基因總覽
RNPS1 的正式名稱為 RNA binding protein with serine rich domain 1，是一種蛋白質編碼基因，產物屬於 SR family 剪接因子。它是剪接前與剪接後多蛋白 mRNP 複合體的組成成員，也可出現在剪接依賴型 exon junction complex（EJC）中。RNPS1 的蛋白質長度為 305 個胺基酸，含有一個 RNA recognition motif（RRM），並具有多段被註記為無序的區域。這些結構特徵與其參與 RNA 處理及多種複合體的角色相符；其具體作用依 RNA 加工階段與相關分子而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000320225 ★ | 2,253,120–2,268,126 | 8 |
| ENST00000397086 | 2,253,116–2,267,848 | 8 |
| ENST00000566458 | 2,253,116–2,268,413 | 7 |
| ENST00000566397 | 2,253,116–2,264,331 | 6 |
| ENST00000565678 | 2,253,116–2,267,603 | 8 |
| ENST00000561718 | 2,253,116–2,268,066 | 7 |
| ENST00000568631 | 2,253,116–2,267,829 | 8 |
| ENST00000569598 | 2,253,116–2,268,095 | 7 |
| ENST00000301730 | 2,253,116–2,268,114 | 9 |
| ENST00000567147 | 2,253,116–2,268,413 | 6 |
| ENST00000996298 | 2,253,116–2,268,114 | 7 |
| ENST00001072136 | 2,253,116–2,268,114 | 8 |
顯示 12/26 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNPS1 參與前體 mRNA 剪接及剪接後的 RNA 處理。作為剪接依賴型 exon junction complex（EJC）的輔助成分，它會與剪接後的 mRNA 一同出現；RNPS1 與剪接接合處上游約 20–25 個核苷酸的位置相關。EJC 具有動態組成：核心蛋白之外，若干核內與細胞質相關因子只在複合體組裝或後續 mRNA 代謝期間短暫加入，因此 RNPS1 所參與的處理階段並不限於剪接當下。
RNPS1 也屬於 ASAP 與 PSAP 複合體。這兩類複合體可不依 RNA 序列結合 RNA，並被提出可能在剪接前或剪接過程中被招募至 EJC，協助特定轉錄物中的特定內含子切除。體外剪接反應中，ASAP 複合體可抑制 RNA 加工；此外，ASAP 複合體與細胞凋亡促進作用相關，並會在凋亡誘導後解離。這些描述反映其作用依複合體與細胞狀態而異。
在剪接體組裝方面，RNPS1 可增進 ATP 依賴型 A 複合體的形成，也參與組成型剪接。它與 SRP54 及 TRA2B/SFRS10 共同參與替代剪接調節，效果會依底物而不同。對 BCL2L1/Bcl-X 的剪接調節中，RNPS1 特別抑制促凋亡型 Bcl-X(S) 異構型的形成；這項作用與已知的 EJC 組裝及功能不同，且可能也涉及其他凋亡相關基因。
RNPS1 另參與 mRNA 3′端切割，以及 UPF2 依賴的無義介導 mRNA 降解（NMD），後者作用於含有提前終止密碼子的 mRNA。來源也指出，RNPS1 可促進 mRNA 豐度及翻譯效率的增加，顯示其角色延伸至剪接後的 RNA 命運調節。
Promoter 與基因調控
>RNPS1 ENST00000320225 GRCh38 chr16:2268026-2269126 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCAAAAAAAAAAAAAAATCCGCCCCGTCAGTGTGGGGAGTTGACGCGGAGCCTCCTGCCTGCACCCCTAC AGCGTCACCCCCTCCTCTGTCCCTGCCAGAGGCGCCACCTCTGGACTCTCCCAGGGTCGGACCCTGGTCG ACAGTGCTCCCTGCCCGGACCCTGCACCGGCCGATGGATGAAGCCTCGGCGCTGCGCCGTTCACACGCTC CGTGCCGCTGCCGCGAAGCTCGCGCGGGCCTGCGAGCCGGTACCCGGGCCTCCCTTCCCTGCTTCCAGCG AACCTCGGCGCCTGCTGTTCCCCCGCCGGGCGCGCCCTTCCATTCGGGTCTCAGCGGCAGTGTCACCTCC CCGGAGAGGCCCGCCGTTGCACCCCATCTCCCACTCTCAAGCTCGTCGCTCTTCCTGCCCGCACAGCCCG CCTGCCGCGCCCACCCGGTGGAGGTCCGCCTGCCGGGAGGCCGCGTCCACGGGAACACCCCAAACGCCAC CAGTGGATTTTGACCGCACGAACGCACGCCCTGCCCCAGCCCGTCTCTCCGAGCTACTTCCGCCCTGCGG GCCCCCACGCCCCGCCACGCACGGCCGCAGAGCCTGCGAACCCCTCCTGTGCTACCACCCCGCCGGCCTC AGCACAGCCCGGCCCGGAGCCCCGCCTCCACCGCCGGCGACAGGGGCCGGAGTCTGCCCGGGCGGGCCCA GTGCGCCCGCGCAAGGAAAGGGGCGGGGCACGGGCGCGTTAACACCCTCCGCGCCGGAGGACGAGCCTCG GTCATCGCGCTGCCCTCCCAGGTTCAACAGGCTACCCATGTGCCCGCTCCAGTAAGCGTGCAACCAGCCC GGTCAGTCCCAGGGACTTTACCGGCTAGGAGACACCTTGAACGTCCCCAGCGCGACTCCCACAAACTGCC TTGACTCTTTAACGCTTCCTCGCTGGCGCCCATTGGGCCAGGCGTTTACGTCATCGCTGCGCGCCGGGCG GCGGCGACTTCCCGCTCCTTGACTCTGACGTCAGAGCGGCGCCGGCCTCGGCGGCTGAGGAAAGCAGGAG GAGGTGGCGGCGGCGGGAAGATGTAAGTTGGGGCGGAATCCGACTGCATCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RNPS1_2 ↗ | 16:2,267,809 | 負股 | 2,267,799–2,267,858 |
