基因總覽
RIT1(Ras like without CAAX 1)是蛋白質編碼基因,其產物 GTP-binding protein Rit1 屬於小型 GTPase 超家族的 Ras 家族。蛋白質全長 219 個胺基酸,C 端第 193 至 219 個胺基酸區域被註記為無序區。現有資料將其主要角色連結至 NGF 相關訊號傳遞與神經元分化,也指出它參與 Ras-MAPK 訊號級聯。這些資料提供 RIT1 的家族歸屬、基本長度與一項結構區域註解;其分子作用及相關生物學過程另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000368323 ★ | 155,897,808–155,911,349 | 6 |
| ENST00000651853 | 155,897,808–155,911,404 | 7 |
| ENST00000539040 | 155,897,808–155,911,351 | 5 |
| ENST00000368322 | 155,897,808–155,910,915 | 6 |
| ENST00000859070 | 155,897,808–155,911,328 | 6 |
| ENST00000912983 | 155,897,808–155,911,408 | 6 |
| ENST00000912984 | 155,897,808–155,911,384 | 5 |
| ENST00001041385 | 155,897,808–155,911,404 | 6 |
| ENST00000609492 | 155,900,594–155,910,881 | 5 |
| ENST00000651833 | 155,904,374–155,911,381 | 5 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RIT1 參與神經生長因子(NGF)刺激所引發的訊號傳遞,協助連結 NGF 刺激與 EPHB2、MAPK14 兩條訊號路徑的活化;來源並指出,RIT1 也參與 NGF 依賴的神經元分化。這些描述將其作用放在刺激訊號與下游路徑活化之間,但沒有進一步交代各步驟的分子細節。
RIT1 也參與 ELK1 的轉錄活化,所涉及的路徑為 Ras-MAPK 訊號級聯。此級聯與多種細胞功能有關,包括細胞增殖、存活與分化;因此,RIT1 在這項描述中的功能,是參與透過 Ras-MAPK 路徑促成 ELK1 活化的過程。來源沒有說明 RIT1 對這些細胞功能各自的作用方向或影響程度,故不宜將其延伸為直接促進或抑制特定細胞結果。
RIT1 具有 GTP 水解活性,可將 GTP 與水轉換為 GDP、磷酸根及氫離子。此反應提供其核苷酸水解功能的直接描述;來源未進一步說明水解速率或該反應如何調節前述訊號路徑。
此外,LZTR1 可辨識 RIT1,並透過 BCR(BTB-CUL3-RBX1)E3 ubiquitin-protein ligase complex 介導 RIT1 的泛素化。這項資料指出 RIT1 可受到特定辨識與泛素化機制作用,但未在此處說明其後續結果或對細胞功能的影響。
Promoter 與基因調控
>RIT1 ENST00000368323 GRCh38 chr1:155911249-155912349 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTTATAGGCGCATGCCACCACACCCA GCTAATTCTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGTTTTACATGTTGGCCAGGATGGTCTCTTATTTCTTGACC TCATGACTCACCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGCCCGGCC CAGAAAGACATTTAAAAAGAACAGTGGTAGGCAGAGCTGCATGAGAACAATTTTCGTGTCAGTTTCTTCT AGCACCTGTGCTACGTAAATAGAGGGGAATATGGTTATAGTGGCTGCGCTTCAGTTCTGTATTTAACTCA AGGCCTCTGTTAACTCAGAGCTCTCTTTCCTGCCAGAGTGTGGTACATTTATTTAAAACAAGTTTTTGTG TGTCTTATACGTGTTTAAAATACATACAGAACTCTGATTAGGGAGTGTTGTGAACATCTGGTTTCTGAGA ATGAATTTAGGTTTCAATAGCAAAAGTCATTGTGGCCGCTCCTTTAGGAAAGTCATTTTTCTCCTATGAG TAGTCATCCCCGGTAGACTTGACTGAAATCCTGTGTTTTAGGAGGATTTGGGGGGTGCCCCTGTCCTCCC TTCCTCTCATTACATTGGGTCAAATTAGTTTTGGGTTTTTTTTTTTCCCACAAGCAGCAAACAACCCTCG GTAAGTTGTTAATTTAAGTGTCCCTGCATGTCTCTTATCACGTACTCCCTTCCCTTTTGTGTAAATAATT TACTTTCTACTCGTGATTAAATACCCTTGTCTGTGAGTGCATACACCCTAGGTTGGGTAGGTGACCAGAG GACCTTCAGCGGTGGGTCCCGGAACTGGGTTTTAGGGACCTGGGAGGGGCGGGAAGAGGGCGGGGCAGGC TGTGGGCGTCACTGAGTGGCCCCGCCCCTCCTTCCGCGACTCGGGCGCCGGTGGCGCCATCTTACTCGGT TGCGGGAGGGGTCACAGGTCAGTGCCGGAGCCTCCGCGAGTGAAGGAAGACGAAGTGCGTGACCCGACCG GCTGTGGTGTTCCAGTCCCCACTGACCAGTAGGAGCAGCAGGGCGTCGGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RIT1_2 ↗ | 1:155,910,957 | 負股 | 155,910,947–155,911,006 |
