演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
基因索引
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Human Gene Atlas›RNU5D-1
HUMAN NON-CODING RNA GENE

RNU5D-1U5DS

RNA, U5D small nuclear 1

RNU5D-1 是一種非編碼小核 RNA，來源預測它可能參與 U5 相關剪接體複合體的形成與組裝。

Homo sapiens1p34.1
OFFICIAL SYMBOL
RNU5D-1
CHROMOSOME
1
RNA TYPE
snRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RNU5D-1 的正式名稱為 RNA, U5D small nuclear 1，屬於非編碼 RNA。其名稱指出它是 U5D small nuclear RNA；現有資料未提供其序列、長度或結構細節。來源預測它可能與 U5 snRNP 及含 U4、U5、U6 的剪接體複合體有關，但這些角色屬預測資訊。

Official symbol
RNU5D-1
Gene name
RNA, U5D small nuclear 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10214
RNA type
RNA, small nuclear
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U5DSU5DLRNU5D

異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11p34.1
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegRNU5D-1pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr1:44,731,069–44,731,170
Gene span
102 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000363299 ★44,731,069–44,731,1701

顯示 1/1 個RNA轉錄本；canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

來源預測 RNU5D-1 可能參與含 SL/U4/U5/U6 snRNP 的四元複合體形成，以及剪接體 tri-snRNP 複合體的組裝。此描述反映的是推測性功能，並未提供直接實驗證據或具體作用機制。

此外，RNU5D-1 被預測可能是 U4/U6 × U5 tri-snRNP 複合體與 U5 snRNP 的組成部分。現有資料未說明它在複合體中的分子作用方式，也未提供其參與剪接過程的具體條件或功能結果，因此不宜將這些預測延伸為已確立的機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準：負數為上游、正數為下游，包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 44731170 · 負股
查看轉錄本與 TSS ↗
依所選 TSS 來源，取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算；調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RNU5D-1 ENST00000363299 GRCh38 chr1:44731070-44732170 strand=-1 5′→3′
相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter
GGAGAAGAGAAGGAAAAGGTCAAAAATAACTTCCTGCTTATATAGTTTTCTCAGTTTCTTTGATGGCTTA
AAATACTCAGTATGCCAAGGTGCCATATGTTGGGGTATCATGTTCTAAGCCCTGACACCTCTGTAACAAC
TCAGAATTTCTTCTCCGGGCTTCCTTCAGGTAAGGTGAAAATAAACTTCTTGCTTGTTCAAGCTACTCTT
TTTGGAGTCTTTGTTACATACTGTGGAAGGCAGAGGGATGATACAAAATTCAGTATTTGCTATGATGTGG
TTTTCTTTTCTTTTCTTTTGAGGTGGAGTCTCCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTCGGC
TCATTGCAGCCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGTGACTACA
TGCGAACGCCACAACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGG
ATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGA
GCCACCGCGCCAGGCCTATGAATACAATTATTTTAAAGCTTTTAATTTTTTTTTTTTTTACTTTAAGTGC
CAATTATAAAATAAAGTCACTGTCTAGTTGGACCAGGCATCTACAGTTCTGTAAATCTGGCTTCCGCTCT
GCCCCCTGGTGGTGGCCTAACGCCTAGAAAAAGTAACGAACTATTTAAGGTATTTCTGGAAACCGAGGGG
GTGGTGACTCAGCGTCATTTACATACCCACAATGCACTGCACACAGACCACGTCCTACTTTAAAAGGAGA
TTCTCCCTTTTTTCCCCCTCTTTTCCTTTACCATAATAACGAAGCTCCTTTCACACAATCGTCTGAGACA
AAAACAGAAGTCACTCTTTTGGGTTAATAGTAACCATTGCTAATCTAGTAGTGACCGTCCCCCGAGGACT
GTGTGCAACCATTCCAACACATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAG
ATTTCCGTGGAGAGAAACCGTTTTGAGTTTCAAGCAAATTTTTTGAAGCCC
RNU5D-1 位於負股。上下游依轉錄方向計算，序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示；負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控／motif 註解

ENSR1_5DJ3FN · CTCF_binding_site · 44728121–44728142 · regulatory

ENSR1_5DJ3MR · CTCF_binding_site · 44729438–44729459 · regulatory

ENSR1_5DJ425 · CTCF_binding_site · 44731455–44731476 · regulatory

ENSR1_9MQDD · promoter · 44732170–44732478 · regulatory

ENSR1_9MQDP · enhancer · 44733333–44733754 · regulatory

· motif · 44728123–44728139 · motif

· motif · 44729440–44729456 · motif

· motif · 44729484–44729497 · motif

· motif · 44730683–44730691 · motif

· motif · 44730683–44730698 · motif

· motif · 44730991–44731006 · motif

· motif · 44730996–44731008 · motif

· motif · 44731166–44731175 · motif

· motif · 44731166–44731175 · motif

· motif · 44731374–44731387 · motif

· motif · 44731389–44731397 · motif

· motif · 44731390–44731403 · motif

· motif · 44731396–44731406 · motif

· motif · 44731457–44731473 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算；該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

RNU5D-1 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000363299 ★snRNA102 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質；細胞核內有核仁，粗面內質網鄰接核膜，粒線體含內膜摺疊，高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位，器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量；未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體：外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡（示意）
定位：尚未取得定位註解
NCBI Gene／RefSeq

動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據／註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預／量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」，空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能RNU5D-1 被預測可能參與含 SL、U4、U5、U6 snRNP 的四元複合體形成，以及剪接體 tri-snRNP 複合體的組裝；也被預測可能是 U4/U6 × U5 tri-snRNP 複合體與 U5 snRNP 的一部分。這些均為預測性描述。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in formation of quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP and spliceosomal tri-snRNP complex assembly. Predicted to be part of U4/U6 x U5 tri-snRNP complex and U5 snRNP.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀，不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識；未逐篇核對原始方法的紀錄，不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000363299 · 102 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列，保留非編碼區。
1ATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCT40
41TTTACTAAAGATTTCCGTGGAGAGAAACCGTTTTGAGTTT80
81CAAGCAAATTTTTTGAAGCCCT102

cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。

13 / DATA PROVENANCE

資料來源與研究連結

HGNC ↗NCBI Gene ↗Ensembl ↗EPDnewNC v001 · UCSC ↗RNAcentral ↗Alliance of Genome Resources ↗

HGNC · CC0 ↗ · Ensembl · 資料使用說明 ↗ · EPD team／SIB · CC BY 4.0 ↗ · NCBI／RefSeq · 資料政策與免責聲明 ↗ · Alliance of Genome Resources · CC BY 4.0 ↗；內容經節錄與整理，預測註解仍屬推論。

資料更新：2026-11-01