演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

RNU5A-1U5A

RNA, U5A small nuclear 1

RNU5A-1 是一種人類 U5A small nuclear RNA;資料預測它可能參與剪接體相關核糖核蛋白複合體的形成與組裝。

Homo sapiens15q22.31
OFFICIAL SYMBOL
RNU5A-1
CHROMOSOME
15
RNA TYPE
snRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RNU5A-1 的正式名稱為 RNA, U5A small nuclear 1,屬於非編碼 RNA,而非蛋白質編碼基因。其名稱指出它是 U5A 類的小核 RNA。現有資料未提供其 RNA 序列、長度或更具體的結構特徵;可確認的基本描述是它與 U5 snRNP 及 U4/U6 × U5 tri-snRNP 複合體相關。資料將這些關聯列為預測,並未在此提供實驗驗證細節。

Official symbol
RNU5A-1
Gene name
RNA, U5A small nuclear 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10211
RNA type
RNA, small nuclear
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U5AU5B1RNU5CRNU5A

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1515q22.31
chr15 · 101,991,189 bp · GRCh38chr15p13 · 1–4200000 · gvarchr15p12 · 4200001–9700000 · stalkchr15p11.2 · 9700001–17500000 · gvarchr15p11.1 · 17500001–19000000 · acenchr15q11.1 · 19000001–20500000 · acenchr15q11.2 · 20500001–25500000 · gnegchr15q12 · 25500001–27800000 · gpos50chr15q13.1 · 27800001–30000000 · gnegchr15q13.2 · 30000001–30900000 · gpos50chr15q13.3 · 30900001–33400000 · gnegchr15q14 · 33400001–39800000 · gpos75chr15q15.1 · 39800001–42500000 · gnegchr15q15.2 · 42500001–43300000 · gpos25chr15q15.3 · 43300001–44500000 · gnegchr15q21.1 · 44500001–49200000 · gpos75chr15q21.2 · 49200001–52600000 · gnegchr15q21.3 · 52600001–58800000 · gpos75chr15q22.1 · 58800001–59000000 · gnegchr15q22.2 · 59000001–63400000 · gpos25chr15q22.31 · 63400001–66900000 · gnegchr15q22.32 · 66900001–67000000 · gpos25chr15q22.33 · 67000001–67200000 · gnegchr15q23 · 67200001–72400000 · gpos25chr15q24.1 · 72400001–74900000 · gnegchr15q24.2 · 74900001–76300000 · gpos25chr15q24.3 · 76300001–78000000 · gnegchr15q25.1 · 78000001–81400000 · gpos50chr15q25.2 · 81400001–84700000 · gnegchr15q25.3 · 84700001–88500000 · gpos50chr15q26.1 · 88500001–93800000 · gnegchr15q26.2 · 93800001–98000000 · gpos50chr15q26.3 · 98000001–101991189 · gnegRNU5A-1pq1 bp101,991,189 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr15:65,296,051–65,296,167
Gene span
117 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000362698 ★65,296,051–65,296,1671

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

現有註釋預測,RNU5A-1 可能參與 quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP 的形成,以及剪接體 tri-snRNP 複合體的組裝。這些描述指向其可能涉及由多種小核核糖核蛋白(snRNP)共同構成的剪接體相關複合體,但來源未詳述 RNU5A-1 在形成或組裝過程中的具體分子作用,也未提供可據以判定作用步驟的實驗結果。

資料另預測 RNU5A-1 可能是 U4/U6 × U5 tri-snRNP 複合體及 U5 snRNP 的一部分。這表示其可能與上述複合體的組成相關;然而,來源沒有說明它如何與複合體中的其他成分互動,也未提供互作方式或功能效果的細節。

