基因總覽
RAR related orphan receptor B（RORB）是蛋白質編碼基因，其產物屬於核荷爾蒙受體家族的 NR1 次家族。這類受體具有與 DNA 作用及調控轉錄的特性；來源指出 RORB 可作為單體結合特定 DNA 反應元件，並具有內在轉錄活性。RORB 的生物學角色涵蓋視網膜細胞發育，也與晝夜節律調控相關。來源另提及其不同功能敘述涉及特定異構型，其中 Isoform 1 與後肢運動控制及視網膜細胞分化有關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000376896 ★ | 74,497,335–74,693,177 | 10 |
| ENST00001134894 | 74,497,329–74,693,177 | 10 |
| ENST00000396204 | 74,615,600–74,687,201 | 10 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RORB 是轉錄調節因子，可作為單體結合 ROR response elements（RORE）。這些 DNA 元件含有單一核心半位點 5'-AGGTCA-3'，其前方接有短的富含 A-T 序列。RORB 被認為具有內在轉錄活性；all-trans retinoic acid（ATRA）及其他 retinoids 等天然配體則可作為反向致效劑，抑制其轉錄活性。
在視網膜中，RORB 對出生後 rod 與 cone photoreceptor 細胞的正常發育是必要的。它至少可透過誘導轉錄因子 NRL 所介導的途徑，調節 rod photoreceptor 分化；在 cone photoreceptor 細胞中則調控 OPN1SW 的轉錄。另有特定異構型 Isoform 1 與 amacrine cell、horizontal cell 的分化有關，並對後肢運動控制至關重要。RORB 也與 FOXN4 協同調節 PTF1A 表現。
除視網膜與運動控制相關作用外，RORB 參與調節晝夜節律的週期長度與穩定性。來源亦指出它可能在發育期間控制新皮質神經元的細胞構築模式；當丘腦皮質軸突支配第四層神經元時，RORB 可能以劑量依賴方式調節 barrel 的形成。這些神經發育相關作用以可能性描述，並非確定性結論。
此外，RORB 可能透過抑制 RUNX2 的轉錄活性，參與抑制成骨細胞分化；此項功能註記標示為依相似性推定。
Promoter 與基因調控
>RORB ENST00000376896 GRCh38 chr9:74496335-74497435 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTCAACTGAGTTGGAAAAACTTGCAAAGGAACAGTTTGGATATATGTATTAGATTTTTATCAAAATACAA ATAAATGGTCATAGATGACAATTTTCACCTAAGGAATACAAGTAAGTTTATCTATGTTCAGTTACCAATC GCCTCTAACTAAAGTTAACAATGTCTTCCTTCTAAAACCTTTCTAAAGAGCACCCTGCAATCACACCTTC TAGCAACAGCCATTTCTCTTGAATTAGTAAGGTGGCTACACCGCCAATTTGAGCTGTTCTCCTTCAGTCC TGTAGTCCATCGCCAGGGGAGTCTCCAAATGCTAATAAAAATCAATTTCCCAGACAAAAGAACATATACA CGTTTTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTAGAAGAGGGTCAGGGAGCATCTGACGGACGTT TTTAAAGGAAGGGGACAGCTACTTCCATGGGACTGCATTTTAGTTGTGCTAAAAGTGATGAAAGTGGGTT TGCATTATTCTACCACCAACACCCAAACCACCTGCCCACGGAAACCCCCGCCGGAGACCGAAGTTTACCC AAATAGCGCTCGGCAAAGCGCTGCCATAAATTCAAAACTAACTCTGCCGGGCCCGCGGGGGTTGCGAGAC AGGGACCGAACGTGAAACCCGGGGAGCCCCGCGTCTCTTGCCTCCGAAGGTTTTCCGTGATCAGTGTCCC CTTCTCTGCTGGAGTCGGAAGTGCCTGTCACCTGCGGATCTGCCCGACTCTCCCGGTCGGCCCTTCTTCT CTGCCCAGTTCGGACAGTCTCGAATTCCCCGTCGCAGCCCCGGCCACCTCGGACTCCCTGGTCCCCAGCC CCCGCCCCACCCCCCGCCTCCACCACGTCCCCTCCCCGCGGTCCCAGCCTCTCCAGGCGCTGCTGGGCTC TGATTGGCGGCTGCGCTGACAGCAGGCGGGGCCTGGAAGTCGCGGCCAAGCCCGCCCTCGCGTATAAGCC CCTCTCAGCGCTCTCTCTCCATCTCTCCCCTCTCTTTCTCTCTCGCTGCTCCCTTCCTCCCTGTAACTGA ACAGTGAAAATTCACATTGTGGATCCGCTAACAGGCACAGATGTCATGTGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RORB_1 ↗ | 9:74,497,335 | 正股 | 74,497,286–74,497,345 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR9_BJR6W · enhancer · 74496497–74497152 · regulatory
ENSR9_8475PS · promoter · 74497153–74497345 · regulatory
ENSR9_C9DL3 · enhancer · 74497346–74499116 · regulatory
ENSR9_5MJ533 · CTCF_binding_site · 74498187–74498208 · regulatory
ENSR9_934KDJ · promoter · 74499117–74499617 · regulatory
ENSR9_934KDX · enhancer · 74500618–74500972 · regulatory
