基因總覽
RNF2（ring finger protein 2）是蛋白質編碼基因，產生一種 E3 泛素蛋白連接酶，亦稱 RING2。其蛋白質含有 RING-type 鋅指，屬於 Polycomb group（PcG）相關蛋白質，並是 PRC1-like 多蛋白複合體的重要組成部分。RNF2 的特點是兼具酵素角色與複合體成員身分：它參與組蛋白修飾，並與染色質及基因轉錄調控相關。其活性可受複合體夥伴影響；在 PRC1 中，RNF2 被認為是作用於組蛋白 H2A 的主要 E3 泛素連接酶，而 RING1 可能較偏向調節 RNF2/RING2 活性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000367510 ★ | 185,045,558–185,102,603 | 7 |
| ENST00000910311 | 185,044,865–185,102,850 | 7 |
| ENST00001091422 | 185,045,154–185,102,850 | 7 |
| ENST00000367509 | 185,045,323–185,102,850 | 6 |
| ENST00000910312 | 185,045,323–185,102,850 | 8 |
| ENST00000910313 | 185,045,323–185,102,850 | 6 |
| ENST00000925207 | 185,045,323–185,102,850 | 7 |
| ENST00000925208 | 185,045,323–185,102,850 | 5 |
| ENST00000925210 | 185,045,323–185,102,850 | 8 |
| ENST00000942958 | 185,045,323–185,102,850 | 7 |
| ENST00001128037 | 185,045,323–185,100,067 | 6 |
| ENST00001144695 | 185,045,323–185,102,850 | 7 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNF2 的主要功能是作為 E3 泛素蛋白連接酶，促進組蛋白 H2A 第 119 位 lysine 的單泛素化，形成 H2AK119Ub。這項修飾參與組蛋白調控訊號與基因表現控制，並可作為表觀遺傳性轉錄抑制的標記。RNF2 是 Polycomb group（PcG）PRC1-like 複合體的重要成分；這類複合體協助在發育過程中維持多種基因（包括 Hox 基因）的轉錄抑制狀態。
PRC1 複合體透過染色質重塑及組蛋白修飾改變染色質狀態，使其基因表現能力具有可遺傳的改變。RNF2 在複合體中是作用於組蛋白 H2A 的主要 E3 泛素連接酶；RING1 可能較偏向調節 RNF2/RING2 的活性。BMI1/PCGF4 可增強 RNF2 的 E3 泛素蛋白連接酶活性。RNF2 與染色體 DNA 的關聯則會隨細胞週期而改變。
H2AK119Ub 也參與雌性哺乳類的 X 染色體失活；依相似性推論，RNF2 可能參與印記型與隨機型 X 染色體失活的啟動。在靜止狀態的 B 與 T 淋巴球中，RNF2 與 AURKB 的交互作用會抑制 AURKB 活性，並有助於維持這些靜止淋巴球中的轉錄狀態，此項描述屬於依相似性推論。
此外，RNF2 可藉由促進 AMBRA1 泛素化，導致 AMBRA1 後續降解，因而作為自噬的負向調節因子；此功能同樣是依相似性推論。這些作用顯示 RNF2 除了參與染色質相關的基因抑制，也與細胞內自噬調控相連。
Promoter 與基因調控
>RNF2 ENST00000367510 GRCh38 chr1:185044558-185045658 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCTACGTAAGTCACATAGACACACATTGGAGGCTATGAACCTAGTTTGCCCAATTCCCACTGCAGTCCAT TGGTTTATGCCTCTATGCCTTCAGATTTACGGTCTGGTATTGCTGGTTATCTTCTCAAGAGAACATGACA TCTCAACAATAGTACATATAGAGATCAGGGAACTTTCAATTCTTCGTTACTTCTTCAGCTCATAATTTAT ATGCATTAAATGTCGGATAATTTACTGGAGACTAACTGGCTGTGTTTTAGGTAATGATTACATCTATTAA TCTATTACTTCGTAAATCCTCAAGTTCAGAAGGTAACACTGGAAGGGGCCAAGGAGGTAGGAATAAAGCA GCAGCAAGGTAAATAGTAAGAGCTGATGACCACAATCAGAATGTTAAGCTAAGTTTAGAGTGGAAGGTCA TTTTCCCAGGAGCAATTACACTTGCAGTTTTATCCTGCAAGGATGAAAAGTGTATGTTTGTTGTACGAGA GCGGAAGGGTGCCGAAGTTCATGTGAAGTTCTGCAAACCAAAGCCTGATGAGGATTTCCGCCGGGTGGGA CAGGTTTAAGAGGACGAACTCATGAGAAAGAAGTCTGAGCCCAAACCCCAGAAGCCGGCCAGGAAGGTGT AAAGGGTGGGCCGAAGCCAGGGCAGAAGAACCCAAGCAGAAGGTTGAGCACGAGGTGGCTGCGCCGTCAT CCGGGCGTTGCCCGGGGGCTACGTCGGACCGCGGTGGGCGCCGGGGGGGCGTGGCCGGCCAGCCCAGGGC GGGGCGGTGGCGCGGGTTCTCCAGGCCAACACGCGGCGGCGCACCCTCCCTCGCGCCGCGGGCCTCCCCG CGCCGTGCACGTCCTCGTCCCGCGCCTCCGCCCCTCGCTCGCTCGCTCCTTCCCGCCCTCCCCGCAGCGC CGGCCGAGCCGGCTTCCCCTCAGTCTCTCATGAATATTGAGCGGCCCCTGTTGTATTTCCCGAGCTCCAT TGCGGAAGCTGAGGCTCGCCATATTGTGCGGCGGCGCCGGCGTCCGCGGCAGCTGATACCAGAGTCTTGC TCCGGCCGCGGCCAGCGGAGCCCTGGGCTGGGGCAGGAGCCGGTGAGTGGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RNF2_3 ↗ | 1:185,045,248 | 正股 | 185,045,199–185,045,258 |
