基因總覽
RHBDL1（rhomboid like 1）是蛋白質編碼基因，其產物 Rhomboid-like protein 1 屬於 peptidase S54 家族。此蛋白長 438 個胺基酸，具有多個跨膜螺旋，N 端另有一段預測為無序的區域。現有資料指出，RHBDL1 除了可能參與膜內受調控蛋白水解，也與蛋白酶體活性調節有關；其中蛋白酶體調節作用被描述為不依賴其酵素活性。這些資料勾勒出 RHBDL1 作為多次跨膜家族蛋白的基本特徵，以及它在膜相關處理和蛋白質降解調控中的角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000352681 ★ | 675,671–678,268 | 8 |
| ENST00000897891 | 675,612–678,275 | 8 |
| ENST00000897892 | 675,612–678,266 | 8 |
| ENST00000897893 | 675,612–678,275 | 8 |
| ENST00000943440 | 675,612–678,275 | 6 |
| ENST00000943441 | 675,612–678,275 | 7 |
| ENST00000943442 | 675,612–678,275 | 8 |
| ENST00001003644 | 675,612–678,275 | 7 |
| ENST00001126568 | 675,612–678,275 | 7 |
| ENST00001126569 | 675,612–678,275 | 6 |
| ENST00001138317 | 675,612–678,275 | 8 |
| ENST00000561556 | 675,683–677,843 | 7 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RHBDL1 被報告為蛋白酶體活性的調節因子，其調節作用不依賴酵素活性。蛋白酶體負責蛋白質降解；在一項以 cDNA 表現及不穩定 GFP-degron 進行的全基因組功能篩選中，研究者鑑定出可促進蛋白酶體活性的 iRhom1。降低 iRhom1 表現會減少蛋白酶體複合體的酵素活性，增加其表現則會提升活性。
原生膠體分析與分餾結果顯示，敲低 iRhom1 會妨礙蛋白酶體複合體組裝。內質網壓力劑 thapsigargin 或 tunicamycin 可提高 iRhom1 表現，並使蛋白酶體活性增加；這種提升在含內質網的微粒體中特別明顯。研究亦指出，iRhom1 與 20S 蛋白酶體組裝伴護蛋白 PAC1、PAC2 互作，並影響兩者的蛋白質穩定性。在內質網壓力下，敲低 iRhom1 也會妨礙 PAC1 與 PAC2 二聚化，支持其透過 PAC1/2 參與蛋白酶體調節。
在果蠅 D. melanogaster 中，iRhom1 缺失會加劇突變 Huntingtin 引起的粗糙眼表型；表現人類 iRhom1 或果蠅 iRhom 的轉基因果蠅則可挽救此表型。這些結果連結了 iRhom1、內質網壓力下的蛋白酶體調節，以及該果蠅表型，但不表示此處已確認相同機制適用於所有生物情境。
RHBDL1 另被描述為可能參與受調控的膜內蛋白水解，並促使功能性多肽從膜錨定處釋出。其催化雙聯體由絲胺酸與組胺酸組成，兩者分別由不同跨膜區段提供；資料指出它可切割第一型跨膜結構域。此項酵素作用與前述不依賴酵素活性的蛋白酶體調節，屬於不同的功能描述。
Promoter 與基因調控
>RHBDL1 ENST00000352681 GRCh38 chr16:674671-675771 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGTATCAGAAGGCCTGGTCCCCCCCCTCCCATGTCTGCCTTTAGGGAGTGGCAGGTGGGGCCCCTTCCC AAGTCCTGGCCCACACGGGCCCTGCCTTGGAGCTTGTGGCATTGGCCCCTGAGGTCCCTCCCGACTGATG GTATTTGAGCCCGCTGTACCCCCACGGCCTGTCTTCTGGGACTACTGCAACCCTAGGAGAAGCCCTCTGA GTGGCCCTTGCAGGGGCTGCCATAGTCACACGTGTCTTATCTGTCACCTCCATTGTGGAGGGGTTGGCCC GCCTTCCCAGGAGCAGGTCCCCTCATCCCAACTGCAGCCCTGCCCCCTGGGGGTTCTGCTCTGTGTTGGA ATGCCCCTTGTGCCCAGCCCTGGCGCCGCCTTAGGGCGGGAGGTTTTGCTGTCCTGCATGGAGTTGCAAG AGTGGTCAGGGGCCTCCAGCCCAGGGTGTGGACGAGTGGGCTGGGCTTGGTCGTCAGAGCCAAGGCGGCT GCAGCAGCGTCTTCCTCCTCCTAAGAGGCGGCTGTAGTGGCCATGCGGGACGAGGGACTTCCTTGCTGCT GCGCTCGGTGGGGGGTTGCGGGGGGAGGGGGTGTGTCTGCTGCAAGCAGGGAGCTCCAGCCGGTGGCAAC ATGAACCGCAGGGAGTACTGGGTCAGCCTGGAGGGGGAGCAAGCAGTGGTCAGGGAAGGCTTCCTGGAAG AGGTGGCATCCTCACAGGCCTGAGCCCGGGAAGGCTGTGAGAGGGCGAACGGTCTTGCATGGGGGGTTTT AGGTGCCCCCCATCCCCGTGACTCCATTTACCAGCGGCTGCCGTGGAGGTAGTCCAGTGTGCTGGAGCTG CGCCAGAGCGGGGGTGGGGGCCGGCGCTGAGACGCGGTGCTAGCTGGAGGCGGTTCCTGTCCGGGGTGTG CGTCCGCGTGCAGGGTGCGCGCGTGTCTTGGCCGCGCGTGGCGGCGTGTGCGGCAGGGGCGGGCAGGCGG GCGACTCGGTGACGCGGCCCAAGCGCGGCGCCGAGCGGAGCGGGCGGAGCGGGCCGGCTGGGGCGGAGCG GAGTCGTCCGCAGAGCAGCCCCTCCCGGCCGCGGCCGCCGACCCCGGACCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RHBDL1_1 ↗ | 16:675,671 | 正股 | 675,622–675,681 |
