基因總覽
RPL31 是蛋白質編碼基因,其正式名稱為 ribosomal protein L31。其產物屬於真核生物核糖體蛋白 eL31 家族,並是大型核糖體次單元的組成成分。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的大型核糖核蛋白複合體,負責細胞內蛋白質的合成;RPL31 因而是這個蛋白質合成複合體的組成部分。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000264258 ★ | 101,002,289–101,007,267 | 5 |
| ENST00001100310 | 100,997,746–101,006,969 | 5 |
| ENST00000409000 | 101,002,229–101,004,604 | 3 |
| ENST00000409028 | 101,002,229–101,019,728 | 5 |
| ENST00000409320 | 101,002,229–101,006,418 | 4 |
| ENST00000409650 | 101,002,229–101,018,289 | 5 |
| ENST00000409038 | 101,002,229–101,018,306 | 5 |
| ENST00000870891 | 101,002,229–101,006,419 | 5 |
| ENST00000938459 | 101,002,229–101,006,423 | 4 |
| ENST00000938460 | 101,002,229–101,006,423 | 5 |
| ENST00000938461 | 101,002,229–101,006,423 | 6 |
| ENST00000938462 | 101,002,229–101,006,423 | 5 |
顯示 12/41 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPL31 的產物 ribosomal protein L31 是大型核糖體次單元的組成成分。核糖體是大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質;因此,來源所支持的功能重點,是 ribosomal protein L31 作為該複合體的一部分參與蛋白質合成。現有資料未進一步說明此蛋白質在核糖體內的具體作用方式,也未提供其對蛋白質合成的個別影響或其他相關生物學過程。
Promoter 與基因調控
>RPL31 ENST00000264258 GRCh38 chr2:101001289-101002389 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGGAACATCAAGCTCCTTCGTTCTGGGAAATTTCCTTAAATTCAAGGTACCATCGTCATGAAATTTCTGA ACTTTAAAGAGAAGATCCTAAAATCTTTCAGAGAGAAAAAAATGACGCATCACTTCTCACCACACTGAAA AACTGAAGACAATGAAGCCTGCCTTCAAAATGCTGGGGAGAAATTCTTTTCAATCTAGAATTCCATACAA GCCAGAATTTAAATTTGAGGGTTGAATAAATACTCAGGTATTTGAGGGCTCATAAACTTTTTAGCTAGTG TACTCATCTTAAGAAACCACTAAAAATGGTGTGCTCCTGTGAAAGAAGGGAGTTCGACAAGAAAAAGGAA GACATGGGTCCATAGATCCAACTGTCTCCGAATCTCTAGACTGGTGACACGCAGTTCCCAGTTCTCTGGG GACCTCCTCAGATCTCCCTGTCGTGTCATCTCACATCTGTCATCTCTCAGGTCATATCCAACACACTGGG CCACCCACGCACAGGGACGACGCGACAGCCCTGTGGCTCCACCGCACAGGACAGCCACGACTGGCAATCC TGTGCCGGCCCTGCTCGACGCAAGCACCTCCAGCGCCGGGTTGCGTCTTAGTGACCCTGGGACCGCCAGC CAGGCACCGCGCCCGACGCAGGCTCAGTCAGTGTTGGTCGGATGCATGAATGAATGGGAAAAACGAAGTC TCTCTCTCCCTGGCCCTGCTCCCATACATCTGTAGGCCTAGGTCTTGGTTTTATCCGAAGACTTAGAGAA GGGACGCAAGTTCCTTCGCGGAGCCAGAAGGAATCCGTCGAGAAGCGGGACCTCAAGCTCGCGGCCCAAA AGCGCGGCCCCGCCACGACGCCTGCTAGCTGGCCCCACTTCGGCGCGCGCCGCTTACATCATAGCTCGCC TCTCCCCTTCCCTAGCCACACCCCCTTGCCTGGCGACCCGGAAGTTGTACTTGCAACTGCGGCTTTCCTT CTCCCACAATCCTTCGCGCTCTTCCTTTCCAACTTGGACGCTGCAGAGTGAGTATGGGTGGCGGAGTCTG GGCTCCTGGAATCCAGCCCCATCCTCCTTTGGGATTGTGCTAACTGGGACC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPL31_1 ↗ | 2:101,002,293 | 正股 | 101,002,244–101,002,303 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_84Z6Q5 · enhancer · 100998256–100998453 · regulatory
ENSR2_BQ37K · promoter · 101001739–101002701 · regulatory
ENSR2_CD2LC · enhancer · 101002702–101003812 · regulatory
ENSR2_84Z6X7 · enhancer · 101007005–101007225 · regulatory
· motif · 100997734–100997749 · motif
· motif · 100997734–100997749 · motif
· motif · 100998092–100998103 · motif
