基因總覽
RNF7（ring finger protein 7）是蛋白質編碼基因，產物屬於 RING-box family。RNF7 亦稱 RNF7/RBX2，是 cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase 複合體（ECS，也稱 CRL5）的組成部分。此類複合體含有 CUL5、Elongin BC（ELOB 與 ELOC）、RNF7/RBX2，以及負責底物辨識的可變組成蛋白；不同辨識組成使複合體能對應不同標的。RNF7 的蛋白質序列含有 RING-type 鋅指區域，並有一段被註記為無序的區域。這些特徵概括了它在該類蛋白質複合體中的身分；其分子作用方式與所參與的生物過程另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000273480 ★ | 141,738,298–141,747,560 | 3 |
| ENST00000480908 | 141,738,189–141,745,700 | 2 |
| ENST00001079972 | 141,738,189–141,745,704 | 4 |
| ENST00001095498 | 141,738,189–141,747,611 | 2 |
| ENST00001126587 | 141,738,189–141,746,465 | 3 |
| ENST00001142884 | 141,738,189–141,747,560 | 3 |
| ENST00001079968 | 141,738,226–141,745,840 | 3 |
| ENST00000393000 | 141,738,297–141,745,702 | 3 |
| ENST00001095499 | 141,738,297–141,745,840 | 2 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNF7 是多種 ECS 複合體的催化組成部分，協助這些複合體將泛素接到標的蛋白質上，進而促進其蛋白酶體降解。複合體中的底物辨識部分可變，因此不同 ECS 複合體能處理不同標的。RNF7/RBX2 透過 RING-type 區域招募 E2 泛素結合酵素，使其靠近底物，支援泛素轉移。ECS 複合體參與細胞週期進程、訊息傳遞與轉錄等過程；RNF7 也參與蛋白質泛素化修飾。
不同底物辨識組成的複合體，將此作用連結到多種調控路徑。例如，ECS(SOCS7) 複合體可泛素化並促進 DAB1 降解，調節 reelin 訊息傳遞；ECS(SOCS2) 複合體則促進磷酸化 EPOR 與 GHR 的泛素化及蛋白酶體降解。RNF7 也參與 NF1 的泛素化與降解，因而調節 Ras 蛋白訊息傳遞；在 ECS(ASB9) 複合體中，它促進 CKB 的泛素化與降解。
其他例子包括 ECS(SPSB3) 複合體對核內 CGAS 的泛素化，以及 ECS(RAB40C) 複合體促進 ANKRD28 泛素化與降解。後者會抑制 protein phosphatase 6（PP6）複合體活性及細胞遷移期間的 focal adhesion 組裝。ECS(ASB7) 複合體透過促進 SUV39H1 降解，負向調節 H3K9me3 組蛋白標記；部分 ECS 複合體則催化 BTRC 的 Lys-11 連結泛素化與降解。ECS(LRRC58) 複合體促進 CDO1 泛素化與降解，並調節半胱胺酸分解代謝。這些底物與作用均依賴各複合體的辨識組成。
RNF7 另有一項不同於泛素化的催化作用：它與 UBE2F 作用，特異性催化 CUL5 的 NEDD8 化，不催化其他 cullin（CUL1、CUL2、CUL3、CUL4A 或 CUL4B）的 NEDD8 化。ECS 複合體也可與 ARIH2 協同，依序促進標的泛素化，其中 ARIH2 負責在 CRLs 標的上添加第一個泛素。部分功能敘述標示為 By similarity，表示相關推論具有相應的證據限制；另有資料指出 RNF7 可能參與保護細胞免於氧化還原試劑誘導的細胞凋亡。
Promoter 與基因調控
>RNF7 ENST00000273480 GRCh38 chr3:141737298-141738398 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGCAGCTGAGGGAGCGGGGCCTGAAAAATAAGTGTGGGTTGTGTCGCCACACACCGGGACTCCTGGGATC CCGACCTCTTTTAGCGGTCAAAAGAGGGCAAACTAGTTGCCTAACAATATTTAGAGCTATTTCTCTCTTT TCACTCTCATTCTACGAGTGTACACCGGAGTTTCTAGCAACTACATGGTATGTGAAGTCATCCCTCTAAT GATAACCTGTAATGAGGTTACTACTGTGATTTTTAATGAATACATTTTAAAATGTTTTAATTTCTTCAAA AGCAAACATTAATCTCTACATATGTGTGTATACATATACAGGAAATGTATGTATATATGAATATACATAT ATTCATTGTATATGTGTATATATATTCATACATAATATGTGTGTGTGTATATATATATATATTTACACAT TTCCTACATAAATAAAAGTTCTTTAAGGTCCTAATAATTTTTAAGTGAAAAGGAGTCCTGGGACCAAAAA GTTTTGAGAATCACTGAACCAGATTTCTAGATCTTTAAGATCATTTATTCACTCAACAAATAATTGTGCC TCCTGTGGCCAGGCATTTTGCAGATACGGAGGATAATGTGGTGATAGCAACATGTTTCCTGCTCTGATAG AGTTTTACATTTGGGAGGGAAGAGACAAACGAATAAATTAACAAGATAATTTCTGAGAGCAGTAGGTTTA ATGAAGCCGTAAAGCAGGACACATATCCCTGCACAATCTGTGCGCCTGCTCAGACGTAACACCCCGCAGC GCAGCAGGCAGATTCAGCGGCGTCGCCCCATAAGGGCCCGAGCCCTCTCAGTTGGCCTAGGACGGCGAGG GCGGGGCCTGCCCGCCCCCCTGGCGCTGGCGTCAGGTGACGTCACTGTGCCGCGCCAGCCAATCGTGGGC AGCCGGGGTCTAGGCACCACGGTGGCTGGCGGCCTGCGGGCGGCGCTGTGGCCCGTCGGGCGGCTCCACA GAGCCGCCCTAGCCTTCCGCCTTCCCCAAGCCAACGTCTCCGCCGTCGGCTCCGCGGCGCCGCCATGGCC GACGTGGAAGACGGAGAGGAAACCTGCGCCCTGGCCTCTCACTCCGGGAGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RNF7_1 ↗ | 3:141,738,319 | 正股 | 141,738,270–141,738,329 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_9448XX · enhancer · 141737010–141737505 · regulatory