| RNF2_1 ↗ | 1:185,045,350 | 正股 | 185,045,301–185,045,360 |
| RNF2_2 ↗ | 1:185,045,782 | 正股 | 185,045,733–185,045,792 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_B3CPJL · promoter · 185045007–185045568 · regulatory
ENSR1_53LJ6BH · CTCF_binding_site · 185045352–185045373 · regulatory
ENSR1_53LJ6C7 · CTCF_binding_site · 185045505–185045526 · regulatory
ENSR1_CNCQT · enhancer · 185045569–185046758 · regulatory
ENSR1_53LJ6GM · CTCF_binding_site · 185046248–185046269 · regulatory
· motif · 185045153–185045168 · motif
· motif · 185045354–185045370 · motif
· motif · 185045507–185045523 · motif
· motif · 185045536–185045547 · motif
· motif · 185045551–185045561 · motif
· motif · 185045677–185045688 · motif
· motif · 185045677–185045688 · motif
· motif · 185045685–185045701 · motif
· motif · 185045765–185045778 · motif
· motif · 185045771–185045783 · motif
· motif · 185045791–185045804 · motif
· motif · 185045797–185045810 · motif
· motif · 185045826–185045843 · motif
· motif · 185045998–185046011 · motif
· motif · 185046035–185046048 · motif
· motif · 185046053–185046062 · motif
· motif · 185046232–185046244 · motif
· motif · 185046234–185046256 · motif
· motif · 185046234–185046256 · motif
· motif · 185046239–185046248 · motif
· motif · 185046250–185046266 · motif
· motif · 185046345–185046356 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：336 aa
RNF2 蛋白質長 336 個胺基酸，含有位於第 51–91 位胺基酸的 RING-type 鋅指。第 2–179 位區域與 HIP2 交互作用；第 93–98 位區域則參與經由組蛋白 H2A 與 H2B 酸性斑塊和核小體交互作用。第 157–208 位被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RNF2 可見於細胞核、細胞質與染色體。 在雌性滋養層幹細胞及分化中的胚胎幹細胞內，RNF2 會短暫富集於失活 X 染色體；未分化滋養層幹細胞中的此項關聯則可在有絲分裂期間維持。 RNF2 亦與 SAMD7 共定位於細胞核內的 Polycomb 小體。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 30 個夥伴
- ABCB1P08183 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- AUTS2Q8WXX7 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- BMI1P35226 · UniProt INTERACTION · 22 experiments
- CBX4O00257 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- CBX6O95503 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- CBX7O95931 · UniProt INTERACTION · 17 experiments
- CBX8Q9HC52 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- CSNK2A1P68400 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CSNK2BP67870 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- H2AC17P0C0S8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- KAT8Q9H7Z6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PCGF1Q9BSM1 · UniProt INTERACTION · 17 experiments
