演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

RPL41P2

ribosomal protein L41 pseudogene 2

RPL41P2 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens15q11-q13
OFFICIAL SYMBOL
RPL41P2
CHROMOSOME
15
LOCUS TYPE
processed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RPL41P2 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 ribosomal protein L41 pseudogene 2。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 15q11-q13。

Official symbol
RPL41P2
Gene name
ribosomal protein L41 pseudogene 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:10357
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HGNC 未提供其他基因異名。

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1515q11-q13
chr15 · 101,991,189 bp · GRCh38chr15p13 · 1–4200000 · gvarchr15p12 · 4200001–9700000 · stalkchr15p11.2 · 9700001–17500000 · gvarchr15p11.1 · 17500001–19000000 · acenchr15q11.1 · 19000001–20500000 · acenchr15q11.2 · 20500001–25500000 · gnegchr15q12 · 25500001–27800000 · gpos50chr15q13.1 · 27800001–30000000 · gnegchr15q13.2 · 30000001–30900000 · gpos50chr15q13.3 · 30900001–33400000 · gnegchr15q14 · 33400001–39800000 · gpos75chr15q15.1 · 39800001–42500000 · gnegchr15q15.2 · 42500001–43300000 · gpos25chr15q15.3 · 43300001–44500000 · gnegchr15q21.1 · 44500001–49200000 · gpos75chr15q21.2 · 49200001–52600000 · gnegchr15q21.3 · 52600001–58800000 · gpos75chr15q22.1 · 58800001–59000000 · gnegchr15q22.2 · 59000001–63400000 · gpos25chr15q22.31 · 63400001–66900000 · gnegchr15q22.32 · 66900001–67000000 · gpos25chr15q22.33 · 67000001–67200000 · gnegchr15q23 · 67200001–72400000 · gpos25chr15q24.1 · 72400001–74900000 · gnegchr15q24.2 · 74900001–76300000 · gpos25chr15q24.3 · 76300001–78000000 · gnegchr15q25.1 · 78000001–81400000 · gpos50chr15q25.2 · 81400001–84700000 · gnegchr15q25.3 · 84700001–88500000 · gpos50chr15q26.1 · 88500001–93800000 · gnegchr15q26.2 · 93800001–98000000 · gpos50chr15q26.3 · 98000001–101991189 · gnegRPL41P2pq1 bp101,991,189 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr15:28,315,651–28,316,059
Gene span
409 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000544920 ★28,315,651–28,316,0591

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 28315651 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RPL41P2 ENST00000544920 GRCh38 chr15:28314651-28315751 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCAAGACCAGCCTGGCCAACATGATGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAAATTAGCCAGG
AATGATGGTACACGCCTGTAATCCCAGCTACTCCGGAGTCTGAGGCAGGAGAATTGCTTAAACCCAGGAG
GTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCCCTCTC
AGGAAAAAAAAAAAAAAAATCATATGTCAACACATGAAAATTATCTGACATTCAAATTTTCCTGGAATAT
AGCCATACACATCTGGCAGCTTCTCGCAGGACAATAGCCAAGGTGAGTTGTTATAAAAGAGCACGTACGG
CCCACATAAACATTTACTATCTGGTGCTTTATAGAAAAAATGTGCTGACTCCTATGTTACTGCCACCTCT
TCTCAATGAGCTGCAAATACAACCAATTGTTCAGCCAGCACATTCACTAGGCACATGTGGCTTTTCCAGA
AGGTCTGCAAGAAGAAACTACACCATAAAATAGTCCAAGGAGGAAAGAAAAAGGGGAGGAATAAAAACAC
TGAGTTCCCTCATCTCTCCTTGTAAAGTGGTGAACGTTCATACCACAGGGAATTCACACCCACACTCGCC
ACACCTTCCAGGCTGTGTCACTGGCTCCTTGGTAGGCAGTCAGGAAGCCATACTCCAACTCTCTTGCGTG
ACATCACAGCGGAGACTGGAGCCGAAGGGCGGCTCACAGGCATGAGTCAACCAAGAGGGACAGAGAGAGG
CGGCTAAGGAATCTATGGGGTCGGACAAGGTTTATAAACACACTTTTAAAATAACTACCTTTAATAGGGT
CAAGCAATTAAAAGATCCTATTAACAGCCGGGCACGGTTCATGCTTGTACTCCCAGCACTTTGGGAGGCC
AAGGCAGGTGGATCACGAGCTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACT
AAAAATATAAAAAATTATCTGGCTCTCGGCGTTAGCGCCATTTTCTTGGAAACCTCTGCGCCATGAGAGC
CAAGTGGAGGAAGAAGCGAATGCGCAGGCTGAAGCGCAAAAGAAGAAAGAT
RPL41P2 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR15_8SGW7 · enhancer · 28315248–28315461 · regulatory

· motif · 28315038–28315049 · motif

· motif · 28317537–28317548 · motif

· motif · 28317541–28317555 · motif

· motif · 28317541–28317555 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

RPL41P2 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000544920 ★processed_pseudogene409 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000544920 · 409 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGCTCTCGGCGTTAGCGCCATTTTCTTGGAAACCTCTGCG40
41CCATGAGAGCCAAGTGGAGGAAGAAGCGAATGCGCAGGCT80
81GAAGCGCAAAAGAAGAAAGATGAGGCAGAGGTCCAAGTAA120
121ACCGCTAGCTTGTTGCACTGTGGAGGCCACAGGAGCAGAA160
161ACATGGAATGCCAGACGCTGGGGATGCTGGTACAAGTTGT200
201GGGACTGCATGCCACTGTCTAGAGCTTGTCTCAATGGATC240
241TAGAACTTCATCGCCCTCTGATCGCCGATCACCTCTGAGA280
281CCCACCTTGCTCATAAACAAAATGCCCATGTTGGACCTCT320
321GCCCTGGACCTGTGACATTCTGGACTATTTCTGTGTTTAT360
361TTGTGGCCGAGTGTAACAACCATATAATAAATCACCTCTT400
401CCGCTGTTT409

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。