| RNPS1_1 ↗ | 16:2,268,114 | 負股 | 2,268,104–2,268,163 |
| RNPS1_3 ↗ | 16:2,268,360 | 負股 | 2,268,350–2,268,409 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_BG62 · enhancer · 2266924–2267592 · regulatory
ENSR16_BG65 · promoter · 2267593–2268484 · regulatory
ENSR16_C846 · enhancer · 2268485–2269952 · regulatory
· motif · 2263303–2263310 · motif
· motif · 2267578–2267593 · motif
· motif · 2267858–2267867 · motif
· motif · 2267858–2267869 · motif
· motif · 2267858–2267869 · motif
· motif · 2268111–2268124 · motif
· motif · 2268111–2268124 · motif
· motif · 2268161–2268174 · motif
· motif · 2268161–2268174 · motif
· motif · 2268414–2268425 · motif
· motif · 2268414–2268425 · motif
· motif · 2268538–2268554 · motif
· motif · 2268571–2268582 · motif
· motif · 2268571–2268582 · motif
· motif · 2268573–2268582 · motif
· motif · 2268704–2268721 · motif
· motif · 2269810–2269822 · motif
· motif · 2269813–2269820 · motif
· motif · 2269813–2269828 · motif
· motif · 2269814–2269827 · motif
· motif · 2270247–2270259 · motif
· motif · 2270250–2270257 · motif
· motif · 2272961–2272974 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：305 aa
RNPS1 長 305 個胺基酸，屬於 SR family，含有位於第 161–240 位的 RRM。第 1–170 位及第 240–305 位被註記為無序區。其餘功能區段分別與特定分子互作、核定位、外顯子跳躍或 UPF2 依賴的 NMD 有關；這些序列註記描述的是已標示的區域作用，不代表各區段具有相同功能。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RNPS1 位於細胞核、核斑與細胞質，並可在細胞核與細胞質之間穿梭。 於細胞核及核斑中，RNPS1 與核心 EJC、ALYREF/THOC4、NXF1 及 UAP56 共定位。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 37 個夥伴
- ABI2Q9NYB9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ACIN1Q9UKV3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- CCNL1Q9UK58 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CLK2P49760 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CLK3P49761 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ELOA2Q8IYF1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM81BQ96LP2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLGA6L9A6NEM1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HEXIM2Q96MH2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NKAPD1Q6ZUT1 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- PICK1Q9NRD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSTPIP1O43586 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RBMY1JQ15415 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SART3Q15020 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SDCBP2Q9H190 