基因總覽
RNF11 是蛋白質編碼基因，其產物為 ring finger protein 11。此蛋白是泛素編輯蛋白複合體的必要成員；該複合體還包含 TNFAIP3、ITCH 與 TAX1BP1，參與維持發炎訊號的短暫性。RNF11 的功能資料也提及其與 SMURF2 及 STAMBP 相關的泛素化調節。這些資訊將 RNF11 描述為參與蛋白質調控與發炎訊號控制的複合體成員。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000242719 ★ | 51,236,273–51,273,447 | 3 |
| ENST00000856527 | 51,235,625–51,273,253 | 4 |
| ENST00000856528 | 51,235,758–51,273,108 | 4 |
| ENST00000856529 | 51,236,253–51,273,443 | 4 |
| ENST00000963612 | 51,236,253–51,273,248 | 3 |
| ENST00001119697 | 51,236,253–51,289,232 | 2 |
| ENST00001119698 | 51,236,253–51,289,232 | 3 |
| ENST00001145514 | 51,236,253–51,273,447 | 3 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNF11 是泛素編輯蛋白複合體的必要成員，該複合體由 RNF11、TNFAIP3、ITCH 與 TAX1BP1 組成，作用是使發炎訊號維持短暫。TNF 刺激後，RNF11 促進 TNFAIP3 與 RIPK1 結合，接續的泛素鏈編輯調節 RIPK1 的命運。
TNFAIP3 會移除 RIPK1 上的 Lys-63 多聚泛素鏈，並催化形成 Lys-48 多聚泛素鏈。此變化使 RIPK1 經蛋白酶體降解，並因此終止 TNF 或 LPS 介導的 NF-kappa-B 活化。來源所述的功能因此連結了 TNF 刺激後的複合體作用、RIPK1 泛素化狀態改變，以及發炎訊號的終止。
此外，RNF11 會將 STAMBP 招募至 E3 泛素連接酶 SMURF2，促使 STAMBP 泛素化，並由 26S 蛋白酶體降解。此作用描述的是另一項蛋白質降解調節功能；來源未提供其與前述 TNF 或 LPS 訊號終止過程之間的因果關係。
Promoter 與基因調控
>RNF11 ENST00000242719 GRCh38 chr1:51235273-51236373 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCAGGCTGTGACAGAGAAAAGCTCAGGGTCTGAGAGCACACAGGATGCGACTAACCCAGACTGGAGGGTC AGGAGAGTCTCCCCAGGGGAAATGAAGTTGCATCCAGAAGGATTCCTGAGAATAATGATTAGCCTGATGA GAAGCAGAAAGGTTGGGAGTGGAGGGAAGTGGGTTTCTGTGAGAGAAACAATATGGACAAAGGCCCCAGG CAGAGGCAATAGTATTCCAGATAACGAAAAGCATTTTAGAGAGTCTAGTTTAGAATTTGTGAAGGAGGTG ACAATGCTGCTAATGAGATTGAAAGGGAGTCAGATTTGTAAACCATTTAAGGATTGTCTTAAGGACAGCC TTGAGGAGACACTGAAGGTTTTAACAGGAGAATGACATGATCCGATTTAAATTTTAAAAAGATAACTCTG TCAACTGTGCCAACAGTGAATTGGATGTGGGCAATGATGAACTCAGGAACAGCTGAGAGTCTATTGCAGA AGCCAAGGTGAGAGATGATGGTGGCTTGGACTTTGGTGCTGGGACTGGAAAGAAATGAACAATCTGATAT ACAACTGGAAGAATAATCTCTCTGGCTGTGATGTGGAAGGATAAGGACGTGATTGGACAGGCAGGGATGG TTCAGTAACGAGCTAGGACTTTATTGTGAAGGGATAAAGGGGAAGCTTTTAACATTTTAATCATGGGACT GATCCATTCCGATATGGGTTTATATAAATAGACCGCTTGGCGGAGGGTGGTGAGAAGACTGTCAGGCAGT GCACAGGTAAGAACTGAGCCCTAGACGGGGCAGGAGCAATGAATGTGGGGAGGCGCGGGAGACGGGAGAT TGGTTTCGGAGCCAGGTACGGAGCCAAGCAGTCAGAGAGAAGCAAAAATTGACGCAGCACCGAGAACAGC TGCTAGTGGAGAGGGGGATGGGCGCCGCCGGAGCCGCCCTCGCCTCCTGGCGCCGGGGGCGGGACCAGAG CACGCACGGCGCGATGACGCAGTGCCCGAGCCGGCCTCGTTCTGGCTGCCGCCGTCTCGCTGAGGCGGAG TAGGATGAGGCCCGCGGCCGTGGCTCCGGCGTCGGCGGGGGCAGCAGCAGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RNF11_2 ↗ | 1:51,236,024 | 正股 | 51,235,975–51,236,034 |
| RNF11_1 ↗ | 1:51,236,300 | 正股 | 51,236,251–51,236,310 |
| RNF11_3 ↗ | 1:51,236,515 | 正股 | 51,236,466–51,236,525 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_9QC3W · enhancer · 51234729–51235085 · regulatory
ENSR1_9QC43 · promoter · 51235086–51235586 · regulatory
ENSR1_9QC48 · promoter · 51235783–51236283 · regulatory
ENSR1_5G3DCQ · CTCF_binding_site · 51236219–51236240 · regulatory
ENSR1_9QC4K · promoter · 51236887–51237387 · regulatory
ENSR1_752CFQ · enhancer · 51238388–51238512 · regulatory
· motif · 51231264–51231275 · motif
· motif · 51231268–51231282 · motif
· motif · 51231321–51231335 · motif
· motif · 51231555–51231566 · motif
