基因總覽
RNU2-1（RNA, U2 small nuclear 1）屬於非編碼 RNA 基因，不是蛋白質編碼基因。其產物 U2 small nuclear RNA（snRNA）是 U2 small nuclear ribonucleoprotein（U2 snRNP）的 RNA 組成部分；U2 snRNP 則是剪接體所含的小型核糖核蛋白粒子之一。人類基因組中有多處可表現 U2 snRNA 的位置，而 RNU2-1 位點代表一組 U2 snRNA 基因串聯排列的基因陣列。該陣列由重複單元構成，單一重複單元約長 6.1 kb，並含有一份 U2 snRNA。已報告的陣列包含六個至三十多個重複單元；陣列內的重複序列會經由協同演化趨於一致。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000618664 ★ | 43,233,790–43,233,977 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
U2 small nuclear RNA 是剪接體中 U2 snRNP 的 RNA 成分。剪接體是由多種核糖核蛋白組成的複合體，負責移除核內 mRNA 前體中的內含子；其組成包括 U1、U2、U4/U6 小型核糖核蛋白粒子，以及多種其他蛋白質。RNU2-1 因而提供 U2 snRNP 的 RNA 部分，參與這套 RNA 剪接機制。
在剪接過程中，U2 snRNA 與內含子分支位點附近的 3' 區域互動。此定位關係使 U2 snRNP 成為剪接體辨識內含子分支區域時的一個組成部分；來源描述的是 RNA 與該區域的互動，未進一步說明其他分子步驟或具體反應機制。剪接體移除內含子，是核內 mRNA 前體加工的一環。
人類基因組有多處可表現 U2 snRNA。RNU2-1 所代表的位點是位於 17q21-22 的 U2 snRNA 基因陣列，陣列中的重複單元會經由協同演化而趨於一致。每個約 6.1 kb 的重複單元含一份 U2 snRNA；已報告的陣列規模從六個到三十多個重複單元不等。
Promoter 與基因調控
>RNU2-1 ENST00000618664 GRCh38 chr17:43233877-43234977 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCCAGCCCTCAGCGATGGGATTTCAGAGCGGGAGATAAAGGGTTGCCCAGAAGGGTGGTGAGTGGAATGG CTGATATAAACAACGGGGGCGCGATGAAATACACAGGAGGGCTGCTAGTCACATATGGGGCGGGTGCCGA GGGCCCTTGACTAAGGGAGGCTTCCTGCACGGGTGACACCCAAGCGGAGTCCTGACGACCTGCGTCAGAA GTAGCCGGGCGAGGAGGAGGGGAAAGGAATCCACGTCCCGAGCAGAGAGGCAGCGTTCCCTACACAGCAC AGGACACGGTCCGCGCACAGAAGCCGCAGGAGACGCAGGCACAGGGGCTGGGGAGAATCCTTGCTGGGCC CTCGCCGCCTCCCTCTGCCGGGTGTCTGGTGCCAGCCTCCTGCCTGGCAGAGGAACTCCAGCCCCTGCTC CCGGAAGCCCCTCCAGGCCTTCGGCTTCCCTGACTGGGCATGGGCCCCTCGTCCCCTCGTCCCCTCGGGT ACGGGGCCGGTCTCCCCGCCCGCGGGCGGCGAAGTAAAGGCCCAGCGCAGCCCGCGCTCCTGCCCTGGAG CCTCGTCTTTCTCCAGGAAAACGTGGACCGCTCTCCGCCGACAGGTCTCTTCCACAGACCCCTGTCGCCT TCGCCCCCGGTCTCTTCCGGTTCTGTCTTTTCGCTGGCTCGATACGAACAAGGAAGTCGCCCCCAGCGGA GCCCCGGCTCCCCCAGGCAGAGGCGGCCCCGGGGGCGGAGTCAACGGCGGAGGCCACGCCCTCTGTGAAA GGGCGGGGCATGCAAATTCGAAATGAAAGCCCGGGAACGCCGGAAGAAGCACGGGTGTAAGATTTCCCTT TTCAAAGGCAGAGAATAAGAAATCAGCCCGAGAGTGTAAGGGCGTCAATAGCGCTGTGGACGAGACAGAG GGAATGGGGCAAGGAGCGAGGCTGGGGCTCTCACCGCGACTTGAATGTGGATGAGAGTGGGACGGTGACG GCGGGCGCGAAGGCGAGCGCATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATC AGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_9M69M · enhancer · 43229691–43230174 · regulatory
ENSR17_5D6JRK · CTCF_binding_site · 43231432–43231453 · regulatory
ENSR17_5D6K79 · CTCF_binding_site · 43233747–43233768 · regulatory
ENSR17_9M6CT · enhancer · 43237310–43237788 · regulatory
· motif · 43231434–43231450 · motif
· motif · 43233729–43233738 · motif
· motif · 43233749–43233765 · motif
· motif · 43234199–43234209 · motif
· motif · 43234215–43234225 · motif
· motif · 43234237–43234247 · motif
· motif · 43234290–43234301 · motif
· motif · 43234325–43234336 · motif
· motif · 43234327–43234336 · motif
· motif · 43236213–43236224 · motif
· motif · 43238936–43238945 · motif
· motif · 43238936–43238945 · motif
RNA 轉錄本與序列
RNU2-1 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000618664 ★ | snRNA | 188 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 剪接體是由多種核糖核蛋白組成的複合體，負責移除核內 mRNA 前體中的內含子，包含 U1、U2、U4/U6 小型核糖核蛋白粒子及其他蛋白質。U2 small nuclear RNA 是 U2 snRNP 的 RNA 成分，會與內含子分支位點的 3' 區域互動。人類基因組有多處表現 U2 snRNA；RNU2-1 位點代表一組位於 17q21-22 的基因陣列，重複單元經協同演化趨於一致。每個約 6.1 kb 的單元含一份 U2 snRNA，已報告陣列有六個至三十多個重複單元。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源The spliceosome is a multicomponent ribonucleoprotein complex that catalyzes the removal of introns from nuclear mRNA precursors. The spliceosome is composed of four small ribonucleoprotein particles (the U1, U2, and U4/U6 snRNPs) and numerous additional proteins. The U2 small nuclear RNA (snRNA) is a RNA component of the U2 snRNP that interacts with the 3' region of the intron at the branch site. Several sites in the human genome express U2 snRNAs. This locus represents an array of U2 snRNA genes located at 17q21-22 that undergoes concerted evolution to homogenize repeat units within the array. Each repeat in this array is approximately 6.1 kb long and contains a single copy of the U2 snRNA. Arrays of six to more than 30 repeats have been reported. |
DNA 與 RNA 序列
ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATC40TGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGA80GGACAATATATTAAATGGATTTTTGGAGCAGGGAGATGGA120ATAGGAGCTTGCTCCGTCCACTCCACGCATCGACCTGGTA160TTGCAGTACCTCCAGGAACGGTGCACCC188cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。