- PCGF2P35227 · UniProt INTERACTION · 19 experiments
- PCGF3Q3KNV8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- PCGF5Q86SE9 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- PCGF6Q9BYE7 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- PSEN2P49810 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RING1Q06587 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- RYBPQ8N488 · UniProt INTERACTION · 23 experiments
- UBE2D1P51668 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- UBE2D2P62837 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- UBE2D3P61077 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- UBE2D4Q9Y2X8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- UBE2E2Q96LR5 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
RNF2 是多種染色質相關 PcG 與 PRC1-like 複合體的成員；不同複合體可含 PCGF1 至 PCGF6 中的不同成員。RNF2、BMI1 與 UB2D3 組成的複合體中，RNF2 與 BMI1 形成緊密異源二聚體，UB2D3 則只與 RNF2 交互作用；此複合體可結合核小體，且僅對核小體中的組蛋白 H2A 具有活性。RNF2 也與 RYBP、CBX 家族成員及其他蛋白質交互作用；RYBP 與 CBX7 會競爭 RNF2 上相同的結合位點，兩者不能同時結合。另有來源指出 RNF2 參與 E2F6.com-1、MLL1/MLL 等複合體。
疾病與遺傳關聯
RNF2 基因變異與 Luo-Schoch-Yamamoto syndrome（常染色體顯性疾病）相關。其特徵包括子宮內生長遲滯、嚴重智能障礙、行為問題、早發癲癇、餵食困難及特殊外觀；腦部影像可見白質異常與髓鞘化延遲。來源將此疾病歸因於影響 RNF2 基因的變異。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNF2 是 E3 泛素蛋白連接酶，可使組蛋白 H2A 第 119 位 lysine 單泛素化，形成與表觀遺傳轉錄抑制及雌性哺乳類 X 染色體失活相關的標記。它是 PRC1-like 複合體的重要成分，參與維持多種基因的轉錄抑制；BMI1/PCGF4 可增強其酵素活性。其與染色體 DNA 的關聯具細胞週期依賴性；靜止 B、T 淋巴球中與 AURKB 交互作用會抑制 AURKB。依相似性推論，RNF2 也可能參與 X 染色體失活啟動及透過 AMBRA1 泛素化、降解而負向調節自噬。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin-protein ligase that mediates monoubiquitination of 'Lys-119' of histone H2A (H2AK119Ub), thereby playing a central role in histone code and gene regulation. H2AK119Ub gives a specific tag for epigenetic transcriptional repression and participates in X chromosome inactivation of female mammals. May be involved in the initiation of both imprinted and random X inactivation (By similarity). Essential component of a Polycomb group (PcG) multiprotein PRC1-like complex, a complex class required to maintain the transcriptionally repressive state of many genes, including Hox genes, throughout development. PcG PRC1 complex acts via chromatin remodeling and modification of histones, rendering chromatin heritably changed in its expressibility. E3 ubiquitin-protein ligase activity is enhanced by BMI1/PCGF4. Acts as the main E3 ubiquitin ligase on histone H2A of the PRC1 complex, while