· motif · 51235160–51235173 · motif
· motif · 51235350–51235363 · motif
· motif · 51235350–51235363 · motif
· motif · 51235351–51235364 · motif
· motif · 51235351–51235364 · motif
· motif · 51235787–51235802 · motif
· motif · 51236195–51236205 · motif
· motif · 51236221–51236237 · motif
· motif · 51236237–51236247 · motif
· motif · 51236866–51236876 · motif
· motif · 51237085–51237098 · motif
· motif · 51237731–51237753 · motif
· motif · 51237731–51237753 · motif
· motif · 51237743–51237755 · motif
· motif · 51237888–51237901 · motif
· motif · 51237888–51237901 · motif
· motif · 51237936–51237951 · motif
· motif · 51238874–51238889 · motif
· motif · 51238978–51239000 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：154 aa
ring finger protein 11 長 154 個胺基酸，含有位於第 99–140 位胺基酸的 RING-type 鋅指區域。第 1–53 位胺基酸被註記為無序區，另在第 37–40 位有 PPxY motif。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RNF11 可見於早期胞內體、回收胞內體、細胞質與細胞核。 其定位與磷酸化狀態相關：未磷酸化時主要位於細胞質；經 PKB/AKT1 磷酸化後則位於細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 222 個夥伴
- ADAMTSL4Q6UY14-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD13DQ6ZTN6-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD44Q8N8A2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANUBL1Q86WR3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANXA8P13928 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APPP05067 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AQP8O94778 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARFGAP3Q9NP61 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARNT2Q86TN1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASB13Q8WXK3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASB3Q9Y575-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASCL4Q6XD76 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASIC4Q96FT7-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATG10Q9H0Y0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATP6V1B1P15313 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATP6V1B2P21281 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BACC1Q8IXM2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BAG6P46379-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BAK1Q16611 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BECN1Q14457 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BRK1Q8WUW1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BRWD1Q9NSI6-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BSNDQ8WZ55 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C8orf48Q96LL4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAMKK1Q8N5S9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RNF11 與 14-3-3 的互作依賴磷酸化。它也與 E3 泛素連接酶 NEDD4、ITCH、SMURF2、WWP1，以及 E2 泛素結合酶 UBE2D1、UBE2N 互作；來源指出未與 CDC34 或 UBE2L3 互作。另有 ZNF350、EPS15、STAMBP 與 GGA1 等互作對象。TNF 刺激後，RNF11 與 TAX1BP1、TNFAIP3、RIPK1 的互作具有暫時性，刺激 1 小時後即消失；此項描述標示為 By similarity。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNF11 是由 TNFAIP3、ITCH 與 TAX1BP1 等共同組成的泛素編輯蛋白複合體必要成員，可維持發炎訊號的短暫性。TNF 刺激後，RNF11 促進 TNFAIP3 與 RIPK1 結合；TNFAIP3 編輯 RIPK1 上的泛素鏈，促使其經蛋白酶體降解，從而終止 TNF 或 LPS 介導的 NF-kappa-B 活化。