| RHBDL1_2 ↗ | 16:676,092 | 正股 | 676,043–676,102 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_8JFM · enhancer · 673234–673443 · regulatory
ENSR16_B5LQ · promoter · 675181–676085 · regulatory
ENSR16_569RJ · CTCF_binding_site · 675323–675344 · regulatory
ENSR16_999J · promoter · 679009–679509 · regulatory
ENSR16_999M · enhancer · 679510–679774 · regulatory
ENSR16_B5MD · promoter · 679775–680420 · regulatory
ENSR16_999Z · promoter · 680547–681047 · regulatory
· motif · 674549–674564 · motif
· motif · 674655–674667 · motif
· motif · 675186–675203 · motif
· motif · 675325–675341 · motif
· motif · 675619–675636 · motif
· motif · 677537–677546 · motif
· motif · 678310–678319 · motif
· motif · 678380–678389 · motif
· motif · 678385–678397 · motif
· motif · 678387–678394 · motif
· motif · 678416–678425 · motif
· motif · 678481–678490 · motif
· motif · 679726–679739 · motif
· motif · 680242–680255 · motif
· motif · 680335–680346 · motif
· motif · 680335–680346 · motif
· motif · 680361–680372 · motif
· motif · 680361–680372 · motif
· motif · 680382–680395 · motif
· motif · 680390–680401 · motif
· motif · 680392–680401 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：438 aa
Rhomboid-like protein 1 長 438 個胺基酸，屬於 peptidase S54 家族。序列註解預測其含有七段跨膜螺旋，並在 N 端第 1 至 62 個胺基酸位置具有無序區域；跨膜與無序區域均為資料庫註解所標示的特徵。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RHBDL1 被註記為膜蛋白及多次跨膜蛋白。 現有定位資料未提供特定細胞器位置、不同異構型的差異，或定位隨條件改變的描述。
未繪示構造：Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 12 個夥伴
- ABHD16AO95870 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APODP05090 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARLNQ8WVX3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COMTP21964 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FXYD6Q9H0Q3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP2-4Q9BYR9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP6-3Q3LI67 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MFFQ9GZY8-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPTSSAQ969W0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TUSC5A5PKU2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VAC14Q08AM6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RHBDL1 可在不依賴酵素活性的情況下調節蛋白酶體活性；此外，它可能參與受調控的膜內蛋白水解，並促使功能性多肽脫離膜錨定處。 | 含實驗來源 | 證據與來源Regulator of proteosome activity independent of enzymatic activity. May be involved in regulated intramembrane proteolysis and the subsequent release of functional polypeptides from their membrane anchors PMID 26109405 ↗ |
| 分子活性 | RHBDL1 可切割第一型跨膜結構域；其催化雙聯體由絲胺酸與組胺酸構成，且兩個胺基酸分別由不同的跨膜區段提供。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Cleaves type-1 transmembrane domains using a catalytic dyad composed of serine and histidine that are contributed by different transmembrane domains. |
| 細胞定位 | RHBDL1 被註記為膜蛋白，並具有多次跨膜特徵；此資料未提供更具體的細胞內位置。 | 資料庫紀錄 | |