· motif · 74496531–74496543 · motif
· motif · 74498189–74498205 · motif
· motif · 74500242–74500252 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：470 aa
RORB 蛋白屬於核荷爾蒙受體家族 NR1 次家族。其核受體 DNA 結合區位於第 18–93 個胺基酸，包含兩個 NR C4-type zinc finger；核受體配體結合區（NR LBD）位於第 222–460 個胺基酸。第 104–127 個胺基酸區段註記為無序區，另有 AF-2 motif 位於第 456–461 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RORB 定位於細胞核的核質。 來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型間存在差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 18 個夥伴
- ClockO08785 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ANKS1AQ49AR9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRACR2AQ9BSW2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GAS2L2Q8NHY3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP4-5Q9BYR2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCKP06239-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCORQ96JN0-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MED25Q71SY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MID2Q9UJV3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MTCL2O94964-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSMC5P62195 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCNM1Q9BWG6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SMARCD1Q96GM5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TEKT5Q96M29 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TLE5Q08117-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TSGA10IPQ3SY00 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF417Q8TAU3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF587Q96SQ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RORB 以單體形式存在，並與 CRX 互相作用。來源未進一步說明此互作是否形成複合體，或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
RORB 基因變異與特發性廣泛型癲癇 15（EIG15）的疾病易感性相關；資料描述為常染色體顯性形式，但並未將此關聯表述為確定的因果關係。此疾病以反覆發作的廣泛性癲癇為特徵，發作通常在第一個十年開始，可能包括青少年肌陣攣性發作、失神發作及廣泛性強直陣攣發作；患者沒有可檢出的腦部病灶及／或代謝異常。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RORB 可作為單體結合含單一核心半位點及前置富 A-T 短序列的 RORE，並被認為具有內在轉錄活性；ATRA 等 retinoids 可反向抑制其活性。它參與出生後 rod、cone 光受器發育、晝夜節律調控，並可能影響新皮質神經元構築、barrel 形成及成骨細胞分化。 | 推論支持 | 證據與來源Nuclear receptor that binds DNA as a monomer to ROR response elements (RORE) containing a single core motif half-site 5'-AGGTCA-3' preceded by a short A-T-rich sequence. Considered to have intrinsic transcriptional activity, have some natural ligands such as all-trans retinoic acid (ATRA) and other retinoids which act as inverse agonists repressing the transcriptional activity. Required for normal postnatal development of rod and cone photoreceptor cells. Modulates rod photoreceptors differentiation at least by inducing the transcription factor NRL-mediated pathway. In cone photoreceptor cells, regulates transcription of OPN1SW. Involved in the regulation of the period length and stability of the circadian rhythm. May control cytoarchitectural patterning of neocortical neurons during development. May act in a dose-dependent manner to regulate barrel formation upon innervation of layer IV neurons by thalamocortical axons. May play a role in the suppression of osteoblastic differentiation through the inhibition of RUNX2 transcriptional activity (By similarity) |
