演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

RNU2-5PU2

RNA, U2 small nuclear 5, pseudogene

RNU2-5P 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens9q21.11
OFFICIAL SYMBOL
RNU2-5P
CHROMOSOME
9
LOCUS TYPE
snRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RNU2-5P 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 RNA, U2 small nuclear 5, pseudogene。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 9q21.11。

Official symbol
RNU2-5P
Gene name
RNA, U2 small nuclear 5, pseudogene
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:10155
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U2u2.7RNU2P3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 99q21.11
chr9 · 138,394,717 bp · GRCh38chr9p24.3 · 1–2200000 · gnegchr9p24.2 · 2200001–4600000 · gpos25chr9p24.1 · 4600001–9000000 · gnegchr9p23 · 9000001–14200000 · gpos75chr9p22.3 · 14200001–16600000 · gnegchr9p22.2 · 16600001–18500000 · gpos25chr9p22.1 · 18500001–19900000 · gnegchr9p21.3 · 19900001–25600000 · gpos100chr9p21.2 · 25600001–28000000 · gnegchr9p21.1 · 28000001–33200000 · gpos100chr9p13.3 · 33200001–36300000 · gnegchr9p13.2 · 36300001–37900000 · gpos25chr9p13.1 · 37900001–39000000 · gnegchr9p12 · 39000001–40000000 · gpos50chr9p11.2 · 40000001–42200000 · gnegchr9p11.1 · 42200001–43000000 · acenchr9q11 · 43000001–45500000 · acenchr9q12 · 45500001–61500000 · gvarchr9q13 · 61500001–65000000 · gnegchr9q21.11 · 65000001–69300000 · gpos25chr9q21.12 · 69300001–71300000 · gnegchr9q21.13 · 71300001–76600000 · gpos50chr9q21.2 · 76600001–78500000 · gnegchr9q21.31 · 78500001–81500000 · gpos50chr9q21.32 · 81500001–84300000 · gnegchr9q21.33 · 84300001–87800000 · gpos50chr9q22.1 · 87800001–89200000 · gnegchr9q22.2 · 89200001–91200000 · gpos25chr9q22.31 · 91200001–93900000 · gnegchr9q22.32 · 93900001–96500000 · gpos25chr9q22.33 · 96500001–99800000 · gnegchr9q31.1 · 99800001–105400000 · gpos100chr9q31.2 · 105400001–108500000 · gnegchr9q31.3 · 108500001–112100000 · gpos25chr9q32 · 112100001–114900000 · gnegchr9q33.1 · 114900001–119800000 · gpos75chr9q33.2 · 119800001–123100000 · gnegchr9q33.3 · 123100001–127500000 · gpos25chr9q34.11 · 127500001–130600000 · gnegchr9q34.12 · 130600001–131100000 · gpos25chr9q34.13 · 131100001–133100000 · gnegchr9q34.2 · 133100001–134500000 · gpos25chr9q34.3 · 134500001–138394717 · gnegRNU2-5Ppq1 bp138,394,717 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr9:70,188,571–70,188,750
Gene span
180 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000410533 ★70,188,571–70,188,7501

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 70188750 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RNU2-5P ENST00000410533 GRCh38 chr9:70188650-70189750 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ACCTGTGAGACACACCATCAAGTGTACCAACATATGCATAGTGGAAGTCCCAAAAGGAAGAGAGAGAGAA
AGGGGAAGAAAGAACATTTGAAAAATTAATAGCCAAAACCTTTTCAAACCTGATTTTTAAAAATATAAGT
CTATACATTCAAGAAAGTCAAAGAACTTCAACTAGGAAAATTCAAGGAGTCACTACTAGAAAAATTACAT
TTAACTGTTACAAGCCAAAGACAATGAGCAAATCTTTTTAATTAATAAAATTTTTTCTTTGCTAATCAGC
TGACTTCAGGATGAGAATCTTGAAAGCAAGAGAAAAGTGACTCATTATATACAAGAGAACCTCAATAAGA
TTAACAGCTAACTCCTCATCAGAAACTGTAAAGGCCAGAAGATAGTGAGATGACATATATAAAAGTGTTG
AAAGAAAACTAAGAATTCTATATGCAGGAAATCTACCCTTCAAAAACAAAAGGGAACTTAGGACACTCTC
AAATAAATAAAACTAAATTCATCACTAGCTACTAAAGGAAGTCCTTCAGGCTAAAAGCAAAGTGTACTAG
ATAGTAACTCAAACTTGTATGAAGAAATAAAAAGTACCAATAAAGATAACTGTGTAGGTAAATATAAAGA
ACAGAATAAGTATATTTTTATTTCTCTTATCTTCTGATTTAAAAGACAACCAACTGCATAAAGCAATAAT
TATAAAACTGTGTCAATGGGCTTATAACACAAAAAGGTGCCATATTCATGATAGAATAATGGAAGGAAGA
AATGAAGCATAGTTTTTGTATGCTATGAAATTAAGTTAATATGAACTAGATTATCTTAAGTCAAGTTATT
AATTGAGGGCCAGGAGTGGTGGCTCATGCCTGAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGAGAGGATGGC
TTGAGCCCAGGAGTTTGAGACTAGCCTGGACAGCATGTGAGACCCCACTTCTTTCTAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAATCAATTGTTTTGATCACCTCTCAGTGTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATA
AGTTTAATATCTGATATGTCCTCTATCTGAGGATACTATATTAAATGGGTT
RNU2-5P 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

RNU2-5P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000410533 ★snRNA180 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000410533 · 180 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATCACCTCTCAGTGTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATC40
41TGTTCTTATAAGTTTAATATCTGATATGTCCTCTATCTGA80
81GGATACTATATTAAATGGGTTTTTGGAGCAGGGAGATGGG120
121ATAGGAGCTTACTCTGTCCACTCCAGGTATTGCAGTACCT160
161CCAGGAATGGTGCACCCTCT180

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。