基因總覽
RPL30 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 ribosomal protein L30。其產物屬於真核生物核糖體蛋白 eL30 家族,並構成大型核糖體次單元。核糖體是由 RNA 與蛋白質組成的大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000287038 ★ | 98,041,721–98,045,545 | 5 |
| ENST00001128830 | 98,016,387–98,045,600 | 4 |
| ENST00001128831 | 98,025,303–98,045,600 | 3 |
| ENST00001128832 | 98,025,339–98,045,600 | 4 |
| ENST00000914438 | 98,041,709–98,045,545 | 5 |
| ENST00001092712 | 98,041,709–98,045,600 | 5 |
| ENST00001070925 | 98,041,710–98,045,600 | 5 |
| ENST00001092710 | 98,041,710–98,045,600 | 5 |
| ENST00001092711 | 98,041,712–98,045,590 | 5 |
| ENST00000914437 | 98,041,714–98,045,600 | 5 |
| ENST00000914436 | 98,041,714–98,045,591 | 5 |
| ENST00001092721 | 98,041,716–98,045,514 | 4 |
顯示 12/36 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPL30 的產物 ribosomal protein L30 是大型核糖體次單元的組成成分。核糖體由 RNA 與蛋白質構成,是細胞合成蛋白質的複合體;因此,RPL30 所編碼的蛋白質參與核糖體的組成,而其功能背景與核糖體所執行的蛋白質合成密切相關。
來源資料將 RPL30 的角色描述為大型次單元的成分,並未進一步指出它如何與 RNA 或其他蛋白質接觸,也未說明它在蛋白質合成各步驟中的具體作用。依據現有資訊,可確認的功能範圍是其作為大型核糖體次單元的一部分,參與構成負責細胞蛋白質合成的核糖體;不宜據此延伸至特定調控機制或反應步驟。
Promoter 與基因調控
>RPL30 ENST00000287038 GRCh38 chr8:98045445-98046545 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATTTTCAGCGCCTAATATCTTCAGTGGTCTGTCTCTGGACATTTATACCAAGATCCAACGTTAACAGCAA AAATACTTTTAAAAAATTAGACCTGTTTATCGCGCTCTCAGTGCAAACTCGGCTCACAAGTTCACGCTAA CACAGTCACAAAAGGCGAGTTTTGGGAAACTCGAGCAGGGCGCCACCGTTCTCCAGGGGACAGGTAACTT GGGTGACCGCAGGGGTGAGGACACAGCTGCTTCTACCAAGCGGAGAGTAAATGCGGGTGCTGCGGCGCAT CGGAGTCACCCACAAGGCTCTCCAAGAGCCGCGCCTCAGGACAAAGATGAATTCAGCGGCATTGAGACCG TGGTCGCAGCCGCCGCAGCCTCTTCTCATCTACCCTCCCACCTCACCTTCAGTCGGCTTTTCGAACTCCC TCCGGGTTCTAAGCGCCTCGATTAGTTAGACCGCAGCTCGCAGCAGAACAGCAACACAACGCCGCGAAGC TTAAAGGCCCGCAGAGGGGGAAAAGAACACCCCCGCCGTCATTCTTTTTTTTCCTTCTTTGAGACAGAGT CTCACTCTGTCGCCCAGGCTGAGTGCAGTGGCGCGATCATGGCTCACTGCAGCCTCGACCTACCGAGCTC AAGCGACCTCTCCGCCTCAGCCTCCGGCGTAGCTGGGAGTAGCTAGGACTACTGGAGCGCGCCACCACGC CCGGCTAATTTCTTTTTTATTTCTTTTTTATTTTTTTGTAGAGACAGGGGTGGTCTATGTTGTCCAGGCT GGCCTTGAGCTGGACGCAACAGATCTTCCCGCCTCAACCTCCGAAAGTGCTGGGATTAAAGGTATGAGCA GCCGCGTACGGCCCCCGCAGCCATTCTAGCTAGCGGTACCAATAGCAACCGGCAGCTGCCCTCCGCTTTT GCTCCGCCCCTTCTGCTTGCGATCTGTTTCCGCTTCCGGTCCCGCAGTTCCGGCTCTGCCGTGAAGAGCT TTGCATTGTGGGAAGTCTTTCCTTTCTCGTTCCCCGGCCATCTTAGCGGCTGCTGTTGGTGAGTGGGCTC CTACCGACCGAGGTTTAGGCAGCGCGGGGAGCTTTGCGGGTTGCCATTTGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPL30_2 ↗ | 8:98,045,388 | 負股 | 98,045,378–98,045,437 |
| RPL30_1 ↗ | 8:98,045,545 | 負股 | 98,045,535–98,045,594 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_BPGC3 · enhancer · 98039776–98040644 · regulatory
ENSR8_BPGCM · enhancer · 98043830–98044588 · regulatory
ENSR8_84TSGC · promoter · 98045504–98045669 · regulatory
ENSR8_CCPNG · enhancer · 98045670–98046861 · regulatory
ENSR8_84TSJR · enhancer · 98049764–98049930 · regulatory
· motif · 98045447–98045462 · motif
· motif · 98045580–98045591 · motif
· motif · 98045582–98045591 · motif
· motif · 98045596–98045605 · motif
· motif · 98046083–98046098 · motif
· motif · 98046268–98046285 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:115 aa
ribosomal protein L30 歸屬於真核生物核糖體蛋白 eL30 家族。來源資料未提供其結構域、功能區域或序列特徵的進一步註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源資料將 RPL30 蛋白質定位於細胞質,未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- LRRK2Q5S007 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RPL30 被註記為大型核糖體次單元的組成成分;資料未進一步說明其與特定分子的直接結合或其他互作關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPL30 的產物是大型核糖體次單元的組成成分;核糖體為大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell PMID 23636399 ↗ · PMID 32669547 ↗ |
| 交互作用 | RPL30 的產物是大型核糖體次單元的組成成分。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | RPL30 的產物定位於細胞質。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CCTTTCTCGTTCCCCGGCCATCTTAGCGGCTGCTGTTGGT40TGGGGGCCGTCCCGCTCCTAAGGCAGGAAGATGGTGGCCG80CAAAGAAGACGAAAAAGTCGCTGGAGTCGATCAACTCTAG120GCTCCAACTCGTTATGAAAAGTGGGAAGTACGTCCTGGGG160TACAAGCAGACTCTGAAGATGATCAGACAAGGCAAAGCGA200AATTGGTCATTCTCGCTAACAACTGCCCAGCTTTGAGGAA240ATCTGAAATAGAGTACTATGCTATGTTGGCTAAAACTGGT280GTCCATCACTACAGTGGCAATAATATTGAACTGGGCACAG320CATGCGGAAAATACTACAGAGTGTGCACACTGGCTATCAT360TGATCCAGGTGACTCTGACATCATTAGAAGCATGCCAGAA400CAGACTGGTGAAAAGTAAACCTTTTCACCTACAAAATTTC440ACCTGCAAACCTTAAACCTGCAAAATTTTCCTTTAATAAA480ATTTGCTTGTTTTAAAAA498cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。