| 功能 | Isoform 1 對後肢運動控制，以及視網膜 amacrine cell 與 horizontal cell 的分化至關重要；RORB 也與 FOXN4 協同調節 PTF1A 的表現。此功能註記依相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Isoform 1 is critical for hindlimb motor control and for the differentiation of amacrine and horizontal cells in the retina. Regulates the expression of PTF1A synergistically with FOXN4 (By similarity) |
| 交互作用 | RORB 以單體形式存在，並與 CRX 互相作用；來源未提供此互作的功能後果或是否形成複合體的資訊。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | RORB 位於細胞核的核質。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | RORB 基因變異與特發性廣泛型癲癇 15 的疾病易感性相關，資料描述其為常染色體顯性形式。疾病特徵是在第一個十年開始出現不同類型的癲癇發作，且沒有可檢出的腦部病灶及／或代謝異常；發作可包括青少年肌陣攣性、失神及廣泛性強直陣攣發作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Epilepsy, idiopathic generalized 15 EIG15 An autosomal dominant form of idiopathic generalized epilepsy, a disorder characterized by recurring generalized seizures in the absence of detectable brain lesions and/or metabolic abnormalities. Generalized seizures arise diffusely and simultaneously from both hemispheres of the brain. Seizure types include juvenile myoclonic seizures, absence seizures, and generalized tonic-clonic seizures. EIG15 is characterized by onset of variable types of seizures in the first decade of life. Disease susceptibility is associated with variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618357 PMID 27352968 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATCTCTCCCCTCTCTTTCTCTCTCGCTGCTCCCTTCCTCC40CTGTAACTGAACAGTGAAAATTCACATTGTGGATCCGCTA80ACAGGCACAGATGTCATGTGAAAACGCACATGCTCTGCCA120TCCACACCGCCTTTCTTTCTTTTCTTTCTGTTTCCTTTTT160TCCCCCTTGTTCCTTCTCCCTCTTCTTTGTAACTAACAAA200ACCACCACCAACTCCTCCTCCTGCTGCTGCCCTTCCTCCT240CCTCCTCAGTCCAAGTGATCACAAAAGAAATCTTCTGAGC280CGGAGGCGGTGGCATTTTTTAAAAAGCAAGCACATTGGAG320AGAAAGAAAAAGAAAAACAAAACCAAAACAAAACCCAGGC360ACCAGACAGCCAGAACATTTTTTTTTCACCCTTCCTGAAA400ACAAACAAACAAACAAACAATCATCAAAACAGTCACCACC440AACATCAAAACTGTTAACATAGCGGCGGCGGCGGCAAACG480TCACCCTGCAGCCACGGCGTCCGCCTAAAGGGATGGTTTT520CTCGGCAGAGCAGCTCTTCGCCGACCACCTTCTTCACTCG560TGCTGAGCGGGATTTTTGGGCTCTCCGGGGTTCGGGCTGG600GAGCAGCTTCATGACTACGCGGAGCGGGAGAGCGGCCACA640CCATGCGAGCACAAATTGAAGTGATACCATGCAAAATTTG680TGGCGATAAGTCCTCTGGGATCCACTACGGAGTCATCACA720TGTGAAGGCTGCAAGGGATTCTTTAGGAGGAGCCAGCAGA760ACAATGCTTCTTATTCCTGCCCAAGGCAGAGAAACTGTTT800AATTGACAGAACGAACAGAAACCGTTGCCAACACTGCCGA840CTGCAGAAGTGTCTTGCCCTAGGAATGTCAAGAGATGCTG880TGAAGTTTGGGAGGATGTCCAAGAAGCAAAGGGACAGCCT920GTATGCTGAGGTGCAGAAGCACCAGCAGCGGCTGCAGGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。