RING1 may rather act as a modulator of RNF2/RING2 activity (Probable). Association with the chromosomal DNA is cell-cycle dependent. In resting B- and T-lymphocytes, interaction with AURKB leads to block its activity, thereby maintaining transcription in resting lymphocytes (By similarity). Also acts as a negative regulator of autophagy by mediating ubiquitination of AMBRA1, leading to its subsequent degradation (By similarity) PMID 11513855 ↗ · PMID 15386022 ↗ · PMID 16359901 ↗ · PMID 16714294 ↗ · PMID 20696397 ↗ · PMID 21772249 ↗ · PMID 25355358 ↗ · PMID 25519132 ↗ · PMID 26151332 ↗ · PMID 33864376 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 15386022 ↗ · PMID 21772249 ↗ · PMID 26151332 ↗ |
| 分子活性 | RNF2 涉及蛋白質修飾，具體分類為蛋白質泛素化；此筆註記未提供特定受質、作用條件或實驗系統等進一步資訊。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RNF2 是多種 Polycomb 與 PRC1-like 複合體的成員，亦與多種蛋白質交互作用。RNF2、BMI1、UB2D3 複合體可結合核小體，且只對核小體中的組蛋白 H2A 具有活性；其中 RNF2 與 BMI1 緊密結合，UB2D3 僅與 RNF2 交互作用。RYBP 與 CBX7 競爭 RNF2 的同一結合位點。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of chromatin-associated Polycomb (PcG) complexes. Component of a number of PRC1-like complexes; these complexes contain either the polycomb group ring finger protein PCGF1, or PCGF2, or PCGF3, or PCGF4, or PCGF5, or PCGF6. Part of a complex that contains RNF2, UB2D3 and BMI1; within that complex RNF2 and BMI1 form a tight heterodimer, where UB2D3 interacts only with RNF2. The complex composed of RNF2, UB2D3 and BMI1 binds nucleosomes, and has activity only with nucleosomal histone H2A. Part of a complex that contains PCGF5, RNF2 and UBE2D3. Part of a complex that contains AUTS2, PCGF5, RNF2, CSNK2B and RYBP. Interacts with RYBP, PCGF2, CBX4, CBX6, CBX7 and CBX8. Interacts with RNF1/RING1, BMI1 and PHC2. Interaction with RYBP and CBX7 is mutually exclusive; both compete for the same binding site on RNF2 (By similarity). Component of repressive BCOR complex containing a Polycomb group subcomplex at least composed of RYBP, PCGF1, BCOR and RING1. Interacts with CBX2 and PHC1. Interacts with CHTOP. Interacts with AURKB (By similarity). Part of the E2F6.com-1 complex in G0 phase composed of E2F6, MGA, MAX, TFDP1, CBX3, BAT8, EUHMTASE1, RNF1/RING1, RNF2/RING2, MBLR, L3MBTL2 and YAF2. Component of some MLL1/MLL complex, at least composed of the core components KMT2A/MLL1, ASH2L, HCFC1/HCF1, WDR5 and RBBP5, as well as the facultative components BACC1, CHD8, E2F6, HSP70, INO80C, KANSL1, LAS1L, MAX, MCRS1, MGA, MYST1/MOF, PELP1, PHF20, PRP31, RING2, RUVB1/TIP49A, RUVB2/TIP49B, SENP3, TAF1, TAF4, TAF6, TAF7, TAF9 and TEX10. Interacts with RYBP, HIP2 and TFCP2. Interacts with NUPR1. Interacts with SAMD7 in a PHC2-dependent manner (By similarity) PMID 11513855 ↗ · PMID 11865070 ↗ · PMID 12004135 ↗ · PMID 12167701 ↗ · PMID 15386022 ↗ · PMID 15960975 ↗ · PMID 16714294 ↗ · PMID 16943429 ↗ · PMID 19636380 ↗ · PMID 19791798 ↗ · PMID 21282530 ↗ · PMID 21772249 ↗ · PMID 25355358 ↗ · PMID 25519132 ↗ · PMID 26151332 ↗ · PMID 26687479 ↗ · PMID 28720707 ↗ |