· motif · 101000078–101000091 · motif
· motif · 101002213–101002223 · motif
· motif · 101002233–101002244 · motif
· motif · 101002233–101002244 · motif
· motif · 101002235–101002244 · motif
· motif · 101002361–101002374 · motif
· motif · 101002514–101002523 · motif
· motif · 101002514–101002525 · motif
· motif · 101002514–101002525 · motif
· motif · 101004888–101004901 · motif
· motif · 101004888–101004901 · motif
· motif · 101006672–101006683 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:125 aa
ribosomal protein L31 屬於真核生物核糖體蛋白 eL31 家族。現有資料未提供其胺基酸序列、結構域或其他功能區域的註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 RPL31 產物定位於細胞質;未提供其在不同條件下的定位變化或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- CHATP28329-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CTCFP49711 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- FGFR3P22607 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GSNP06396 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBQLN1Q9UMX0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Q9Y649Q9Y649 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NP0DTC9 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
資料指出 ribosomal protein L31 是大型核糖體次單元的組成成分,支持其屬於該複合體;未提供與特定分子的直接結合資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ribosomal protein L31 是大型核糖體次單元的組成成分。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質;此資料將該蛋白質定位為複合體組成部分,未說明其個別作用機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell PMID 23636399 ↗ · PMID 32669547 ↗ |
| 交互作用 | ribosomal protein L31 是大型核糖體次單元的組成成分。這項敘述支持其屬於該核糖體複合體,但未提供與其他特定分子的直接結合資料,也未描述更細部的互作方式。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | 資料將 RPL31 產物的細胞內定位記載為細胞質;未提供定位所依據的條件、變化情形或異構型差異,因此不宜據此推論其他定位資訊。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTTCCTTTCCAACTTGGACGCTGCAGAATGGCTCCCGCAA40AGAAGGGTGGCGAGAAGAAAAAGGGCCGTTCTGCCATCAA80CGAAGTGGTAACCCGAGAATACACCATCAACATTCACAAG120CGCATCCATGGAGTGGGCTTCAAGAAGCGTGCACCTCGGG160CACTCAAAGAGATTCGGAAATTTGCCATGAAGGAGATGGG200AACTCCAGATGTGCGCATTGACACCAGGCTCAACAAAGCT240GTCTGGGCCAAAGGAATAAGGAATGTGCCATACCGAATCC280GTGTGCGGCTGTCCAGAAAACGTAATGAGGATGAAGATTC320ACCAAATAAGCTATATACTTTGGTTACCTATGTACCTGTT360ACCACTTTCAAAAATCTACAGACAGTCAATGTGGATGAGA400ACTAATCGCTGATCGTCAGATCAAATAAAGTTATAAAATT440GCCTTCATGTTTTTGTTCTTTTTAGTTGCAACATAATGTA480CTTGTATACCCTATCCTAATTATGGGATCATTTGAAGAGC520TTTTCCCAAATTGATGGCCTGTGCTGCCTTCTCCCCATCC560CCTGGGGTTTTAAAGTGATTTCAAACTGCAACCTAGTTTT600AGAACCACTGTTCTGGGTAGTTGGGATACTGAAGGCATAT640TGTTAATTATTCTACTTGTATGTTTTGCTAATTCTAAGAT680AAGCATTTTTCCAGAAACCAGGATGTAGAATCCAGTTGCC720ATTGACATCTTAACATTTTAGGAAACAACTTTAAAATGAT760ATACTATCTATCTATCTATCTGTAGCATCTTAAAGGTAAT800GAAATTAATGTGGCAGTAGGTCTTTTAAGCTTCTGCCTAC840ATCCATATTGAGTATAGTTGTTGTCTTCTAAAATAATTAA880TTGATTTTTGGTGAGATAACCAGATTCATATTTTAAGCCT920TTTGTAATGGCCCCGTGGTACCTGGAGTCAAGGTTCAGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。