| RIT1_1 ↗ | 1:155,911,349 | 負股 | 155,911,339–155,911,398 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_949TST · enhancer · 155909915–155910286 · regulatory
ENSR1_B35XFL · promoter · 155910905–155911894 · regulatory
ENSR1_53CN5QT · CTCF_binding_site · 155911352–155911373 · regulatory
· motif · 155910851–155910864 · motif
· motif · 155910851–155910864 · motif
· motif · 155911003–155911025 · motif
· motif · 155911003–155911025 · motif
· motif · 155911136–155911158 · motif
· motif · 155911349–155911362 · motif
· motif · 155911352–155911364 · motif
· motif · 155911354–155911370 · motif
· motif · 155911355–155911362 · motif
· motif · 155911411–155911421 · motif
· motif · 155911444–155911454 · motif
· motif · 155911483–155911492 · motif
· motif · 155911660–155911675 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:219 aa
GTP-binding protein Rit1 屬於小型 GTPase 超家族的 Ras 家族,長度為 219 個胺基酸。其 C 端第 193 至 219 個胺基酸區域註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RIT1 的定位註記為細胞膜;來源未提供其他定位或條件性變化的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- CDC42P60953 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- PAK1Q13153 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RAC1P63000 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- RGL3Q3MIN7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RLFQ13129 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RIT1 與 AFDN、RALGDS 的 C 端結構域及 RLF 有互作,與 RIN1、PIK3CA 則無互作。RLF 僅結合活化的 GTP 結合型 RIT1。RIT1 與 BRAF 強烈互作,與 RAF1 的互作較弱,且兩者的結合均依賴 GTP 結合狀態;原文此處將 BRAF 拼作「BARF」。RGL3 的互作屬 By similarity。GDP 結合型 RIT1 與 LZTR1 互作,並由此介導 BCR E3 ligase complex 對 RIT1 的泛素化。
疾病與遺傳關聯
RIT1 與 Noonan syndrome 8(NS8)相關,來源描述此病症由影響該基因的變異所致。Noonan syndrome 可有身材矮小、眼距過寬、眼裂向下傾斜、低位且向後旋轉的耳朵,並有較高比例的先天性心臟缺陷與肥厚型心肌病。其他可能特徵包括短頸或頸部蹼狀皮膚、聽力障礙、動作發展遲緩、程度不一的智能缺損、多種骨骼缺陷、隱睪及出血傾向。患者也有罹患幼年型骨髓單核球性白血病的風險;此為骨髓增殖性疾病,特徵是骨髓單核球系細胞過量生成。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RIT1 參與 NGF 刺激與 EPHB2、MAPK14 訊號路徑活化之間的連結,也參與 NGF 依賴的神經元分化。此外,它透過 Ras-MAPK 訊號級聯參與 ELK1 轉錄活化;該級聯涉及細胞增殖、存活與分化。LZTR1 可辨識 RIT1,並介導 BCR(BTB-CUL3-RBX1)E3 ubiquitin-protein ligase complex 對其進行泛素化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Plays a crucial role in coupling nerve growth factor (NGF) stimulation to the activation of both EPHB2 and MAPK14 signaling pathways and in NGF-dependent neuronal differentiation. Involved in ELK1 transactivation through the Ras-MAPK signaling cascade that mediates a wide variety of cellular functions, including cell proliferation, survival, and differentiation. Recognized by LZTR1, which mediates its ubiquitination by a BCR (BTB-CUL3-RBX1) E3 ubiquitin-protein ligase complex PMID 15632082 ↗ · PMID 23791108 ↗ · PMID 40934300 ↗ |
