演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

RPL32P1RPL32-L

ribosomal protein L32 pseudogene 1

RPL32P1 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens6p21.32
OFFICIAL SYMBOL
RPL32P1
CHROMOSOME
6
LOCUS TYPE
processed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RPL32P1 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 ribosomal protein L32 pseudogene 1。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 6p21.32。

Official symbol
RPL32P1
Gene name
ribosomal protein L32 pseudogene 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:10339
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
RPL32-LRPL32P

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 66p21.32
chr6 · 170,805,979 bp · GRCh38chr6p25.3 · 1–2300000 · gnegchr6p25.2 · 2300001–4200000 · gpos25chr6p25.1 · 4200001–7100000 · gnegchr6p24.3 · 7100001–10600000 · gpos50chr6p24.2 · 10600001–11600000 · gnegchr6p24.1 · 11600001–13400000 · gpos25chr6p23 · 13400001–15200000 · gnegchr6p22.3 · 15200001–25200000 · gpos75chr6p22.2 · 25200001–27100000 · gnegchr6p22.1 · 27100001–30500000 · gpos50chr6p21.33 · 30500001–32100000 · gnegchr6p21.32 · 32100001–33500000 · gpos25chr6p21.31 · 33500001–36600000 · gnegchr6p21.2 · 36600001–40500000 · gpos25chr6p21.1 · 40500001–46200000 · gnegchr6p12.3 · 46200001–51800000 · gpos100chr6p12.2 · 51800001–53000000 · gnegchr6p12.1 · 53000001–57200000 · gpos100chr6p11.2 · 57200001–58500000 · gnegchr6p11.1 · 58500001–59800000 · acenchr6q11.1 · 59800001–62600000 · acenchr6q11.2 · 62600001–62700000 · gnegchr6q12 · 62700001–69200000 · gpos100chr6q13 · 69200001–75200000 · gnegchr6q14.1 · 75200001–83200000 · gpos50chr6q14.2 · 83200001–84200000 · gnegchr6q14.3 · 84200001–87300000 · gpos50chr6q15 · 87300001–92500000 · gnegchr6q16.1 · 92500001–98900000 · gpos100chr6q16.2 · 98900001–100000000 · gnegchr6q16.3 · 100000001–105000000 · gpos100chr6q21 · 105000001–114200000 · gnegchr6q22.1 · 114200001–117900000 · gpos75chr6q22.2 · 117900001–118100000 · gnegchr6q22.31 · 118100001–125800000 · gpos100chr6q22.32 · 125800001–126800000 · gnegchr6q22.33 · 126800001–130000000 · gpos75chr6q23.1 · 130000001–130900000 · gnegchr6q23.2 · 130900001–134700000 · gpos50chr6q23.3 · 134700001–138300000 · gnegchr6q24.1 · 138300001–142200000 · gpos75chr6q24.2 · 142200001–145100000 · gnegchr6q24.3 · 145100001–148500000 · gpos75chr6q25.1 · 148500001–152100000 · gnegchr6q25.2 · 152100001–155200000 · gpos50chr6q25.3 · 155200001–160600000 · gnegchr6q26 · 160600001–164100000 · gpos50chr6q27 · 164100001–170805979 · gnegRPL32P1pq1 bp170,805,979 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr6:33,079,451–33,079,860
Gene span
410 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000439737 ★33,079,451–33,079,8601

