基因總覽
RNY3 的正式名稱為 RNA, Ro60-associated Y3,屬於非編碼 RNA。現有資料未提供其 RNA 結構、家族特徵或其他分子性質,因此無法據此進一步描述。資料指出,RNY3 可能與 DNA 複製起始及細胞核 DNA 複製相關,但此功能資訊屬預測,並非已確立的結論。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000365484 ★ | 148,983,755–148,983,856 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料僅預測 RNY3 可能作用於 DNA 複製起始的上游,或參與該過程本身;同一預測也將它連結至細胞核 DNA 複製。這表示其可能與細胞核內 DNA 複製相關流程有關,但資料未指出具體分子作用方式,也未說明它在複製起始或後續複製步驟中的位置與作用。
Promoter 與基因調控
>RNY3 ENST00000365484 GRCh38 chr7:148982755-148983855 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGCCCAGGGCTGGGGGCCCAGGCTGCCCCTGCTGAGAAGCCAGGTGCGCGTTCAGCCCCCGGGAGTCTCT CCGAGGCTCTGTGCGCCTCATTCCTCCACGGCGTCACTTTTTAAAAAGATAATTGCTAATTATGTATTTT AAAATGTTAGCTTCCACGGACCGAATGTTTCCCTTTCTGTTTAGAGTGGGGTTCCTAACCTCCTTCCAGA ATAGCTCAAGGTCCCCAGTGCAGCCGCTTTGAAACAAAACCACTTGGTAACAGGAGCGCAGGACTATGGC GAAACCGCCAGGAAAGCTTCCTAAAGAGCTCAAACAAAACAAAACAAACCTTGGAAAGCTCAAGAAAAGC ATCGTGGGTGACACCAGAATCTGGGACTTCATTCATTCATACATTCATTCATTCATTTTTAAAGAGGGTC GTTGGGAAGGAAAAGGGGAGGGGACGCCGGGCTGCAGGGCTCCTCGCAGGACACACGCTCCCCCTCCACG GGGAACCGGGGGTGGGGGCGCGGGCGTGGGGGGCCGCGCCAGCCCTGCGTGGGGTCCGGGACCACCGAAC CGCGGGGACCCCTGATCCCGGGGGGGCCACTGAATTCCAAGGGGCCCCCGCCCGCCCGGCCCCACCCCCG CGGCGGGTTGCCTCTTCCTTCTTAAGAGGACGTCCCCTCCCGCTCTAGACGTCCTGGCCCTGTGAGACTG AGGCCCCGCCGGGGGCACCGTGGGAGTCTTTGATGGATGTGGCTGATGCAGGGTTTCCATGCAAATCACC CACAATGCTTTGAGCAGGGTTGCCCGAGCTCCTTTAATGTCACTGAAGAGAGAAGGACCTTTTTCTTACA AAGTCTATGTGTTTAACAGTTTTATTTTTTAAACATTTGCTTTCTATTTGGGGTGTATTTATACTCTTCC TTTTTTTTAGCTCCTGTGAATAGTCACCGTAACTATGGTAGAGATGGAACTTTCGAGGCTTATATAAGTA GCAGCGTGCCTTTGTGTTTCGGCTGGTCCGAGTGCAGTGGTGTTTACAACTAATTGATCACAACCAGTTA CAGATTTCTTTGTTCCTTCTCCACTCCCACTGCTTCACTTGACTAGCCTTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_CJR66 · enhancer · 148982604–148984509 · regulatory
ENSR7_53B35ZG · CTCF_binding_site · 148984143–148984164 · regulatory
ENSR7_B34KBM · enhancer · 148985461–148986036 · regulatory
ENSR7_53B36CC · CTCF_binding_site · 148986284–148986305 · regulatory
ENSR7_9475MQ · promoter · 148987037–148987537 · regulatory
ENSR7_B34KBZ · enhancer · 148987538–148988402 · regulatory
ENSR7_53B36NH · CTCF_binding_site · 148988255–148988276 · regulatory
· motif · 148979337–148979349 · motif
· motif · 148979339–148979346 · motif
· motif · 148979339–148979354 · motif
· motif · 148979636–148979643 · motif
· motif · 148982632–148982644 · motif
· motif · 148982634–148982641 · motif
· motif · 148982634–148982647 · motif
· motif · 148982634–148982649 · motif
· motif · 148983858–148983866 · motif
· motif · 148984145–148984161 · motif
· motif · 148986286–148986302 · motif
· motif · 148988257–148988273 · motif
RNA 轉錄本與序列
RNY3 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000365484 ★ | misc_RNA | 102 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNY3 被預測可能作用於 DNA 複製起始的上游,或參與 DNA 複製起始本身,也可能與細胞核 DNA 複製有關。此資訊屬預測,未提供更具體的作用機制或實驗條件。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to act upstream of or within DNA replication initiation and nuclear DNA replication. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
GGCTGGTCCGAGTGCAGTGGTGTTTACAACTAATTGATCA40CAACCAGTTACAGATTTCTTTGTTCCTTCTCCACTCCCAC80TGCTTCACTTGACTAGCCTTTT102cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。