| 功能 | 研究指出 iRhom1 可促進蛋白酶體活性與複合體組裝，並在內質網壓力下透過與 PAC1、PAC2 互作及影響其穩定性和二聚化參與調節；在果蠅中，iRhom 缺失加劇突變 Huntingtin 粗糙眼表型，表現人類或果蠅 iRhom 可挽救表型。 | 文獻摘要 | 證據與來源Proteasome is a protein degradation complex that plays a major role in maintaining cellular homeostasis. Despite extensive efforts to identify protein substrates that are degraded through ubiquitination, the regulation of proteasome activity itself under diverse signals is poorly understood. In this study, we have isolated iRhom1 as a stimulator of proteasome activity from genome-wide functional screening using cDNA expression and an unstable GFP-degron. Downregulation of iRhom1 reduced enzymatic activity of proteasome complexes and overexpression of iRhom1 enhanced it. Native-gel and fractionation analyses revealed that knockdown of iRhom1 expression impaired the assembly of the proteasome complexes. The expression of iRhom1 was increased by endoplasmic reticulum (ER) stressors, such as thapsigargin and tunicamycin, leading to the enhancement of proteasome activity, especially in ER-containing microsomes. iRhom1 interacted with the 20S proteasome assembly chaperones PAC1 and PAC2, affecting their protein stability. Moreover, knockdown of iRhom1 expression impaired the dimerization of PAC1 and PAC2 under ER stress. In addition, iRhom1 deficiency in D. melanogaster accelerated the rough-eye phenotype of mutant Huntingtin, while transgenic flies expressing either human iRhom1 or Drosophila iRhom showed rescue of the rough-eye phenotype. Together, these results identify a novel regulator of proteasome activity, iRhom1, which functions via PAC1/2 under ER stress. PMID 26109405 ↗iRhom1 regulates proteasome activity via PAC1/2 under ER stress. · cc by |
核酸與蛋白質序列
AAGCGCGGCGCCGAGCGGAGCGGGCGGAGCGGGCCGGCTG40GGGCGGAGCGGAGTCGTCCGCAGAGCAGCCCCTCCCGGCC80GCGGCCGCCGACCCCGGACCCCGGCCCCCGGCCAGGCTCT120ATGGACAGGAGCTCGCTGCTGCAGCTCATCCAGGAGCAGC160AGCTGGACCCCGAGAACACAGGCTTCATCGGTGCGGACAC200CTTCACTGGCCTGGTGCACAGCCATGAGCTGCCCCTGGAC240CCGGCCAAGCTGGACATGCTGGTGGCCCTGGCTCAGAGCA280ACGAGCAGGGCCAGGTCTGCTACCAGGAGCTGGTGGACCT320GATCAGCAGCAAGCGCTCCAGCAGTTTCAAGCGGGCCATT360GCTAACGGACAGCGGGCACTGCCCCGGGACGGGCCGCTGG400ATGAGCCAGGCCTAGGTGTCTACAAGCGGTTTGTGCGTTA440CGTGGCCTACGAGATCCTGCCTTGTGAGGTGGACCGCCGC480TGGTACTTCTACCGTCACCGCAGCTGCCCACCCCCCGTGT520TCATGGCCTCGGTCACTCTTGCCCAGATCATCGTGTTCCT560GTGTTACGGGGCCCGCCTCAACAAGTGGGTGCTGCAGACC600TACCACCCCGAGTACATGAAGAGCCCCCTTGTGTACCACC640CCGGGCACCGTGCCCGCGCCTGGCGCTTCCTCACCTACAT680GTTCATGCACGTTGGGCTGGAGCAGCTGGGGTTCAACGCC720CTCCTGCAGCTGATGATCGGGGTGCCCCTGGAGATGGTGC760ACGGCCTGCTCCGCATCAGCCTGCTCTACCTGGCAGGCGT800GCTGGCAGGCTCCCTAACCGTCTCCATCACCGACATGCGG840GCCCCGGTGGTGGGAGGCTCCGGCGGGGTCTACGCCCTGT880GCTCGGCACACCTGGCCAACGTTGTCATGAACTGGGCTGG920GATGAGATGTCCCTACAAGTTGCTGAGGATGGTGCTGGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。