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 33079451 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RPL32P1 ENST00000439737 GRCh38 chr6:33078451-33079551 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GCTTAAAGAGGCTGGGGGAGAAAAGCTTGGCTGAGACAACCCATAGGGAGCTAGAGGTTTTTAATATATC
CTATTCTGAATAAGAGACGAATTCATTCAGATCAGTGGTTTCAAACCGTGCTCTGGGCAACTCAATTGCT
AAGGGTTCCACAAACAGGATAAAGTTTCTTATATACAAAAAAAAATGAAGGTTTCAAATTACACCATAAA
ACCCCTCATTGCTTATGTCTACTTGGCAGGTAAAATTCCATTTCAAAAGTTAAATGTACTTAAAAAATTA
CCTAAGACTGGGTAAATTAAAAAAATTAAATGTTGCAAAGAAAAAATTCAAAATTCTTATTCTTGAATGA
AAAACGTTCTCTTACTGGTGATTGAGGAGGAGAAACAAAGACTAACAAATGAAAATGGGAGAATCCACAC
TCAGAGTGGGGCAATTGAACAGGCAGGGGCGGATGGATGGCAGAGGAGGAGGAATCTGGACTCAAGGAGC
TGGGGGGCTCTGGGCCTGGAATTTTAGGGTCTGGGGCCCAAGGCACCAGGAGAAGAGGCAGGTCAGGATA
TCTGAGTCAAGACCTGGGATCTTGCCTTAGCAATGACACTGGAGACTAAAGGTGGACTCCATGGTGCCCT
TGAGCCCAGCCCTACCCCATCTCCACTATCCTCTGCCACCAGCTGTGCAACTTCTGCTAGGGGTGAGGTT
AATAAACTGGAGAAGTTAATTTGTGGAGCATGAAACAGATGAGCAGAACAATCACAGCACCTTAATTTCC
CCAGTGTGCCCAAGAACAGAGCAGGCCTGAAGATACTCAAACAGAAACAAACATGTGCCGTGTCACTGAT
AATTCTGTGTAGACACACACCTGCCAGACACTGCTCATGGCACTCCCTAGGAAGAACAGCATGTGGGAAA
GGCTGCCAAAATTGTTCATGTAAAAATTACATCAATGCTGTCTTCCTCGGTGCTGCCTATGCAGCTGGCA
GCCATCTCTTCCTCCACATCATGGCCTCCCTCAGACTCCTCATGAAGGATAAGATCCTCAAAAAGAGGAC
CAACAAGTTCATGAGGCACCAATCAGACTGAAATGTCAAAATTAAGCATAA
RPL32P1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR6_B8K89 · promoter · 33075446–33076000 · regulatory

ENSR6_9H5HS · promoter · 33080142–33080442 · regulatory

ENSR6_59R47G · CTCF_binding_site · 33080277–33080298 · regulatory

ENSR6_9H5J2 · promoter · 33080700–33081200 · regulatory

ENSR6_B8K9B · enhancer · 33082597–33083173 · regulatory

ENSR6_59R4MK · CTCF_binding_site · 33082887–33082908 · regulatory

· motif · 33075216–33075231 · motif

· motif · 33075387–33075402 · motif

· motif · 33075392–33075404 · motif

· motif · 33075586–33075598 · motif

· motif · 33075589–33075604 · motif

· motif · 33075590–33075603 · motif

· motif · 33076384–33076395 · motif

· motif · 33077968–33077990 · motif

· motif · 33077968–33077990 · motif

· motif · 33078640–33078655 · motif

· motif · 33080279–33080295 · motif

· motif · 33080480–33080495 · motif

· motif · 33080879–33080888 · motif

· motif · 33082048–33082060 · motif

· motif · 33082889–33082905 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

RPL32P1 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000439737 ★processed_pseudogene410 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000439737 · 410 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGGCCTCCCTCAGACTCCTCATGAAGGATAAGATCCTCA40
41AAAAGAGGACCAACAAGTTCATGAGGCACCAATCAGACTG80
81AAATGTCAAAATTAAGCATAACTGGCGGAAACCCAGAGGT120
121CTTAACAGTAGGGTTCGTAGAAGGTCCAAGGGCCAGATCT160
161TGATGCCCAACATTGCTTATGGGAGCAACAACAACAACAA200
201AAAAAACATGCTGCCCAGTGGCTTCCAGAAGTTTCTGGTC240
241CACAGCCTCAAGGAGCTGAAAGTGCTGCTGATGTGCAACA280
281AATCTTACTGTGCTGAGATCGCTCACAAAATTTCCTCCAG320
321AACTGCAAAGTCATCATGGAAAGAGTCACCCAGCCGGCCA360
361TCAGAGTCACCAACCCCAGTACCAGGGTGCACAGCTAAGA400
401AAATGAGTAG410

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。