ENST00000895616 | 112,403,955–112,409,657 | 5 |
| ENST00000895617 | 112,403,955–112,409,657 | 7 |
| ENST00000895618 | 112,403,955–112,409,596 | 7 |
| ENST00000895619 | 112,403,955–112,409,584 | 7 |
| ENST00000895620 | 112,403,955–112,409,266 | 7 |
| ENST00000935336 | 112,403,955–112,409,657 | 7 |
| ENST00000935337 | 112,403,955–112,409,657 | 7 |
| ENST00000935338 | 112,403,955–112,409,657 | 7 |
| ENST00000935339 | 112,403,955–112,409,657 | 6 |
顯示 12/55 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPL6 的主要已知角色是作為大型核糖體次單元的組成成分。核糖體由 RNA 與蛋白質構成，負責細胞內的蛋白質合成；因此，RPL6 是這個蛋白質合成複合體的一員。現有資料將其列為核糖體次單元的組成部分，未進一步說明它在蛋白質合成過程中所執行的特定步驟或分子機制。
另有一項與感染情境相關的描述指出，RPL6 會特異性結合 HTLV-I 長末端重複序列中 Tax-responsive enhancer element 的 C domain。這項資料界定了結合對象及其所在區域，但未提供結合後對病毒基因表現或感染結果的影響，因此不宜據此推定更廣泛的功能效應。
Promoter 與基因調控
>RPL6 ENST00000202773 GRCh38 chr12:112409505-112410605 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCTAACACTTATGTAGC ATTTACCATCCATCAAATAATCAAATATGCTTCTCAGTACTGTTGTATATATTATTTAATGTTCCCAACA TCCTTATGAAGTAAGTTACTATTGTTATCCTCACTTTAATTTTTTTTTACTTTTTTTAAGACAGAGTCTC ATTCTGTAGGCCAGGCCGGAGGACGGGAATGAGAAAGGCCATGTACAAGAGGAAGTAGTCAGCCGCTAAA TCCAAGGTAAGGGAAGAGGGGACCACTGACCTAATCTCAAGTGACAAGATTAGAGTTCACTGCACTGCAG CCCAGACCTCCAAGACTCAAGTGATCCTCCCGCCTTAGCCTCCCGAATAGCTGGGACTACAGGCACTAAC AACCACACTCGGCTAATTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTGTTGTTGTTATTGTTTTGAGACTGAGTCT GGCTCTATTTCCCAGGCTGGAGTGCGGTGGCACGCAGTGGCACGATCTTTGGAGTGCTGGGATTACAGGC GTGAGCCACCGTGTCCGGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTGAGAATCTTGCTCTGTTGCCTAGAGC GCAGTGTCGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCCACCTCCAGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCCGCGCCT CGACTGGCTGTCATTACAGACACGCACCACCCACGCCCGGCTACCTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGA TTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTGCCAACCTCAGAGGATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAA GGGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGCCTAGGATTTACTACTTTTTTCTTAACGGGGAAAT ACTACATTCCCCATGATGCCCCAGATCCGGAAGGAAGTGAGACTCGCACTTCCCATGATTGCTTATAGAC CGGAAGCCGGGACCTTAATTCTCTTTCCCATCTTGCAAGGTAAGAATCGCGGGCCTGTCTGCAAGACTTG AGTTCAGGACTCCCAATCCTTCGCCATCCGAACCTGGAGGGCATCCAGTCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPL6_1 ↗ | 12:112,409,614 | 負股 | 112,409,604–112,409,663 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_CF664 · enhancer · 112403534–112404987 · regulatory
ENSR12_BSBBW · enhancer · 112408678–112409585 · regulatory
ENSR12_5ZFTJT · CTCF_binding_site · 112409170–112409191 · regulatory
ENSR12_5ZFTJZ · CTCF_binding_site · 112409193–112409214 · regulatory
ENSR12_5ZFTLC · CTCF_binding_site · 112409485–112409511 · regulatory
ENSR12_85B8BT · promoter · 112409586–112409721 · regulatory
ENSR12_93MLN2 · enhancer · 112409722–112410029 · regulatory
ENSR12_93MLNH · enhancer · 112411422–112411830 · regulatory
· motif · 112407938–112407953 · motif
· motif · 112407943–112407955 · motif
· motif · 112407946–112407953 · motif
· motif · 112408888–112408900 · motif
· motif · 112408890–112408912 · motif
· motif · 112408890–112408912 · motif