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SRPK1Q96SB4 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SRPK2P78362 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- SRRM4A7MD48 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SRSF10O75494 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SRSF3P84103 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SRSF4Q08170 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SRSF6Q13247 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SRSF7Q16629 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SRSF9Q13242 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STX11O75558 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RNPS1 是 EJC、活化中的剪接體，以及 ASAP 和 PSAP 複合體的成員；ASAP 與 PSAP 被認為可能互斥形成，前者由 RNPS1、SAP18、ACIN1 組成，後者則由 RNPS1、SAP18、PNN 組成。剪接後複合體中，RNPS1 與 NXF1、RBM8A、UPF1、UPF2、UPF3A 及 UPF3B 同在一個複合體。另有資料記載 RNPS1 與 CDC2L1 切割後的 p110 異構型、CSNK2A1、PNN、SART3、SRP54、SRRM1 及 TRA2B/SFRS10 互作，並與多核糖體相關。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNPS1 參與剪接前後的多蛋白 mRNP 複合體，並作為 EJC 的輔助成分與剪接後 mRNA 相關。它也屬於可不依序列結合 RNA 的 ASAP、PSAP 複合體，參與組成型及底物依賴的替代剪接、3′端切割、UPF2 依賴的 NMD，以及 mRNA 豐度和翻譯效率調節；ASAP 複合體亦與凋亡相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of pre- and post-splicing multiprotein mRNP complexes. Auxiliary component of the splicing-dependent multiprotein exon junction complex (EJC) deposited at splice junction on mRNAs. The EJC is a dynamic structure consisting of core proteins and several peripheral nuclear and cytoplasmic associated factors that join the complex only transiently either during EJC assembly or during subsequent mRNA metabolism. Component of the ASAP and PSAP complexes which bind RNA in a sequence-independent manner and are proposed to be recruited to the EJC prior to or during the splicing process and to regulate specific excision of introns in specific transcription subsets. The ASAP complex can inhibit RNA processing during in vitro splicing reactions. The ASAP complex promotes apoptosis and is disassembled after induction of apoptosis. Enhances the formation of the ATP-dependent A complex of the spliceosome. Involved in both constitutive splicing and, in association with SRP54 and TRA2B/SFRS10, in distinctive modulation of alternative splicing in a substrate-dependent manner. Involved in the splicing modulation of BCL2L1/Bcl-X (and probably other apoptotic genes); specifically inhibits formation of proapoptotic isoforms such as Bcl-X(S); the activity is different from the established EJC assembly and function. Participates in mRNA 3'-end cleavage. Involved in UPF2-dependent nonsense-mediated decay (NMD) of mRNAs containing premature stop codons. Also mediates increase of mRNA abundance and translational efficiency. Binds spliced mRNA 20-25 nt upstream of exon-exon junctions PMID 10449421 ↗ · PMID 11546874 ↗ · PMID 12665594 ↗ · PMID 12944400 ↗ · PMID 14729963 ↗ · PMID 14752011 ↗ · PMID 15684395 ↗ · PMID 16209946 ↗ · PMID 17586820 ↗ · PMID 22203037 ↗ |