上述角色均為預測性註釋,不能視為已由此來源證實的功能。來源未進一步描述其對剪接過程或其他生物學結果的影響,因此目前可支持的說明限於可能參與特定 snRNP 的形成與 tri-snRNP 複合體組裝,以及可能屬於所列複合體。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 65296051 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RNU5A-1 ENST00000362698 GRCh38 chr15:65295051-65296151 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ATCTCGTGAAGAAAGTGAAAGAAGAGCTGGCGGCTGTCTCACGCCTGTAATCCAGCAACTCCGGAAGCTG
AGGCAGGAGGCTCGCTTGCGGCCAGAAGTTCGAGACCAGGCTGGGCAAGAAAGCCAGAACCCGTCTCTAC
GAAAAATACAAAAACTAGCCAGGTGTGGTGGCGCGTGCCTGTGGTCCCAGCTAGTTGAGAGGCTGAGGTG
GGAGTATTGCTAGGAGGGAGTTTTCTAATAGTTGGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGCATTTAAGTGCAAAGG
AATGGTTAATACATATTCCAGATAGTGACTACCCATATAGCGAGTGAGGGGTATGATAGGGGAAATGGGC
CAACGAAGGCTTCAAAGATGTTAACAATATACTTTTTGAACTGGATGGGAGACATCAGTGTTTTATTACT
TTTGAATTATGTATGCACATAGACTATATACATTATTTACGAGATATACTTAAAAATCTTTAAGATGTTT
CTATATTTTAGAGACAGGGCTTAAAAGTCCTGGGCAATTAGCTGGGCACAGTGTCGTGCGCCTGTAATCC
CACCTAGTTGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCTCTTGAACCCGAGGTAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCG
CGCCACTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCCTGG
GCAGCAAGGCCTCCACTTCACCCCCTAAAGGTTGCCCCAAGAGCACCGTGTGACTGCTAAGGTATTTCCG
GAGTCTAAAGACGATTATTCAGGTCTCATTTGCATACCCATAATACACTGCAAACAGTATTTTTTTCGGA
AAAACATTTATATATTGCTTGACATTTTTAAGTATGAGAATTTTGCATGCAGAATTTTTTTGTATAAACT
TTCTCAGGTAGTAACCCTTGGGATTAGTAGACACCATCAGTGTACTAGGAATTGCAGTTACCCGAAAATT
GAGTTACAGAAGTAACTGGTATACTCTGGTTTCTCTTCAGATCGCATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAG
ATTTCCGTGGAGAGGAACAACTCTGAGTCTTAACCCAATTTTTTGAGGCCT
RNU5A-1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR15_C8GXP · enhancer · 65299864–65301147 · regulatory

· motif · 65293328–65293340 · motif

· motif · 65293510–65293522 · motif

· motif · 65295813–65295822 · motif

· motif · 65295813–65295824 · motif

· motif · 65295813–65295824 · motif

· motif · 65295845–65295858 · motif

· motif · 65295965–65295978 · motif

· motif · 65295972–65295985 · motif

· motif · 65295972–65295985 · motif

· motif · 65296361–65296374 · motif

· motif · 65296361–65296374 · motif

· motif · 65296393–65296406 · motif

· motif · 65296640–65296652 · motif

· motif · 65296642–65296649 · motif

· motif · 65296642–65296657 · motif

· motif · 65296693–65296704 · motif

· motif · 65296773–65296785 · motif

· motif · 65299639–65299654 · motif

· motif · 65299644–65299656 · motif

· motif · 65299647–65299654 · motif

· motif · 65300018–65300025 · motif

· motif · 65300037–65300052 · motif

· motif · 65300039–65300052 · motif

· motif · 65300530–65300540 · motif

· motif · 65300571–65300586 · motif

· motif · 65300622–65300631 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

RNU5A-1 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000362698 ★snRNA117 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能資料預測 RNU5A-1 可能參與 quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP 的形成及剪接體 tri-snRNP 複合體的組裝,也可能是 U4/U6 × U5 tri-snRNP 複合體與 U5 snRNP 的一部分;這些描述屬預測,來源未提供實驗驗證細節。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in formation of quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP and spliceosomal tri-snRNP complex assembly. Predicted to be part of U4/U6 x U5 tri-snRNP complex and U5 snRNP.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000362698 · 117 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATACTCTGGTTTCTCTTCAGATCGCATAAATCTTTCGCCT40
41TTTACTAAAGATTTCCGTGGAGAGGAACAACTCTGAGTCT80
81TAACCCAATTTTTTGAGGCCTTGCTTTGGCAAGGCTA117

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。