此外，RNF11 招募 STAMBP 至 SMURF2，使 STAMBP 泛素化並由 26S 蛋白酶體降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Essential component of a ubiquitin-editing protein complex, comprising also TNFAIP3, ITCH and TAX1BP1, that ensures the transient nature of inflammatory signaling pathways. Promotes the association of TNFAIP3 to RIPK1 after TNF stimulation. TNFAIP3 deubiquitinates 'Lys-63' polyubiquitin chains on RIPK1 and catalyzes the formation of 'Lys-48'-polyubiquitin chains. This leads to RIPK1 proteasomal degradation and consequently termination of the TNF- or LPS-mediated activation of NF-kappa-B. Recruits STAMBP to the E3 ubiquitin-ligase SMURF2 for ubiquitination, leading to its degradation by the 26S proteasome PMID 14755250 ↗ |
| 交互作用 | RNF11 磷酸化時與 14-3-3 互作，並與 NEDD4、ITCH、SMURF2、WWP1 等 E3 泛素連接酶及 UBE2D1、UBE2N 等 E2 泛素結合酶互作，但不與 CDC34 或 UBE2L3 互作。其他互作對象包括 ZNF350、EPS15、STAMBP 與 GGA1。TNF 刺激後，RNF11 與 TAX1BP1、TNFAIP3、RIPK1 暫時互作，刺激 1 小時後這些互作消失；此部分標示為 By similarity。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts (when phosphorylated) with 14-3-3. Interacts with the E3 ubiquitin-ligases NEDD4, ITCH, SMURF2 and WWP1 (By similarity). Also interacts with the E2 ubiquitin-conjugating enzymes UBE2D1 and UBE2N, but neither with CDC34, nor with UBE2L3. Interacts with ZNF350, EPS15 and STAMBP. After TNF stimulation, interacts with TAX1BP1, TNFAIP3 and RIPK1; these interactions are transient and they are lost after 1 hour of stimulation with TNF (By similarity). Interacts with GGA1 PMID 14559117 ↗ · PMID 14562029 ↗ · PMID 14755250 ↗ · PMID 16123141 ↗ · PMID 18615712 ↗ · PMID 18724389 ↗ · PMID 19131965 ↗ · PMID 20676133 ↗ |
| 細胞定位 | RNF11 可定位於早期胞內體、回收胞內體、細胞質及細胞核。其主要定位會隨磷酸化狀態改變：未磷酸化時主要在細胞質；經 PKB/AKT1 磷酸化後則在細胞核。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Early endosome; Recycling endosome; Cytoplasm; Nucleus; Predominantly cytoplasmic, when unphosphorylated, and nuclear, when phosphorylated by PKB/AKT1 |
核酸與蛋白質序列
AGTGCCCGAGCCGGCCTCGTTCTGGCTGCCGCCGTCTCGC40TGAGGCGGAGTAGGATGAGGCCCGCGGCCGTGGCTCCGGC80GTCGGCGGGGGCAGCAGCAGCTGAGGCAGCAGCTGAGGCA120GCCGCGACGGCCGCGCCCCCCCCCGCTGACCTGGATTAGG160CCCAGCAGCTCCGTGGCCGCCGCCGCCCCGCGGGGGGGCG200GGGTGGGGAAGTGCTTCGTCTCCCCGCCCCCCCCCCCCCA240TCGCTGCCTCGCAGGAGGCGAACGCCGCGACCCCAGCGGA280GCCCGCGGCCCAGCCTTGATCCCCCAACCCCGGGGGCTGG320CATGAGCGGCCCCTCGGCGGCACCGTGGGGCGGTGGAGTC360GCCTCCGCCTGATCCCCGGCCTGTCGCCCGACCCCACCTC400GCCAACCGAGGCGGACCGCGGAGTGTGCGAACGACCCCAC440CGCTGCTTTCTCCTCCCCCAGATCACGCACCCCAGCTCCG480GAAGATGGGGAACTGCCTCAAATCCCCCACCTCGGATGAC520ATCTCCCTGCTTCACGAGTCTCAGTCCGACCGGGCTAGCT560TTGGCGAGGGGACGGAGCCGGATCAGGAGCCGCCGCCGCC600ATATCAGGAACAAGTTCCAGTTCCAGTCTACCACCCAACA640CCTAGCCAGACTCGGCTAGCAACTCAGCTGACTGAAGAGG680AACAAATTAGGATAGCTCAAAGAATAGGTCTTATACAACA720TCTGCCTAAAGGAGTTTATGACCCTGGAAGAGATGGATCA760GAAAAAAAGATCCGGGAGTGTGTGATCTGTATGATGGACT800TTGTTTATGGGGACCCAATTCGATTTCTGCCGTGCATGCA840CATCTATCACCTGGACTGTATAGATGACTGGTTGATGAGA880TCCTTCACGTGCCCCTCCTGCATGGAGCCAGTTGATGCAG920CACTGCTTTCATCCTATGAGACTAATTGAGCCAGGGTCTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。