基因總覽
RNU2-2 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 RNA, U2 small nuclear 2。登錄類型為 RNA, small nuclear。此基因座位於 11q12.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000410396 ★ | 62,841,619–62,841,809 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>RNU2-2 ENST00000410396 GRCh38 chr11:62841709-62842809 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGCCAGGGCCTCATATTAATCCCTTTCATTCTGGCGAGCTTGCTTTGATCGATTAAAAAAAAATCGCTCC ATTTCAATTTTACCTACACTCTCCTCCTCCTCCTTCGCCCCAGTCCTCTAACGACCCTGCCTCTGCCTTC GAGGAGAGGCCCTGTGGTTTCTCGGTCGGACTTCCGGGTGGGATGCCTTGCCGCGTTGCTGGTCGGCCTG AAAGTAACTCTAAAGAGTGCGTGGGTCGGAGGACATCGGGGCTGAGGCGTCAGCACCTTTCTCCCACCGC GGGATCCCGGGTTTGAGGATCAGGAGCCTCTGAAATGGCTTTCTCAGGGCATCTTTCCCTCTCAGTGAAG GGCCAGATGTTTGCTGGCGGACAGTACAAATGCAAGGTGCGGGTCGTGCCTCGCCCCTATGTCCTCAGTT CTCACAAACTCCGGAGAGTGAGTGTCACCATTTCCCCCGTTTAAATGGGGAGGAAACAAGAGCCTAAATA CCAAGCCCAGGCCATTAAGTCAGGAACTGGAGAGCAGGGAGCCCAACCTCCTTTTTTGGACTCCAAAACC TGTGCTTTGACACCGCGCCGCGGCTTCTCCCAAGAAAGGTCCCGGAGAGGGGCGCCGCCACCTGCAGCAC TGTCCCGCCGCCCCCTGGAAAGCCGAAAAACCCCTAGGATGGGAGACTAACGCCACAATCGGGGAAAAGG AGGCCACGCGGGCATTGAAATCACGACTGGTGTGTGGACCAATCCCAGGATCCTAAAAAAGCGAAAGGGG CGGGTTTATGCAAAACAAACTGAGCAGGGAGCAGGCGGCGGAAGAAGTAGAGGACGTTTAAATAGGGCTG TTTCCAAAATATAGCCACTACTATAAAGAAAGAATAATGAAAACTGTGTTTCGGAATTATAATGTATTGG GAGATAATTTAACATTTAGTGCCTGGATAGTTACCATAACTGGTTGGAAGATGGGAAGGATAAGGCCGCC GAGGCGACCGAAGTAAAGGTATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATC AGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_75NQQ2 · promoter · 62839571–62839637 · regulatory
ENSR11_9WXFS · enhancer · 62839638–62840145 · regulatory
ENSR11_5JR3ZM · CTCF_binding_site · 62839716–62839737 · regulatory
ENSR11_BGGPH · promoter · 62840146–62840870 · regulatory
ENSR11_9WXGG · promoter · 62841799–62842299 · regulatory
· motif · 62839034–62839044 · motif
· motif · 62839538–62839554 · motif
· motif · 62839538–62839554 · motif
· motif · 62839562–62839572 · motif
· motif · 62839590–62839602 · motif
· motif · 62839597–62839606 · motif
· motif · 62839597–62839608 · motif
· motif · 62839711–62839725 · motif
· motif · 62839718–62839734 · motif
· motif · 62839721–62839732 · motif
· motif · 62840254–62840269 · motif
· motif · 62840260–62840272 · motif
· motif · 62840262–62840269 · motif
· motif · 62840262–62840277 · motif
· motif · 62840435–62840444 · motif
· motif · 62840739–62840759 · motif
· motif · 62840773–62840788 · motif
· motif · 62840778–62840790 · motif
· motif · 62840892–62840902 · motif
· motif · 62841020–62841031 · motif
· motif · 62841093–62841108 · motif
· motif · 62841099–62841111 · motif
· motif · 62841101–62841116 · motif
· motif · 62841357–62841367 · motif
· motif · 62841489–62841498 · motif
· motif · 62841606–62841617 · motif
· motif · 62842034–62842044 · motif
· motif · 62842630–62842641 · motif
· motif · 62842630–62842641 · motif
· motif · 62842632–62842641 · motif
· motif · 62842650–62842658 · motif
RNA 轉錄本與序列
RNU2-2 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000410396 ★ | snRNA | 191 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATC40TGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGA80GGACAATATATTAAATGGATTTTTGGAAATAGGAGATGGA120ATAGGAGCTTGCTCCGTCCACTCCACGCATCGACCTGGTA160TTGCAGTACTTCCAGGAACGGTGCACTCTCC191cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。