| 分子活性 | GTP + H2O = GDP + phosphate + H(+) | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | RIT1 與 AFDN、RALGDS 的 C 端結構域及 RLF 互作,但不與 RIN1、PIK3CA 互作;RLF 僅結合活化的 GTP 結合型 RIT1。RIT1 與 BRAF 強烈互作,與 RAF1 的互作較弱,兩者的結合依賴 GTP 結合狀態。與 RGL3 的互作屬 By similarity。GDP 結合型 RIT1 與 LZTR1 互作,並介導 BCR E3 ligase complex 對 RIT1 的泛素化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with AFDN, the C-terminal domain of RALGDS and RLF, but not with RIN1 and PIK3CA. RLF binds exclusively to the active GTP-bound form. Strongly interacts with BRAF, but only weakly with RAF1. BARF and RAF1 association is dependent upon the GTP-bound state. Interacts with RGL3 (By similarity). Interacts (GDP-bound form) with LZTR1; this interaction mediates RIT1 ubiquitination by BCR E3 ligase complex PMID 40934300 ↗ |
| 細胞定位 | RIT1 的定位註記為細胞膜。 | 資料庫紀錄 | |
| 疾病關聯 | Noonan syndrome 8(NS8)由影響 RIT1 的變異所致。此病可見身材矮小、眼距過寬、眼裂向下傾斜、低位且向後旋轉的耳朵,並常伴先天性心臟缺陷與肥厚型心肌病;其他可能特徵包括短頸或頸部蹼狀皮膚、聽力障礙、動作發展遲緩、程度不一的智能缺損、骨骼缺陷、隱睪及出血傾向。患者有罹患幼年型骨髓單核球性白血病的風險,此病為骨髓增殖性疾病,具有骨髓單核球系細胞過量生成的特徵。 | 含實驗來源 | 證據與來源Noonan syndrome 8 NS8 A form of Noonan syndrome, a disease characterized by short stature, facial dysmorphic features such as hypertelorism, a downward eyeslant and low-set posteriorly rotated ears, and a high incidence of congenital heart defects and hypertrophic cardiomyopathy. Other features can include a short neck with webbing or redundancy of skin, deafness, motor delay, variable intellectual deficits, multiple skeletal defects, cryptorchidism, and bleeding diathesis. Individuals with Noonan syndrome are at risk of juvenile myelomonocytic leukemia, a myeloproliferative disorder characterized by excessive production of myelomonocytic cells. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 615355 PMID 23791108 ↗ · PMID 25959749 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTGCCGGAGCCTCCGCGAGTGAAGGAAGACGAAGTGCGT40GACCCGACCGGCTGTGGTGTTCCAGTCCCCACTGACCAGT80AGGAGCAGCAGGGCGTCGGCTTGTGAGGTGGCTTTTCCTC120GGGGCAACCGAGGAAGGCCCCAAGAGGACAATGGATTCTG160GAACTCGCCCAGTTGGTAGCTGCTGTAGCAGCCCCGCTGG200GCTCTCACGGGAGTACAAACTAGTGATGCTGGGTGCTGGT240GGTGTAGGGAAGAGTGCCATGACCATGCAGTTCATCAGCC280ACCGATTCCCAGAAGATCATGATCCCACCATTGAAGATGC320TTATAAGATCAGGATCCGTATTGATGATGAGCCTGCCAAT360CTGGACATTTTGGATACAGCTGGACAGGCAGAGTTTACAG400CCATGCGGGACCAGTATATGAGGGCAGGAGAAGGGTTTAT440CATCTGTTACTCTATCACGGATCGTCGAAGTTTCCATGAA480GTTCGTGAGTTTAAACAGCTTATTTATCGAGTCCGACGTA520CTGACGATACACCTGTGGTTCTTGTGGGAAACAAGTCAGA560CCTCAAACAGCTAAGACAGGTCACCAAGGAAGAAGGATTG600GCCTTGGCCCGAGAATTCAGCTGTCCCTTTTTTGAGACAT640CTGCTGCATACCGCTACTATATTGATGATGTTTTCCATGC680CCTTGTACGGGAGATACGTAGGAAAGAAAAGGAGGCAGTA720CTGGCCATGGAGAAAAAATCTAAGCCCAAAAACAGTGTAT760GGAAGAGGCTAAAATCACCATTCCGGAAGAAGAAAGATTC800AGTAACTTGAAGAGAAGATGTGAAGTGTTTATCTGTGAAC840TGCAGTGCTGTATCAAAGCAGTCCAGTAACCTGCAGTACT880GAGTATGGTGCTTGCTCTTTCACTTAACTGATAAGAGGGA920CATGCCTACTAGGAGTTTTTAATGATGTGGTATTTAAAGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。