ENSR3_B335H4 · promoter · 141737787–141738308 · regulatory
ENSR3_538C5JK · CTCF_binding_site · 141738236–141738257 · regulatory
ENSR3_538C5KQ · CTCF_binding_site · 141738487–141738508 · regulatory
· motif · 141738038–141738049 · motif
· motif · 141738038–141738049 · motif
· motif · 141738134–141738144 · motif
· motif · 141738146–141738156 · motif
· motif · 141738171–141738184 · motif
· motif · 141738171–141738184 · motif
· motif · 141738234–141738249 · motif
· motif · 141738238–141738254 · motif
· motif · 141738289–141738300 · motif
· motif · 141738335–141738345 · motif
· motif · 141738447–141738463 · motif
· motif · 141738447–141738463 · motif
· motif · 141738488–141738498 · motif
· motif · 141738489–141738505 · motif
· motif · 141738683–141738700 · motif
· motif · 141738692–141738707 · motif
· motif · 141738725–141738734 · motif
· motif · 141738725–141738734 · motif
· motif · 141739063–141739072 · motif
· motif · 141739063–141739074 · motif
· motif · 141739063–141739074 · motif
· motif · 141740585–141740597 · motif
· motif · 141740587–141740602 · motif
資料列出 1,10-phenanthroline 與 RNF7 的調控相關註記，但未提供其影響方向或具體調控機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：113 aa
RNF7 蛋白質長 113 個胺基酸，屬於 RING-box family。其第 61–103 位胺基酸區段被註記為 RING-type zinc finger；第 1–26 位則被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RNF7 被註記位於細胞質與細胞核；現有資料未說明其定位是否會隨條件或異構型而改變。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- ASB1Q9Y576 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ASB6Q9NWX5 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ASB7Q9H672 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CUL5Q93034 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- IKBKGQ9Y6K9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PCNAP12004 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- vifP12504 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
RNF7 是含有 CUL5、Elongin BC（ELOB、ELOC）及底物辨識蛋白的 ECS／CRL5 複合體成員，也會與 UBE2F 及 CSNK2B 互作；CSNK2B 的互作不受 CK2 磷酸化影響。另有資料指出 RNF7 對 CUL1、CUL2、CUL3、CUL4A、CUL4B 的互作偏好較低，且仍需更多證據確認其體內互作。RNF7 可能也與 DCUN1D1 至 DCUN1D5 互作。HIV-1 感染時，HIV-1 Vif 會劫持含 RNF7 的 ECS 複合體；此處描述的是複合體與病毒蛋白的功能關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 11 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNF7 是多種 ECS 複合體的催化組成部分，協助標的蛋白質泛素化並促進蛋白酶體降解。其 RING-type 區域招募 E2，使其靠近底物；可變的 SOCS box 底物辨識組成決定複合體功能特異性。相關過程包括細胞週期、訊息傳遞與轉錄，標的涵蓋 DAB1、磷酸化 EPOR、GHR、NF1、CKB、CGAS、ANKRD28、SUV39H1、BTRC 與 CDO1。RNF7 亦與 UBE2F 共同促進 CUL5、而非其他所列 cullin 的 NEDD8 化；部分作用為 By similarity，另可能參與抵抗氧化還原試劑誘導的凋亡。 | 含實驗來源 | 證據與來源Catalytic component of multiple cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase complexes (ECS complexes), which mediate the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins. It is thereby involved in various biological processes, such as cell cycle progression, signal transduction and transcription. The functional specificity of the E3 ubiquitin-protein ligase ECS complexes depend on the variable SOCS box-containing substrate recognition component. Within ECS complexes, RNF7/RBX2 recruits the E2 ubiquitination enzyme to the complex via its RING-type and brings it into close proximity to the substrate. Catalytic subunit of various SOCS-containing ECS complexes, such as the ECS(SOCS7) complex, that regulate reelin signaling by mediating ubiquitination and degradation of DAB1 (By similarity). The ECS(SOCS2) complex mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of phosphorylated EPOR and GHR. Promotes ubiquitination and degradation of NF1, thereby regulating Ras protein signal transduction (By similarity). As part of the ECS(ASB9) complex, catalyzes ubiquitination and degradation of CKB. The ECS(SPSB3) complex catalyzes ubiquitination of nuclear CGAS. As part of the ECS(RAB40C) complex, mediates ANKRD28 ubiquitination and degradation, thereby inhibiting protein phosphatase 6 (PP6) complex activity and focal adhesion assembly during cell migration. The ECS(ASB7) complex acts a negative regulator of H3K9me3 histone mark by mediating ubiquitination and degradation of SUV39H1. As part of some ECS complex, catalyzes 'Lys-11'-linked ubiquitination and degradation of BTRC. ECS complexes and ARIH2 collaborate in tandem to mediate ubiquitination of target proteins; ARIH2 mediating addition of the first ubiquitin on CRLs targets. As part of the ECS(LRRC58) complex, mediates CDO1 ubiquitination and degradation, regulating cysteine catabolism. Specifically catalyzes the neddylation of CUL5 via its interaction with UBE2F. Does not catalyze neddylation of other cullins (CUL1, CUL2, CUL3, CUL4A or CUL4B). May play a role in protecting cells from apoptosis induced by redox agents PMID 10082581 ↗ · PMID 19250909 ↗ · PMID 21980433 ↗ · PMID 25505247 ↗ · PMID 27910872 ↗ · PMID 33268465 ↗ · PMID 34518685 ↗ · PMID 35512830 ↗ · PMID 38418882 ↗ · PMID 38574733 ↗ · PMID 40440427 ↗ · PMID 40963025 ↗ |
| 功能 | Inactive | 含實驗來源 | |
| 功能 | HIV-1 感染後，HIV-1 Vif 會劫持含 RNF7 的 cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase（ECS）複合體；該複合體催化 APOBEC3F 與 APOBEC3G 的泛素化及降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Following infection by HIV-1 virus, catalytic component of a cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase complex (ECS complex) hijacked by the HIV-1 Vif protein, which catalyzes ubiquitination and degradation of APOBEC3F and APOBEC3G PMID 22190037 ↗ · PMID 23300442 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 16874460 ↗ · PMID 33268465 ↗ · PMID 34518685 ↗ |
| 分子活性 | S-[NEDD8-protein]-yl-[E2 NEDD8-conjugating enzyme]-L-cysteine + [cullin]-L-lysine = [E2 NEDD8-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-[NEDD8-protein]-yl-[cullin]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-[NEDD8-protein]-yl-[E2 NEDD8-conjugating enzyme]-L-cysteine + [cullin]-L-lysine = [E2 NEDD8-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-[NEDD8-protein]-yl-[cullin]-L-lysine. PMID 19250909 ↗ · PMID 23300442 ↗ |