· motif · 112409169–112409178 · motif
· motif · 112409172–112409188 · motif
· motif · 112409195–112409211 · motif
· motif · 112409423–112409438 · motif
· motif · 112409487–112409503 · motif
· motif · 112409492–112409508 · motif
· motif · 112409618–112409627 · motif
· motif · 112409661–112409672 · motif
· motif · 112409661–112409672 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：288 aa
ribosomal protein L6 長 288 個胺基酸，屬於真核生物核糖體蛋白 eL6 家族。序列第 1 至 48 位被註記為無序區域；此為序列特徵註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RPL6 記錄於細胞質及細胞質溶膠，並曾在細胞質多核糖體中檢測到。 依相似性推定，RPL6 也存在於與粗面內質網相關的核糖體中；此定位為推論性描述。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- MAP3K14Q99558 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RPL6 是大型核糖體次單元的組成成分。另有依相似性推定的資料指出，RPL6 可能以低親和力結合 IPO9；這項結合關係帶有推論性質。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPL6 是大型核糖體次單元的組成成分。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的大型核糖核蛋白複合體，負責在細胞內合成蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell PMID 23636399 ↗ · PMID 25901680 ↗ · PMID 25957688 ↗ · PMID 32669547 ↗ · PMID 12962325 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染情境中，RPL6 特異性結合 HTLV-I 長末端重複序列內 Tax-responsive enhancer element 的 C domain；資料未進一步說明此結合的功能結果。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Specifically binds to domain C of the Tax-responsive enhancer element in the long terminal repeat of HTLV-I PMID 8457378 ↗ |
| 交互作用 | RPL6 是大型核糖體次單元的組成成分。此外，依相似性推定，RPL6 可能以低親和力結合 IPO9；此結合描述具有推論性質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. May bind IPO9 with low affinity (By similarity) PMID 23636399 ↗ · PMID 25901680 ↗ · PMID 25957688 ↗ · PMID 32669547 ↗ · PMID 12962325 ↗ |
| 細胞定位 | RPL6 記錄於細胞質、細胞質溶膠及粗面內質網相關位置，並曾在細胞質多核糖體中檢測到。其位於與粗面內質網相關核糖體的描述是依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm, cytosol; Cytoplasm; Rough endoplasmic reticulum; Detected on cytosolic polysomes. Detected in ribosomes that are associated with the rough endoplasmic reticulum (By similarity) PMID 25957688 ↗ · PMID 23636399 ↗ · PMID 25901680 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTCTTTCCCATCTTGCAAGATGGCGGGTGAAAAAGTTGAG40AAGCCAGATACTAAAGAGAAGAAACCCGAAGCCAAGAAGG80TTGATGCTGGTGGCAAGGTGAAAAAGGGTAACCTCAAAGC120TAAAAAGCCCAAGAAGGGGAAGCCCCATTGCAGCCGCAAC160CCTGTCCTTGTCAGAGGAATTGGCAGGTATTCCCGATCTG200CCATGTATTCCAGAAAGGCCATGTACAAGAGGAAGTACTC240AGCCGCTAAATCCAAGGTTGAAAAGAAAAAGAAGGAGAAG280GTTCTCGCAACTGTTACAAAACCAGTTGGTGGTGACAAGA320ACGGCGGTACCCGGGTGGTTAAACTTCGCAAAATGCCTAG360ATATTATCCTACTGAAGATGTGCCTCGAAAGCTGTTGAGC400CACGGCAAAAAACCCTTCAGTCAGCACGTGAGAAAACTGC440GAGCCAGCATTACCCCCGGGACCATTCTGATCATCCTCAC480TGGACGCCACAGGGGCAAGAGGGTGGTTTTCCTGAAGCAG520CTGGCTAGTGGCTTATTACTTGTGACTGGACCTCTGGTCC560TCAATCGAGTTCCTCTACGAAGAACACACCAGAAATTTGT600CATTGCCACTTCAACCAAAATCGATATCAGCAATGTAAAA640ATCCCAAAACATCTTACTGATGCTTACTTCAAGAAGAAGA680AGCTGCGGAAGCCCAGACACCAGGAAGGTGAGATCTTCGA720CACAGAAAAAGAGAAATATGAGATTACGGAGCAGCGCAAG760ATTGATCAGAAAGCTGTGGACTCACAAATTTTACCAAAAA800TCAAAGCTATTCCTCAGCTCCAGGGCTACCTGCGATCTGT840GTTTGCTCTGACGAATGGAATTTATCCTCACAAATTGGTG880TTCTAAATGTCTTAAGAACCTAATTAAATAGCTGACTACA920T921cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。