基因總覽
RPL23P2 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 ribosomal protein L23 pseudogene 2。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 21q21.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000320371 ★ | 28,997,613–28,998,033 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
Promoter 與基因調控
>RPL23P2 ENST00000320371 GRCh38 chr21:28997933-28999033 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGTAAACACGTGTTGAGGGTGAATATTGGCTCATCACCGAAGCTGCAATTCCAAAGAATATGTGGGAAGA AAGGGCTTTGTAGGGCACATAGGAGTAGGGGTTAGACCAGCAAGAAAGGACACAGTTTTTTTTTGTTTGT TTGTTTTTTTGAGAGGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTG CAAGCTCCACCTCCCGGGTTCACACCATTCTTCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGACTACAGGCGTC CACCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGT CTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCAC CGTGGAAAGGACACAGTTTTATGTGGTAAGGAAATAATATATACATGTGTCTGTATCTCCTTCCTGCCTT CTTGACTTCCTGAGTCCAGACTCAGTATTACAGTTTCCTTCTAGATTCCGGAAGTCTGTTTTTCATCAGT TTTAATTTTAGTTGTGTTGTTTTTGTCGTCTTCAATGTTTTCATCAATTTTTTTGTGTGTATGTGAATTT GAGAGGGGCTGCTAGCAGATGCTATTTTGAACTGGAAATTCACCTATATATTCCTCTAGTACTATTATGG TTATTTTCTTTTCTTTTAAATCCCTCTGATATAGTTTGGACATTTGTCCCCACCCCAATCTCATGTTGAA TTGTGATGAGTTACAGCTGGTATATACTGAAATTATTCTTATTGTACATTTATTTTGTAGTGTTAGCAAA CTATTATATCTTATTTTCTCAATTGACTCTCTACAGATCTCAGTTGACAAACAAATGCTCTGCTGGCATA TATTACCTATGTAGTGTTGCTGCTATTTAAATAAGAAGTTTGCTTAAAAAGAATTTAAAAATACTTTTTT CCTTCTTTCCAGCGTTCAAGATGTCAAAGCGAGGACGTGGTAGGTCCTCTGGTGTGAAATTCTGGATTTC CTTGGGTCTTCCAGTAGGAGCTGTGATCAACTGCTGACAACACAGGAGCCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR21_8T2FC · promoter · 28992867–28993113 · regulatory
ENSR21_B7QCN · enhancer · 28993114–28993973 · regulatory
ENSR21_9FHRX · enhancer · 29002335–29002733 · regulatory
ENSR21_73P393 · promoter · 29002734–29002857 · regulatory
ENSR21_9FHS4 · enhancer · 29002858–29003172 · regulatory
· motif · 28993029–28993042 · motif
· motif · 28993029–28993042 · motif
· motif · 29001700–29001711 · motif
· motif · 29001768–29001779 · motif
· motif · 29002347–29002358 · motif
· motif · 29002799–29002808 · motif
· motif · 29002799–29002810 · motif
· motif · 29002799–29002810 · motif
· motif · 29002826–29002837 · motif
· motif · 29002826–29002837 · motif
基因座與轉錄註解
RPL23P2 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000320371 ★ | transcribed_processed_pseudogene | 421 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
ATGTCAAAGCGAGGACGTGGTAGGTCCTCTGGTGTGAAAT40TCTGGATTTCCTTGGGTCTTCCAGTAGGAGCTGTGATCAA80CTGCTGACAACACAGGAGCCAAAAACCTGTATATCATCTC120CGTGAAGGGGATCAAGGGACAGCGGAACAGACTTTCTGCT160GCTAGTGTGGGTGACATGGTGATGGCCACAGTCAAGAAGG200GCAAACCAGAGCTCAGAAAAATGGTACATCCAGCAGCGGT240CATTAGACAACCAAAGTCATACCGGAGAAAAGATGGTGTG280TTTCTTTATTCCGAAGATAATGCAGGGGTCATAGTGAATA320ATAAAGGCAAAATGAAAGGTTCTGCCATTATAGGACCAGT360AGCAAAGGAGTATGCAGACTTGTGGCCCTGGATTGTGTCC400AATGCTCGCAGCATTGCATGA421cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。