| 細胞定位 | RNF2 位於細胞核、細胞質及染色體；在雌性滋養層幹細胞與分化中的胚胎幹細胞中會短暫富集於失活 X 染色體，而未分化滋養層幹細胞中的此關聯可在有絲分裂期間維持。RNF2 也與 SAMD7 共定位於細胞核內 Polycomb 小體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Chromosome; Enriched on inactive X chromosome (Xi) in female trophoblast stem (TS) cells as well as differentiating embryonic stem (ES) cells. The enrichment on Xi is transient during TS and ES cell differentiation. The association with Xi is mitotically stable in non-differentiated TS cells. Co-localizes with SAMD7 in nuclear polycomb bodies PMID 21282530 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 RNF2 基因的變異與常染色體顯性 Luo-Schoch-Yamamoto syndrome 相關。疾病表現包括子宮內生長遲滯、嚴重智能障礙、行為問題、早發癲癇、餵食困難及特殊外觀；腦部影像可見白質異常與髓鞘化延遲。 | 含實驗來源 | 證據與來源Luo-Schoch-Yamamoto syndrome LUSYAM An autosomal dominant disorder characterized by intrauterine growth retardation, severe intellectual disability, behavioral problems, early-onset seizures, feeding difficulties, and dysmorphic features. White matter abnormalities and delayed myelination are observed on brain imaging. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619460 PMID 33864376 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATATTGTGCGGCGGCGCCGGCGTCCGCGGCAGCTGATACC40AGAGTCTTGCTCCGGCCGCGGCCAGCGGAGCCCTGGGCTG80GGGCAGGAGCCGCAATGTCTCAGGCTGTGCAGACAAACGG120AACTCAACCATTAAGCAAAACATGGGAACTCAGTTTATAT160GAGTTACAACGAACACCTCAGGAGGCAATAACAGATGGCT200TAGAAATTGTGGTTTCACCTCGAAGTCTACACAGTGAATT240AATGTGCCCAATTTGTTTGGATATGTTGAAGAACACCATG280ACTACAAAGGAGTGTTTACATCGTTTTTGTGCAGACTGCA320TCATCACAGCCCTTAGAAGTGGCAACAAAGAATGTCCTAC360CTGTCGGAAAAAACTAGTTTCCAAAAGATCACTAAGGCCA400GACCCAAACTTTGATGCACTCATCAGCAAAATTTATCCAA440GTCGTGATGAGTATGAAGCTCATCAAGAGAGAGTATTAGC480CAGGATCAACAAGCACAATAATCAGCAAGCACTCAGTCAC520AGCATTGAGGAAGGACTGAAGATACAGGCCATGAACAGAC560TGCAGCGAGGCAAGAAACAACAGATTGAAAATGGTAGTGG600AGCAGAAGATAATGGTGACAGTTCACACTGCAGTAATGCA640TCCACACATAGCAATCAGGAAGCAGGCCCTAGTAACAAAC680GGACCAAAACATCTGATGATTCTGGGCTAGAGCTTGATAA720TAACAATGCAGCAATGGCAATTGATCCAGTAATGGATGGT760GCTAGTGAAATTGAATTAGTATTCAGGCCTCATCCCACAC800TTATGGAAAAAGATGACAGTGCACAGACGAGATACATAAA840GACTTCTGGTAACGCCACTGTTGATCACTTATCCAAGTAT880CTGGCTGTGAGGTTAGCTTTAGAAGAACTTCGAAGCAAAG920GTGAATCAAACCAGATGAACCTTGATACAGCCAGTGAGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。