基因總覽
RNU1-2 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 RNA, U1 small nuclear 2。來源記錄的類型為 RNA, small nuclear。此基因座位於 1p36.13。目前可用來源提供名稱、分類與基因座資料,尚未提供可採用的功能敘述;功能與產物資訊依後續取得的來源註解補充。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384278 ★ | 16,895,980–16,896,143 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>RNU1-2 ENST00000384278 GRCh38 chr1:16894980-16896080 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATTCAAATGGTCTTTCACTTGGGCATTCCAACTTTGCTTACTTCACAGTGTTTCCTGCGTAATATATAAG AAAAGATGATCCAGACATTGTTAAACATCTCAAATAAGATGTAGCCCAGGTATTTGTGTCAAATTTGGAT TATTTTGATTTCGTCTTTGCAGAATATAAAAAACTAACATGAGGTAAGCACTAAGGTGTGGAGATGGCTG TGCAAGAGATGACAAAGTCCAGCACCACGCTTGAGAGTGTCCAATCATCTCTTCTGGGGCAGCATAGTTT TCTACAATACTGATTTTGGAAAAAAAATCAAAAAAAAAAAACCTACAAGATTCATGAAACTGGACAACTG TCTTTATAACATTACCAGTGATAAAACCAGTAAGGAAGGCTGGTTTGCAGTCATCTGAGCAGCCTCTTTA CTTTCATAAACATGGTTTCTCTCGGCTTCCAATTGCAAGTGGAATGCTGCATCACAGGGATAAAGATGTG AAGAGAACCGGTTTCTTCTGTAATCCGAAACATTCTAGTCTGCGAATTAAAAGCCATTATTTGAAGAAGG ATGCCCCGGCTCCATCTGGCCACCGAAAGGTTGCTCCTTAACACAGGCTAAGGACCAGCTTTTTTGGGAG AGAACAGACGCAGGGGCGGGAGGGAAAAAGGGAGAGGCAGACGTCACTTCCTCTTGGCGGCTCTGGCAGC AGATTGGTCAGTTGAGTGGCAGAAAAGCAGACGGGGACTGGGCAAGGCACTGTCGGTGACATCACGGACA GGGCGACTTCTATGTAGATGAGGCAGCGCAGAGGCTGCTGCTTCGCCACTTGCTGCTTCGCCACGAAGGA GTTCCCCTGCCCTGGGAGCGGGTTCAGGACCGCGGATCGGAAGAGAGAATCCCAGCTGTGTGTCAGGGCT GGAAAGGGCTCGGGAGTGCGCGGGGCAAGTGACCGTGTGTGTAAAGAGTGAGGCGTATGAGGCTGTGTCG GGGCAGAGCCCGAAGATCTCATACTTACCTGGCAGGGGAGATACCATGATCACGAAGGTGGTTTTCCCAG GGCGAGGCTTATCCATTGCACTCCGGATGTGCTGACCCCTGCGATTTCCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_B5CK6 · enhancer · 16900698–16901227 · regulatory
· motif · 16894510–16894524 · motif
· motif · 16894510–16894524 · motif
· motif · 16894513–16894521 · motif
· motif · 16894517–16894528 · motif
· motif · 16895197–16895212 · motif
· motif · 16895197–16895212 · motif
· motif · 16895654–16895665 · motif
· motif · 16895733–16895746 · motif
· motif · 16895733–16895746 · motif
· motif · 16896051–16896060 · motif
· motif · 16896054–16896065 · motif
· motif · 16896058–16896070 · motif
· motif · 16896061–16896068 · motif
· motif · 16896534–16896549 · motif
· motif · 16896539–16896551 · motif
· motif · 16896712–16896727 · motif
· motif · 16896746–16896757 · motif
· motif · 16896747–16896758 · motif
· motif · 16896847–16896862 · motif
· motif · 16896883–16896898 · motif
· motif · 16900899–16900912 · motif
RNA 轉錄本與序列
RNU1-2 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384278 ★ | snRNA | 164 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
ATACTTACCTGGCAGGGGAGATACCATGATCACGAAGGTG40GTTTTCCCAGGGCGAGGCTTATCCATTGCACTCCGGATGT80GCTGACCCCTGCGATTTCCCCAAATGTGGGAAACTCGACT120GCATAATTTGTGGTAGTGGGGGACTGCGTTCGCGCTTTCC160CCTG164cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。