| 交互作用 | RNPS1 出現在 EJC、活化中的剪接體，以及剪接後含 NXF1、RBM8A、UPF1、UPF2、UPF3A 和 UPF3B 的複合體。它是 ASAP 與 PSAP 異源三聚體複合體的成員，兩者可能互斥形成；RNPS1 也與多核糖體相關，並與多種蛋白質互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Found in mRNA splicing-dependent exon junction complexes (EJC). Found in a post-splicing complex with NXF1, RBM8A, UPF1, UPF2, UPF3A, UPF3B and RNPS1. Component of the heterotrimeric ASAP (apoptosis- and splicing-associated protein) and PSAP complexes consisting of RNPS1, SAP18 and either ACIN1 or PNN, respectively; the ASAP and PSAP complexes probably are formed mutually exclusive. Component of the active spliceosome. Associates with polysomes. Interacts with the cleaved p110 isoform of CDC2L1, CSNK2A1, PNN, SART3, SRP54, SRRM1 and TRA2B/SFRS10 PMID 11118221 ↗ · PMID 11477570 ↗ · PMID 11546874 ↗ · PMID 12665594 ↗ · PMID 12944400 ↗ · PMID 14517304 ↗ · PMID 14625303 ↗ · PMID 14729963 ↗ · PMID 15684395 ↗ · PMID 16209946 ↗ · PMID 16314458 ↗ · PMID 20966198 ↗ · PMID 22388736 ↗ · PMID 9580558 ↗ |
| 細胞定位 | RNPS1 位於細胞核、核斑及細胞質，並可在細胞核與細胞質間穿梭。在細胞核與核斑中，它與核心 EJC、ALYREF/THOC4、NXF1 及 UAP56 共定位。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Nucleus; Nucleus speckle; Cytoplasm; Nucleocytoplasmic shuttling protein. Colocalizes with the core EJC, ALYREF/THOC4, NXF1 and UAP56 in the nucleus and nuclear speckles |
核酸與蛋白質序列
GACTCTGACGTCAGAGCGGCGCCGGCCTCGGCGGCTGAGG40AAAGCAGGAGGAGGTGGCGGCGGCGGGAAGATGCTGCTCT80TTGGCGTAAATTGCAATCGATTAGGGATCGTTTCTCAGAA120TCAAGTTAGAAGTGAGAGTTCAGATAAGTGAGGCCGCCAT160TGCTGCTTTGAACACCTCAGAAGGGGAGAATGGATTTATC200AGGAGTGAAAAAGAAGAGCTTGCTAGGAGTCAAAGAAAAT240AATAAAAAGTCCAGCACTAGGGCTCCTTCACCTACCAAAC280GCAAAGACCGCTCAGATGAGAAGTCCAAGGATCGCTCAAA320AGATAAAGGGGCCACCAAGGAGTCGAGTGAGAAGGATCGC360GGCCGGGACAAAACCCGAAAGAGGCGCAGCGCTTCCAGTG400GTAGCAGCAGTACCAGGTCTCGGTCCAGCTCGACTTCCAG440CTCAGGCTCCAGCACCAGCACTGGCTCAAGCAGTGGCTCC480AGCTCTTCCTCAGCATCCAGCCGCTCAGGAAGCTCCAGCA520CCTCCCGCAGCTCCAGCTCTAGCAGCTCTTCTGGCTCTCC560AAGTCCTTCTCGGCGCAGACACGACAACAGGAGGCGCTCC600CGCTCCAAATCCAAACCACCTAAAAGAGATGAAAAGGAGA640GGAAAAGGCGGAGCCCATCTCCTAAGCCCACCAAAGTGCA680CATTGGGAGACTCACCCGGAATGTGACAAAGGATCACATC720ATGGAGATATTTTCCACCTATGGGAAAATTAAAATGATTG760ACATGCCCGTGGAAAGGATGCATCCCCATCTGTCCAAAGG800CTATGCGTACGTAGAGTTTGAGAATCCAGATGAAGCCGAG840AAGGCGCTGAAGCACATGGATGGAGGACAAATTGATGGCC880AGGAGATCACTGCCACCGCCGTGCTGGCCCCCTGGCCTAG920GCCACCCCCCAGGAGATTCAGCCCTCCCAGGAGAATGTTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。