| 分子活性 | RNF7 的功能註記包含蛋白質修飾中的蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 分子活性 | RNF7 的功能註記包含蛋白質修飾中的蛋白質 NEDD8 化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RNF7 是由 CUL5、Elongin BC（ELOB、ELOC）及可變 SOCS box 底物辨識蛋白組成的 ECS／CRL5 複合體成員。它也與 UBE2F、CSNK2B 互作，且 CSNK2B 的互作不受 CK2 磷酸化影響。RNF7 對 CUL1、CUL2、CUL3、CUL4A、CUL4B 的互作偏好較低，但需更多體內證據確認；它可能另與 DCUN1D1、DCUN1D2、DCUN1D3、DCUN1D4、DCUN1D5 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Catalytic component of multiple cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase complexes (ECS complexes, also named CRL5 complexes) composed of CUL5, Elongin BC (ELOB and ELOC), RNF7/RBX2 and a variable SOCS box domain-containing protein as substrate-specific recognition component. Also interacts (with lower preference) with CUL1, CUL2, CUL3, CUL4A and CUL4B; additional evidence is however required to confirm this result in vivo. Interacts with UBE2F. Interacts with CSNK2B, the interaction is not affected by phosphorylation by CK2. May also interact with DCUN1D1, DCUN1D2, DCUN1D3, DCUN1D4 and DCUN1D5 PMID 10230407 ↗ · PMID 10512750 ↗ · PMID 10851089 ↗ · PMID 19250909 ↗ · PMID 21980433 ↗ · PMID 24337577 ↗ · PMID 25505247 ↗ · PMID 26906416 ↗ · PMID 27910872 ↗ · PMID 31387940 ↗ · PMID 33268465 ↗ · PMID 35512830 ↗ · PMID 38418882 ↗ · PMID 38574733 ↗ · PMID 40440427 ↗ · PMID 40963025 ↗ |
| 交互作用 | HIV-1 感染後，含 RNF7 的 cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase（ECS）複合體會遭 HIV-1 Vif 劫持。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Following infection by HIV-1 virus, component of a cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase complex (ECS complex) hijacked by the HIV-1 Vif protein PMID 22190037 ↗ |
| 細胞定位 | RNF7 的定位註記為細胞質與細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | RNF7 的調控相關註記提及 1,10-phenanthroline，但未說明作用方向或具體調控方式。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTTCCCCAAGCCAACGTCTCCGCCGTCGGCTCCGCGGCGC40CGCCATGGCCGACGTGGAAGACGGAGAGGAAACCTGCGCC80CTGGCCTCTCACTCCGGGAGCTCAGGCTCCAAGTCGGGAG120GCGACAAGATGTTCTCCCTCAAGAAGTGGAACGCGGTGGC160CATGTGGAGCTGGGACGTGGAGTGCGATACGTGCGCCATC200TGCAGGGTCCAGGTGATGGATGCCTGTCTTAGATGTCAAG240CTGAAAACAAACAAGAGGACTGTGTTGTGGTCTGGGGAGA280ATGTAATCATTCCTTCCACAACTGCTGCATGTCCCTGTGG320GTGAAACAGAACAATCGCTGCCCTCTCTGCCAGCAGGACT360GGGTGGTCCAAAGAATCGGCAAATGAGAGTGGTTAGAAGG400CTTCTTAGCGCAGTTGTTCAGAGCCCTGGTGGATCTTGTA440ATCCAGTGCCCTACAAAGGCTAGAACACTACAGGGGATGA480ATTCTTCAAATAGGAGCCGATGGATCTGTGGTCCTTTGGG520ACTCATCAAAGCCTTGGTTTAGCATTTTGTCAGTTTTATC560TTCAGAAATTCTCTGCGATTAAGAAGATAATTTATTAAAG600GTGGTCCTTCCTACCTCTGTGGTGTGTGTCGCGCACACAG640CTTAGAAGTGCTATAAAAAAGGAAAGAGCTCCAAATTGAA680TCACCTTTATAATTTACCCATTTCTATACAACAGGCAGTG720GAAGCAGTTTCAGAGAACTTTTTGCATGCTTATGGTTGAT760CAGTTAAAAAAGAATGTTACAGTAACAAATAAAGTGCAGT800TTAAAACCCAACTCTTACTCTTAATTTGTTCCTAATACGT840ATTTTTGGCAGGGAGAGGGAACGGTCCATGAAATCTTTAT880GTGATATAAGGATTTTAAGTTTGGGCCAGTGAACAGGGTA920AATAAAATTTAACTTTTGAGCATATGGAATTTTGATTGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。